genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26094374--26094500	40	3.2	39	76	8	130	22	28	24	24	2.00
26094390--26094540	40	3.8	40	77	6	137	23	26	23	26	2.00
26094390--26094539	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	26	2.00
26099462--26099646	40	4.6	39	89	5	239	25	21	27	26	1.99
26099462--26099679	79	2.7	79	82	8	257	26	21	26	25	1.99
26107513--26107645	40	3.3	40	86	8	173	26	21	26	26	1.99
26107500--26107652	80	1.9	80	81	7	186	26	21	26	25	2.00
26111231--26111315	26	3.2	26	82	11	102	41	29	11	17	1.85
26117818--26117865	23	2.1	23	100	0	96	47	16	4	31	1.65
26120619--26120687	30	2.4	29	85	4	86	36	0	1	62	1.04
26122859--26122930	37	1.9	37	83	5	92	41	26	4	27	1.74
26129944--26129972	5	5.8	5	100	0	58	62	0	0	37	0.96
26130899--26130937	18	2.1	18	85	4	51	58	12	2	25	1.47
26132398--26132441	14	2.8	16	86	10	56	63	4	2	29	1.26
26136962--26137003	21	1.9	22	85	9	59	38	7	2	52	1.42
26138222--26138258	19	2.0	19	94	5	67	5	13	0	81	0.86
26144291--26144320	12	2.4	13	94	5	53	13	0	0	86	0.57
26145959--26146185	48	4.7	48	78	1	204	26	30	16	26	1.97
26149085--26149286	43	4.7	44	88	3	286	27	14	25	33	1.94
26151013--26151182	41	4.2	41	73	7	141	38	14	19	27	1.90
26151233--26151333	36	2.7	36	86	6	130	22	4	8	63	1.43
26160527--26160564	20	2.0	20	89	5	60	31	2	0	65	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26165717--26165779	6	10.8	6	93	5	69	17	7	0	74	1.05
26172742--26172889	43	3.4	43	79	1	145	22	15	29	31	1.95
26172774--26172993	117	1.9	116	80	2	262	23	13	30	33	1.93
26191172--26191222	15	3.1	16	81	16	52	76	0	5	17	0.98
26192864--26192997	55	2.4	55	83	0	169	16	26	29	27	1.97
26192906--26193009	55	1.9	55	87	0	154	15	25	32	25	1.95
26195011--26195119	24	4.6	23	84	7	128	34	23	16	24	1.95
26195011--26195119	48	2.3	48	90	3	166	34	23	16	24	1.95
26202754--26202838	24	3.5	24	95	0	152	37	24	16	21	1.93
26206336--26206405	34	2.1	34	97	0	131	34	18	17	30	1.94
26210001--26210075	26	2.9	25	88	5	105	5	1	44	49	1.33
26213314--26213407	48	2.0	48	95	0	170	38	9	15	36	1.81
26216776--26216823	24	2.0	24	95	0	87	12	27	25	35	1.92
26217774--26217806	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
26218092--26218265	46	3.8	46	83	4	208	20	23	14	41	1.89
26218099--26218268	92	1.8	92	88	0	259	20	23	14	41	1.89
26220410--26220434	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
26220697--26220764	29	2.3	29	79	5	73	27	17	4	50	1.65
26222305--26222502	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
26222371--26222488	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
26222339--26222502	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
26229875--26230072	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26229941--26230058	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
26229909--26230072	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
26239911--26239990	28	2.8	29	78	3	99	35	22	25	17	1.95
26253462--26253497	18	2.0	18	100	0	72	22	11	27	38	1.88
26260180--26260304	38	3.0	38	75	20	133	29	16	24	30	1.96
26260211--26260302	48	1.9	48	93	0	157	31	16	22	29	1.96
26268281--26268398	59	2.0	59	94	0	209	30	9	30	29	1.88
26276980--26277079	27	3.5	28	84	5	121	34	28	13	25	1.93
26277929--26277953	7	3.6	7	100	0	50	60	28	0	12	1.32
26282358--26282519	40	4.1	40	81	6	184	25	20	27	26	1.99
26286529--26286674	42	3.5	42	77	9	136	30	20	17	30	1.96
26289694--26289788	25	3.8	25	73	15	79	27	22	24	26	2.00
26289772--26289871	41	2.4	41	88	0	137	28	23	27	22	1.99
26294561--26294702	42	3.4	42	85	2	160	31	15	22	30	1.95
26304444--26304486	6	7.5	6	86	2	54	16	0	4	79	0.90
26304444--26304486	18	2.5	17	88	7	61	16	0	4	79	0.90
