genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.312.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94790031--94790063	8	4.0	8	92	7	57	75	0	0	24	0.80
94790031--94790063	17	2.0	17	94	5	59	75	0	0	24	0.80
94790026--94790063	8	4.3	9	90	10	53	73	0	0	26	0.83
94793129--94793162	16	2.2	16	90	10	54	26	0	0	73	0.83
94802651--94802678	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
94803150--94803190	19	2.1	20	86	13	59	39	0	4	56	1.21
94803848--94803907	25	2.4	25	76	13	61	50	3	1	45	1.28
94804543--94804589	20	2.4	20	86	10	62	65	0	0	34	0.93
94806037--94806081	15	2.9	15	77	6	54	42	2	2	53	1.25
94806538--94806600	25	2.5	25	78	17	67	41	4	3	50	1.39
94806557--94806620	27	2.4	25	80	14	67	43	3	3	50	1.33
94807335--94807390	25	2.4	23	80	16	62	55	8	7	28	1.57
94811431--94811847	46	9.0	46	89	2	516	21	23	14	41	1.89
94815681--94815837	43	3.7	42	73	12	140	29	25	19	25	1.99
94815676--94815837	85	1.9	85	81	8	195	30	25	19	25	1.98
94834307--94834334	5	5.6	5	100	0	56	82	0	17	0	0.68
94835407--94835440	3	11.3	3	100	0	68	67	0	32	0	0.91
94843594--94843653	7	8.6	7	90	5	95	11	13	13	61	1.57
94843689--94843739	15	3.5	15	71	15	52	35	7	0	56	1.28
94845841--94846114	112	2.5	111	87	6	389	37	6	8	47	1.60
94847884--94847936	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
94849417--94849552	26	5.2	26	97	0	236	36	24	5	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94850343--94850468	47	2.7	47	86	2	155	29	25	15	29	1.96
94850492--94850693	31	6.5	31	88	0	287	26	24	18	30	1.98
94850671--94850897	50	4.5	50	91	1	357	26	21	16	35	1.94
94853021--94853076	30	2.0	30	82	10	73	51	5	5	37	1.47
94855055--94855161	52	2.1	52	98	0	205	25	15	13	45	1.82
94857039--94857152	2	62.0	2	71	16	59	40	0	2	56	1.19
94857040--94857155	9	13.3	9	71	20	77	39	0	2	56	1.19
94857039--94857153	22	5.4	22	75	17	109	40	0	2	56	1.19
94857166--94857250	23	3.6	23	75	20	77	34	1	5	58	1.30
94857260--94857553	23	12.9	23	65	22	97	32	4	6	55	1.47
94857169--94857493	107	2.9	116	72	16	329	32	4	6	57	1.44
94857488--94857550	24	2.7	23	82	4	72	39	7	4	47	1.54
94857849--94857961	12	9.3	12	67	21	58	34	3	3	58	1.32
94857895--94857933	17	2.4	17	87	8	55	35	2	2	58	1.25
94859780--94859863	20	4.2	20	76	3	71	40	3	11	44	1.59
94860294--94860334	14	2.9	14	81	0	55	51	31	0	17	1.46
94860766--94860800	18	1.9	18	88	0	52	45	2	5	45	1.41
94865839--94866008	46	3.7	46	76	13	177	30	28	19	21	1.97
94865844--94866033	46	4.1	44	71	16	118	29	27	20	22	1.98
94866572--94866608	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
94869714--94870058	86	4.0	86	96	0	618	29	21	17	31	1.96
94870584--94870643	32	1.9	32	86	6	88	61	8	11	18	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94873585--94873638	2	27.0	2	96	0	99	48	0	51	0	1.00
94875728--94875813	27	3.2	27	83	9	97	38	19	23	18	1.93
94875777--94875858	43	1.9	43	94	0	146	42	18	20	18	1.89
94875745--94875875	70	1.9	70	87	6	194	37	22	22	18	1.94
94875824--94875875	27	1.9	27	88	7	79	32	23	25	19	1.97
94877494--94877601	26	4.2	26	95	0	189	36	22	7	34	1.82
94880245--94880398	65	2.6	55	78	19	184	41	1	14	42	1.56
94880264--94880439	65	2.7	64	90	3	280	42	2	11	43	1.56
94883982--94884033	21	2.5	20	75	9	59	11	23	40	25	1.88
94884379--94884446	30	2.3	30	92	0	118	7	20	45	26	1.77
94885883--94885933	24	2.1	24	85	7	68	72	0	3	23	1.01
94886096--94886143	21	2.3	22	78	7	55	43	6	18	31	1.75
94886129--94886168	11	3.6	11	82	0	53	40	0	30	30	1.57
94887976--94888038	25	2.4	25	86	5	81	57	0	11	31	1.34
94891304--94891349	23	2.0	23	100	0	92	30	13	13	43	1.81
94891621--94891663	21	2.2	19	88	12	61	25	0	18	55	1.42
