genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24061287--24061319	16	2.1	16	94	0	57	75	6	15	3	1.11
24061986--24062111	63	2.0	63	100	0	252	47	1	19	31	1.59
24062377--24062442	23	2.9	23	86	0	96	10	3	34	51	1.52
24062689--24062733	22	2.0	22	82	0	54	35	4	2	57	1.31
24065873--24065933	30	2.0	30	83	0	77	40	4	22	31	1.75
24068315--24068549	80	3.1	76	83	10	296	54	9	7	28	1.60
24068742--24068836	33	2.9	32	83	9	102	28	12	44	14	1.82
24070509--24070536	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
24070869--24070898	16	1.9	16	93	6	53	53	6	0	40	1.27
24071097--24071220	60	2.1	60	92	0	203	52	12	1	33	1.48
24071370--24071430	16	3.9	15	76	16	54	1	24	0	73	0.92
24071378--24071439	13	4.8	13	82	4	72	1	27	0	70	0.96
24071371--24071450	7	11.9	7	77	17	62	1	28	0	70	0.96
24071370--24071432	3	21.7	3	79	12	53	1	25	0	73	0.93
24078339--24078385	3	16.0	3	95	4	87	65	0	0	34	0.93
24078956--24078982	14	1.9	14	100	0	54	74	0	3	22	0.98
24082768--24082872	27	3.9	27	86	9	135	34	21	24	19	1.96
24084389--24084496	26	4.2	26	91	0	171	37	24	7	31	1.83
24088363--24088486	47	2.7	46	86	2	167	29	26	15	29	1.96
24088504--24088714	31	6.8	31	89	0	287	27	26	18	27	1.98
24088690--24088818	50	2.5	51	88	2	197	26	23	15	34	1.94
24097586--24097623	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24098182--24098235	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
24099990--24100027	17	2.2	18	95	4	69	10	0	5	84	0.77
24100074--24100136	33	1.9	33	100	0	126	38	12	3	46	1.58
24100160--24100222	12	5.0	12	74	16	56	30	19	0	50	1.47
24102033--24102095	31	2.1	28	82	8	72	50	6	0	42	1.27
24110090--24110122	15	2.2	15	94	0	57	81	0	15	3	0.80
24110088--24110143	20	2.7	22	81	10	64	71	0	21	7	1.09
24110352--24110402	25	2.0	25	100	0	102	52	7	19	19	1.70
24119613--24119657	19	2.2	21	88	7	67	37	2	0	60	1.09
24120878--24120958	39	2.0	40	92	2	137	48	16	13	22	1.80
24121525--24121552	7	4.0	7	100	0	56	0	0	28	71	0.86
24121542--24121588	22	2.1	22	92	0	76	19	6	25	48	1.72
24132541--24132778	40	6.0	41	91	3	339	24	25	21	28	1.99
24134317--24134434	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
24134285--24134448	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
24142355--24142624	47	5.8	48	78	9	258	27	18	30	23	1.98
24142358--24142621	140	1.9	141	84	7	358	27	18	30	23	1.98
24149676--24149866	95	2.0	95	97	0	364	35	16	24	23	1.95
24152467--24152558	47	2.0	44	93	6	157	33	13	14	39	1.84
24153547--24153598	21	2.5	21	83	0	68	46	13	23	17	1.83
24153612--24153685	21	3.6	21	77	1	78	40	18	18	21	1.91
24163752--24163804	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24165308--24165529	94	2.4	93	83	10	258	26	18	29	25	1.98
24165313--24165529	46	4.6	45	77	11	188	27	18	29	24	1.98
24166398--24166590	85	2.3	84	91	0	314	23	21	30	23	1.99
24186280--24186436	43	3.7	43	73	10	142	25	17	24	32	1.97
24200408--24200447	19	2.1	19	86	9	55	32	5	5	57	1.42
24206407--24206449	21	2.0	21	100	0	86	32	13	23	30	1.93
24210094--24210192	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
24217775--24217873	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
24220610--24220647	18	2.2	17	95	4	67	52	0	5	42	1.24
24221063--24221104	19	2.2	19	86	0	57	40	9	11	38	1.75
24221552--24221601	26	1.9	26	84	8	66	22	2	4	72	1.12
24221613--24221637	12	2.1	12	100	0	50	36	8	8	48	1.62
24230884--24231027	40	3.7	40	81	7	170	25	20	27	27	1.99
24238978--24239107	40	3.3	40	86	6	178	23	20	28	27	1.99
24240620--24240769	43	3.5	42	80	13	155	29	24	20	26	1.99
24240620--24240769	44	3.5	42	79	11	162	29	24	20	26	1.99
24244061--24244102	6	7.2	6	78	5	50	28	4	0	66	1.12
