genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.146.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44714026--44714147	49	2.5	49	89	0	190	29	9	31	28	1.89
44714244--44714328	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
44718369--44718401	16	2.1	16	100	0	66	45	12	6	36	1.66
44719964--44720056	46	2.0	46	100	0	186	39	17	6	36	1.75
44720650--44720850	55	3.7	54	80	4	192	22	24	17	34	1.96
44720661--44720863	109	1.9	108	85	3	282	22	24	17	36	1.94
44720836--44720957	47	2.6	47	94	0	217	26	24	13	36	1.92
44720980--44721084	45	2.3	45	83	3	120	20	22	21	34	1.97
44730689--44730731	20	2.2	20	95	0	77	55	0	2	41	1.12
44730808--44730844	19	1.9	19	100	0	74	48	8	10	32	1.67
44730807--44730851	19	2.3	19	88	3	72	48	6	11	33	1.65
44732234--44732437	54	3.8	54	91	1	293	24	22	15	38	1.92
44732410--44732531	47	2.6	47	93	2	210	26	24	13	36	1.92
44732668--44732754	44	2.0	44	81	4	104	26	26	11	35	1.90
44739947--44740122	46	3.8	46	80	10	205	20	21	29	28	1.98
44739944--44740115	93	1.8	93	93	0	299	20	21	29	27	1.98
44747503--44747678	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
44747500--44747671	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
44755928--44755999	28	2.5	28	88	6	101	26	26	16	30	1.97
44760777--44760958	39	4.6	40	82	4	181	27	22	26	23	2.00
44762637--44762727	24	3.8	24	97	0	164	35	27	17	19	1.95
44762710--44762783	29	2.6	29	95	0	130	27	32	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44766802--44766994	29	6.7	29	98	0	368	26	16	32	24	1.96
44770292--44770554	49	5.4	49	96	0	456	28	8	32	29	1.87
44770292--44770554	97	2.7	97	93	0	454	28	8	32	29	1.87
44770287--44770610	146	2.2	145	82	4	418	30	8	31	30	1.87
44770656--44770777	37	3.3	37	96	0	217	25	18	33	22	1.97
44777970--44778079	54	2.0	54	98	0	211	30	7	21	40	1.81
44779986--44780035	25	2.0	25	100	0	100	12	20	24	44	1.85
44779982--44780041	25	2.4	25	88	2	93	15	18	20	46	1.84
44785582--44785734	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.99
44785551--44785733	78	2.3	79	90	1	278	23	29	22	24	1.99
44793599--44793751	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.99
44793568--44793750	78	2.3	79	90	1	278	23	29	22	24	1.99
44795742--44795803	31	2.0	31	96	0	115	22	14	12	50	1.77
44799117--44799169	27	1.9	27	84	3	70	41	13	11	33	1.80
44799126--44799224	27	3.7	27	83	5	103	40	18	11	30	1.85
44799126--44799232	54	2.0	54	81	7	128	38	19	11	30	1.87
44799272--44799343	37	1.9	37	85	0	99	25	30	6	37	1.82
44799221--44799307	27	3.2	27	96	0	156	28	32	5	33	1.81
44799309--44799444	27	5.0	27	81	1	146	30	18	6	44	1.75
44799309--44799414	55	1.9	55	90	0	167	29	17	7	45	1.76
44799394--44799642	27	9.1	27	77	6	146	38	20	8	32	1.83
44799435--44799560	54	2.3	54	89	2	182	39	21	9	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44799394--44799673	27	10.3	27	77	4	143	36	20	9	33	1.84
44799691--44799768	27	2.9	27	75	11	79	35	20	20	23	1.96
44800925--44800972	25	2.0	24	83	4	60	31	25	18	25	1.98
44801011--44801067	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
44801009--44801079	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
44801020--44801074	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
44801125--44801245	24	5.0	24	90	8	183	30	20	21	27	1.98
44801438--44801500	30	2.1	31	87	3	92	36	14	23	25	1.93
44807689--44807763	31	2.4	31	97	0	141	26	25	18	29	1.98
44808009--44808137	26	5.1	26	93	1	201	28	20	20	29	1.98
44808931--44808995	27	2.4	27	79	5	69	21	23	18	36	1.95
44809048--44809144	29	3.5	28	82	12	112	34	9	16	40	1.80
44809138--44809259	27	4.6	26	81	3	136	30	9	19	40	1.84
44809138--44809259	54	2.3	53	84	1	154	30	9	19	40	1.84
44809167--44809292	54	2.3	54	80	2	146	31	11	17	38	1.86
44809295--44809482	27	7.1	26	86	4	243	38	6	25	29	1.82