26310768--26310800	8	4.1	8	85	14	50	3	21	24	51	1.62
26314002--26314044	18	2.4	19	81	14	56	58	2	0	39	1.11
26314235--26314267	17	2.0	17	94	5	59	48	0	0	51	1.00
26317280--26317351	34	2.1	34	92	0	117	26	34	11	27	1.90
26318979--26319014	15	2.4	15	95	0	63	30	13	2	52	1.55
26325399--26325524	27	4.7	27	94	0	198	26	23	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26325515--26325709	27	7.2	27	81	2	212	31	11	21	35	1.90
26325399--26325558	54	3.0	54	84	3	162	28	21	17	32	1.96
26325516--26325709	54	3.6	54	83	2	246	30	11	21	35	1.90
26325487--26325666	81	2.2	81	76	5	184	31	12	20	36	1.89
26329180--26329211	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
26335594--26335752	39	4.1	40	85	1	171	25	32	21	21	1.98
26343509--26343632	39	3.2	39	85	1	176	24	32	20	23	1.98
26348848--26348938	46	2.0	46	97	0	173	42	23	13	20	1.87
26349738--26349772	17	2.1	17	100	0	70	54	5	17	22	1.64
26352406--26352502	43	2.3	43	87	0	149	27	25	19	26	1.99
26354634--26354658	12	2.1	12	100	0	50	16	36	8	40	1.77
26354691--26354786	47	2.0	47	100	0	192	20	31	17	30	1.96
26357635--26357677	21	2.0	21	82	8	52	20	37	0	41	1.53
26360110--26360140	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
26366426--26366502	21	3.6	22	86	10	115	35	25	24	14	1.93
26366608--26366662	24	2.3	24	82	14	62	29	23	0	47	1.52
26369453--26369753	157	1.9	156	84	6	403	31	19	21	27	1.97
26373324--26373389	21	3.0	21	63	16	53	34	7	9	48	1.63
26373300--26373389	44	2.0	44	100	0	180	33	8	10	47	1.68
26373379--26373427	17	2.8	17	81	12	55	67	0	6	26	1.14
26374120--26374157	20	1.9	20	89	10	60	31	15	18	34	1.92
26379258--26379288	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26380912--26381131	48	4.6	48	73	6	196	28	20	24	27	1.99
26383794--26383904	37	3.0	35	78	18	111	39	2	3	54	1.32
26389166--26389225	26	2.3	26	88	0	93	38	21	21	18	1.94
26392117--26392150	13	2.8	12	86	8	50	41	41	0	17	1.50
26392967--26393117	43	3.5	43	73	12	148	33	23	14	28	1.94
26394327--26394383	25	2.2	25	84	3	78	42	17	17	22	1.89
26399902--26399942	20	2.0	20	85	4	55	21	2	2	73	1.07
26403097--26403228	47	2.8	48	80	13	166	30	26	15	28	1.96
26403245--26403422	31	5.8	31	83	7	222	26	26	17	29	1.97
26403398--26403526	50	2.5	51	87	5	181	26	21	15	36	1.93
26404545--26404570	9	2.9	9	100	0	52	46	23	0	30	1.53
26409185--26409549	47	7.8	46	74	10	258	23	28	20	27	1.99
26409185--26409549	94	3.9	94	81	7	411	23	28	20	27	1.99
26416736--26417097	47	7.7	45	73	14	236	22	28	20	28	1.98
26416736--26417094	94	3.8	94	82	8	394	22	28	20	28	1.98
26416736--26417094	141	2.6	140	79	9	347	22	28	20	28	1.98
26431583--26431690	26	4.2	26	92	0	180	32	6	24	37	1.81
26433312--26433448	27	5.1	26	79	11	134	17	24	23	35	1.96
26433309--26433428	54	2.2	54	95	2	215	15	24	25	34	1.95
26433331--26433470	27	5.2	26	82	6	84	18	24	21	35	1.95
26439755--26439862	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
26441803--26442045	49	4.9	49	77	7	240	27	27	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26448936--26449075	40	3.5	40	75	6	124	28	17	22	30	1.97
26451823--26451884	25	2.4	27	78	10	67	37	1	6	54	1.36
26451871--26451899	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
26452837--26452895	5	11.0	5	79	13	64	3	25	0	71	1.02
26452837--26452895	16	3.7	15	80	11	64	3	25	0	71	1.02
26458760--26458793	13	2.6	13	100	0	68	35	35	20	8	1.84
26460399--26460584	40	4.7	40	88	5	227	26	26	21	25	1.99
26468450--26468635	40	4.7	40	88	5	227	26	26	21	25	1.99
26470901--26470955	26	2.1	26	96	0	101	21	16	18	43	1.88
26473038--26473077	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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