24244061--24244102	17	2.4	17	88	4	57	28	4	0	66	1.12
24245912--24246385	101	4.7	101	84	7	547	43	13	14	28	1.84
24246501--24246670	85	2.0	85	88	3	252	38	14	16	31	1.88
24246997--24247486	109	4.7	95	78	13	254	28	14	14	41	1.85
24247091--24247472	108	3.5	108	87	2	559	29	15	14	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24247091--24247487	109	3.7	103	82	10	422	29	15	14	40	1.86
24248925--24249870	474	2.0	474	88	1	1387	34	11	14	38	1.83
24250353--24250506	82	1.9	80	81	2	182	40	24	14	20	1.89
24251799--24251831	14	2.4	14	90	5	50	24	0	0	75	0.80
24252309--24252360	25	2.1	25	96	0	95	25	7	26	40	1.82
24256743--24256792	24	2.1	24	92	0	82	32	8	16	44	1.76
24261610--24261734	54	2.4	54	82	8	141	39	8	24	28	1.83
24261703--24261778	27	2.8	28	84	6	102	40	9	22	27	1.84
24263768--24264088	46	6.8	49	71	13	167	21	28	20	28	1.98
24263916--24264084	46	3.6	45	79	12	173	22	29	20	27	1.98
24263868--24264082	94	2.3	88	81	10	218	22	29	20	27	1.99
24267614--24267840	119	1.9	119	87	0	328	17	12	16	52	1.74
24278168--24278212	19	2.3	20	88	7	74	31	11	6	51	1.63
24281232--24281520	96	3.0	96	91	1	445	12	33	17	36	1.87
24285254--24285321	32	2.2	31	84	7	84	45	5	7	41	1.56
24285267--24285329	32	2.0	32	84	6	83	42	6	9	41	1.63
24287656--24287680	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
24288440--24288469	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
24290696--24290741	18	2.6	18	82	0	56	36	15	41	6	1.73
24290785--24290851	21	3.3	20	72	19	68	37	5	55	1	1.34
24290815--24290909	18	4.7	19	75	18	86	41	6	51	1	1.34
24290788--24290909	39	3.1	39	83	13	142	39	5	53	1	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24290791--24290898	21	5.3	21	70	11	66	39	4	53	1	1.32
24290815--24290906	21	4.3	21	75	21	93	42	5	51	1	1.32
24292912--24292963	15	3.5	15	71	12	54	38	0	1	59	1.08
24300907--24300949	22	2.0	22	90	9	70	23	6	20	48	1.73
24306505--24306572	28	2.4	29	85	4	86	39	1	1	57	1.17
24308774--24308821	24	2.0	25	84	12	64	64	4	2	29	1.23
24310969--24311182	41	5.2	39	74	10	151	30	20	21	28	1.98
24310976--24311167	82	2.4	81	80	6	217	29	17	22	30	1.97
24311662--24311737	21	3.6	21	74	13	75	46	30	2	21	1.65
24311791--24311840	22	2.2	23	82	3	57	46	22	0	32	1.52
24312419--24312660	73	3.3	72	69	11	184	25	16	21	37	1.93
24312375--24312659	148	2.0	142	84	6	367	26	15	21	36	1.94
24312887--24312937	20	2.6	20	84	3	68	25	37	0	37	1.56
24315866--24316742	437	2.0	437	100	0	1754	29	8	19	41	1.82
24317220--24317305	44	2.0	43	88	2	127	24	17	29	29	1.97
24317222--24317337	44	2.7	42	81	9	119	23	18	27	31	1.97
24319169--24319211	14	3.1	14	90	3	70	34	2	11	51	1.51
24321330--24321584	55	4.8	54	79	9	260	35	18	25	21	1.95
24321340--24321537	108	1.8	110	89	4	312	33	17	25	22	1.96
24321776--24321806	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
24328857--24329111	55	4.8	54	79	9	260	35	18	25	21	1.95
24328867--24329064	108	1.8	110	89	4	312	33	17	25	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24329306--24329336	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
24343230--24343275	11	3.9	12	81	13	60	45	6	0	47	1.28
24342967--24343249	138	2.1	138	92	3	473	41	7	5	45	1.56
24343226--24343275	24	2.1	24	100	0	100	46	8	0	46	1.32
24343226--24343264	12	3.2	13	78	14	55	46	10	0	43	1.37
24347543--24347653	16	6.9	16	70	10	82	21	9	34	35	1.85
24350172--24350242	32	2.2	32	80	5	81	29	4	16	49	1.65
24351683--24351721	20	2.0	19	85	5	51	56	7	0	35	1.28
24351715--24351757	17	2.5	17	76	3	50	55	0	2	41	1.12
24360168--24360462	3	95.7	3	69	20	157	31	5	3	59	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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