genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  261  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81485205--81485567	127	2.8	129	84	2	482	28	26	17	27	1.97
81485213--81485567	84	4.2	86	83	3	387	29	26	16	27	1.97
81487518--81487542	10	2.5	10	100	0	50	52	24	12	12	1.72
81488338--81488423	40	2.1	41	97	2	165	58	2	32	6	1.38
81489697--81489864	7	23.9	7	73	10	56	43	35	0	21	1.53
81489698--81489737	13	2.8	15	81	11	57	40	32	0	27	1.57
81489747--81489787	14	2.9	14	100	0	82	29	56	0	14	1.39
81489747--81489787	21	2.0	21	100	0	82	29	56	0	14	1.39
81489831--81489869	14	2.8	14	88	0	51	51	28	0	20	1.48
81490276--81490425	40	3.8	40	77	10	144	29	21	20	29	1.98
81490506--81490625	40	3.0	40	80	1	141	29	20	17	33	1.95
81496886--81496929	21	2.2	20	87	4	61	25	29	6	38	1.81
81509802--81509856	18	3.1	18	100	0	110	27	5	12	54	1.60
81511603--81511646	7	6.4	7	86	5	54	52	2	9	36	1.46
81511708--81511902	43	4.5	43	85	1	239	24	15	30	29	1.96
81517235--81517511	37	7.5	37	78	10	255	38	12	19	28	1.89
81517455--81517569	57	2.0	57	100	0	230	41	10	17	30	1.83
81517493--81517531	20	2.0	19	85	5	51	51	10	12	25	1.71
81517512--81517858	37	9.5	37	80	6	300	37	14	19	28	1.90
81517418--81517606	94	2.0	94	83	8	242	39	12	19	29	1.87
81517512--81517836	75	4.4	73	78	6	277	36	14	20	28	1.92
81517524--81517985	35	12.7	35	76	8	327	37	14	19	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81517512--81517985	108	4.4	108	78	6	397	37	14	19	28	1.92
81523822--81523929	37	2.9	36	79	16	116	40	1	3	53	1.29
81523822--81523897	12	6.8	11	72	19	52	40	1	2	55	1.22
81526102--81526165	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
81526358--81526522	23	7.0	24	86	8	223	27	21	22	28	1.99
81526358--81526522	47	3.5	48	86	8	223	27	21	22	28	1.99
81526571--81526637	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
81526571--81526626	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
81527865--81527960	27	3.6	28	84	8	103	25	23	20	30	1.99
81527877--81527960	27	3.1	27	87	3	116	23	25	20	30	1.98
81528022--81528224	27	7.4	27	76	8	99	33	8	19	38	1.82
81527999--81528224	54	4.1	54	73	6	186	32	8	19	38	1.83
81528201--81528413	27	7.9	27	83	7	218	39	8	23	28	1.83
81528203--81528406	54	3.8	54	84	3	259	40	8	21	28	1.83
81528203--81528413	81	2.6	81	84	3	264	39	8	23	28	1.84
81528419--81528508	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
81528402--81528508	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86
81528419--81528523	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
81531080--81531143	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
81531336--81531500	23	7.0	24	86	8	223	27	21	22	28	1.99
81531336--81531500	47	3.5	48	86	8	223	27	21	22	28	1.99
81531549--81531615	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81531549--81531604	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
81531652--81531699	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
81532837--81532920	27	3.1	27	93	3	134	21	25	22	30	1.98
81532986--81533211	27	8.3	27	75	9	129	34	8	19	38	1.82
81532959--81533184	54	4.1	54	75	6	204	32	8	19	38	1.83
81533162--81533365	27	7.6	27	85	3	259	40	8	21	28	1.83
81533136--81533365	81	2.8	78	78	7	212	40	8	20	30	1.83
81533379--81533468	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
81533379--81533483	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
81534346--81534619	139	2.0	140	85	2	372	27	20	20	31	1.97
81536700--81536748	24	2.0	24	96	0	89	46	18	8	26	1.76
81540809--81541070	96	2.7	96	85	1	355	26	19	29	24	1.98
81540809--81541070	48	5.5	48	80	0	265	26	19	29	24	1.98
81543294--81543333	16	2.5	17	76	15	50	22	0	2	75	0.93
81543599--81543641	15	3.0	15	83	6	54	46	32	0	20	1.51
