genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23421116--23421151	18	2.0	18	88	0	54	33	19	2	44	1.65
23423647--23423738	27	3.4	27	87	0	139	32	17	21	28	1.96
23425634--23425765	39	3.4	39	85	6	144	25	26	21	25	2.00
23425637--23425817	40	4.6	39	81	10	190	24	26	22	25	2.00
23425634--23425816	79	2.3	80	80	11	207	25	26	22	25	2.00
23433660--23433791	40	3.3	40	85	6	162	25	26	22	25	2.00
23433688--23433828	39	3.6	39	86	5	169	26	25	20	27	1.99
23433641--23433844	40	5.1	39	78	9	155	25	25	22	26	2.00
23439576--23439674	28	3.5	29	82	6	114	28	15	26	30	1.96
23447255--23447353	28	3.5	29	82	6	114	28	15	26	30	1.96
23460974--23461031	26	2.2	27	81	3	73	15	22	20	41	1.90
23463753--23463813	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
23464209--23464235	12	2.2	12	100	0	54	37	14	22	25	1.93
23465386--23465417	5	6.4	5	92	0	55	0	21	0	78	0.76
23466237--23466268	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
23466515--23466579	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
23466697--23466775	28	2.8	28	90	1	113	25	24	18	31	1.98
23466695--23466786	28	3.2	28	85	1	85	25	25	18	31	1.98
23467228--23467268	18	2.3	18	86	0	55	24	2	4	68	1.22
23471372--23471578	48	4.3	48	94	0	351	36	6	26	30	1.81
23471719--23471821	37	2.8	37	89	0	161	24	20	31	24	1.98
23473101--23473391	119	2.4	120	95	2	523	23	20	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23473101--23473391	40	7.3	40	96	1	523	23	20	28	27	1.99
23473101--23473413	159	2.0	159	91	3	515	23	20	28	27	1.99
23473419--23473606	56	3.3	57	86	1	227	22	17	28	31	1.96
23473451--23473551	28	3.6	29	78	9	109	22	14	30	31	1.94
23473479--23473578	28	3.5	28	81	8	130	21	17	30	32	1.95
23477112--23477353	47	5.0	48	91	3	362	35	6	26	30	1.81
23477112--23477363	95	2.6	94	87	3	306	35	5	26	31	1.81
23477494--23477595	37	2.8	37	89	1	161	24	17	31	26	1.97
23480614--23480831	40	5.5	40	91	2	325	24	23	26	24	2.00
23482429--23482664	125	1.9	123	85	5	323	29	10	25	33	1.90
23482611--23482818	40	5.2	40	82	4	222	25	23	26	25	2.00
23487223--23487297	37	2.0	37	94	0	132	32	13	26	28	1.94
23491930--23492107	40	4.5	40	82	3	209	24	23	27	24	2.00
23497290--23497507	40	5.5	40	83	4	248	26	28	22	22	1.99
23505462--23505677	39	5.5	39	86	6	269	25	28	23	22	1.99
23513643--23513817	39	4.5	40	85	5	216	24	28	22	24	1.99
23520906--23520957	25	2.1	25	96	0	95	50	9	11	28	1.70
23523294--23523352	25	2.4	25	82	5	75	18	13	37	30	1.90
23525660--23525689	15	2.1	15	93	6	53	26	6	26	40	1.81
23529685--23530101	224	1.9	224	96	0	780	36	7	25	30	1.84
23535099--23535167	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
23535090--23535177	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23537561--23537736	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
23537557--23537728	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
23539262--23539578	64	4.9	64	78	8	275	31	14	29	24	1.95
23553775--23553909	29	4.7	29	86	3	155	23	30	16	29	1.96
23553721--23553910	58	3.3	58	77	4	179	24	32	16	26	1.96
23560974--23561106	29	4.6	29	88	0	167	24	30	15	30	1.95
23560917--23561104	58	3.3	58	78	3	175	24	32	15	26	1.96
23563294--23563508	46	4.7	46	77	14	178	29	19	28	23	1.98
23564645--23564684	21	2.0	20	85	5	53	15	42	25	17	1.88
23572753--23572799	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
23576522--23576580	26	2.2	27	81	6	75	37	6	16	38	1.76
23576537--23576594	26	2.2	26	87	0	80	39	8	17	34	1.80
23584020--23584148	50	2.5	51	90	5	199	36	16	21	25	1.94
23584124--23584303	31	5.8	31	91	0	279	26	19	27	26	1.99
23584327--23584491	47	3.6	47	82	7	164	29	13	26	30	1.94
23584422--23584536	42	2.7	43	85	4	153	31	13	27	27	1.93
