genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62664212--62664323	39	2.8	38	87	4	143	25	28	22	24	1.99
62664212--62664361	79	1.9	78	83	6	196	24	27	22	26	1.99
62667426--62667556	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
62667425--62667556	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
62675339--62675469	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
62675338--62675469	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
62679383--62679514	29	4.6	29	84	0	156	25	15	33	25	1.95
62695853--62696109	55	4.8	54	77	7	233	35	15	24	23	1.94
62695860--62696059	108	1.8	110	86	4	289	33	16	25	24	1.96
62702554--62702741	49	3.8	49	85	2	268	25	19	26	29	1.98
62702549--62702747	100	2.0	100	95	0	362	24	20	26	29	1.99
62708246--62708486	48	4.9	49	80	5	265	24	19	26	29	1.98
62708248--62708484	99	2.4	96	84	4	305	24	19	26	29	1.98
62715806--62715884	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
62723599--62723677	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
62726315--62726382	27	2.5	28	90	2	111	30	25	13	30	1.93
62731581--62731645	32	2.0	32	100	0	130	53	15	9	21	1.69
62741623--62741822	27	7.4	27	89	0	256	33	17	23	26	1.96
62749006--62749169	87	1.9	86	84	3	222	34	18	16	30	1.93
62755647--62755710	23	2.8	23	80	0	74	35	3	15	45	1.62
62757502--62757598	43	2.3	43	83	3	115	30	17	22	28	1.97
62757842--62757881	21	1.9	21	85	10	55	40	25	15	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62759219--62759423	53	3.8	54	79	1	196	23	24	16	35	1.95
62759230--62759418	55	3.5	53	78	5	191	22	24	17	35	1.95
62765499--62765657	53	3.0	53	83	6	205	20	24	18	36	1.95
62778073--62778248	46	3.8	46	77	4	192	21	19	28	29	1.98
62778069--62778240	93	1.8	93	91	0	281	21	20	29	28	1.98
62781189--62781319	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
62781189--62781320	58	2.3	58	85	4	176	31	13	26	28	1.94
62789141--62789271	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
62789141--62789271	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
62798518--62798770	68	3.9	64	77	10	210	29	16	29	24	1.97
62798587--62798770	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
62814419--62814596	40	4.5	40	80	4	173	26	26	20	26	1.99
62814419--62814596	80	2.2	80	80	4	191	26	26	20	26	1.99
62816711--62816753	17	2.5	18	81	11	54	41	11	18	27	1.85
62817841--62817968	33	3.9	33	85	0	148	32	12	21	33	1.91
62819735--62819771	8	4.6	8	93	0	65	51	21	24	2	1.61
62820188--62820328	54	2.6	53	94	2	237	17	24	24	34	1.95
62820188--62820346	27	5.9	27	83	11	193	18	24	22	34	1.96
62821311--62821340	16	1.9	16	93	6	53	60	10	3	26	1.45
62825514--62825595	26	3.2	26	98	0	155	30	6	26	36	1.81
62827208--62827348	54	2.6	53	93	2	228	17	23	24	35	1.95
62827208--62827366	27	5.9	27	82	11	184	18	23	22	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62831699--62832026	163	2.0	163	97	0	620	39	25	15	19	1.91
62832119--62832229	27	4.1	27	88	5	154	37	22	23	16	1.93
62833640--62833716	24	3.2	24	96	0	136	20	41	3	33	1.71
62837468--62837608	40	3.5	40	77	4	133	27	25	26	19	1.99
62837502--62837631	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
62839049--62839089	15	2.7	15	92	0	64	17	14	12	56	1.68
62839769--62839797	15	2.0	15	93	6	51	6	13	20	58	1.58
62846385--62846417	15	2.2	15	94	0	57	30	21	18	30	1.97
62853896--62853928	10	3.4	10	91	4	50	21	21	21	36	1.95
62854018--62854096	28	2.9	27	83	5	104	54	3	10	31	1.52
62854407--62854440	15	2.2	16	89	5	52	61	2	5	29	1.34
62858451--62858712	27	9.7	27	82	0	317	40	21	8	29	1.83
62858416--62858725	54	5.7	53	81	6	282	39	19	10	30	1.86
62858694--62858835	27	5.3	27	80	0	158	33	19	20	26	1.96
62858665--62858836	81	2.1	81	76	6	179	35	19	18	26	1.95
62859040--62859111	25	2.9	24	85	4	81	30	22	20	26	1.98
62862967--62863184	40	5.5	40	85	4	266	22	22	27	26	1.99
