genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82039103--82039191	27	3.4	27	72	17	73	66	1	3	29	1.15
82039494--82039574	27	3.3	24	79	15	87	62	32	0	4	1.16
82039499--82039559	27	2.3	27	97	0	113	63	29	0	6	1.19
82039650--82039736	38	2.3	38	95	0	156	22	13	47	16	1.82
82039738--82039764	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
82053094--82053119	13	2.0	13	100	0	52	23	38	23	15	1.92
82063603--82063661	31	1.9	30	83	10	75	57	1	0	40	1.09
82064826--82064860	6	5.5	6	87	12	52	82	2	0	14	0.77
82064880--82064929	9	5.6	9	87	0	64	26	8	22	44	1.80
82066717--82066856	43	3.3	43	84	6	160	25	15	22	36	1.94
82068412--82068686	50	5.5	50	80	5	279	25	16	26	32	1.96
82068452--82068695	49	4.9	50	77	5	190	26	18	25	30	1.98
82068457--82068637	101	1.8	100	90	1	290	27	18	24	29	1.98
82068412--82068694	150	1.9	151	88	5	430	25	16	25	31	1.97
82068898--82068927	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
82070974--82071060	45	1.9	46	83	2	113	27	12	19	40	1.88
82070935--82071095	46	3.6	46	75	8	147	27	13	21	37	1.90
82081670--82081728	27	2.2	27	87	0	82	52	8	3	35	1.49
82083195--82083512	46	6.7	49	75	10	229	26	19	30	23	1.98
82095774--82095805	14	2.4	13	90	10	55	62	9	6	21	1.47
82101394--82101443	26	1.9	26	91	0	82	42	22	18	18	1.90
82104998--82105044	20	2.3	20	96	0	85	36	10	19	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82106253--82106346	38	2.5	37	81	3	109	41	25	7	25	1.81
82107781--82107810	5	6.0	5	100	0	60	40	0	0	60	0.97
82109962--82110027	21	3.1	21	67	16	64	27	36	15	21	1.93
82111671--82111696	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
82115657--82115706	24	2.1	24	100	0	100	32	16	12	40	1.84
82138345--82138508	74	2.2	74	93	1	276	23	25	17	34	1.96
82138397--82138502	25	4.3	25	69	7	90	21	29	17	31	1.97
82138397--82138514	25	4.8	26	66	10	68	22	27	17	33	1.96
82156521--82156550	15	2.0	15	100	0	60	20	13	33	33	1.91
82156538--82156653	43	2.7	42	78	1	124	18	17	31	32	1.94
82170904--82170954	15	3.5	14	82	15	59	3	21	1	72	1.11
82170904--82170945	14	3.0	13	89	10	57	4	21	0	73	1.01
82178959--82178988	10	3.0	10	90	0	51	40	0	3	56	1.16
82184664--82184825	43	3.8	43	78	12	172	32	24	18	25	1.97
82191375--82191695	158	2.0	159	91	1	520	26	19	25	28	1.99
82193626--82193651	11	2.4	11	100	0	52	30	7	11	50	1.67
82200954--82201104	66	2.3	67	80	11	175	31	15	30	23	1.95
82202241--82202273	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
82203583--82203686	26	4.0	26	84	0	145	33	6	23	36	1.81
82210594--82210700	26	4.2	26	91	2	180	32	7	23	36	1.83
82210594--82210700	51	2.1	52	94	1	189	32	7	23	36	1.83
82212174--82212225	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82217403--82217428	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
82225546--82225812	46	5.7	44	79	10	162	23	29	19	28	1.98
82229211--82229386	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
82229207--82229378	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
82235024--82235052	13	2.1	14	93	6	51	58	13	6	20	1.58
82236249--82236422	4	43.8	4	69	12	92	20	6	2	70	1.20
82236343--82236459	58	2.0	60	81	9	143	20	10	2	66	1.33
82236461--82236490	14	2.1	15	93	6	53	26	6	0	66	1.16
82239824--82239962	27	5.2	27	74	8	131	39	17	11	30	1.86
82239817--82240010	80	2.4	82	83	4	250	37	19	11	32	1.87
82239835--82239982	27	5.5	26	73	7	93	39	18	11	31	1.86
82239978--82240265	81	3.6	80	81	3	317	30	20	7	40	1.80
82239973--82240235	27	9.8	27	85	2	314	30	21	7	40	1.80
82240242--82240341	27	3.7	27	91	0	155	37	19	10	34	1.85
82239973--82240265	54	5.4	54	82	2	302	30	21	7	40	1.81
82240304--82240379	38	2.0	38	84	0	98	39	13	10	36	1.79
