genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  227  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70729362--70729537	46	3.8	46	77	14	191	28	28	21	21	1.98
70729413--70729556	46	3.1	45	76	11	157	29	28	20	21	1.98
70737474--70737548	24	3.2	24	69	17	61	25	21	13	40	1.89
70737924--70737950	12	2.2	12	100	0	54	48	0	7	44	1.31
70740670--70740772	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
70748469--70748571	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
70756267--70756369	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
70757907--70757981	33	2.3	34	82	15	95	20	10	1	68	1.27
70766671--70766777	43	2.5	43	81	7	119	32	25	15	26	1.96
70769519--70769553	18	1.9	18	88	0	52	42	11	17	28	1.83
70774047--70774160	40	2.8	40	85	0	147	23	17	25	33	1.96
70774047--70774179	40	3.3	40	83	0	140	22	17	26	33	1.96
70797200--70797265	25	2.6	25	100	0	132	24	16	22	36	1.94
70801517--70801581	27	2.4	26	82	5	76	40	16	16	26	1.90
70801934--70801990	28	2.0	28	82	0	69	28	24	24	22	2.00
70806343--70806483	27	5.3	26	81	1	129	41	19	7	31	1.78
70806360--70806610	27	9.3	27	80	4	206	38	20	8	32	1.84
70806561--70807229	81	8.3	81	84	4	859	27	22	8	40	1.84
70806561--70807230	27	24.9	27	83	6	777	27	22	8	40	1.84
70808555--70808631	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
70808564--70808635	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
70808553--70808635	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70808689--70808877	24	8.0	23	86	6	256	29	21	21	26	1.99
70808689--70808855	47	3.6	47	94	0	291	29	21	20	27	1.98
70817365--70817434	35	2.0	35	100	0	140	40	20	8	31	1.82
70823018--70823046	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
70826360--70826618	46	5.5	48	75	11	218	23	30	18	27	1.98
70826451--70826621	94	1.8	92	88	7	265	23	30	19	26	1.98
70826360--70826618	140	1.8	140	83	5	344	23	30	18	27	1.98
70833700--70833875	49	3.6	49	76	13	150	25	27	19	27	1.99
70833695--70834107	46	8.7	48	75	9	282	24	28	19	27	1.99
70833695--70834104	94	4.3	97	72	13	302	24	28	19	27	1.98
70839540--70839723	40	4.6	40	81	4	174	27	22	26	23	2.00
70842739--70842770	14	2.3	14	94	0	55	12	9	9	68	1.39
70845678--70845787	42	2.6	42	82	0	139	26	24	17	31	1.97
70845678--70845806	42	3.1	42	75	8	129	28	24	15	31	1.96
70845674--70845851	84	2.1	84	78	4	189	30	24	14	30	1.95
70846197--70846255	30	2.0	30	82	0	73	28	27	5	38	1.78
70848581--70848649	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
70855251--70855288	13	2.7	14	84	12	51	21	10	10	57	1.61
70856356--70856473	36	3.1	37	74	12	107	42	4	4	49	1.42
70857071--70857129	25	2.4	24	80	8	64	67	6	8	16	1.38
70858522--70858606	37	2.3	37	97	0	161	20	34	20	25	1.96
70858702--70858918	47	4.5	47	90	5	310	29	30	9	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70858838--70858912	22	3.3	22	68	23	64	25	32	13	29	1.93
70858696--70858919	96	2.3	97	86	6	321	29	29	9	31	1.88
70861201--70861351	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
70861238--70861367	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
70868380--70868510	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
70868379--70868510	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
70876329--70876459	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
70876328--70876459	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
70884476--70884514	15	2.4	16	91	8	62	15	5	5	74	1.17
70886530--70886794	46	5.7	46	75	14	204	23	19	26	29	1.98
70886570--70886740	47	3.7	47	78	13	208	23	20	26	29	1.99
70886522--70886787	93	2.9	93	90	1	399	23	19	27	29	1.99
70891772--70891949	98	1.8	97	83	6	234	29	21	26	21	1.99
70891772--70891947	49	3.6	48	78	8	169	29	21	27	22	1.99
70901108--70901183	40	1.9	40	86	0	107	21	15	31	31	1.94
70903218--70903352	48	2.8	48	87	0	189	27	17	28	26	1.98
