genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.269.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83508782--83509081	149	2.0	149	96	0	546	32	15	13	38	1.86
83509656--83509738	3	27.7	3	97	0	157	0	31	0	68	0.90
83511057--83511117	23	2.5	25	76	12	65	14	3	4	77	1.07
83517584--83517646	19	3.7	18	74	20	64	19	6	1	73	1.13
83520674--83520732	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
83520703--83520762	26	2.4	24	83	8	75	28	0	3	68	1.05
83523627--83523710	11	7.6	11	68	21	52	51	1	1	46	1.16
83523619--83523747	65	2.0	65	90	1	204	49	2	2	45	1.27
83523611--83523708	20	4.6	20	70	19	72	50	3	1	45	1.24
83525942--83525986	22	2.0	22	82	0	54	22	33	26	17	1.96
83527647--83527687	17	2.4	18	80	12	50	53	0	9	36	1.34
83535442--83535481	20	1.9	22	90	10	66	25	5	0	70	1.08
83540431--83540479	22	2.2	22	77	0	53	46	2	0	51	1.12
83543101--83543143	4	10.8	4	85	14	54	20	0	0	79	0.74
83543108--83543143	14	2.5	15	90	4	56	19	0	0	80	0.71
83543896--83544002	45	2.4	45	91	0	178	41	17	18	22	1.91
83543980--83544004	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
83545057--83545091	5	7.0	5	100	0	70	60	0	0	40	0.97
83545678--83545734	26	2.2	25	81	3	69	68	3	22	5	1.25
83545689--83545751	26	2.4	25	82	10	65	68	1	25	4	1.18
83546556--83546838	18	15.3	18	70	11	160	36	14	12	36	1.85
83546556--83546838	36	7.6	36	71	10	185	36	14	12	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83546643--83546838	54	3.6	54	74	6	182	36	13	12	36	1.83
83547002--83547032	6	5.2	6	92	0	53	51	12	16	19	1.76
83547017--83547122	45	2.4	45	90	0	176	42	18	17	20	1.89
83547102--83547128	6	4.5	6	100	0	54	48	14	18	18	1.82
83548766--83548797	17	1.9	17	93	6	57	6	25	0	68	1.12
83573305--83573363	9	6.6	9	90	0	82	40	22	10	27	1.85
83573323--83573380	27	2.1	27	80	0	62	39	27	6	25	1.81
83573386--83573449	17	3.6	17	72	12	65	50	15	3	31	1.60
83573379--83573454	37	2.1	37	97	0	143	44	14	5	35	1.68
83575366--83575457	46	2.0	46	100	0	184	47	17	13	21	1.81
83578134--83578169	18	2.0	18	94	0	63	2	11	8	77	1.08
83578307--83578335	13	2.1	14	93	6	51	20	3	0	75	0.94
83578607--83578632	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
83582510--83582775	47	5.7	47	76	11	235	27	19	30	22	1.98
83582512--83582767	140	1.8	140	87	3	381	28	18	29	23	1.98
83584281--83584393	36	3.2	36	73	7	113	30	23	22	23	1.99
83584268--83584456	70	2.7	70	85	0	252	33	22	21	23	1.97
83584370--83584458	35	2.5	36	80	5	110	34	19	21	24	1.96
83595165--83595304	72	1.9	72	89	0	217	35	19	25	20	1.96
83596989--83597030	18	2.5	17	78	21	52	38	0	7	54	1.28
83597186--83597221	12	2.9	12	87	4	54	25	0	0	75	0.81
83597460--83597522	13	4.5	13	72	14	54	25	1	3	69	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83597934--83597969	13	2.8	13	95	4	65	25	0	2	72	0.98
83597161--83598423	150	8.5	149	88	3	1853	30	6	5	57	1.48
83598983--83599031	3	17.3	3	75	12	50	0	32	0	67	0.91
83599572--83599596	13	1.9	13	100	0	50	80	0	4	16	0.87
83599572--83599640	36	1.9	35	86	13	97	71	1	4	23	1.12
83600022--83600129	39	2.6	41	78	8	112	46	4	4	44	1.44
83603799--83604182	167	2.3	166	88	7	579	26	35	0	38	1.59
83604550--83604599	18	2.7	19	74	22	52	42	8	0	50	1.32
83607833--83607880	23	2.1	23	100	0	96	56	4	4	35	1.38
83609234--83609349	57	2.0	57	85	11	157	26	15	6	50	1.69
83615267--83615380	27	4.3	26	85	6	147	35	23	23	16	1.95
83616995--83617103	26	4.2	26	95	2	184	35	24	5	33	1.79
83616995--83617103	51	2.1	52	93	1	184	35	24	5	33	1.79
83621048--83621162	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
83621048--83621162	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
83622772--83622880	26	4.2	26	95	2	184	35	24	5	33	1.79
