genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  81  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23005330--23005500	93	1.8	93	91	2	281	28	28	20	22	1.99
23005325--23005508	46	4.0	45	72	18	155	29	27	19	23	1.98
23012809--23012979	93	1.8	93	87	0	252	29	27	20	22	1.99
23012804--23012973	46	3.7	46	73	10	148	30	27	19	23	1.98
23030737--23030801	30	2.2	30	94	0	112	16	23	35	24	1.95
23033101--23033186	37	2.3	37	91	0	136	23	32	18	25	1.97
23033231--23033614	48	8.0	48	91	0	597	30	27	6	35	1.82
23037069--23037297	40	5.8	40	94	2	383	26	27	20	25	1.99
23037069--23037297	78	2.9	79	92	3	372	26	27	20	25	1.99
23038474--23038559	37	2.3	37	95	0	154	23	32	19	24	1.98
23038604--23039746	48	24.0	48	90	2	1786	30	26	6	36	1.82
23038604--23039746	285	4.0	286	91	2	1780	30	26	6	36	1.82
23063984--23064028	19	2.4	19	85	3	56	33	8	11	46	1.70
23072316--23072414	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
23079984--23080082	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
23092163--23092238	27	2.8	27	83	0	89	39	19	17	23	1.92
23092647--23092710	33	1.9	33	84	6	85	28	23	23	25	2.00
23095675--23095804	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
23103747--23103876	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
23108173--23108234	27	2.3	27	97	0	115	45	29	3	22	1.68
23108241--23108344	27	3.9	27	76	2	102	37	20	18	24	1.94
23108725--23108808	33	2.8	28	73	16	78	22	25	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23108739--23108804	33	2.0	33	87	0	96	24	22	28	24	1.99
23111054--23111169	28	4.3	26	81	7	79	33	23	21	21	1.97
23111080--23111168	28	3.2	29	80	6	105	32	22	22	22	1.98
23113319--23113473	25	6.1	26	78	12	137	31	18	21	27	1.97
23113318--23113396	27	3.0	26	89	7	90	29	18	21	30	1.97
23124146--23124353	40	5.2	40	87	1	276	23	21	28	26	1.99
23124145--23124353	80	2.6	80	89	2	314	23	22	28	26	1.99
23126265--23126290	12	2.2	12	100	0	52	53	0	15	30	1.42
23139952--23140069	39	2.9	40	82	5	148	22	26	25	26	2.00
23147840--23147984	40	3.6	40	86	4	202	22	26	25	25	2.00
23149887--23149985	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
23157558--23157656	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
23160519--23160640	55	2.2	55	83	2	147	26	29	27	17	1.97
23161150--23161196	23	2.0	23	83	0	58	23	31	8	36	1.85
23167315--23167375	25	2.4	25	86	8	79	36	11	4	47	1.61
23168700--23168867	43	3.9	42	72	14	137	44	25	16	14	1.84
23168778--23168854	24	3.4	23	70	23	74	45	24	16	12	1.83
23168707--23168867	65	2.5	63	74	12	155	45	24	14	14	1.84
23178181--23178238	28	2.1	28	93	0	98	48	17	10	24	1.78
23178192--23178251	28	2.1	28	84	0	75	51	13	13	21	1.75
23178360--23178472	22	5.3	21	69	24	76	48	22	1	27	1.60
23178366--23178495	53	2.5	54	86	3	185	46	23	1	27	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23186627--23186742	43	2.7	43	80	10	130	31	25	16	26	1.96
23200849--23200944	48	2.0	48	95	0	174	26	23	13	36	1.92
23203384--23203432	25	2.0	24	96	4	89	65	4	14	16	1.42
23204195--23204224	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
23205768--23205801	5	6.6	5	93	6	59	17	0	0	82	0.67
23205768--23205802	16	2.2	16	100	0	70	17	0	0	82	0.66
23211507--23211674	40	4.2	40	82	2	196	25	27	22	25	2.00
23215981--23216074	40	2.4	40	96	1	172	20	19	30	29	1.97
23224428--23224556	40	3.2	40	94	0	222	24	17	28	28	1.98
23227808--23227932	58	2.2	57	84	13	161	50	6	16	26	1.69
23239471--23239519	18	2.7	18	77	0	62	24	4	24	46	1.69
23252213--23252255	22	2.0	22	95	0	77	55	13	11	18	1.68
23253705--23253839	48	2.9	48	93	2	220	27	20	28	24	1.99
23263751--23263789	19	2.1	19	90	0	60	48	20	12	17	1.80
23268458--23268513	27	2.1	27	86	6	78	23	23	21	32	1.98
23269587--23269753	24	7.0	24	86	3	221	28	20	20	29	1.98
23269803--23269869	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
