genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.220.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68384402--68384450	19	2.5	20	80	12	57	55	10	2	32	1.45
68391017--68391059	22	2.0	22	81	9	52	37	13	6	41	1.72
68392136--68392175	21	1.9	21	85	10	55	30	22	0	47	1.52
68394280--68394376	48	2.0	48	97	0	185	43	10	19	26	1.83
68394886--68394943	25	2.3	25	100	0	116	39	22	3	34	1.71
68396151--68396327	46	3.8	49	80	15	189	28	27	21	22	1.99
68396159--68396327	92	1.8	91	93	1	293	28	27	21	21	1.99
68398705--68398793	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
68398705--68398787	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
68398716--68398793	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
68401701--68401874	46	3.8	45	81	12	219	28	28	21	21	1.98
68401709--68401878	92	1.8	93	94	1	306	28	28	21	21	1.99
68404977--68405017	2	21.0	2	90	5	66	48	2	0	48	1.14
68406069--68406133	24	2.7	24	82	0	76	30	27	16	24	1.97
68414112--68414200	24	3.7	24	83	0	106	34	26	12	25	1.92
68418910--68419063	76	2.0	76	97	0	290	33	16	20	29	1.95
68433820--68433884	34	1.9	34	100	0	130	24	9	12	53	1.67
68445662--68445942	49	5.7	49	85	5	350	25	17	26	30	1.97
68445669--68445749	26	3.2	26	64	22	73	24	14	25	34	1.94
68445664--68445942	101	2.8	99	85	4	375	25	17	25	30	1.97
68445661--68445948	150	1.9	150	87	2	393	25	17	26	30	1.97
68462363--68462549	39	4.7	40	85	9	163	23	21	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68462403--68462586	39	4.6	39	84	8	214	23	21	28	26	1.99
68462363--68462586	40	5.7	40	85	6	262	23	21	28	26	1.99
68462363--68462554	79	2.4	79	83	10	241	23	21	28	26	1.99
68462483--68462605	40	3.1	40	82	5	117	23	21	30	24	1.99
68462363--68462619	79	3.3	79	79	7	211	24	21	28	26	1.99
68471581--68471638	21	2.8	21	81	0	71	62	13	15	8	1.54
68478201--68478288	37	2.3	38	86	11	119	42	1	3	53	1.25
68479340--68479410	36	2.0	36	91	0	115	22	16	18	42	1.89
68482111--68482167	27	2.1	27	87	6	80	24	15	24	35	1.95
68491058--68491122	29	2.2	29	83	0	85	32	18	27	21	1.97
68503550--68503663	43	2.7	42	86	2	156	30	14	24	29	1.95
68505379--68505564	92	2.0	92	91	0	300	20	23	16	39	1.92
68515387--68515421	10	3.5	10	96	0	61	25	0	34	40	1.56
68519049--68519106	29	2.0	29	100	0	116	34	10	27	27	1.89
68522584--68522644	19	3.2	19	97	0	113	36	14	22	26	1.93
68534413--68534577	33	5.0	33	82	2	136	35	12	22	30	1.90
68534436--68534613	65	2.7	66	77	2	180	35	12	24	26	1.92
68534436--68534610	33	5.3	33	80	4	138	36	13	24	26	1.92
68541965--68542121	33	4.8	33	80	3	129	33	11	21	33	1.89
68541941--68542108	33	5.1	32	78	4	93	33	10	22	33	1.88
68546875--68547062	40	4.7	40	90	1	279	25	28	22	23	1.99
68546855--68547066	80	2.7	79	89	3	327	26	27	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68554999--68555128	40	3.2	40	77	4	145	20	27	26	25	1.99
68563053--68563182	40	3.2	40	79	4	154	21	27	25	25	1.99
68566096--68566167	36	2.0	36	97	0	135	25	16	4	54	1.60
68567281--68567318	2	18.5	2	89	5	58	50	2	0	47	1.15
68570760--68570819	26	2.3	26	85	0	84	36	28	13	21	1.91
68577678--68577717	18	2.3	17	95	4	71	40	0	5	55	1.22
68579959--68580115	41	3.9	41	72	8	124	22	19	26	31	1.98
68579961--68580109	82	1.8	80	84	5	201	22	20	26	31	1.98
68587717--68587941	49	4.5	49	82	3	270	30	25	18	25	1.98
68587717--68587948	101	2.3	97	83	5	277	30	25	18	25	1.98
68594296--68594508	101	2.1	101	87	1	302	32	15	24	27	1.95
68594296--68594554	101	2.6	101	84	2	290	32	15	25	27	1.96
68597246--68597276	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
68597243--68597282	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
68597519--68597721	108	1.9	110	85	6	288	23	25	16	34	1.95
68597495--68597728	55	4.4	54	73	11	198	22	24	16	36	1.94
