genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.129.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38913487--38913663	46	3.8	46	78	12	200	27	17	31	23	1.97
38916525--38916551	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
38918293--38918460	40	4.2	40	85	3	232	23	22	27	26	1.99
38919923--38920118	39	5.0	39	83	4	211	27	27	21	22	1.99
38921775--38921947	40	4.4	40	87	5	228	25	27	22	24	2.00
38929983--38930043	26	2.3	26	80	5	70	39	11	13	36	1.80
38933187--38933236	23	2.2	23	82	13	59	16	2	10	72	1.21
38935678--38935786	40	2.8	40	84	1	139	23	26	22	26	2.00
38942946--38942994	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
38943818--38943984	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
38947213--38947378	40	4.2	40	81	3	185	24	27	22	25	2.00
38949949--38950110	39	4.2	39	92	1	263	25	33	18	22	1.97
38952217--38952275	30	2.0	30	89	0	91	27	25	8	38	1.84
38953928--38953976	11	4.2	12	71	23	50	42	42	0	14	1.45
38953956--38954083	67	1.9	69	83	6	172	36	39	3	20	1.71
38960169--38960286	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
38960137--38960300	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
38967732--38967849	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
38967700--38967863	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
38975260--38975284	9	2.8	9	100	0	50	12	0	0	88	0.53
38977788--38977816	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
38978143--38978195	8	6.6	8	95	0	79	58	9	28	3	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38980709--38980735	8	3.4	8	100	0	54	55	0	0	44	0.99
38980708--38980744	8	4.4	9	90	10	53	56	0	0	43	0.99
38980691--38980780	36	2.5	34	82	8	99	52	1	0	46	1.07
38981071--38981132	27	2.4	26	84	7	74	40	3	0	56	1.15
38981083--38981146	25	2.4	27	82	10	71	37	4	1	56	1.30
38981086--38981146	26	2.3	26	81	13	72	37	4	1	55	1.31
38985886--38986040	43	3.7	43	74	10	140	31	29	14	24	1.95
38990011--38990039	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
38990607--38990667	29	2.1	28	82	11	70	54	3	16	26	1.58
38991147--38991262	41	2.8	42	76	7	128	28	21	22	27	1.99
38992502--38992530	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
38993234--38993286	25	2.1	25	82	6	63	35	18	24	20	1.95
38993387--38993477	26	3.6	25	71	10	60	32	21	26	18	1.97
38993914--38993958	10	4.4	10	83	5	54	42	13	0	44	1.43
38993914--38993958	21	2.2	20	84	4	54	42	13	0	44	1.43
39000239--39000285	23	2.0	23	100	0	94	31	8	25	34	1.86
39000407--39000433	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
39000832--39000864	13	2.5	13	95	0	57	15	18	33	33	1.92
39004028--39004066	5	7.6	5	82	5	51	41	0	17	41	1.50
39004407--39004453	25	1.9	25	91	4	78	17	25	19	38	1.92
39004526--39004584	26	2.3	26	75	0	64	20	22	20	37	1.95
39004578--39004624	23	2.0	23	84	8	60	21	23	17	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39007194--39007338	40	3.6	39	77	9	141	25	25	24	24	2.00
39007187--39007340	80	1.9	80	84	2	202	25	25	23	25	2.00
39010953--39011124	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
39010945--39011120	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
39013503--39013590	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
39013503--39013581	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
39013514--39013590	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
39016540--39016711	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
39016532--39016707	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
39020187--39020328	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
39020226--39020354	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
39028176--39028342	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
39034464--39034591	55	2.3	56	86	4	179	38	10	21	28	1.88
39034464--39034607	56	2.6	55	82	9	177	37	11	21	29	1.89
