genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73968485--73968635	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
73976486--73976634	40	3.8	39	81	4	133	24	28	22	25	1.99
73977813--73977921	54	2.0	55	84	8	143	27	17	18	36	1.93
73982267--73982399	59	2.2	60	90	1	205	35	14	24	25	1.93
73982297--73982399	29	3.5	29	96	2	188	36	14	24	24	1.93
73989770--73989902	59	2.2	60	90	1	205	35	14	24	25	1.93
73989800--73989902	29	3.5	29	96	2	188	36	14	24	24	1.93
73992572--73992636	5	13.4	5	75	18	57	35	7	20	36	1.81
73992589--73992641	11	5.2	11	69	17	51	35	13	18	32	1.90
73992588--73992641	20	2.7	20	97	0	99	35	12	18	33	1.89
73992572--73992636	9	6.7	10	73	16	57	35	7	20	36	1.81
73992579--73992636	25	2.4	25	80	16	68	34	8	20	36	1.84
73992692--73992799	50	2.2	49	86	8	148	28	21	22	27	1.99
73992692--73992799	25	4.4	24	86	5	128	28	21	22	27	1.99
73993008--73993071	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
73998606--73998675	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
74003618--74003664	20	2.3	20	92	7	78	36	10	19	34	1.86
74003712--74003844	25	5.4	25	90	5	191	27	21	21	29	1.99
74004053--74004116	31	2.1	31	87	0	92	39	14	21	25	1.91
74006210--74006284	39	1.9	39	94	0	132	33	8	16	42	1.77
74006690--74007022	50	6.6	50	79	3	328	25	17	25	32	1.97
74010773--74010832	15	4.0	15	84	0	75	13	18	13	55	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74013369--74013446	39	2.0	39	100	0	156	33	10	15	41	1.81
74013857--74014244	50	7.7	50	75	4	294	25	17	25	32	1.97
74013951--74014251	151	2.0	152	85	1	408	24	18	25	30	1.98
74013906--74014233	101	3.3	100	79	2	343	25	17	25	31	1.97
74016858--74016916	28	2.1	28	100	0	118	16	11	25	45	1.82
74017536--74017597	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
74017553--74017703	54	2.8	54	86	2	160	29	9	19	41	1.83
74017551--74017703	81	1.9	81	86	5	220	30	9	19	40	1.83
74017580--74017703	27	4.6	27	85	2	169	30	7	20	41	1.79
74017687--74017757	27	2.6	27	75	4	72	29	7	26	36	1.83
74017580--74017703	54	2.3	54	92	0	203	30	7	20	41	1.79
74017577--74017730	81	1.9	81	79	2	175	31	7	21	38	1.82
74018566--74018609	21	2.1	21	100	0	88	36	22	0	40	1.54
74028272--74028301	13	2.3	13	100	0	60	20	0	0	80	0.72
74032296--74032398	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
74035873--74036041	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
74043863--74043993	40	3.3	40	85	0	172	24	27	21	26	1.99
74043880--74044026	40	3.9	37	83	9	147	23	25	23	27	2.00
74053313--74053479	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
74058022--74058254	49	4.7	50	83	2	290	26	18	26	29	1.98
74058127--74058210	28	3.2	28	64	25	74	23	16	28	30	1.96
74060033--74060183	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74060070--74060199	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
74078478--74078555	30	2.6	30	76	11	88	28	19	23	29	1.98
74081680--74081851	93	1.8	93	94	0	308	27	30	22	19	1.98
74081672--74081847	46	3.8	46	81	10	223	28	30	21	19	1.98
74083569--74083651	29	2.8	29	75	15	80	14	21	1	62	1.38
74083585--74083638	28	1.9	28	85	7	74	12	24	1	61	1.42
74083627--74083651	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
74084687--74084727	12	3.5	12	90	6	66	21	4	7	65	1.37
74084688--74084727	11	3.5	11	90	6	62	22	5	7	65	1.38
74088423--74088504	30	2.8	28	76	10	74	13	19	1	65	1.32
74088590--74088619	15	2.1	14	93	6	51	0	13	3	83	0.77
74088590--74088633	21	2.2	20	84	12	54	0	13	6	79	0.92
74089541--74089584	12	3.7	12	87	0	70	18	4	2	75	1.09
74089540--74089596	24	2.4	24	88	5	89	17	7	1	73	1.14
74092798--74092837	21	2.0	20	85	5	53	15	30	35	20	1.93
74097737--74097809	36	2.0	36	97	0	137	31	15	10	42	1.81
74103876--74104044	43	4.0	43	74	9	150	33	24	14	27	1.94
