genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.141.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43031360--43031464	43	2.4	43	79	0	111	28	17	22	31	1.96
43035336--43035402	22	3.2	22	68	20	70	40	1	19	38	1.61
43035328--43035410	41	2.0	41	100	0	166	36	2	19	42	1.64
43036200--43036286	40	2.2	40	81	4	104	29	16	26	27	1.96
43040127--43040216	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
43040127--43040233	54	2.0	54	81	7	128	38	20	10	30	1.86
43040222--43040431	27	7.8	26	89	3	253	28	23	8	39	1.84
43040329--43040578	27	9.2	27	77	10	118	36	20	8	34	1.83
43040168--43040442	81	3.4	81	75	7	218	30	23	8	37	1.85
43040383--43040580	27	7.3	27	74	11	127	38	20	8	32	1.83
43040625--43040702	27	2.9	27	75	11	88	37	21	19	21	1.95
43041954--43042030	9	7.9	9	70	16	55	35	10	19	35	1.86
43041952--43042034	20	4.2	20	95	0	148	36	13	18	32	1.89
43041963--43042034	11	7.1	11	67	17	57	36	13	18	31	1.90
43042088--43042253	24	7.0	23	86	7	219	28	21	22	27	1.99
43042088--43042252	71	2.3	70	90	4	251	27	21	22	27	1.99
43042088--43042252	23	7.0	24	88	6	239	27	21	22	27	1.99
43052088--43052180	38	2.4	38	85	0	114	23	21	26	27	1.99
43052192--43052508	43	7.4	43	93	0	544	10	23	33	31	1.89
43057547--43057624	40	2.0	40	92	0	129	26	16	29	26	1.97
43058261--43058305	21	2.2	20	84	11	56	28	4	20	46	1.69
43065194--43065232	19	2.1	19	100	0	78	25	5	25	43	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43067823--43067858	10	3.6	10	96	0	63	58	19	11	11	1.62
43080397--43080620	40	5.6	40	84	6	256	25	24	24	26	2.00
43080397--43080620	83	2.8	80	82	5	265	25	24	24	26	2.00
43090499--43090675	40	4.5	40	83	4	180	23	25	22	28	1.99
43098538--43098706	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
43101670--43101907	47	5.1	47	94	0	386	33	10	28	27	1.90
43101739--43101860	22	5.3	22	64	24	72	32	13	28	25	1.93
43101670--43101953	94	3.0	94	89	2	356	33	10	29	26	1.90
43101670--43101953	141	2.0	141	86	2	401	33	10	29	26	1.90
43112359--43112529	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
43114174--43114289	39	3.0	39	90	0	178	26	25	21	25	2.00
43114130--43114281	78	1.9	78	81	5	182	26	26	21	25	1.99
43118384--43118622	50	4.8	50	80	3	241	22	29	17	29	1.97
43124318--43124355	20	1.9	19	89	5	58	55	21	0	23	1.44
43124318--43124355	19	2.0	20	85	15	53	55	21	0	23	1.44
43131464--43131593	40	3.2	40	80	4	156	23	27	24	23	2.00
43162109--43162246	51	2.8	49	93	4	235	31	8	28	31	1.87
43162264--43162393	48	2.7	48	90	0	206	36	7	26	30	1.84
43162433--43162523	37	2.4	37	92	1	146	23	18	32	25	1.97
43165918--43166014	10	8.5	11	71	23	60	2	27	1	69	1.07
43165918--43166011	5	19.2	5	74	12	52	2	28	1	68	1.08
43165946--43166008	23	2.6	24	76	19	67	0	30	1	68	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43165916--43165975	15	3.9	15	80	4	66	3	33	0	63	1.11
43165960--43166013	18	3.1	17	81	10	56	0	24	1	74	0.92
43168985--43169063	31	2.5	31	97	0	149	25	26	18	29	1.98
43169087--43169178	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
43169311--43169446	26	5.3	26	86	3	181	27	22	21	28	1.99
43169311--43169446	52	2.7	51	92	5	215	27	22	21	28	1.99
43170248--43170331	27	3.1	27	93	3	134	20	26	22	30	1.98
43170390--43170663	27	10.1	27	76	7	189	32	10	18	39	1.84
43170481--43170663	81	2.3	81	86	1	242	30	9	20	39	1.84
43183432--43183500	15	4.7	15	77	15	72	10	11	15	62	1.54
43186186--43186334	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
43186227--43186334	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
43194305--43194453	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
43194346--43194453	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
43198261--43198286	11	2.4	11	100	0	52	46	15	0	38	1.46
43202572--43202742	93	1.8	92	94	1	306	27	30	21	19	1.98
43202565--43202744	45	3.9	46	80	10	215	27	31	21	20	1.98