83622772--83622880	51	2.1	52	93	1	184	35	24	5	33	1.79
83627020--83627104	37	2.3	37	86	6	120	25	27	21	25	1.99
83628727--83628880	38	4.1	38	86	1	220	36	28	18	16	1.93
83628727--83628880	75	2.0	76	87	1	220	36	28	18	16	1.93
83631565--83631849	136	2.1	137	96	1	529	31	24	19	24	1.98
83633638--83633739	26	3.9	26	97	0	177	36	25	5	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83635509--83635538	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
83636604--83636695	25	3.7	25	84	7	91	26	22	22	28	1.99
83636614--83636700	25	3.5	24	84	4	102	27	24	21	26	1.99
83638039--83638115	9	8.6	9	85	5	93	45	19	7	27	1.77
83638135--83638175	6	6.5	6	89	10	64	17	0	2	80	0.82
83638135--83638172	14	2.9	13	92	7	60	18	0	2	78	0.86
83641071--83641101	15	2.1	15	100	0	62	16	19	12	51	1.76
83643175--83643213	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
83643409--83643717	3	104.3	3	73	14	196	58	0	7	33	1.25
83643414--83643675	109	2.4	109	100	0	524	57	0	8	33	1.29
83645359--83645625	45	5.8	44	72	11	167	28	24	18	28	1.98
83645188--83645429	133	1.8	135	80	1	299	26	20	22	30	1.98
83645456--83645672	45	4.9	45	78	3	197	28	24	17	29	1.98
83645454--83645671	44	4.9	44	76	5	143	28	24	17	28	1.98
83645454--83645672	89	2.5	89	78	3	235	28	24	17	29	1.97
83646023--83646111	46	1.9	46	90	4	144	25	28	16	29	1.97
83646948--83647488	270	2.0	270	96	0	1003	32	19	22	25	1.97
83653416--83653587	75	2.4	73	83	8	217	33	23	11	31	1.90
83653421--83653587	35	4.6	35	86	7	192	33	23	10	31	1.89
83660911--83661082	75	2.4	73	83	8	217	33	23	11	31	1.90
83660916--83661082	35	4.6	35	86	7	192	33	23	10	31	1.89
83677001--83677045	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83677063--83677104	20	2.1	20	100	0	84	54	9	9	26	1.63
83677336--83677452	3	39.7	3	89	1	175	64	0	3	30	1.15
83681706--83681932	48	4.9	48	73	8	180	27	23	21	27	1.99
83682601--83682728	65	2.0	65	100	0	256	31	21	10	35	1.88
83687597--83687630	12	2.8	12	83	16	52	35	8	0	55	1.31
83687662--83687708	20	2.4	20	75	13	53	34	17	0	48	1.47
83689248--83689302	19	2.9	19	72	0	56	27	25	21	25	2.00
83692063--83692100	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
83698291--83698403	45	2.5	44	81	9	131	23	30	18	27	1.98
83698291--83698500	46	4.6	46	73	12	146	23	28	19	28	1.98
83702626--83702726	50	2.0	50	96	0	184	33	13	12	39	1.83
83707157--83707396	27	8.9	26	83	6	266	35	23	23	17	1.95
83707175--83707396	81	2.7	81	93	2	349	35	24	23	16	1.95
83709014--83709096	26	3.2	26	89	0	130	37	21	7	33	1.81
83714299--83714511	27	7.9	27	79	12	224	35	23	23	17	1.96
83714317--83714511	54	3.6	54	93	1	320	35	24	23	16	1.95
83714317--83714511	81	2.4	80	83	6	250	35	24	23	16	1.95
83716131--83716239	26	4.2	26	91	0	182	35	22	7	33	1.82
83729997--83730032	17	2.0	20	84	15	51	55	5	5	33	1.46
83730470--83730613	23	6.2	22	79	9	119	39	24	7	28	1.82
83730477--83730619	46	3.1	47	79	8	150	39	23	6	30	1.81
83732176--83732228	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83738635--83738665	12	2.6	12	94	0	53	12	48	25	12	1.77
83745534--83745601	23	3.0	23	71	2	66	35	0	1	63	1.04
83745546--83745626	7	9.9	8	73	17	60	30	0	3	65	1.10
83746600--83746634	18	1.9	18	88	0	52	14	0	40	45	1.45
83746644--83746855	41	5.3	41	78	7	231	19	20	23	35	1.96
83746781--83746846	34	1.9	34	90	0	105	24	19	21	34	1.96
83746841--83746899	27	2.1	28	93	3	102	8	16	20	54	1.68
83746841--83746909	27	2.6	27	88	4	95	11	17	20	50	1.76
83749562--83749632	24	3.1	24	74	15	87	32	5	25	36	1.79
83752667--83752704	20	1.9	20	88	0	58	7	26	15	50	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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