94893259--94893318	30	2.0	30	83	6	77	35	11	18	35	1.87
94893909--94894001	44	2.1	44	86	8	125	36	23	5	34	1.78
94893983--94894054	16	4.5	16	89	0	99	27	25	6	40	1.81
94896575--94896630	29	1.9	29	85	7	78	39	10	14	35	1.81
94897411--94897449	15	2.4	16	87	8	53	35	0	0	64	0.94
94902587--94902901	159	2.0	159	82	3	384	47	18	10	24	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94904923--94905111	103	1.8	103	82	2	245	31	16	16	34	1.92
94907669--94907721	12	4.4	12	74	9	54	16	13	37	32	1.88
94907800--94907849	18	2.7	18	74	20	50	16	10	46	28	1.78
94907866--94907906	3	13.7	3	89	0	55	7	0	65	26	1.18
94907847--94907906	27	2.2	27	91	5	95	11	0	63	25	1.28
94907860--94907918	27	2.2	27	81	0	73	13	1	64	20	1.37
94907971--94908017	24	2.0	24	86	0	67	19	2	63	14	1.40
94907972--94908035	33	1.9	33	90	0	101	18	1	64	15	1.38
94907983--94908038	12	4.7	12	78	8	51	19	1	66	12	1.33
94908042--94908092	18	2.8	18	90	0	84	21	5	41	31	1.77
94909969--94910022	21	2.4	22	85	14	67	61	0	11	27	1.30
94910094--94910184	3	31.3	3	69	18	50	61	3	4	30	1.31
94910229--94910293	3	21.3	3	90	3	103	63	1	1	33	1.13
94910876--94910905	8	3.6	8	95	4	51	13	0	0	86	0.57
94910874--94910914	9	4.6	9	90	9	57	19	0	0	80	0.71
94910876--94910929	18	3.1	18	83	2	56	24	0	3	72	1.01
94911265--94911335	22	3.2	22	88	7	90	9	5	52	32	1.58
94911435--94911502	33	2.0	34	86	8	95	8	2	45	42	1.50
94911432--94911500	16	4.3	16	74	20	56	10	2	43	43	1.53
94912099--94912123	13	1.9	13	100	0	50	64	4	16	16	1.44
94912239--94912554	121	2.6	123	92	3	530	41	18	14	25	1.88
94912570--94912880	71	4.3	72	81	7	346	28	19	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94912907--94913038	71	1.9	71	86	0	192	31	24	15	28	1.96
94912750--94913451	160	4.4	160	96	0	1264	33	21	16	29	1.95
94913067--94913200	71	1.9	71	87	0	196	30	23	15	29	1.96
94925865--94925918	21	2.4	22	85	14	67	61	0	11	27	1.30
94925990--94926080	3	31.3	3	69	18	50	61	3	4	30	1.31
94926125--94926175	3	16.7	3	87	4	75	62	1	1	33	1.17
94926985--94927056	23	3.2	23	92	2	110	8	5	54	31	1.54
94927179--94927221	16	2.6	16	82	17	52	9	2	41	46	1.48
94931568--94931613	15	3.1	15	78	12	58	10	6	65	17	1.45
94931551--94931613	30	2.1	30	84	0	81	14	4	61	19	1.49
94931618--94931679	18	3.4	18	79	0	79	20	6	46	25	1.74
94931696--94931745	15	3.3	15	81	10	57	12	4	66	18	1.39
94931702--94931757	15	3.5	17	74	18	57	14	5	62	17	1.49
94933186--94933321	26	5.2	26	92	0	227	33	5	24	37	1.77
94935091--94935364	136	2.0	137	97	0	514	24	17	25	32	1.97
94936783--94936893	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
94944041--94944151	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
94946340--94946408	22	3.2	20	81	18	77	49	1	2	46	1.25
94948019--94948229	3	71.3	3	77	7	191	30	6	0	61	1.28
94948237--94948275	13	2.9	13	88	3	51	23	0	0	76	0.78
94951784--94951830	12	4.2	12	84	10	64	8	6	70	14	1.32
94951932--94951994	18	3.5	18	80	0	72	22	6	44	26	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94952138--94952184	21	2.2	21	85	7	60	19	2	63	14	1.40
94955692--94955752	26	2.3	26	97	0	113	36	6	3	54	1.43
94955961--94956004	15	2.9	14	86	10	52	47	2	0	50	1.13
94956544--94956613	36	1.9	36	100	0	140	8	17	10	64	1.48
94958654--94958690	18	2.1	18	89	0	56	24	2	45	27	1.66
94958706--94958745	6	6.7	6	85	0	53	12	0	67	20	1.22
94958706--94958745	18	2.2	18	95	0	71	12	0	67	20	1.22
94958835--94958868	15	2.3	15	89	0	50	14	5	61	17	1.52
94958831--94958860	15	2.0	15	93	0	51	10	6	66	16	1.41
94958654--94958961	111	2.9	110	87	4	423	21	5	53	19	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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