43202573--43202758	46	4.0	45	74	15	148	28	30	20	20	1.98
43205107--43205185	15	5.4	15	77	10	83	59	13	16	10	1.60
43205108--43205194	29	3.0	30	80	12	92	57	16	16	10	1.65
43208096--43208267	93	1.8	93	94	0	308	27	30	22	19	1.98
43208096--43208263	46	3.6	46	80	10	207	27	30	22	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43208139--43208282	46	3.1	45	74	11	139	29	29	20	20	1.98
43212898--43213089	47	4.1	46	88	5	260	32	10	28	27	1.91
43212972--43213047	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
43213062--43213194	50	2.7	50	88	6	200	37	7	24	30	1.83
43213056--43213218	50	3.3	50	78	14	183	34	7	26	30	1.85
43214406--43214764	27	13.3	27	85	4	377	43	20	14	21	1.87
43215145--43215199	18	3.1	18	86	0	74	21	23	14	40	1.90
43217458--43217527	21	3.2	21	67	25	63	20	11	27	41	1.86
43217450--43217537	45	2.0	45	93	0	149	22	12	26	38	1.90
43222236--43222306	21	3.2	21	68	24	65	23	14	23	38	1.92
43222254--43222322	21	3.1	22	66	25	63	23	11	26	39	1.88
43222235--43222322	45	2.0	45	100	0	176	25	12	23	38	1.90
43225257--43225358	29	3.5	28	74	12	82	26	35	17	20	1.95
43238884--43239032	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
43238925--43239032	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
43242123--43242250	50	2.6	50	84	2	150	26	19	26	27	1.99
43249349--43249377	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
43250406--43250469	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
43250661--43250803	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
43250661--43250802	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
43250660--43250803	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
43250853--43250913	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43250956--43251003	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
43252223--43252832	27	22.7	27	83	6	668	41	8	21	28	1.82
43255921--43256087	24	7.0	24	93	3	257	26	22	22	28	1.99
43255920--43256087	71	2.3	71	90	4	257	26	22	22	29	1.99
43256136--43256196	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
43256239--43256286	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
43257514--43258123	27	22.6	27	83	7	659	41	9	21	28	1.83
43260041--43260157	43	2.8	42	77	2	144	34	15	21	29	1.94
43266592--43266694	27	3.8	27	80	5	93	42	20	8	28	1.81
43266619--43266707	27	3.3	27	79	3	99	42	19	11	26	1.84
43268071--43268103	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
43275363--43275576	49	4.4	49	91	0	338	30	28	8	32	1.87
43279413--43279596	40	4.6	40	93	0	307	26	28	21	23	1.99
43279445--43279621	80	2.2	80	90	5	270	28	28	19	23	1.98
43279525--43279713	40	4.7	40	81	5	150	27	28	20	23	1.99
43279413--43279710	120	2.5	119	80	5	309	26	28	20	24	1.99
43281692--43281904	49	4.4	49	90	1	338	30	28	8	32	1.87
43281687--43281904	97	2.2	98	91	2	348	30	28	8	32	1.86
43285355--43285419	28	2.4	28	86	2	87	21	23	21	33	1.97
43291602--43291755	67	2.3	66	82	7	177	32	16	29	21	1.96
43295332--43295895	303	1.9	300	89	2	871	35	10	17	35	1.86
43302055--43302149	46	2.1	46	95	0	172	43	23	5	28	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43302264--43302330	30	2.2	29	89	7	107	20	31	25	22	1.98
43302643--43302681	10	3.7	11	86	10	55	51	25	7	15	1.70
43307422--43307642	40	5.6	40	89	3	308	23	22	25	28	1.99
43316849--43317026	46	3.8	46	74	10	182	29	29	20	20	1.98
43316856--43317027	93	1.8	93	91	0	281	29	29	20	20	1.98
43324389--43324562	46	3.8	46	77	15	198	29	29	21	20	1.98
43324982--43325041	30	2.0	30	86	0	84	30	23	8	38	1.84
43326160--43326383	40	5.6	40	89	1	317	23	22	26	28	1.99
43330224--43330340	27	4.4	27	83	3	148	37	18	17	25	1.93
43334548--43334617	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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