81543604--81543690	22	4.0	22	67	7	52	45	29	0	24	1.53
81543664--81543690	14	1.9	14	100	0	54	44	33	0	22	1.53
81543855--81543892	14	2.6	15	87	4	51	36	47	0	15	1.46
81543831--81543906	21	3.6	21	75	15	59	39	44	0	15	1.47
81544201--81544495	115	2.6	109	85	6	367	31	21	19	27	1.97
81544523--81544597	39	1.9	39	81	5	89	22	22	20	34	1.96
81544648--81544715	14	4.9	14	76	7	75	20	1	33	44	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81544648--81544715	21	3.2	21	77	8	75	20	1	33	44	1.61
81544648--81544719	7	10.3	7	75	0	63	19	1	36	43	1.60
81544742--81544773	15	2.1	15	94	0	55	65	0	6	28	1.16
81547480--81547508	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
81548230--81548295	31	2.1	31	85	0	87	16	10	19	53	1.72
81557732--81557781	24	2.0	26	84	7	68	34	24	20	22	1.97
81557819--81557958	65	2.2	65	89	3	219	36	20	19	23	1.95
81560681--81560788	26	4.2	26	95	0	198	35	25	7	32	1.84
81578863--81578928	20	3.3	20	84	0	78	15	24	13	46	1.81
81583900--81584073	49	3.6	49	81	6	203	21	27	21	29	1.99
81583996--81584266	48	5.7	48	72	5	237	22	25	20	32	1.98
81583955--81584308	94	3.7	94	82	5	385	21	24	20	33	1.97
81583955--81584265	48	6.6	46	73	5	183	21	25	20	32	1.97
81583904--81584265	188	1.9	191	83	5	466	21	25	20	32	1.98
81595349--81595476	49	2.6	49	80	2	141	25	26	19	28	1.99
81595539--81595662	46	2.7	46	85	8	155	24	29	18	28	1.98
81600922--81600995	26	2.9	26	85	2	96	41	9	17	31	1.81
81601610--81601691	26	3.2	26	94	0	146	29	6	26	37	1.80
81608696--81608776	26	3.2	26	94	1	146	30	6	25	37	1.81
81613011--81613213	39	5.2	40	89	0	205	23	31	21	24	1.99
81613041--81613213	39	4.4	39	91	0	265	24	31	20	24	1.98
81616172--81616214	20	2.3	18	84	11	59	44	2	11	41	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81618718--81618799	41	2.0	41	100	0	164	17	14	34	34	1.90
81620153--81620229	27	2.9	27	90	0	118	33	19	18	28	1.95
81620492--81620558	34	2.0	34	84	0	89	29	22	20	26	1.99
81622132--81622310	39	4.6	39	78	2	173	32	5	21	40	1.75
81624934--81624998	32	2.0	32	96	0	121	32	6	24	36	1.80
81626478--81626530	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
81637392--81637492	43	2.3	43	78	8	114	32	27	15	23	1.95
81637392--81637504	44	2.6	43	76	6	120	31	26	15	25	1.96
81638820--81638876	28	2.0	28	100	0	114	21	24	14	40	1.90
81641431--81641522	46	2.0	46	91	0	148	29	22	16	31	1.96
81645295--81645400	44	2.5	44	86	6	146	33	27	16	23	1.95
81648794--81649121	46	7.0	46	86	7	453	22	24	15	38	1.92
81648892--81649121	91	2.5	92	95	1	426	24	24	14	36	1.93
81659119--81659159	14	2.9	14	85	0	55	51	19	2	26	1.59
81662953--81662984	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
81663194--81663476	50	5.6	50	78	3	273	31	24	16	27	1.97
81663244--81663477	101	2.3	100	80	2	263	31	24	16	28	1.96
81663186--81663475	151	1.9	151	90	0	463	31	24	17	27	1.97
81663825--81663871	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
81672762--81672793	15	2.1	15	94	0	55	34	25	3	37	1.72
81674471--81674502	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
81679671--81679781	27	4.2	26	83	10	134	15	23	23	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81680835--81680868	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
81688425--81688452	8	3.5	8	100	0	56	0	21	21	57	1.41
81689627--81689735	26	4.2	26	96	1	175	35	24	5	33	1.79
81690638--81690725	27	3.2	27	82	7	106	14	21	25	38	1.92
81690638--81690749	27	4.1	27	78	14	97	16	22	22	39	1.92
81690638--81690749	54	2.1	54	83	3	136	16	22	22	39	1.92
81692110--81692209	24	4.2	24	88	0	137	38	30	13	19	1.89
81694917--81695057	70	2.0	70	98	0	273	24	12	23	39	1.90
81695144--81695187	21	2.1	21	83	8	54	59	18	18	4	1.55
81704433--81704457	13	1.9	13	100	0	50	24	36	24	16	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325