68604816--68604854	5	7.6	5	88	5	60	0	20	2	76	0.90
68614134--68614337	46	4.5	45	82	11	197	23	30	20	25	1.98
68621177--68621259	43	1.9	43	80	9	98	21	34	20	22	1.96
68622760--68622864	43	2.5	42	82	3	129	29	24	16	29	1.96
68627404--68627449	22	2.0	23	84	12	60	8	17	0	73	1.07
68633389--68633586	40	4.9	40	91	4	287	29	21	24	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68633396--68633621	80	2.8	80	85	7	246	29	19	24	25	1.99
68633389--68633621	120	1.9	120	80	10	271	28	20	25	25	1.99
68639045--68639087	8	5.4	8	83	10	52	20	0	2	76	0.89
68639045--68639092	16	3.0	16	90	0	69	22	0	2	75	0.91
68643240--68643390	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
68643277--68643406	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
68646429--68646556	50	2.7	47	79	11	129	28	20	29	21	1.98
68652641--68652810	48	3.5	48	92	0	286	38	7	23	31	1.82
68652777--68652844	34	2.0	34	88	0	100	33	5	23	36	1.79
68653009--68653155	37	4.0	37	96	0	267	23	19	31	25	1.98
68662935--68662975	13	3.2	13	83	13	57	14	31	31	21	1.94
68673059--68673086	12	2.3	12	100	0	56	35	28	28	7	1.84
68683791--68684006	47	4.6	46	75	13	151	23	30	18	27	1.98
68691383--68691507	47	2.7	47	82	6	148	23	31	17	28	1.97
68691478--68691603	46	2.7	46	81	7	139	21	27	21	29	1.98
68695261--68695321	25	2.4	27	76	13	67	36	3	1	59	1.24
68703170--68703218	25	2.0	25	91	0	80	32	18	6	42	1.75
68703492--68703579	29	3.1	29	85	1	115	26	12	30	30	1.93
68710544--68710574	8	3.9	8	95	0	53	41	25	25	6	1.79
68710785--68710909	29	4.3	29	87	2	171	28	14	29	28	1.95
68716934--68716977	22	2.0	22	86	0	61	52	4	2	40	1.34
68720458--68720527	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68724612--68725248	211	3.0	212	95	1	1170	36	20	7	35	1.81
68725698--68725734	15	2.5	15	95	0	65	16	29	13	40	1.86
68726842--68726888	23	2.0	23	87	0	67	42	23	8	25	1.82
68728948--68730999	687	3.0	686	96	0	3718	31	20	15	32	1.94
68733091--68733134	21	2.1	21	83	8	54	15	11	34	38	1.84
68747299--68747442	40	3.6	40	81	3	121	28	24	27	20	1.99
68747336--68747465	40	3.3	39	79	4	152	24	23	27	23	2.00
68760834--68760867	18	1.9	18	94	5	61	29	14	8	47	1.75
68768196--68768253	12	5.2	12	68	19	54	29	6	10	53	1.61
68768196--68768254	31	1.9	31	89	0	91	28	6	10	54	1.59
68769003--68769072	31	2.3	31	78	11	74	34	14	7	44	1.72
68771931--68771956	13	2.0	13	100	0	52	23	23	23	30	1.99
68772239--68772302	34	1.9	34	87	3	94	29	20	23	26	1.99
68774657--68774972	46	6.7	46	75	14	200	26	31	16	25	1.97
68774710--68774976	46	5.7	47	81	11	225	25	30	17	26	1.97
68778479--68778668	24	8.0	24	90	4	278	26	21	23	28	1.99
68778478--68778669	47	4.0	48	90	4	291	26	21	22	29	1.99
68778479--68778669	71	2.7	72	89	4	289	26	21	23	29	1.99
68778725--68778781	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
68778721--68778783	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
68780103--68780271	27	6.3	27	85	2	196	42	7	22	27	1.81
68780078--68780238	54	3.0	54	81	1	144	41	9	20	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68780114--68780272	81	2.0	81	88	2	239	43	8	22	25	1.81
68780951--68781535	27	21.7	27	85	3	577	41	9	22	27	1.84
68780953--68781535	81	7.2	81	85	3	735	41	9	22	27	1.84
68779432--68781119	848	2.0	848	99	0	3367	35	20	16	28	1.94
68780953--68781535	54	10.8	54	87	1	733	41	9	22	27	1.84
68786522--68786578	27	2.1	27	100	0	114	50	3	12	33	1.57
68787126--68787174	25	2.0	25	83	0	62	36	6	14	42	1.70
68789028--68789171	39	3.7	39	92	0	243	26	20	29	22	1.99
68789029--68789211	78	2.3	79	90	1	278	24	22	29	23	1.99
68793740--68793840	42	2.4	41	79	15	118	30	24	17	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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