genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.128.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38622722--38622955	96	2.4	97	82	3	285	26	30	17	25	1.97
38624482--38624614	66	2.0	66	97	0	248	31	19	12	36	1.88
38628875--38629025	29	5.2	29	83	4	171	35	15	24	25	1.94
38628881--38629025	58	2.5	58	86	2	193	35	13	25	25	1.93
38635020--38635251	40	5.8	40	92	0	383	26	28	19	25	1.99
38637080--38637170	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
38637210--38637409	48	4.2	48	92	0	328	30	27	6	35	1.82
38637380--38637585	96	2.1	96	91	4	290	31	29	7	31	1.86
38637401--38637591	96	2.0	95	95	4	348	30	29	8	31	1.87
38637401--38637591	49	3.9	49	97	1	359	30	29	8	31	1.87
38661178--38661222	19	2.3	19	84	3	54	51	13	4	31	1.61
38667571--38667608	20	1.9	20	88	0	58	42	7	13	36	1.73
38669623--38669770	42	3.5	44	77	5	142	26	16	25	31	1.96
38678569--38678735	40	4.2	40	82	5	180	25	26	22	25	2.00
38679682--38679847	42	3.9	42	78	7	158	25	15	25	34	1.94
38685727--38685876	40	3.8	40	79	8	137	23	23	28	24	1.99
38693728--38693839	40	2.8	40	82	8	138	23	24	28	24	2.00
38695267--38695325	29	2.0	29	90	0	91	30	11	33	23	1.91
38695273--38695334	29	2.1	29	81	0	70	33	11	32	22	1.90
38696760--38696932	93	1.9	93	88	0	265	20	20	29	28	1.98
38702641--38702807	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
38702641--38702807	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38703632--38703677	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
38710642--38710807	40	4.2	40	81	3	176	24	27	21	25	1.99
38710658--38710769	39	2.8	38	85	4	134	25	29	22	23	1.99
38710658--38710807	79	1.9	78	83	6	196	24	28	22	26	1.99
38715802--38715842	17	2.4	17	91	0	64	0	12	4	82	0.81
38742207--38742653	245	1.8	245	98	0	867	28	30	14	25	1.95
38755647--38755679	7	4.7	7	100	0	66	15	0	27	57	1.38
38755916--38755978	32	2.0	32	100	0	126	26	6	15	50	1.68
38762695--38762762	25	2.9	23	73	10	66	63	1	2	32	1.18
38762849--38762893	24	1.9	23	86	4	63	62	0	2	35	1.08
38763277--38763301	13	1.9	13	100	0	50	40	16	0	44	1.47
38764101--38764139	18	2.2	18	90	4	62	17	0	7	74	1.05
38765963--38766103	27	5.2	27	80	11	155	36	22	21	18	1.95
38765963--38766102	54	2.6	54	93	2	228	37	22	21	18	1.94
38766209--38766271	26	2.3	26	83	5	72	31	11	23	33	1.90
38767689--38767744	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
38771335--38771369	16	2.2	16	100	0	70	17	28	14	40	1.88
38772968--38773122	26	5.9	25	83	11	127	35	22	22	19	1.96
38772968--38773122	52	3.0	54	89	7	232	35	22	22	19	1.96
38774608--38774715	26	4.2	26	97	0	207	36	26	6	30	1.82
38776332--38776361	13	2.3	13	94	0	51	30	46	10	13	1.75
38784172--38784272	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38784172--38784354	40	4.6	40	82	3	181	27	22	26	23	1.99
38792255--38792355	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
38792255--38792437	40	4.6	40	82	3	181	27	22	26	23	1.99
38797994--38798135	40	3.5	41	77	12	134	22	28	24	24	2.00
38805988--38806129	40	3.5	41	77	12	134	22	28	24	24	2.00
38808664--38808847	67	2.8	64	76	8	185	30	17	29	22	1.97
38811143--38811193	18	2.8	18	90	0	84	17	37	27	17	1.93
38812993--38813198	48	4.3	48	79	7	222	26	24	19	29	1.99
38812933--38813203	143	1.9	139	80	8	307	26	25	20	27	1.99
38821327--38821369	22	2.0	22	81	9	52	79	0	4	16	0.90
38825531--38825575	10	5.0	9	84	15	58	77	0	2	20	0.87
38826001--38826035	15	2.4	14	86	9	52	40	0	14	45	1.45
38834755--38834847	42	2.2	42	92	0	150	35	15	21	27	1.93
38835081--38835110	15	1.9	16	93	6	53	33	0	26	40	1.57
38837007--38837081	37	2.0	37	100	0	150	30	29	10	29	1.91
38838979--38839203	40	5.6	40	83	3	281	25	28	22	24	2.00
