genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.266.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82808600--82808677	37	2.1	38	80	7	88	65	1	1	32	1.09
82808606--82808685	20	4.2	19	81	10	67	62	1	1	35	1.11
82808646--82808730	24	3.6	25	73	17	74	60	0	1	38	1.05
82808653--82808731	25	3.2	25	82	8	92	59	0	1	39	1.06
82810334--82810371	20	1.9	20	89	10	60	39	0	2	57	1.12
82810330--82810392	25	2.5	25	86	0	90	39	0	1	58	1.07
82810386--82810439	9	5.7	10	79	16	53	35	1	0	62	1.06
82810354--82810440	25	3.2	27	78	12	88	39	1	0	59	1.05
82811342--82811407	34	1.9	34	93	0	114	42	7	22	27	1.80
82831303--82831928	199	3.2	197	83	5	700	31	15	10	42	1.81
82842721--82842775	23	2.4	23	91	8	87	23	43	20	12	1.86
82843790--82843815	8	3.2	8	100	0	52	46	11	11	30	1.76
82845103--82845137	18	1.9	18	94	0	61	48	0	0	51	1.00
82845104--82845164	18	3.4	18	76	13	54	49	3	0	47	1.18
82845126--82845192	28	2.3	31	84	7	86	52	2	0	44	1.16
82845198--82845321	26	4.9	24	76	18	110	45	0	1	51	1.16
82845909--82845941	17	2.1	17	88	11	52	33	3	0	63	1.10
82851616--82851670	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
82851732--82851799	25	2.9	24	82	6	77	58	5	5	29	1.45
82851819--82851946	23	5.6	24	76	9	99	54	3	6	35	1.41
82851823--82851943	20	5.5	21	70	17	61	54	3	6	35	1.43
82853106--82853312	87	2.4	87	83	5	240	36	18	14	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82853249--82853439	103	1.8	102	87	7	287	40	16	14	28	1.88
82853350--82853688	181	1.9	179	85	4	468	35	19	17	27	1.94
82853350--82853699	91	3.9	88	83	6	400	36	18	17	27	1.94
82853610--82854752	75	15.3	74	82	8	1307	33	19	16	30	1.94
82853610--82854752	221	5.1	223	86	7	1422	33	19	16	30	1.94
82854141--82854752	148	4.1	146	87	3	757	34	19	16	30	1.93
82853518--82854618	533	2.1	533	97	0	2053	34	19	16	29	1.94
82854922--82854966	13	3.4	13	87	6	72	68	6	11	13	1.37
82854750--82855111	100	3.7	100	83	7	405	37	19	17	24	1.93
82854935--82855111	91	2.0	87	85	4	237	36	20	18	24	1.95
82869621--82869815	101	1.9	101	85	2	266	28	22	20	28	1.99
82871347--82871393	17	2.6	18	76	13	51	48	0	10	40	1.38
82874340--82874375	15	2.5	15	90	4	56	36	0	8	55	1.30
82874507--82874538	13	2.5	13	94	0	55	50	0	3	46	1.17
82874565--82874601	18	2.1	18	90	5	58	40	0	21	37	1.54
82876413--82876449	14	2.6	15	83	12	51	35	0	18	45	1.50
82882175--82882216	21	2.0	21	100	0	84	33	23	14	28	1.94
82889168--82889201	17	2.0	17	88	0	50	70	0	8	20	1.13
82891429--82891458	15	2.1	15	93	6	53	76	6	0	16	0.99
82892025--82892075	15	3.5	15	78	13	61	37	0	5	56	1.23
82892101--82892151	24	2.1	24	82	7	59	33	0	3	62	1.13
82893620--82893664	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82904131--82904162	17	1.9	16	93	6	55	34	0	3	62	1.11
82904346--82904377	3	10.7	3	93	0	55	3	0	28	68	1.04
82904343--82904374	15	2.1	15	100	0	64	6	0	25	68	1.12
82904386--82904427	12	3.5	12	83	6	50	30	9	0	59	1.29
82909227--82909314	27	3.2	27	65	23	74	42	9	31	17	1.80
82909200--82909315	56	2.1	56	100	0	232	40	9	32	17	1.82
82909200--82909287	29	3.1	29	64	23	78	40	7	34	17	1.78
82909217--82909305	29	3.1	29	61	23	71	37	8	35	17	1.82
82915739--82916032	44	6.7	44	71	8	163	32	15	21	30	1.94
82916248--82916379	44	3.0	44	77	5	140	32	18	19	29	1.96
82917868--82917899	17	1.9	16	93	6	55	34	0	3	62	1.11
82917910--82917940	14	2.2	14	94	0	53	16	0	0	83	0.64
82918232--82918584	35	9.5	36	73	11	155	35	15	22	26	1.93
82918156--82918853	36	19.1	36	71	12	377	36	15	20	26	1.93
82918225--82918857	73	8.6	73	80	3	567	37	14	20	27	1.92
82918606--82918724	38	3.2	38	77	7	127	40	11	20	27	1.87
82931830--82932036	40	5.2	39	83	8	224	25	22	27	25	2.00
