genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.219.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67956945--67957042	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
67965151--67965261	38	2.9	38	86	2	161	29	26	15	28	1.96
67966800--67966847	24	2.0	24	100	0	96	33	16	0	50	1.46
67968374--67968559	40	4.7	40	85	5	218	25	25	21	27	1.99
67975732--67975861	40	3.2	40	80	4	156	23	25	28	23	1.99
67977624--67977752	40	3.2	40	79	5	147	23	28	24	23	1.99
67984724--67984853	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
67988008--67988233	40	5.7	40	90	4	291	25	26	21	27	1.99
67990564--67990605	15	2.8	15	88	0	66	52	14	16	16	1.75
67993847--67993960	38	3.0	38	93	0	192	28	26	14	30	1.95
67995643--67995849	40	5.2	40	83	1	209	26	22	26	25	2.00
67995644--67995834	79	2.4	80	81	6	217	26	23	25	24	2.00
68002858--68003065	40	5.2	40	83	0	209	26	22	25	25	2.00
68012978--68013037	30	2.0	30	81	12	70	30	1	28	40	1.66
68014462--68014669	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
68014462--68014668	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
68022506--68022713	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
68022506--68022712	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
68033584--68033617	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
68037977--68038208	40	5.8	40	88	4	319	29	19	25	25	1.99
68037978--68038242	40	6.6	39	83	7	213	28	20	25	25	1.99
68037977--68038241	120	2.2	121	82	7	335	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68038007--68038275	80	3.4	80	83	7	262	30	19	24	25	1.98
68038150--68038261	40	2.8	40	83	5	102	25	21	28	25	1.99
68041420--68041469	23	2.2	23	82	13	59	64	4	0	32	1.12
68041772--68041814	20	2.2	20	100	0	86	32	18	13	34	1.90
68046910--68047068	43	3.7	42	80	5	176	33	22	12	31	1.91
68058906--68058948	4	10.8	4	85	9	61	74	2	0	23	0.93
68064128--68064284	43	3.7	43	76	5	156	31	24	15	28	1.95
68070908--68071078	39	4.3	39	91	3	229	25	29	21	24	1.99
68070908--68071131	40	5.7	40	84	6	235	25	28	21	24	1.99
68073329--68073434	50	2.1	50	82	3	133	27	19	18	33	1.96
68073331--68073434	25	4.2	25	82	4	120	27	19	19	33	1.96
68077099--68077173	25	3.0	25	79	14	75	30	24	21	24	1.99
68077368--68077492	39	3.5	35	87	10	141	36	16	24	23	1.95
68077385--68077493	39	2.8	39	94	1	193	37	14	22	24	1.92
68089167--68089749	48	12.1	48	96	0	1067	36	6	26	31	1.81
68091467--68091594	41	3.1	40	77	6	132	36	18	25	18	1.94
68091480--68091615	41	3.3	40	82	4	164	33	17	27	21	1.96
68099428--68099484	28	2.0	28	96	0	105	43	19	14	22	1.86
68103573--68103778	40	5.2	40	79	6	195	25	26	22	25	2.00
68103573--68103777	80	2.6	78	80	5	216	25	26	22	25	2.00
68113539--68113584	18	2.6	18	100	0	92	19	36	30	13	1.90
68117302--68117380	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68117252--68117650	49	8.3	49	95	1	657	30	29	8	32	1.86
68121832--68121961	64	2.0	64	93	0	224	42	23	8	25	1.82
68133542--68133575	16	2.0	18	88	11	54	58	20	5	14	1.57
68149480--68149611	68	1.9	70	90	3	214	32	13	16	37	1.88
68150389--68150718	118	2.8	116	84	7	439	21	21	28	28	1.99
68150377--68150757	39	9.7	39	84	5	385	21	21	27	28	1.99
68150388--68150793	79	5.2	79	78	9	373	21	21	27	29	1.99
68150388--68150782	118	3.3	118	81	6	433	22	22	27	28	1.99
68154063--68154185	47	2.6	47	81	1	140	34	26	16	22	1.95
68157740--68157982	80	3.1	78	83	8	260	25	20	26	27	1.99
68157740--68157982	120	2.0	119	82	7	296	25	20	26	27	1.99
68157740--68157954	40	5.4	40	92	1	299	24	20	26	27	1.99
68165746--68165953	40	5.2	40	83	2	211	25	23	25	25	2.00
68165747--68165953	80	2.6	80	82	6	240	25	23	26	25	2.00
68173734--68173941	40	5.2	40	83	2	211	25	23	25	25	2.00
68173735--68173941	80	2.6	80	82	6	240	25	23	26	25	2.00
68181361--68181469	39	2.8	40	82	2	139	23	25	23	26	2.00
