genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10121808--10121869	23	2.7	23	76	0	79	16	20	22	40	1.91
10124240--10124380	52	2.7	54	80	3	171	29	19	24	26	1.98
10134449--10134533	40	2.2	39	87	4	125	24	12	29	32	1.93
10138359--10138451	47	2.0	47	100	0	186	27	23	13	34	1.93
10139177--10139221	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
10141363--10141483	46	2.6	46	88	2	172	42	15	23	18	1.89
10144831--10144866	6	6.0	6	96	0	63	66	13	16	2	1.36
10145933--10145982	25	2.0	25	100	0	100	32	20	24	24	1.98
10149304--10149355	21	2.3	22	87	12	79	34	13	17	34	1.89
10149313--10149355	21	2.0	21	100	0	86	34	13	18	32	1.90
10152659--10152691	17	1.9	18	88	11	52	66	0	3	30	1.06
10161188--10161323	26	5.2	26	96	0	227	33	4	25	37	1.76
10162940--10163052	27	4.2	26	83	7	127	19	23	19	37	1.94
10162940--10163052	54	2.1	54	86	3	156	19	23	19	37	1.94
10166724--10166853	28	4.7	27	79	7	118	29	24	20	25	1.99
10166711--10166853	56	2.6	56	81	6	157	29	23	20	26	1.99
10166803--10166862	28	2.1	28	81	0	66	35	23	20	21	1.96
10166827--10166908	41	2.0	41	100	0	164	36	19	17	26	1.94
10166899--10166959	28	2.1	29	84	3	79	32	18	19	29	1.95
10166917--10167026	29	3.8	29	78	12	111	37	16	18	28	1.92
10167035--10167268	29	8.1	29	86	0	306	32	18	19	29	1.96
10167123--10167171	14	3.4	14	72	5	53	30	14	22	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10169250--10169298	2	25.0	2	95	4	91	51	0	0	48	1.00
10169349--10169389	19	2.2	18	91	8	64	70	0	29	0	0.87
10170421--10170542	53	2.3	53	91	0	190	16	18	22	43	1.88
10170664--10170715	18	2.8	19	79	5	70	32	7	9	50	1.64
10170662--10170731	18	3.8	18	75	9	61	32	10	12	44	1.76
10170748--10170811	18	3.6	18	82	0	83	40	12	10	35	1.78
10170740--10170820	36	2.2	36	88	0	117	37	9	12	40	1.76
10187040--10187239	100	2.0	100	89	1	303	22	26	27	24	2.00
10189772--10189844	38	1.9	38	97	0	137	36	26	4	32	1.75
10191485--10191542	20	2.7	21	78	13	64	48	8	0	43	1.34
10195017--10195097	22	3.7	22	67	18	60	43	16	8	32	1.78
10194991--10195113	44	2.8	44	79	0	147	42	17	8	32	1.78
10195054--10195108	22	2.5	22	69	0	56	38	18	9	34	1.82
10195640--10196197	279	2.0	279	96	1	1030	34	10	18	36	1.85
10197216--10197283	30	2.2	30	80	12	77	51	2	0	45	1.16
10197466--10197504	13	3.1	13	81	7	53	41	7	0	51	1.31
10198721--10198749	12	2.5	12	94	5	51	68	0	0	31	0.89
10198922--10198965	17	2.5	18	81	7	63	31	4	0	63	1.14
10199233--10199276	22	2.0	22	86	0	61	38	13	25	22	1.91
10203917--10203960	23	1.9	23	90	0	70	43	25	2	29	1.67
10205870--10206011	47	2.9	48	81	8	142	26	11	26	35	1.90
10205924--10206025	47	2.1	47	87	1	141	28	10	24	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10218964--10219203	39	6.1	38	90	3	309	30	30	21	17	1.97
10218991--10219203	117	1.8	117	89	4	340	29	30	22	18	1.97
10219276--10219342	28	2.4	28	84	0	89	26	23	10	38	1.87
10222745--10222769	9	2.8	9	100	0	50	32	0	0	68	0.90
10229570--10230169	59	10.3	58	85	4	798	46	5	2	46	1.38
10229570--10230169	117	5.1	117	88	2	847	46	5	2	46	1.38
10229570--10230169	236	2.6	235	88	4	889	46	5	2	46	1.38
10235837--10235970	66	2.0	66	82	5	164	42	20	23	13	1.87
10237113--10237150	3	12.7	3	94	0	67	71	0	28	0	0.87
10238327--10238365	21	1.9	21	89	5	62	64	0	2	33	1.08
10238573--10238633	23	2.7	23	86	0	86	68	4	8	18	1.33
10238889--10239051	79	2.1	79	98	0	317	44	10	14	31	1.78
10239787--10239828	2	21.0	2	95	0	75	47	0	0	52	1.00
10240549--10240598	3	16.7	3	100	0	100	0	32	0	68	0.90
10240712--10241099	172	2.2	173	87	1	546	35	9	18	35	1.84
10241726--10241783	28	2.1	28	90	0	89	29	29	13	27	1.94
10248322--10248351	12	2.6	12	94	5	53	30	10	0	60	1.30
10249427--10249451	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