23588462--23588523	31	2.0	31	83	0	79	38	8	9	43	1.67
23595736--23595860	42	3.0	42	89	3	182	16	20	26	36	1.93
23595739--23595879	41	3.4	42	85	6	173	17	21	25	35	1.95
23597443--23597485	8	5.4	8	100	0	86	34	27	25	11	1.91
23597909--23598015	27	3.9	28	80	10	116	19	25	20	34	1.96
23597906--23598016	55	2.0	54	87	5	161	18	25	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23605299--23605343	16	2.9	16	80	3	56	48	22	20	8	1.76
23605762--23605850	27	3.2	28	87	6	119	17	22	23	35	1.95
23605762--23605870	55	2.0	54	85	5	148	18	22	21	38	1.93
23607585--23607618	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
23612671--23612696	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
23613600--23613824	42	5.4	42	87	2	296	18	19	25	36	1.95
23617716--23617755	20	2.0	20	95	0	71	50	15	12	22	1.77
23621155--23621469	46	6.8	46	95	0	479	20	25	14	39	1.91
23623569--23623596	13	2.2	13	100	0	56	39	7	7	46	1.59
23624739--23624784	24	1.9	24	100	0	92	39	8	8	43	1.66
23625371--23625451	34	2.4	34	95	0	144	51	11	12	24	1.71
23643938--23643989	17	3.3	17	76	20	67	30	53	0	15	1.42
23643949--23643974	13	2.0	13	100	0	52	38	46	0	15	1.46
23643922--23644028	30	3.8	29	75	17	109	32	49	1	15	1.56
23643968--23644013	24	1.9	24	90	0	74	26	52	2	19	1.58
23644003--23644070	13	5.0	13	72	10	64	36	44	1	17	1.58
23643987--23644070	42	2.0	42	95	0	150	34	42	2	20	1.65
23644016--23644085	30	2.4	30	85	2	88	32	45	1	20	1.60
23644036--23644085	17	3.2	17	75	21	63	32	48	0	20	1.50
23644596--23644643	22	2.2	21	82	13	62	33	0	2	64	1.05
23648378--23648561	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
23648418--23648606	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23656496--23656679	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
23656536--23656724	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
23658047--23658085	18	2.2	18	100	0	78	41	17	25	15	1.89
23663795--23663917	33	3.8	33	83	1	131	27	24	14	33	1.94
23663834--23663995	33	4.9	33	83	4	123	30	22	12	33	1.91
23663824--23663956	65	2.0	66	81	7	155	30	23	14	32	1.94
23664689--23664730	21	2.0	21	90	4	68	30	16	0	52	1.44
23667964--23668080	40	2.9	40	92	0	189	25	24	23	26	2.00
23667927--23668080	80	1.9	80	81	5	186	24	25	22	27	2.00
23675939--23676076	40	3.5	39	83	6	154	25	26	23	25	2.00
23678107--23678157	26	2.0	26	92	0	84	39	1	7	50	1.42
23678815--23678870	23	2.3	24	81	6	60	51	0	10	37	1.37
23682375--23682433	28	2.1	28	100	0	118	25	20	20	33	1.97
23682488--23682629	49	2.9	50	79	9	148	36	18	27	17	1.93
23682488--23682652	25	6.6	25	72	9	115	35	18	27	18	1.94
23682488--23682634	50	3.0	49	80	8	163	36	17	26	19	1.94
23689151--23689175	12	2.1	12	100	0	50	56	0	8	36	1.29
23690064--23690118	29	1.9	28	92	3	92	16	23	27	32	1.96
23693962--23694087	37	3.2	37	65	20	103	29	20	7	42	1.78
23693975--23694101	37	3.2	40	64	21	104	27	18	7	45	1.77
23693958--23694117	80	2.0	80	98	0	311	30	18	8	43	1.80
23694732--23694771	2	19.5	2	89	5	62	47	0	2	50	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23700182--23700301	44	2.8	43	79	8	129	32	26	19	21	1.97
23700140--23700298	43	3.7	43	76	9	155	32	26	18	22	1.97
23703357--23703413	25	2.4	25	91	8	93	42	0	0	57	0.98
23703368--23703418	12	4.2	12	73	14	50	50	0	0	49	1.00
23708863--23709104	118	2.1	118	94	1	423	27	16	14	40	1.88
23710475--23710556	41	2.0	41	90	4	130	47	12	8	31	1.71
23713534--23713581	25	1.9	25	82	0	60	18	22	20	37	1.94
23720343--23720689	38	9.1	38	87	0	442	34	23	21	19	1.96
23726176--23726522	38	9.1	38	88	0	469	35	23	20	20	1.96
23729853--23729911	26	2.3	26	82	5	75	16	20	22	40	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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