82931830--82932036	79	2.6	79	82	6	249	25	22	27	25	2.00
82943545--82943655	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
82948008--82948173	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
82948008--82948178	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
82955500--82955665	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82955500--82955670	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
82956802--82957300	141	3.6	141	90	1	752	33	24	16	26	1.96
82957493--82957552	3	20.0	3	100	0	120	33	0	0	66	0.92
82960687--82960727	19	2.2	19	86	4	57	78	0	0	21	0.76
82961091--82961148	29	2.0	29	83	6	73	36	6	13	43	1.71
82964855--82964985	47	2.8	48	76	3	131	24	20	16	38	1.92
82966114--82966191	29	2.7	29	78	9	88	34	12	12	39	1.82
82976981--82977051	30	2.3	30	81	11	74	40	0	7	52	1.29
82994980--82995045	34	2.1	31	83	13	82	36	6	13	43	1.69
82995143--82995186	22	1.9	24	86	9	65	43	2	13	40	1.57
82995397--82995437	21	2.0	21	95	0	73	41	21	7	29	1.80
82997744--82997791	19	2.6	18	78	12	53	43	2	22	31	1.65
82998247--82998368	46	2.7	46	96	0	226	29	17	31	22	1.96
83000309--83000341	15	2.2	15	94	0	57	42	30	15	12	1.83
83005861--83006122	46	5.6	47	75	9	176	29	19	27	23	1.98
83007271--83007310	21	2.0	21	85	5	55	12	37	27	22	1.90
83008178--83008339	26	6.2	26	97	0	270	32	6	25	35	1.81
83011992--83012406	44	9.6	43	70	13	273	19	23	21	36	1.95
83011986--83012411	86	5.0	86	93	2	662	19	23	21	36	1.95
83029298--83029612	83	3.8	85	94	4	561	19	25	20	34	1.96
83029298--83029612	169	1.9	166	94	4	562	19	25	20	34	1.96
83041785--83041952	40	4.2	40	81	1	176	23	26	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83048731--83048805	26	2.8	26	85	4	87	36	21	10	32	1.88
83048909--83049048	27	5.2	27	86	2	174	17	23	22	35	1.95
83048909--83049048	54	2.6	55	88	2	194	17	23	22	35	1.95
83052372--83052397	7	3.7	7	100	0	52	26	0	0	73	0.84
83053787--83053864	33	2.4	32	80	6	84	33	16	24	25	1.96
83057800--83057840	19	2.1	19	86	4	55	51	7	0	41	1.30
83060002--83060043	20	2.1	20	86	8	59	57	2	11	28	1.47
83060239--83060286	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
83060987--83061048	26	2.3	27	89	10	92	64	0	0	35	0.94
83060995--83061032	15	2.4	16	82	13	51	68	0	0	31	0.90
83063919--83064005	27	3.2	27	77	6	70	43	9	20	26	1.82
83063938--83064022	27	3.1	27	79	0	89	44	10	20	24	1.82
83067397--83067633	64	3.7	65	78	5	232	23	23	20	32	1.98
83075996--83076127	40	3.4	38	74	7	122	25	18	25	31	1.98
83079148--83079273	38	3.3	38	82	1	153	32	17	18	31	1.94
83079154--83079300	76	1.9	77	81	5	181	31	19	17	32	1.94
83080665--83080702	20	1.9	19	89	5	58	57	0	21	21	1.40
83083814--83083844	16	1.9	16	93	0	53	51	12	6	29	1.65
83093589--83093627	19	2.0	20	85	5	53	33	10	0	56	1.33
83094669--83094714	24	2.0	24	87	8	69	28	10	0	60	1.30
83095750--83095870	4	31.8	4	78	9	101	0	57	0	42	0.99
83095759--83095869	6	18.5	6	78	14	68	0	57	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83095750--83095870	30	4.1	30	90	2	165	0	57	0	42	0.99
83095750--83095870	10	12.7	10	75	10	101	0	57	0	42	0.99
83097993--83098171	96	1.9	96	82	6	229	36	17	17	27	1.93
83099731--83099835	31	3.4	31	75	7	124	53	8	1	36	1.43
83099725--83099842	61	2.0	60	93	1	200	51	9	1	37	1.44
83101257--83101323	21	3.0	22	78	8	73	19	10	17	52	1.73
83104525--83104667	31	4.6	31	90	2	198	27	17	27	26	1.98
83104525--83104758	62	3.9	61	81	9	234	29	16	28	25	1.97
83104649--83104760	29	3.9	29	96	0	197	30	14	29	25	1.95
83104649--83104773	29	4.3	29	94	0	196	32	12	29	25	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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