10250099--10250156	18	3.2	18	73	22	50	67	10	1	20	1.29
10258307--10258343	18	2.1	18	100	0	74	32	16	24	27	1.96
10258855--10258898	18	2.4	18	80	3	52	47	11	15	25	1.79
10269823--10269879	20	2.8	21	76	7	64	43	10	1	43	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10277166--10277198	13	2.5	13	95	0	57	39	18	21	21	1.93
10282659--10282691	17	1.9	17	88	11	50	69	6	0	24	1.10
10282678--10282730	3	17.3	3	81	11	63	64	1	3	30	1.22
10289211--10289240	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
10289597--10289656	22	2.7	22	80	10	61	75	5	15	5	1.15
10289903--10289964	18	3.6	18	72	12	67	3	6	12	77	1.08
10289895--10289973	33	2.5	31	90	10	131	3	5	10	81	0.98
10290751--10290812	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
10290907--10290941	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
10290671--10291076	165	2.5	163	81	8	439	37	19	16	27	1.92
10290959--10291491	72	6.8	73	73	14	381	32	18	17	30	1.95
10291330--10291491	74	2.1	75	85	7	222	32	20	18	28	1.97
10291495--10291637	74	1.9	75	88	2	216	27	22	19	30	1.98
10291156--10291801	165	3.9	165	89	4	878	32	20	18	28	1.96
10291684--10292102	72	5.9	71	71	12	293	36	21	16	25	1.94
10292102--10292365	70	3.7	71	84	4	356	37	22	14	25	1.92
10292102--10292365	71	3.7	69	84	4	339	37	22	14	25	1.92
10291940--10292532	257	2.3	257	95	2	1042	36	22	14	25	1.93
10300070--10300130	18	3.6	17	72	14	63	3	6	13	77	1.09
10300070--10300131	19	3.6	19	69	22	64	3	6	12	77	1.08
10300062--10300139	33	2.5	31	89	8	129	3	5	10	80	0.99
10300100--10300147	23	2.1	23	92	0	78	4	4	12	79	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10300157--10300201	21	2.1	22	84	12	58	20	2	28	48	1.61
10300366--10300576	64	3.2	64	62	20	151	29	26	18	26	1.98
10300332--10300618	137	2.1	137	98	0	556	31	25	19	24	1.98
10300865--10300917	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
10302397--10302506	26	4.2	26	92	0	184	36	24	5	33	1.79
10302397--10302506	52	2.1	52	100	0	220	36	24	5	33	1.79
10302943--10302979	5	7.6	5	88	11	51	0	16	0	83	0.64
10302945--10302974	11	2.8	11	95	5	53	0	13	0	86	0.57
10302943--10302974	16	2.1	16	94	5	57	0	15	0	84	0.63
10303360--10303389	2	14.5	2	93	6	51	50	3	0	46	1.18
10305632--10305802	93	1.8	93	91	2	281	28	28	21	21	1.98
10305624--10305793	46	3.7	45	76	12	175	30	28	20	21	1.98
10305675--10305818	46	3.1	45	72	21	120	29	29	19	22	1.98
10307503--10307592	30	3.0	30	80	7	103	57	15	16	10	1.64
10307503--10307582	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
10307514--10307592	15	5.3	15	79	8	81	56	15	16	11	1.66
10310503--10310674	46	3.7	45	77	16	181	29	29	20	21	1.98
10310508--10310678	93	1.8	93	92	0	288	28	29	20	21	1.98
10310505--10310694	46	4.1	46	70	21	121	28	29	20	21	1.98
10329032--10329091	25	2.4	25	83	5	68	15	31	23	30	1.95
10329259--10329304	24	1.9	24	90	0	74	21	30	15	32	1.94
10335095--10335142	24	2.0	23	84	4	60	58	25	2	14	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10341124--10341259	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
10343041--10343325	136	2.1	136	97	0	534	24	18	24	31	1.97
10345945--10346055	47	2.4	47	81	6	136	36	21	14	27	1.92
10354888--10354924	17	2.2	16	90	4	56	40	0	2	56	1.13
10354888--10354926	16	2.4	16	82	0	51	43	0	2	53	1.14
10356827--10356859	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
10357140--10357404	93	2.9	93	87	0	379	20	23	13	41	1.88
10357140--10357416	46	6.0	46	87	2	340	20	23	13	41	1.88
10359441--10359472	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
10361506--10361594	25	3.6	25	80	1	108	30	21	26	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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