62871028--62871244	40	5.5	40	85	6	266	22	22	28	26	1.99
62871028--62871244	79	2.7	78	86	7	269	22	22	28	26	1.99
62873087--62873196	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
62873087--62873236	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
62881337--62881631	40	7.7	40	93	6	513	22	30	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62888625--62888994	40	9.2	40	93	1	616	22	29	23	25	1.99
62891028--62891137	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
62891028--62891177	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
62896130--62896186	25	2.3	25	90	0	96	29	19	21	29	1.97
62896130--62896232	25	4.1	25	79	9	95	30	23	19	27	1.98
62899206--62899384	39	4.5	39	85	2	216	30	28	21	19	1.97
62899714--62899933	110	2.0	110	97	0	413	24	21	7	45	1.78
62901760--62901936	40	4.4	40	83	4	225	23	22	27	26	1.99
62902164--62902205	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
62907387--62907767	27	14.1	27	81	2	347	37	20	10	31	1.86
62907386--62907821	54	8.1	53	82	8	461	38	19	9	31	1.85
62907392--62907820	81	5.3	80	82	7	449	39	19	9	31	1.84
62907393--62907822	27	16.0	26	81	7	346	39	19	9	32	1.84
62908228--62908316	27	3.3	27	78	6	81	20	21	17	40	1.92
62908248--62908332	27	3.1	27	79	0	80	22	18	16	42	1.89
62908612--62908671	27	2.2	27	79	5	68	21	20	26	31	1.98
62911622--62911772	40	3.8	39	77	8	126	22	27	23	26	2.00
62915065--62915206	60	2.3	60	79	5	144	26	22	19	31	1.97
62915194--62915239	20	2.3	20	85	14	69	28	26	17	28	1.98
62917326--62917369	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
62919371--62919428	25	2.3	25	85	5	73	20	18	29	31	1.97
62933897--62933935	21	1.9	20	89	5	60	53	20	0	25	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62943512--62943748	50	4.7	50	82	1	312	31	27	16	24	1.96
62943512--62943745	101	2.3	100	85	2	308	31	27	16	24	1.97
62946503--62946530	9	3.1	9	100	0	56	57	0	10	32	1.33
62950494--62950519	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
62950614--62950668	15	3.7	14	78	9	56	60	18	7	14	1.57
62951915--62952038	38	3.2	38	81	2	131	27	25	22	25	2.00
62964054--62964207	74	2.1	74	90	1	247	29	26	20	22	1.99
62964155--62964286	50	2.6	50	80	4	149	33	27	15	23	1.95
62967722--62968181	48	9.5	48	86	2	278	26	26	18	28	1.98
62967770--62968184	97	4.3	96	93	0	596	26	27	17	27	1.98
62985450--62985632	40	4.6	40	79	6	176	24	24	27	24	2.00
62985450--62985634	79	2.3	81	82	7	218	24	23	27	24	2.00
62985450--62985667	79	2.7	79	78	6	174	24	22	27	24	2.00
62996841--62996881	5	8.2	5	100	0	82	0	0	80	19	0.71
63000225--63000276	25	2.1	24	82	3	59	26	1	1	69	1.10
63001455--63001662	108	1.9	106	84	1	272	26	16	19	37	1.93
63001553--63001962	126	3.2	126	86	2	527	28	17	15	38	1.90
63002027--63002132	33	3.2	35	84	7	89	44	16	0	39	1.47
63002041--63002139	33	3.0	33	87	10	141	42	13	0	44	1.43
63002104--63002187	28	3.0	28	87	3	116	36	11	1	50	1.47
63009011--63009044	16	2.2	16	89	5	52	55	14	2	26	1.53
63011500--63011605	53	2.0	53	94	0	185	29	22	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63015316--63015356	19	2.2	19	91	4	66	51	0	14	34	1.43
63020019--63020059	19	2.2	19	90	0	64	17	29	36	17	1.92
63023472--63023620	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
63023513--63023620	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
63030174--63030322	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
63030215--63030322	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
63037938--63038016	41	1.9	41	97	0	149	34	26	12	26	1.92
63042130--63042166	19	1.9	19	88	0	56	37	8	10	43	1.69
63049529--63049667	50	2.9	49	84	7	180	24	31	16	27	1.96
63053646--63053889	55	4.5	53	83	4	265	22	23	18	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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