39036251--39036288	19	2.0	19	94	0	67	26	13	31	28	1.93
39050551--39050600	26	1.9	26	83	0	64	40	12	20	28	1.87
39055343--39055526	23	8.1	23	91	5	279	28	21	21	28	1.99
39055322--39055527	24	9.0	24	88	8	281	27	21	21	28	1.99
39055585--39055641	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
39055573--39055643	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
39055578--39055632	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
39063475--39063685	23	9.0	24	92	4	326	27	21	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39063475--39063686	94	2.3	93	93	3	354	27	21	22	27	1.99
39063743--39063799	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
39063731--39063801	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
39063736--39063790	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
39067207--39067338	29	4.6	29	82	1	140	25	15	32	26	1.96
39069997--39070042	3	15.3	3	100	0	92	34	0	0	65	0.93
39070729--39070795	19	3.5	20	74	11	68	28	2	2	65	1.22
39070780--39070847	27	2.5	28	81	11	70	39	2	0	57	1.14
39076004--39076051	23	2.1	23	84	7	62	66	4	8	20	1.35
39077416--39077457	21	2.0	21	85	0	57	33	16	19	30	1.94
39077517--39077578	29	2.1	31	81	6	74	25	12	12	48	1.77
39078203--39078228	9	2.9	9	100	0	52	7	11	0	80	0.89
39081923--39082048	63	2.0	63	100	0	252	28	28	17	25	1.97
39123335--39123462	65	2.0	65	93	0	220	25	17	16	41	1.89
39123715--39123809	34	2.9	32	74	16	86	26	22	24	27	2.00
39127489--39127616	65	2.0	65	95	0	229	24	16	17	41	1.89
39137643--39137687	22	2.0	22	91	0	72	42	6	15	35	1.73
39148188--39148227	17	2.4	17	95	0	71	45	15	25	15	1.84
39149420--39149585	48	3.5	48	83	5	187	27	21	27	23	1.99
39149605--39149775	49	3.5	49	75	5	152	27	19	28	25	1.99
39155459--39155495	15	2.5	15	95	4	67	35	0	27	37	1.57
39156953--39157116	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39156953--39157150	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
39163248--39163411	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
39163248--39163445	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
39167512--39167731	39	5.6	39	89	1	307	24	23	30	21	1.99
39167512--39167731	77	2.8	78	90	2	325	24	23	30	21	1.99
39177622--39177761	71	2.0	70	83	4	174	29	15	24	31	1.95
39177729--39177875	39	3.8	39	82	7	158	27	23	25	23	2.00
39185796--39185979	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
39198346--39198499	39	3.9	39	86	0	191	23	31	22	22	1.98
39198376--39198499	39	3.2	39	90	1	194	25	32	20	22	1.98
39209599--39209762	43	3.8	42	77	10	172	21	17	28	32	1.96
39220486--39220725	40	6.2	39	87	8	303	24	21	27	26	1.99
39223682--39223706	9	2.8	9	100	0	50	28	0	24	48	1.52
39228490--39228731	40	6.2	40	87	4	289	25	20	27	27	1.99
39245352--39245458	27	4.0	27	79	4	108	41	17	10	30	1.83
39245467--39245530	27	2.4	27	94	0	119	32	18	25	23	1.97
39245667--39245717	26	2.0	27	84	7	70	19	23	21	35	1.96
39248883--39249225	41	8.4	41	91	0	526	34	19	23	21	1.96
39249299--39249342	21	2.0	22	91	4	72	18	0	38	43	1.50
39249331--39249364	7	4.9	7	100	0	68	14	0	55	29	1.40
39249577--39249620	21	2.1	21	91	0	70	29	2	34	34	1.70
39249936--39249978	14	3.3	14	75	18	56	16	53	0	30	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39249931--39249978	25	1.9	25	100	0	96	16	50	0	33	1.46
39249934--39249981	15	3.5	15	68	26	52	18	52	0	29	1.46
39252906--39253457	183	3.0	183	96	0	1014	27	15	15	42	1.86
39253658--39253686	15	1.9	15	100	0	58	24	6	20	48	1.74
39253948--39254499	274	2.0	274	98	0	1077	35	13	12	39	1.81
39254646--39254675	15	2.0	15	100	0	60	46	0	0	53	1.00
39254781--39255172	9	42.4	9	71	11	125	47	12	1	38	1.52
39254753--39255154	96	4.1	96	79	9	396	47	11	1	38	1.52
39254830--39255049	116	1.9	113	86	6	309	47	12	1	38	1.52
39254749--39255172	203	2.1	203	99	0	834	47	12	1	38	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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