68189387--68189496	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
68195472--68195526	24	2.2	25	81	9	69	30	14	25	29	1.95
68202313--68202337	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
68203057--68203086	15	2.0	15	93	0	51	23	10	6	60	1.52
68208360--68208388	14	2.0	15	93	6	51	48	34	3	13	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68210801--68210854	28	1.9	28	85	7	74	33	7	5	53	1.52
68213576--68213654	33	2.4	34	91	2	124	37	15	22	24	1.92
68214381--68214415	18	1.9	18	88	0	52	31	28	14	25	1.95
68220523--68220577	27	2.0	27	100	0	110	43	10	14	30	1.80
68221657--68221690	14	2.5	13	86	13	50	0	8	2	88	0.62
68221659--68221699	21	1.9	21	85	5	55	4	9	4	80	1.00
68226117--68226175	29	2.0	29	100	0	118	16	13	13	55	1.68
68227989--68228149	29	5.6	29	89	0	223	25	33	15	25	1.95
68236027--68236187	29	5.6	29	89	0	223	25	33	15	25	1.95
68240181--68240211	14	2.2	14	94	0	53	16	0	45	38	1.47
68240626--68240742	29	4.1	29	83	2	137	41	3	11	44	1.57
68240682--68240734	14	3.8	13	85	11	70	45	1	9	43	1.47
68240626--68240742	57	2.0	58	81	1	137	41	3	11	44	1.57
68240678--68240747	28	2.5	28	88	2	77	45	2	7	44	1.46
68249592--68249654	30	2.1	30	96	0	117	26	3	12	57	1.51
68252963--68253099	56	2.4	56	90	0	220	32	22	17	27	1.96
68262231--68262291	30	2.0	30	90	0	95	29	24	8	37	1.84
68268722--68268872	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
68268759--68268888	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
68279666--68279798	39	3.4	38	81	8	142	27	21	25	26	1.99
68279659--68279766	39	2.7	40	81	8	148	25	22	25	25	2.00
68280025--68280068	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68288904--68289149	35	7.0	35	76	10	171	33	23	21	20	1.97
68288957--68289095	74	1.9	74	84	3	190	33	23	20	21	1.97
68288810--68289148	178	1.9	178	89	1	527	33	24	20	22	1.97
68290334--68290366	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
68291323--68291356	15	2.3	15	89	0	50	8	14	0	76	1.01
68307105--68307209	47	2.2	47	93	0	183	27	29	7	35	1.85
68307767--68307791	9	2.8	9	100	0	50	16	12	12	60	1.60
68312638--68312715	3	26.3	3	89	7	124	65	0	1	33	1.01
68329282--68329306	13	1.9	13	100	0	50	16	40	32	12	1.84
68333229--68333405	46	3.9	44	80	11	203	22	20	28	28	1.99
68333227--68333397	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	27	1.99
68338743--68338919	46	3.9	44	75	12	160	23	20	27	28	1.99
68338741--68338911	93	1.8	93	89	0	270	23	21	27	28	1.99
68341149--68341291	72	2.0	71	97	1	268	54	6	23	14	1.64
68341524--68341548	13	1.9	13	100	0	50	8	40	36	16	1.77
68349551--68349792	40	6.1	40	89	3	321	23	22	27	26	2.00
68353185--68353371	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
68353208--68353371	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
68360283--68360469	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
68360306--68360469	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
68360306--68360503	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
68364428--68364603	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68364425--68364596	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
68371997--68372172	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
68371994--68372165	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
68377339--68377554	40	5.4	40	91	3	289	24	22	27	25	2.00
68382022--68382097	36	2.1	37	82	2	91	46	2	3	47	1.35
68382430--68382466	18	2.2	18	86	13	53	35	2	40	21	1.68
68383298--68383322	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
68383779--68383855	35	2.1	38	81	15	92	41	2	3	51	1.34
68383779--68383855	34	2.2	38	80	17	94	41	2	3	51	1.34
68383838--68383888	12	4.0	13	74	20	54	45	1	3	49	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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