genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74723196--74723227	3	10.7	3	100	0	64	68	0	31	0	0.90
74724475--74724502	14	2.0	14	100	0	56	14	28	14	42	1.84
74724576--74724619	22	2.0	22	95	0	79	27	13	15	43	1.85
74737330--74737445	39	3.0	39	79	1	126	26	4	25	43	1.73
74741783--74741833	26	2.0	26	85	7	70	49	0	1	49	1.12
74753525--74753623	50	2.0	50	97	0	189	41	12	22	24	1.87
74753791--74753912	62	2.0	63	83	8	160	53	12	1	32	1.48
74755434--74755458	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
74758147--74758188	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
74758863--74758910	4	12.0	4	100	0	96	25	25	0	50	1.50
74762549--74762595	18	2.4	20	82	10	62	46	2	8	42	1.46
74770969--74771078	46	2.4	46	83	7	136	23	27	19	30	1.98
74775500--74775671	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
74775493--74775668	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
74780767--74780885	46	2.6	44	82	6	141	26	26	17	29	1.98
74780808--74780980	46	3.7	46	78	9	145	23	27	18	30	1.98
74782865--74782923	29	2.0	29	93	0	100	33	11	11	42	1.78
74785504--74785543	19	2.1	19	86	9	55	32	5	5	57	1.42
74791077--74791244	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
74793954--74794008	24	2.3	24	83	0	65	14	34	7	43	1.73
74797428--74797514	44	2.0	44	93	4	149	16	20	8	55	1.66
74801096--74801183	44	2.0	44	91	4	142	17	22	10	50	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74801524--74801794	50	5.5	50	82	6	290	21	27	21	29	1.98
74803556--74803598	9	4.8	9	80	11	52	41	0	34	23	1.55
74805785--74805816	15	2.1	15	94	0	55	37	12	9	40	1.75
74818870--74819652	70	11.1	70	78	3	667	31	21	16	30	1.95
74818880--74819652	210	3.7	208	80	3	789	31	21	16	30	1.95
74819225--74819604	139	2.7	141	79	6	346	32	21	16	30	1.95
74819661--74820005	58	5.9	58	78	3	298	34	11	12	41	1.80
74821601--74821752	41	3.7	41	91	0	234	31	21	25	21	1.98
74822209--74822256	19	2.5	20	90	6	73	70	4	2	22	1.15
74822667--74822693	7	3.9	7	100	0	54	29	0	55	14	1.40
74826732--74826820	44	2.0	44	100	0	178	26	13	13	46	1.80
74827532--74827579	20	2.4	21	82	10	64	22	2	6	68	1.23
74838176--74838218	21	2.0	22	86	4	61	51	6	0	41	1.29
74838520--74838554	17	2.1	17	94	0	61	42	0	5	51	1.25
74841762--74841786	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
74842801--74842979	39	4.5	39	89	4	254	18	20	29	31	1.97
74845486--74845535	25	2.0	25	100	0	100	44	8	8	40	1.63
74849844--74849885	19	2.0	22	86	13	63	28	2	16	52	1.56
74851935--74852075	40	3.6	39	74	12	119	26	17	24	31	1.97
74862989--74863133	71	2.0	71	100	0	290	41	24	9	24	1.85
74868015--74868067	24	2.1	26	86	6	74	11	18	28	41	1.85
74868118--74868211	47	2.0	47	91	4	154	21	19	27	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74879441--74879470	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
74880706--74880778	30	2.5	29	82	4	92	60	0	1	38	1.06
74880954--74881094	10	14.4	9	66	17	52	26	4	2	66	1.24
74880954--74881036	39	2.1	39	82	8	98	25	6	2	66	1.27
74881035--74881096	8	6.9	8	75	20	52	27	1	3	67	1.15
74881047--74881126	29	2.7	30	83	11	85	32	1	3	62	1.21
74892415--74892451	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
74892457--74892510	25	2.1	27	83	13	69	55	0	0	44	0.99
74892459--74892550	38	2.4	37	77	13	98	53	1	1	44	1.15
74892564--74892606	22	2.0	21	86	4	59	48	0	0	51	1.00
74898077--74898360	43	6.6	43	84	2	311	29	26	18	26	1.98
74898074--74898329	85	3.0	85	82	2	307	28	26	18	25	1.98
74898074--74898360	128	2.2	128	79	4	308	30	25	18	25	1.98
74898381--74898423	22	1.9	23	85	4	61	37	0	4	58	1.19
74902165--74902209	16	2.8	16	86	0	63	37	0	0	62	0.96
74903515--74903592	38	2.1	38	100	0	156	50	10	16	23	1.76
74904263--74904344	38	2.1	39	86	2	112	48	6	13	31	1.67