70915272--70915407	55	2.5	55	90	2	202	28	29	28	13	1.94
70917599--70917628	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
70917985--70918010	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
70940007--70940195	48	3.9	48	90	0	288	28	30	16	23	1.97
70940015--70940195	96	1.9	96	94	0	317	28	30	17	23	1.97
70941321--70941379	31	1.9	31	85	0	82	23	13	10	52	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70941395--70941455	24	2.5	24	94	0	104	26	18	14	40	1.89
70952289--70952423	48	2.8	48	86	4	175	29	32	15	22	1.95
70953758--70953902	53	2.7	55	84	2	195	20	24	18	36	1.95
70953894--70953919	12	2.2	12	100	0	52	23	19	7	50	1.73
70958527--70958594	28	2.5	28	90	4	104	20	10	26	42	1.84
70960220--70960257	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
70963463--70963592	46	2.8	48	81	11	171	29	29	20	20	1.98
70963468--70963611	46	3.1	45	75	11	148	29	29	20	20	1.98
70968725--70968852	40	3.2	40	78	4	116	25	23	27	23	2.00
70973812--70973941	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
70977519--70977587	28	2.5	28	90	2	104	21	10	26	42	1.84
70980542--70980585	21	2.1	21	86	0	61	25	27	18	29	1.98
70981664--70981760	37	2.6	37	91	0	158	24	29	19	25	1.98
70981903--70982821	48	19.0	48	93	1	1498	31	26	5	35	1.81
70989345--70989413	26	2.5	28	86	4	97	31	26	14	27	1.95
70989345--70989413	28	2.6	27	81	9	79	31	26	14	27	1.95
70995928--70996098	75	2.4	75	84	7	212	32	11	23	33	1.90
70995931--70996096	35	4.6	35	84	8	174	31	11	23	33	1.90
71003384--71003555	75	2.4	75	83	8	205	32	11	23	33	1.90
71003387--71003553	35	4.6	35	84	9	167	32	11	23	32	1.90
71003483--71003553	36	2.0	35	88	2	106	33	14	21	30	1.92
71004730--71004775	16	2.9	16	90	3	67	52	0	28	19	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71009167--71009205	16	2.4	16	91	0	60	53	5	20	20	1.64
71019786--71019822	5	7.8	5	96	3	60	21	13	0	64	1.27
71021455--71021491	12	3.2	12	88	7	51	13	0	8	78	0.96
71021613--71021672	22	2.7	22	100	0	120	26	16	20	36	1.93
71021843--71021891	21	2.4	19	77	12	53	34	2	10	53	1.47
71028567--71028711	40	3.7	39	83	0	155	24	23	28	24	2.00
71028573--71028739	79	2.1	80	80	3	185	21	24	29	23	1.99
71035800--71035831	16	2.0	16	93	0	55	78	0	6	15	0.95
71046076--71046251	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
71046072--71046243	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
71049199--71049277	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
71049190--71049276	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
71051647--71051822	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
71051643--71051814	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
71057151--71057179	13	2.2	13	100	0	58	24	31	0	44	1.54
71060165--71060563	196	2.0	196	97	0	746	31	12	17	38	1.87
71070377--71070672	143	2.1	141	98	1	565	21	10	28	39	1.86
71071317--71071445	29	4.4	29	88	0	159	31	15	28	24	1.95
71071315--71071425	58	1.9	58	90	0	177	32	14	28	24	1.94
71075443--71075614	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
71075436--71075611	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
71082927--71082999	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71084684--71084832	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
71084725--71084832	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
71092864--71092958	40	2.4	39	84	10	113	20	29	27	23	1.98
71097294--71097336	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
71102720--71102849	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
71110658--71110786	40	3.3	39	82	5	154	23	28	24	23	1.99
71114745--71114769	12	2.1	12	100	0	50	28	40	32	0	1.57
71119779--71119809	13	2.4	13	100	0	62	29	22	16	32	1.95
71124707--71124746	19	2.1	19	85	0	53	50	2	17	30	1.59
71125184--71125217	16	2.1	17	94	5	61	23	11	0	64	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325