genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25396609--25396639	15	2.1	15	93	0	53	22	16	12	48	1.80
25400047--25400154	26	4.2	26	90	0	171	32	9	24	34	1.87
25413434--25413476	23	1.9	22	86	13	61	72	13	13	0	1.13
25417574--25417674	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
25417574--25417756	40	4.6	40	82	3	181	27	22	26	23	1.99
25425662--25425762	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
25425662--25425844	40	4.6	40	82	3	181	27	22	26	23	1.99
25427483--25427646	29	5.6	29	80	2	159	26	26	10	35	1.90
25427483--25427697	58	3.7	58	79	4	218	26	26	10	35	1.89
25447612--25447646	17	2.1	17	94	0	61	37	8	17	37	1.80
25451423--25451573	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
25458921--25459071	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
25461631--25461670	20	2.0	20	100	0	80	40	0	30	30	1.57
25462652--25462754	50	2.1	50	90	0	161	61	4	2	31	1.32
25475681--25475716	5	7.2	5	100	0	72	38	0	0	61	0.96
25476818--25476844	13	2.1	13	100	0	54	14	7	14	62	1.51
25493369--25493498	58	2.3	57	91	2	217	40	9	6	43	1.61
25496212--25496265	28	1.9	28	84	0	72	46	1	3	48	1.30
25497087--25497141	26	2.0	29	86	10	80	41	3	0	54	1.18
25498051--25498448	195	2.0	195	98	0	769	33	15	11	39	1.83
25498668--25498892	68	3.3	68	69	13	199	26	20	24	28	1.99
25498668--25498915	137	1.8	137	87	3	374	26	19	24	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25502379--25502551	46	3.7	48	79	8	173	23	29	20	26	1.99
25502425--25502596	94	1.8	92	83	9	224	23	27	20	27	1.99
25502425--25502598	46	3.8	44	78	10	152	23	27	20	28	1.99
25516767--25516792	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
25516885--25516919	17	2.1	17	88	0	52	2	25	34	37	1.71
25521123--25521295	94	1.9	93	84	4	233	24	28	17	28	1.98
25526336--25526443	43	2.5	43	84	0	135	43	19	15	21	1.88
25529729--25529809	19	4.0	19	74	22	67	77	4	1	16	1.00
25529731--25529815	6	14.0	6	77	12	68	80	3	1	15	0.92
25529731--25529810	43	1.9	39	85	9	106	80	3	1	15	0.92
25529731--25529813	14	6.1	13	76	19	80	80	3	1	14	0.90
25538642--25538792	28	5.4	28	71	17	84	62	1	2	32	1.20
25538672--25538754	12	7.0	12	69	25	61	63	0	3	32	1.11
25538725--25538793	23	2.8	26	70	17	65	66	2	0	30	1.06
25539038--25539095	30	1.9	30	85	0	80	58	6	13	20	1.58
25540326--25540520	90	2.2	90	86	1	266	27	27	14	30	1.95
25540369--25540925	135	4.1	135	74	9	461	26	25	15	31	1.95
25540507--25541153	90	7.2	90	89	0	943	27	26	14	31	1.95
25551507--25551674	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
25551523--25551672	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
25559501--25559667	40	4.2	40	79	2	158	22	27	23	26	2.00
25559517--25559665	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25561384--25561534	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
25568871--25569004	53	2.5	53	91	2	207	26	17	27	28	1.98
25574468--25574519	20	2.7	20	81	3	61	65	1	5	26	1.26
25574490--25574585	12	8.0	12	71	23	78	64	0	3	32	1.09
25574461--25574587	25	5.0	25	75	19	97	63	0	3	32	1.15
25574545--25574623	30	2.6	29	74	20	72	68	2	0	29	1.03
25574490--25574617	23	5.3	23	70	16	82	64	1	2	31	1.15
25574516--25574620	32	3.4	30	77	16	81	64	1	0	32	1.11
25574547--25574708	83	2.0	82	81	8	195	59	2	1	35	1.21
25574869--25574926	30	1.9	30	89	0	89	58	5	13	22	1.55
25581469--25581599	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
25581469--25581599	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
25589417--25589547	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
25589417--25589547	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
25593058--25593106	24	2.0	24	96	0	89	36	36	2	24	1.67
25595373--25595514	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
25595412--25595540	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
