genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61079436--61079622	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
61087570--61087695	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
61087509--61087695	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
61100751--61100810	27	2.3	26	82	2	66	21	21	21	35	1.96
61107897--61108091	81	2.4	81	89	0	293	24	21	27	26	1.99
61107898--61108091	40	4.8	40	86	1	271	24	21	27	26	1.99
61115949--61115990	18	2.3	19	80	8	52	59	16	4	19	1.54
61120511--61120676	45	3.6	45	84	2	206	24	31	19	25	1.98
61125869--61126019	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
61125906--61126035	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
61125868--61126035	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
61133855--61134020	78	2.1	79	82	6	203	25	24	27	22	2.00
61136338--61136404	32	2.1	32	94	0	116	41	13	4	40	1.64
61146197--61146228	16	2.0	16	100	0	64	50	18	12	18	1.78
61149742--61149959	40	5.4	40	83	3	244	25	21	26	26	1.99
61157959--61158174	40	5.4	40	83	4	244	25	20	27	26	1.99
61157968--61158174	79	2.6	80	85	2	274	24	21	27	26	1.99
61165243--61165424	40	4.6	40	83	4	181	23	26	22	28	1.99
61168253--61168450	40	4.9	40	89	4	278	28	20	25	25	1.99
61168253--61168478	40	5.7	40	88	4	273	27	20	25	25	1.99
61168346--61168497	40	3.8	40	87	6	116	26	21	26	25	1.99
61174822--61175000	40	4.5	39	73	10	146	25	25	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61174822--61175000	80	2.2	81	82	4	211	25	25	22	26	2.00
61179502--61179653	40	3.8	40	93	4	220	32	19	23	24	1.98
61179509--61179681	40	4.3	40	88	2	138	29	20	24	24	1.99
61181762--61181787	12	2.2	12	100	0	52	38	0	7	53	1.30
61190898--61191070	46	3.7	46	79	10	190	23	20	25	30	1.99
61190895--61191065	93	1.8	93	91	0	279	23	21	26	29	1.99
61202750--61202788	18	2.2	18	90	0	60	35	12	12	38	1.82
61227418--61227596	48	3.7	48	80	3	182	24	31	20	24	1.98
61227468--61227652	96	1.9	96	84	2	246	28	30	15	25	1.96
61231777--61231958	39	4.6	39	88	0	220	23	30	21	23	1.99
61231807--61231959	39	3.9	39	91	0	234	24	31	20	23	1.98
61234034--61234235	39	5.2	39	92	0	314	24	19	31	24	1.98
61242127--61242322	39	5.2	39	89	6	287	23	20	32	23	1.98
61242127--61242352	39	5.9	39	87	5	266	23	21	31	23	1.98
61250474--61250655	39	4.6	39	89	0	247	23	31	21	23	1.98
61250504--61250656	39	3.9	39	92	0	252	23	32	20	23	1.98
61258545--61258726	39	4.6	39	89	0	247	23	31	21	23	1.98
61258575--61258727	39	3.9	39	92	0	252	23	32	20	23	1.98
61263006--61263118	42	2.7	43	79	5	122	26	18	25	29	1.98
61275125--61275194	27	2.5	29	88	9	110	27	15	27	30	1.96
61282929--61282998	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
61282929--61283010	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61298229--61298253	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
61299615--61299737	47	2.6	47	86	0	174	31	26	17	23	1.97
61302513--61302537	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
61304352--61304509	40	4.0	40	86	6	198	28	20	25	25	1.99
61304352--61304537	40	4.7	40	83	9	195	27	20	25	25	1.99
61304445--61304556	40	2.8	40	85	5	111	25	21	27	25	1.99
61312137--61312206	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
61320071--61320202	29	4.6	28	84	3	149	27	31	15	26	1.96
61320072--61320203	57	2.3	58	84	3	169	28	31	15	25	1.95
61322520--61322626	39	2.7	39	83	11	130	24	24	28	22	1.99
61328339--61328445	39	2.7	38	81	13	119	23	26	28	21	1.99
61328295--61328477	40	4.6	39	74	8	129	26	24	26	22	2.00
61336406--61336589	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
61336446--61336634	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
61338752--61338889	43	3.2	43	75	11	131	28	22	19	28	1.98
61342274--61342466	27	7.1	27	77	6	151	38	21	11	28	1.88