38838979--38839203	83	2.8	80	83	4	274	25	28	22	24	2.00
38841362--38841680	46	6.7	47	74	12	179	22	30	18	27	1.98
38842395--38842428	10	3.3	10	91	4	50	32	0	5	61	1.20
38842400--38842432	5	6.6	5	92	0	57	36	0	3	60	1.12
38844194--38844296	45	2.3	45	87	0	143	20	19	18	41	1.90
38844459--38844736	18	15.1	18	72	10	168	37	11	14	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38846088--38846117	7	4.3	7	91	0	51	43	26	0	30	1.55
38846456--38846492	19	1.9	19	100	0	74	37	24	16	21	1.93
38846932--38846993	16	3.9	16	78	14	67	6	1	16	75	1.08
38850719--38850801	41	2.0	41	100	0	166	36	4	16	42	1.70
38855661--38855714	25	2.2	25	82	0	63	7	24	14	53	1.66
38856511--38856566	28	2.0	28	86	3	78	58	3	3	33	1.32
38865230--38865280	17	2.6	21	73	23	65	23	13	29	33	1.93
38865242--38865277	17	2.1	17	100	0	72	19	11	33	36	1.87
38866579--38866653	3	26.0	3	72	12	50	4	26	1	68	1.16
38866990--38867015	7	3.7	7	100	0	52	30	26	0	42	1.56
38867746--38867917	85	2.0	85	87	2	247	48	7	9	34	1.64
38868578--38868615	19	2.0	20	84	5	51	57	2	0	39	1.12
38869204--38869267	30	2.2	29	83	8	76	48	0	3	48	1.17
38869212--38869268	30	1.9	30	86	10	82	47	0	3	49	1.18
38869834--38869864	2	15.5	2	93	0	53	48	0	0	51	1.00
38871395--38871457	33	1.9	32	90	3	99	36	19	3	41	1.67
38873187--38873258	13	5.5	13	78	6	65	36	19	16	27	1.93
38873266--38873320	13	4.2	13	78	0	56	20	12	43	23	1.86
38874149--38874205	28	2.0	29	82	3	71	40	3	22	33	1.71
38874685--38874850	43	3.9	43	83	2	183	27	16	25	30	1.97
38875972--38876059	42	2.1	42	93	0	149	31	34	15	18	1.92
38876955--38877175	47	4.8	44	73	8	165	25	30	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38877032--38877130	48	2.1	48	81	5	112	25	32	15	27	1.95
38884996--38885082	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
38885146--38885380	49	4.8	49	95	1	389	29	31	8	29	1.88
38885256--38885509	129	2.0	129	96	0	463	27	31	10	30	1.90
38885305--38885460	80	2.0	80	100	0	312	26	32	10	30	1.90
38885390--38885638	49	5.1	49	93	0	399	27	29	10	32	1.90
38885210--38885558	178	2.0	178	92	0	590	27	31	10	30	1.90
38885161--38885596	227	1.9	227	92	0	737	28	30	9	30	1.89
38889481--38889663	79	2.3	79	91	1	296	25	28	22	24	1.99
38889513--38889688	79	2.2	79	87	5	257	28	27	21	22	1.99
38889481--38889663	40	4.6	40	93	2	298	25	28	22	24	1.99
38889672--38889784	40	2.8	40	81	6	122	26	27	20	25	1.99
38889483--38889777	119	2.5	118	79	8	289	27	28	20	23	1.99
38891643--38891729	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
38891793--38892027	49	4.8	49	95	1	389	29	31	8	29	1.88
38891857--38892203	176	2.0	177	91	1	570	27	31	10	30	1.90
38891903--38892154	127	2.0	128	94	1	443	26	31	10	30	1.90
38892037--38892283	49	5.1	49	93	1	399	27	29	10	32	1.90
38891808--38892241	225	1.9	226	91	0	717	28	30	9	31	1.89
38896109--38896264	40	4.0	39	92	5	262	27	26	21	24	1.99
38896109--38896258	78	1.9	80	94	2	268	27	26	21	24	1.99
38898236--38898322	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38898386--38898620	49	4.8	49	95	1	389	29	31	8	29	1.88
38898496--38898749	129	2.0	129	96	0	463	27	31	10	30	1.90
38898545--38898700	80	2.0	80	100	0	312	26	32	10	30	1.90
38898630--38898877	49	5.1	49	93	0	390	27	29	10	32	1.90
38898450--38898798	178	2.0	178	92	0	590	27	31	10	30	1.90
38898401--38898836	227	1.9	227	92	0	737	28	30	9	30	1.89
38900351--38900434	29	2.9	29	92	0	141	27	30	14	27	1.95
38908424--38908507	29	2.9	29	92	0	141	27	30	14	27	1.95
38909833--38909865	13	2.4	14	90	5	50	0	15	0	84	0.61
38910594--38910632	19	2.0	19	85	14	53	74	0	7	17	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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