44809295--44809482	81	2.4	79	90	3	297	38	6	25	29	1.82
44810839--44810955	41	2.7	41	79	11	110	24	17	28	29	1.97
44811925--44812007	34	2.4	34	91	2	130	32	6	14	46	1.69
44825796--44825894	27	3.7	26	77	6	83	40	22	9	28	1.84
44826421--44826489	32	2.2	32	81	0	75	33	18	18	28	1.95
44833502--44833558	27	2.1	27	87	3	80	35	22	8	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44833510--44833598	27	3.3	27	80	11	94	37	15	13	33	1.87
44833954--44834009	20	2.6	22	86	11	89	28	21	19	30	1.98
44834133--44834201	32	2.2	32	81	5	77	33	20	17	28	1.95
44839614--44839735	43	2.9	43	88	1	192	27	21	29	22	1.99
44840298--44840332	16	2.1	18	89	10	56	25	11	17	45	1.81
44843145--44843234	27	3.4	27	81	1	110	32	23	12	32	1.91
44843143--44843254	54	2.1	54	83	3	136	35	23	9	31	1.87
44843145--44843282	27	5.1	27	75	9	95	34	21	10	33	1.88
44852033--44852176	55	2.6	55	80	0	162	27	29	28	14	1.95
44856070--44856118	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
44856938--44857103	40	4.2	39	77	9	158	25	21	27	24	1.99
44864058--44864106	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
44864923--44865089	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
44877079--44877110	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
44877761--44877831	27	2.6	27	88	4	99	40	22	8	28	1.83
44877761--44877872	27	4.1	27	82	2	93	38	19	12	29	1.89
44880502--44880538	12	3.1	12	84	0	56	16	29	35	18	1.93
44880792--44880836	21	2.1	21	95	0	81	33	24	20	22	1.97
44882272--44882305	16	2.1	17	88	5	52	14	0	14	70	1.17
44891977--44892344	40	9.3	40	81	4	370	25	27	17	30	1.97
44891979--44892344	80	4.6	80	82	4	411	25	27	16	30	1.97
44891979--44892325	158	2.2	160	84	3	461	25	27	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44891979--44892368	118	3.3	120	84	2	466	24	26	17	31	1.97
44898559--44898741	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
44905978--44906160	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
44908195--44908232	13	3.2	12	82	10	51	34	26	2	36	1.71
44915229--44915264	15	2.4	15	100	0	72	44	19	5	30	1.73
44918745--44918912	40	4.2	40	80	5	189	26	27	21	25	1.99
44929132--44929194	20	3.2	20	71	8	65	19	28	19	33	1.96
44929083--44929266	40	4.6	40	80	0	190	21	27	17	33	1.96
44943248--44943346	41	2.4	41	80	11	114	25	24	24	26	2.00
44943829--44943982	29	5.3	29	96	0	281	24	32	16	26	1.96
44946024--44946113	37	2.4	36	90	3	144	24	33	17	24	1.96
44946209--44946423	49	4.4	49	96	0	367	29	32	9	28	1.88
44953236--44953283	18	2.7	18	81	12	71	41	14	10	33	1.80
44955573--44955632	29	2.1	27	82	11	68	28	26	23	21	1.99
44960831--44960865	16	2.2	16	94	0	61	51	11	22	14	1.74
44960831--44960889	24	2.5	24	73	15	59	49	13	20	16	1.80
44965567--44966393	412	2.0	412	98	0	1600	35	14	13	36	1.86
44969977--44970028	25	2.0	25	82	10	61	25	15	19	40	1.90
44971512--44971620	26	4.2	26	91	0	182	36	23	6	33	1.81
44975938--44976065	46	2.8	46	93	0	211	19	21	29	29	1.97
44978029--44978074	24	2.0	23	82	4	56	41	10	19	28	1.85
44982982--44983109	46	2.8	46	92	1	213	19	21	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44986218--44986508	43	6.8	43	88	2	415	29	26	17	26	1.97
44987574--44987602	14	2.0	15	93	6	51	48	20	0	31	1.50
44992917--44993012	43	2.2	43	86	0	129	31	27	14	27	1.95
44993574--44993603	15	2.0	15	93	0	51	56	16	0	26	1.40
44997020--44997071	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
44997087--44997145	31	1.9	30	86	3	82	23	22	18	35	1.96
44998570--44998596	11	2.5	11	100	0	54	37	7	18	37	1.79
44999446--44999483	19	2.0	19	85	10	51	18	0	36	44	1.50
45002663--45002846	40	4.7	40	84	7	225	25	28	22	23	1.99
45002665--45002846	79	2.3	79	83	6	217	25	28	22	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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