61342281--61342410	54	2.4	54	87	3	174	40	20	9	30	1.83
61342280--61342440	81	2.0	80	84	3	207	39	19	11	29	1.87
61342285--61342437	54	2.8	53	82	5	173	41	20	10	28	1.85
61342285--61342465	81	2.2	80	81	5	195	40	20	11	27	1.86
61342989--61343050	32	1.9	32	83	0	79	33	19	12	33	1.90
61348790--61348948	43	3.7	43	77	4	133	33	24	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61352251--61352409	43	3.7	42	76	11	126	26	18	23	32	1.97
61354000--61354059	31	2.0	31	83	3	77	16	21	16	45	1.86
61363813--61363871	30	1.9	31	86	3	84	15	22	18	44	1.87
61367246--61367403	43	3.7	43	76	11	137	26	27	20	25	1.99
61371777--61371817	17	2.5	17	80	15	50	41	0	19	39	1.52
61372085--61372185	38	2.7	38	80	0	112	30	13	25	29	1.94
61378245--61378320	38	2.1	36	83	9	93	34	9	22	34	1.86
61378131--61378377	133	1.9	132	80	0	296	32	14	23	30	1.94
61378266--61378425	38	3.9	39	74	14	117	30	12	23	33	1.92
61378209--61378415	85	2.4	85	86	0	279	30	13	23	32	1.93
61382949--61383121	46	3.8	45	75	17	176	23	20	27	28	1.99
61382946--61383116	93	1.8	93	91	5	283	22	21	28	28	1.99
61389646--61389770	40	3.1	39	80	6	137	21	24	24	28	1.99
61397703--61397828	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
61397642--61397828	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
61412021--61412193	46	3.8	45	75	13	172	21	20	27	30	1.98
61412018--61412188	93	1.8	93	91	0	279	21	20	28	29	1.98
61428353--61428399	20	2.3	20	82	7	60	34	8	19	38	1.82
61428451--61428572	26	4.7	26	91	4	185	25	20	23	30	1.99
61428451--61428572	25	4.7	25	90	4	163	25	20	23	30	1.99
61439519--61439589	37	1.9	37	94	0	124	22	35	19	22	1.96
61439716--61439817	48	2.1	48	90	5	161	32	29	5	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61443222--61443321	28	3.6	27	72	10	85	28	30	19	23	1.98
61443478--61443655	43	4.2	43	94	1	304	31	32	23	12	1.92
61443478--61443655	85	2.1	86	93	1	304	31	32	23	12	1.92
61445346--61445416	37	1.9	36	94	2	124	22	33	21	22	1.97
61445550--61445655	48	2.2	48	93	0	176	33	27	5	33	1.80
61449280--61449349	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
61452192--61452271	28	2.8	28	70	7	72	28	28	18	23	1.98
61452472--61452530	27	2.2	27	96	0	109	33	33	22	10	1.87
61455478--61455629	39	3.9	39	93	0	250	23	22	31	22	1.98
61461725--61461873	38	3.9	39	93	1	239	24	21	32	22	1.98
61463976--61464081	48	2.2	48	89	0	158	32	26	5	35	1.80
61470266--61470335	27	2.5	28	90	2	115	30	14	25	30	1.95
61470268--61470347	27	2.9	27	83	9	65	30	16	22	31	1.96
61473455--61473662	40	5.2	40	83	0	227	25	25	22	25	2.00
61481539--61481746	40	5.2	40	82	2	211	25	25	23	25	2.00
61489152--61489421	49	5.4	49	92	5	414	28	8	32	30	1.87
61489517--61489605	37	2.4	36	88	5	135	24	17	32	24	1.97
61493384--61493452	27	2.6	27	90	6	113	28	14	26	30	1.95
61493386--61493464	27	3.0	26	83	10	63	29	16	22	31	1.96
61495218--61495255	11	3.5	11	86	13	60	39	47	0	13	1.42
61495206--61495255	22	2.3	23	86	10	77	42	48	0	10	1.37
61495217--61495263	22	2.1	22	92	0	76	42	42	0	14	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61495229--61495322	33	2.8	33	76	6	91	38	44	1	15	1.54
61523055--61523176	46	2.7	46	94	0	208	29	27	21	22	1.99
61528494--61528664	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.98
61528489--61528661	46	3.7	46	79	13	210	29	27	20	21	1.98
61564378--61564561	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
61564418--61564606	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
61569564--61569605	22	1.9	22	90	0	66	40	0	4	54	1.21
61571876--61571903	14	2.0	14	100	0	56	28	21	7	42	1.79
61582236--61582273	17	2.2	18	95	4	69	52	10	15	21	1.72
61582773--61582928	42	3.7	41	82	5	186	28	14	26	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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