74109380--74109555	46	3.8	46	78	12	207	22	21	27	28	1.99
74109377--74109547	93	1.8	93	93	0	297	22	21	28	28	1.99
74113727--74113894	43	4.0	43	75	9	166	33	25	14	26	1.94
74115434--74115543	43	2.6	42	80	7	114	28	21	19	30	1.97
74118537--74118562	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74119117--74119186	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
74126415--74126441	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
74126985--74127053	28	2.5	28	92	2	113	27	13	27	31	1.93
74134517--74134604	29	3.0	29	94	1	149	30	13	29	26	1.94
74134518--74134638	29	4.2	28	84	8	127	32	16	28	23	1.96
74134518--74134638	57	2.1	58	84	1	154	32	16	28	23	1.96
74140952--74141073	43	2.9	42	78	7	147	27	22	17	31	1.96
74142700--74142736	3	12.3	3	100	0	74	0	32	0	67	0.91
74150347--74150454	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
74157734--74157841	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
74162084--74162131	24	2.0	23	84	4	60	31	2	25	41	1.67
74175385--74175417	14	2.4	14	100	0	66	42	9	36	12	1.74
74177721--74177765	22	2.0	22	100	0	90	35	8	17	37	1.81
74185301--74185330	15	1.9	16	93	6	53	40	26	0	33	1.57
74185505--74185621	42	2.8	42	75	10	130	28	23	16	31	1.96
74191362--74191653	145	2.0	145	98	0	566	29	24	22	23	1.99
74192794--74192824	15	2.1	15	100	0	62	19	12	0	67	1.22
74194872--74194947	34	2.2	33	81	6	82	48	1	2	47	1.24
74194888--74194947	30	1.9	32	83	6	79	46	1	3	48	1.28
74198529--74198639	49	2.3	49	88	0	168	23	2	13	60	1.46
74200262--74200301	19	2.1	19	100	0	80	37	20	5	37	1.74
74201380--74201667	49	5.9	49	91	3	440	44	12	10	32	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74205277--74205301	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
74219335--74219459	62	2.0	62	98	0	241	40	6	26	26	1.80
74219356--74219452	30	3.2	30	61	16	72	41	8	24	25	1.83
74220632--74220661	11	2.7	11	100	0	60	36	0	16	46	1.47
74222390--74222576	53	3.5	51	80	9	198	42	19	8	29	1.79
74222390--74222608	27	8.2	27	76	8	155	40	21	10	28	1.85
74222565--74222616	27	1.9	27	92	0	86	30	23	23	23	1.99
74225008--74225038	11	2.8	11	95	0	53	41	0	12	45	1.42
74226430--74226463	17	2.0	17	88	11	52	14	29	41	14	1.86
74226790--74227003	27	7.9	26	85	3	205	39	18	10	32	1.84
74226784--74227006	54	4.1	54	83	4	254	38	20	10	31	1.86
74226790--74227005	81	2.7	81	81	4	238	38	18	10	32	1.84
74226989--74227040	27	1.9	27	84	0	68	32	23	21	23	1.98
74226794--74227033	54	4.5	53	79	8	225	37	19	11	31	1.87
74229184--74229270	44	2.0	44	100	0	174	32	6	20	40	1.79
74231260--74231291	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
74235129--74235186	27	2.1	27	87	0	80	25	15	18	39	1.91
74247975--74247999	12	2.1	12	100	0	50	32	8	36	24	1.84
74249733--74249772	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
74251451--74251497	21	2.2	22	84	3	60	57	12	4	25	1.54
74257930--74258154	46	4.8	46	80	9	235	28	18	29	23	1.98
74264466--74264680	46	4.6	45	77	12	195	29	20	28	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74268352--74268421	35	2.0	35	97	0	131	15	11	10	62	1.53
74271119--74271159	16	2.5	17	75	25	52	39	12	19	29	1.88
74274895--74275570	68	9.9	68	73	3	401	31	22	12	33	1.91
74275063--74275587	204	2.6	204	82	3	617	31	21	14	33	1.93
74274895--74275589	136	5.1	136	77	3	556	31	22	13	33	1.92
74278921--74279012	47	1.9	48	86	2	132	18	11	23	45	1.83
74281843--74281879	19	1.9	19	94	0	65	8	51	16	24	1.71
74285667--74285697	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
74288849--74288881	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
74294200--74294283	26	3.2	26	98	0	159	33	3	25	38	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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