25602007--25602173	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
25614491--25614536	24	1.9	24	82	8	58	30	30	15	23	1.95
25614607--25614639	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
25624885--25624991	29	3.7	29	81	5	108	23	30	15	29	1.96
25632818--25632924	29	3.7	29	81	5	108	23	30	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25635071--25635112	17	2.5	17	84	0	57	52	2	2	42	1.27
25638893--25638929	12	3.0	13	88	7	51	59	16	10	13	1.61
25640266--25640312	22	2.1	22	88	0	67	14	25	25	34	1.94
25645411--25645551	76	1.9	76	86	3	203	31	26	17	24	1.97
25645401--25645578	76	2.3	76	80	3	189	34	23	16	25	1.96
25648957--25648988	16	2.1	15	94	5	55	3	18	6	71	1.20
25655849--25655989	27	5.3	26	85	1	138	41	19	7	31	1.78
25655866--25656017	27	5.7	27	88	0	189	41	20	7	30	1.79
25655860--25656017	54	2.9	54	87	6	214	40	20	7	31	1.80
25655866--25656071	81	2.5	80	80	6	209	40	21	8	30	1.82
25655866--25656078	54	4.0	54	79	6	209	39	21	8	30	1.83
25656001--25656075	27	2.8	27	87	4	107	38	24	10	26	1.88
25656068--25656463	213	1.9	214	88	1	607	28	23	8	39	1.85
25656067--25656463	27	14.8	27	86	2	514	28	23	8	39	1.85
25657697--25657744	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
25657787--25657847	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
25657897--25658039	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
25657897--25658039	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
25657897--25658040	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
25661064--25661204	27	5.3	26	85	1	138	41	19	7	31	1.78
25661081--25661330	27	9.3	27	80	3	204	38	20	9	32	1.84
25661284--25661679	27	14.7	27	87	2	519	27	23	9	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25661269--25661723	81	5.6	81	84	3	272	29	23	9	38	1.86
25662912--25662959	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
25663002--25663062	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
25663112--25663254	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
25663112--25663254	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
25663112--25663255	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
25672327--25672476	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
25672351--25672534	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
25676761--25676910	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
25676785--25676968	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
25680215--25680257	5	8.4	5	92	2	68	76	0	2	20	0.89
25686384--25686434	26	2.0	26	88	0	75	33	17	17	31	1.94
25688947--25689129	93	2.0	94	94	3	325	48	9	9	32	1.67
25689174--25689207	16	2.2	16	89	5	52	58	2	0	38	1.13
25690307--25690344	19	2.0	19	94	0	67	26	5	28	39	1.78
25692200--25692362	41	4.0	41	93	2	285	30	19	26	23	1.98
25692972--25693037	29	2.3	29	83	0	87	19	1	40	37	1.61
25692995--25693036	22	1.9	22	90	0	66	19	0	40	40	1.51
25693001--25693049	15	3.3	15	85	2	55	16	2	40	40	1.60
25693276--25693330	21	2.6	21	88	5	76	29	0	27	43	1.55
25693270--25693364	28	3.6	27	69	22	85	28	0	28	43	1.55
25693446--25693512	28	2.4	29	82	7	77	16	1	34	47	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25693481--25693533	21	2.6	21	90	3	81	22	1	33	41	1.65
25693501--25693570	28	2.4	29	81	11	90	25	1	31	41	1.64
25694058--25694085	6	4.7	6	100	0	56	0	67	0	32	0.91
25695840--25695869	14	2.2	13	94	5	51	50	0	13	36	1.42
25697739--25697905	9	17.6	9	76	10	145	47	20	0	31	1.55
25697750--25697906	48	3.3	47	79	3	170	46	21	0	31	1.56
25697756--25697872	39	3.0	39	97	0	216	47	21	0	31	1.51
25697739--25697903	57	2.9	57	82	7	183	47	21	0	30	1.55
25697739--25697890	39	4.1	37	89	6	193	47	21	0	30	1.56
25703423--25703469	20	2.3	21	92	3	78	21	21	57	0	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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