82240341--82240433	27	3.5	26	82	10	91	38	18	10	32	1.85
82240250--82240420	92	1.9	92	88	2	263	39	18	9	32	1.84
82240437--82240652	27	8.0	27	89	0	288	34	21	21	23	1.97
82240855--82240950	25	3.8	25	91	1	147	27	23	21	27	1.99
82243294--82243907	27	22.9	27	80	5	286	35	20	8	35	1.83
82243294--82243467	79	2.2	80	89	4	262	39	20	10	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82243453--82243720	54	5.0	54	89	0	392	30	20	6	42	1.78
82243453--82243738	81	3.5	81	90	0	437	30	20	6	41	1.78
82243894--82244119	27	8.5	27	90	1	314	36	20	18	24	1.95
82244340--82244434	25	3.8	25	90	0	136	27	25	21	26	1.99
82244340--82244461	25	5.0	23	81	9	109	28	23	21	26	1.99
82258011--82258057	18	2.6	18	86	0	67	42	17	19	21	1.89
82265647--82265701	16	3.4	16	75	22	53	21	5	1	70	1.16
82278945--82278988	22	2.0	21	82	4	52	43	6	13	36	1.71
82280320--82280347	12	2.3	12	100	0	56	42	0	0	57	0.99
82289095--82289128	16	2.1	17	88	5	52	67	0	5	26	1.13
82292356--82292387	16	2.0	16	100	0	64	25	31	6	37	1.81
82293903--82293945	16	2.8	16	89	3	61	46	0	18	34	1.50
82294194--82294226	17	1.9	17	93	0	57	60	0	3	36	1.12
82294905--82294972	33	2.1	33	100	0	136	45	13	11	29	1.79
82302715--82302770	28	2.0	28	89	0	85	39	21	5	33	1.76
82311419--82311457	21	1.9	20	85	15	53	23	5	0	71	1.05
82311445--82311512	22	3.1	22	80	17	79	36	1	0	61	1.05
82311523--82311674	7	20.9	7	66	22	57	32	2	0	64	1.12
82311555--82311673	26	4.5	26	74	15	93	31	3	0	63	1.16
82311538--82311686	26	5.7	25	73	22	89	30	2	1	65	1.15
82312065--82312099	18	1.9	18	88	0	52	17	0	8	74	1.06
82315737--82315767	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82323527--82323915	44	8.9	43	75	11	292	31	13	28	27	1.94
82323522--82323925	88	4.6	87	79	7	383	31	13	27	26	1.93
82323918--82323973	20	3.1	20	66	28	61	30	17	25	26	1.97
82323905--82323973	34	2.0	34	97	0	129	34	17	24	23	1.96
82323939--82324183	84	2.9	84	90	2	375	33	15	24	26	1.95
82323970--82324182	39	5.2	39	67	22	130	33	15	24	27	1.95
82324121--82324335	69	3.1	69	84	2	270	30	17	25	26	1.97
82325842--82325891	20	2.5	20	76	20	52	24	4	0	72	1.02
82325871--82325908	16	2.4	17	82	13	53	34	0	0	65	0.93
82325862--82325917	25	2.2	25	83	0	76	30	0	0	69	0.89
82325945--82326099	12	13.1	12	70	21	60	31	1	1	65	1.12
82325946--82326034	26	3.4	26	79	13	85	31	2	1	65	1.12
82325985--82326105	14	9.2	13	71	18	63	31	2	1	64	1.16
82325992--82326042	26	1.9	26	92	4	84	29	5	1	62	1.29
82326022--82326060	13	2.9	13	84	3	51	23	2	0	74	0.94
82325947--82326084	40	3.5	39	70	20	101	31	2	0	65	1.09
82326346--82326389	22	2.0	22	82	8	54	29	0	2	68	1.02
82326942--82326991	20	2.5	20	76	20	52	24	4	0	72	1.02
82326971--82327008	16	2.4	17	82	13	53	34	0	0	65	0.93
82326962--82327017	25	2.2	25	83	0	76	30	0	0	69	0.89
82327046--82327134	26	3.4	26	79	13	85	31	2	1	65	1.12
82327046--82327192	7	20.1	7	67	23	56	30	2	1	65	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82327046--82327205	12	13.2	12	68	20	77	31	1	1	65	1.14
82327092--82327142	26	1.9	26	92	4	84	29	5	3	60	1.38
82327047--82327184	40	3.5	40	68	24	98	31	2	1	65	1.13
82327446--82327489	22	2.0	22	82	8	54	29	0	2	68	1.02
82327587--82327621	18	1.9	18	94	0	61	20	0	5	74	1.02
82327595--82327698	43	2.5	41	80	13	115	32	2	7	56	1.42
82330243--82330414	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
82330235--82330410	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
82332793--82332881	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
82332793--82332872	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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