74904796--74904833	20	2.0	20	89	5	60	71	7	0	21	1.11
74905587--74905682	39	2.5	38	82	1	120	47	8	5	38	1.56
74907122--74907154	15	2.2	15	100	0	66	39	0	12	48	1.40
74907181--74907212	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
74908094--74908127	12	2.8	13	91	8	54	26	14	0	58	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74908900--74909132	72	3.2	72	79	1	243	41	13	18	27	1.87
74908852--74909147	24	12.3	24	74	3	193	41	13	17	27	1.86
74909087--74909179	24	3.8	24	73	1	78	44	12	16	26	1.84
74909517--74909776	54	4.8	52	81	4	196	39	13	18	28	1.88
74909504--74909778	108	2.5	108	82	1	300	40	14	17	27	1.89
74909520--74909830	54	5.8	53	76	6	187	38	13	18	29	1.89
74909564--74909830	108	2.5	108	80	2	277	39	13	18	28	1.88
74909982--74910026	22	2.0	22	100	0	90	44	13	13	28	1.81
74917828--74917878	21	2.3	23	83	6	61	39	0	0	60	0.97
74917819--74917886	30	2.2	32	84	5	86	36	0	1	61	1.05
74928739--74928892	40	3.8	40	80	1	157	25	25	21	27	1.99
74931143--74931214	31	2.4	30	90	2	108	58	4	1	36	1.26
74931814--74931858	21	2.1	21	100	0	90	44	13	4	37	1.64
74934520--74934580	30	2.0	30	83	0	77	31	24	6	37	1.81
74944093--74944249	43	3.7	42	82	8	174	26	19	23	31	1.98
74945650--74945759	26	4.2	26	94	2	177	34	4	24	36	1.76
74947213--74947276	26	2.4	26	86	5	83	31	25	14	29	1.94
74947378--74947492	27	4.3	26	84	7	140	16	22	23	37	1.94
74947378--74947492	54	2.1	54	87	3	160	16	22	23	37	1.94
74955506--74955688	39	4.6	39	86	0	231	24	22	30	22	1.99
74958077--74958249	43	4.0	43	76	12	158	24	18	25	31	1.98
74963313--74963377	32	2.0	32	96	0	121	35	9	16	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74968760--74969013	46	5.5	47	73	18	180	29	17	28	24	1.97
74968765--74969030	139	1.9	138	82	7	333	28	18	28	24	1.98
74968804--74969118	46	6.8	46	71	15	145	27	17	28	25	1.97
74973378--74973421	13	3.2	14	81	15	56	59	0	0	40	0.98
74975539--74975735	70	2.8	70	89	6	276	32	18	28	20	1.96
74975573--74975735	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
74982645--74982842	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
74982711--74982828	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
74982679--74982842	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
74988098--74988264	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
74996088--74996208	40	3.3	34	75	22	95	24	28	22	24	2.00
74996102--74996244	40	3.6	40	83	2	146	22	27	23	27	1.99
75003297--75003326	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
75004092--75004161	13	5.3	13	68	1	50	35	21	5	37	1.77
75004244--75004513	46	5.9	46	90	0	353	21	21	14	41	1.89
75004973--75005024	23	2.2	23	86	3	68	30	25	30	13	1.94
75004979--75005040	23	2.5	25	79	12	74	29	24	29	17	1.97
75007135--75007183	21	2.5	18	73	20	53	46	4	2	46	1.33
75008075--75008099	13	1.9	13	100	0	50	16	0	16	68	1.22
75008815--75009075	46	5.5	48	80	8	220	28	19	28	22	1.98
75010847--75010895	25	2.0	25	95	0	89	38	24	10	26	1.87
75012709--75012781	35	2.1	35	100	0	146	39	19	5	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75016729--75016897	58	2.9	58	93	0	286	28	29	18	22	1.98
75016736--75016894	29	5.5	29	70	12	112	29	28	19	22	1.98
75017062--75017439	43	8.9	43	97	1	674	30	33	24	10	1.89
75022822--75022990	58	2.9	58	93	0	286	28	29	18	22	1.98
75022829--75022987	29	5.5	29	70	12	112	29	28	19	22	1.98
75023144--75023532	43	9.2	43	94	3	655	31	33	24	11	1.90
75023144--75023532	127	3.1	127	93	2	649	31	33	24	11	1.90
75023144--75023531	170	2.3	169	92	3	647	31	33	24	11	1.90
75036309--75036358	19	2.6	19	100	0	100	16	34	34	16	1.90
75039554--75039636	3	27.3	3	73	20	59	65	1	3	30	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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