Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  262  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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5
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100
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24
1.98
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47
5.7
47
76
9
178
27
18
28
24
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.0
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27
28
16
27
1.97
81838947--81839376
194
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463
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28
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2.0
20
100
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5
118
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1
0
32
1.01
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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G
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Entropy
(0-2)
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1.96
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2.2
73
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256
34
22
17
25
1.95
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82
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205
35
19
18
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1.95
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280
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23
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1.97
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3.1
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51
76
2
7
12
1.09
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81926971--81927008
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18
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17
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100
0
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22
26
24
27
1.99
81947134--81947160
14
1.9
14
100
0
54
59
0
0
40
0.98
81947390--81947446
18
3.1
19
80
14
66
33
1
7
57
1.36
81948133--81948249
9
12.5
10
69
20
67
36
2
0
59
1.17
81948157--81948266
35
3.1
34
76
14
125
36
4
0
58
1.25
81948359--81948520
83
2.0
82
91
1
261
60
5
0
33
1.24
81948455--81948530
32
2.3
32
80
6
82
67
5
0
27
1.12
81950316--81950350
2
16.5
2
88
11
52
45
2
2
48
1.32
81957402--81957451
15
3.3
15
78
15
59
76
2
0
22
0.89
81957402--81957451
5
10.0
5
75
16
50
76
2
0
22
0.89
81957409--81957460
24
2.2
24
82
6
61
75
3
1
19
1.06
81964449--81964494
22
2.0
22
84
12
58
54
13
2
30
1.50
81969184--81969584
204
2.0
205
84
2
538
23
17
26
32
1.97
81969284--81969587
68
4.5
68
73
12
257
23
17
27
31
1.97
81971238--81971342
32
3.3
32
94
0
174
28
3
25
41
1.73
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81976205--81976373
93
1.8
93
84
3
234
33
8
13
44
1.74
81977061--81977304
4
61.2
4
70
20
113
25
2
17
54
1.56
81977078--81977240
9
18.2
9
68
20
76
27
1
15
55
1.51
81977098--81977205
35
3.0
34
79
15
112
25
1
15
56
1.50
81977104--81977299
81
2.4
81
78
17
205
26
2
16
55
1.53
81977323--81977379
29
1.9
30
85
3
80
22
7
14
56
1.62
81977383--81977429
13
3.7
13
78
16
62
29
2
14
53
1.53
81985106--81985277
48
3.6
48
81
3
222
20
27
19
31
1.97
81985106--81985277
94
1.8
95
89
3
276
20
27
19
31
1.97
81985064--81985326
94
2.8
92
79
11
257
22
27
19
30
1.98
81990081--81990112
16
2.1
16
88
11
50
21
21
6
50
1.71
81990665--81990723
28
2.1
28
90
0
91
57
5
30
6
1.46
81996710--81996766
19
3.1
17
80
17
53
36
1
0
61
1.07
82005189--82005220
16
1.9
17
93
6
57
65
3
0
31
1.08
82007790--82007822
2
16.5
2
93
0
57
48
0
0
51
1.00
82008423--82008479
22
2.8
19
69
23
53
26
31
14
28
1.94
82008954--82009015
30
2.1
30
96
0
115
27
16
17
38
1.91
82009551--82009606
11
4.9
11
80
8
58
33
1
0
64
1.04
82011566--82011699
54
2.4
54
84
9
155
26
18
23
30
1.98
82011734--82012053
46
7.0
46
92
0
453
40
14
23
21
1.90
82014592--82014636
23
2.0
22
86
4
63
17
17
22
42
1.89
82017806--82017851
24
1.9
24
95
0
83
26
8
39
26
1.85
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
82019952--82019995
17
2.5
17
81
3
52
31
4
6
56
1.46
82022711--82022794
28
3.1
27
72
17
75
63
3
2
30
1.24
82022658--82022789
8
14.6
9
68
22
55
61
3
2
33
1.24
82037140--82037190
21
2.4
21
80
6
59
17
31
25
25
1.97
82038169--82038408
132
1.8
132
84
0
327
37
20
17
24
1.94
82038718--82038778
3
20.3
3
96
0
113
67
1
0
31
1.01
82038796--82038893
22
4.7
21
68
18
62
62
4
1
32
1.21
82039105--82039184
3
26.3
3
72
20
53
65
1
3
30
1.18
82039103--82039185
12
6.6
12
76
16
71
65
1
3
30
1.17
82039105--82039166
18
3.3
18
81
14
72
62
1
3
32
1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325