23269803--23269858	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
23277614--23277709	24	4.0	24	83	4	122	28	20	19	31	1.97
23277759--23277825	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
23277759--23277814	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
23281068--23281130	24	2.6	24	100	0	126	34	26	17	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23284167--23284222	29	2.0	28	82	10	69	28	7	16	48	1.72
23290601--23290801	93	2.2	93	87	2	280	39	7	19	32	1.81
23290803--23291018	69	3.1	70	83	9	259	41	5	18	35	1.73
23291239--23291428	69	2.8	67	83	4	245	37	7	16	38	1.77
23291590--23291631	21	2.0	21	90	0	66	50	0	11	38	1.40
23293188--23293237	19	2.5	20	90	6	84	34	20	22	24	1.97
23293904--23294062	39	4.1	39	75	7	151	44	20	3	30	1.69
23293905--23294060	78	2.0	79	85	6	210	44	19	3	31	1.69
23298008--23298128	39	3.1	39	84	3	156	17	22	28	31	1.96
23302583--23302724	67	2.1	67	84	5	176	30	21	28	19	1.97
23302654--23302705	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
23302952--23303414	27	17.2	27	85	4	524	25	20	17	36	1.94
23302950--23303414	81	5.8	81	87	0	608	25	20	17	36	1.94
23303435--23303766	27	12.3	26	83	3	268	31	9	20	38	1.85
23303399--23303555	81	1.9	81	81	2	190	31	9	21	37	1.85
23303507--23303766	27	9.6	27	89	0	367	31	9	20	39	1.84
23309048--23309087	13	3.1	13	100	0	80	15	30	32	22	1.94
23309702--23309744	10	4.1	10	80	11	50	13	2	27	55	1.51
23313536--23313599	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
23313792--23313981	24	8.0	24	91	4	287	25	21	23	28	1.99
23313792--23313981	47	4.0	48	91	4	287	25	21	23	28	1.99
23313792--23313981	71	2.7	72	90	4	296	25	21	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23314039--23314095	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
23314035--23314097	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
23314134--23314181	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
23315419--23315752	27	12.6	27	84	5	414	39	9	23	27	1.85
23315418--23315783	78	4.6	80	83	8	338	38	9	23	28	1.86
23315418--23315804	81	4.9	80	81	9	308	38	9	23	28	1.86
23318595--23318658	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
23318850--23319014	24	7.0	24	88	6	230	26	21	23	29	1.99
23318849--23319014	46	3.5	48	88	6	232	25	21	22	29	1.99
23318849--23319014	70	2.3	70	90	4	253	25	21	22	29	1.99
23319071--23319127	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
23319067--23319129	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
23320448--23320781	27	12.7	26	80	10	333	40	8	22	28	1.84
23320449--23320781	52	6.3	53	82	7	394	39	9	22	28	1.84
23320449--23320779	79	4.2	82	83	8	407	40	8	22	28	1.84
23325447--23325542	44	2.2	42	82	14	108	25	18	25	31	1.98
23325483--23325570	42	2.0	44	85	12	121	25	15	25	34	1.95
23328193--23328233	22	1.9	22	85	5	57	24	9	26	39	1.86
23335206--23335413	40	5.2	40	81	5	233	25	22	25	26	2.00
23342213--23342269	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
23343477--23343597	62	2.0	62	96	0	224	41	19	4	34	1.73
23344170--23344220	25	2.0	25	84	0	66	37	15	9	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23345474--23345498	11	2.3	11	100	0	50	64	0	28	8	1.22
23361062--23361141	39	2.1	39	90	0	124	27	20	10	42	1.83
23366540--23366706	42	4.0	42	88	0	244	21	17	29	31	1.96
23385461--23385631	46	3.7	46	89	1	254	30	28	19	21	1.97
23393990--23394109	59	2.0	59	98	0	231	35	18	15	30	1.92
23404040--23404260	28	7.9	28	91	0	327	27	23	11	37	1.90
23408414--23408466	22	2.3	23	80	9	63	43	16	28	11	1.83
23409300--23409438	42	3.4	40	77	8	138	43	17	21	17	1.87
23409283--23409438	41	3.8	41	75	9	140	43	17	21	17	1.88
23409527--23409569	21	2.0	21	86	8	61	34	34	0	30	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325