Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  287  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88534962--88535001
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88536580--88536661
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3.0
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0
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0.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
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Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.0
251
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2.1
22
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13
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1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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20
22
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1.95
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1.97
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51
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1.31
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29
2.3
29
84
5
82
52
4
2
40
1.37
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88625471--88625562
9
10.0
9
73
13
80
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1
1
39
1.12
88625472--88625562
29
3.3
29
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11
86
58
1
1
39
1.13
88625472--88625566
20
5.2
18
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81
58
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1
38
1.12
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16
3.1
15
73
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34
1.73
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18
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13
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1.11
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2.0
28
85
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30
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16
1.91
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1
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2.1
136
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1
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25
18
24
1.97
88650024--88650076
26
2.0
27
85
7
74
24
15
22
37
1.92
88651559--88651665
25
4.2
25
93
2
178
37
23
5
33
1.78
88651559--88651665
51
2.1
50
92
1
178
37
23
5
33
1.78
88655421--88655706
136
2.1
137
98
0
547
31
25
18
24
1.97
88655954--88656005
25
2.0
26
85
3
70
25
13
23
38
1.91
88657485--88657593
26
4.2
26
92
1
175
36
23
5
33
1.78
88658838--88658910
36
2.0
36
100
0
146
47
16
10
24
1.78
88659962--88659987
13
2.0
13
100
0
52
46
7
0
46
1.31
88668389--88668423
18
1.9
18
88
0
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5
2
40
1.40
88669882--88669912
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16
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0
62
38
3
0
58
1.15
88670391--88670441
26
2.0
26
92
0
84
41
13
7
37
1.74
88670427--88670458
16
2.0
16
100
0
64
43
12
18
25
1.85
88670550--88670598
20
2.5
20
76
3
55
61
0
2
36
1.08
88670856--88670910
20
2.8
21
76
15
64
25
5
1
67
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88670853--88670937
38
2.2
37
78
10
91
30
5
2
61
1.32
88670927--88671000
29
2.7
27
83
8
89
28
6
0
64
1.18
88670953--88671027
30
2.6
30
75
12
75
33
2
0
64
1.08
88671316--88671367
16
3.1
16
74
15
52
59
5
0
34
1.21
88671523--88671583
25
2.5
24
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15
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59
6
4
29
1.44
88675428--88675466
2
19.5
2
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0
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2
0
46
1.14
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5.2
26
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0
236
33
5
24
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1.78
88678354--88678776
137
3.1
137
94
0
749
25
17
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32
1.97
88680053--88680117
30
2.2
29
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2
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3
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30
1.70
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25
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4
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63
10
4
22
1.43
88684511--88684662
58
2.6
57
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4
171
31
9
15
42
1.80
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149
2.0
149
94
0
526
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13
12
39
1.82
88687644--88687704
17
3.4
17
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12
59
31
3
14
50
1.59
88687639--88687713
37
2.0
37
100
0
150
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4
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4
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0
51
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3
0
73
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94
2.9
91
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33
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1.96
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138
1.9
138
80
3
300
30
19
21
28
1.98
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20
2.2
19
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12
61
23
9
0
67
1.19
88697176--88697258
3
29.3
3
81
11
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34
2
0
62
1.08
88697177--88697249
19
3.7
19
88
3
101
35
2
0
61
1.10
88700950--88701013
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2.2
29
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5
103
43
3
21
31
1.68
88702860--88702937
12
6.9
12
74
14
76
48
11
19
20
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88702860--88702984
6
20.3
6
67
16
69
48
13
19
19
1.81
88702869--88702975
37
2.9
37
80
4
126
47
13
20
18
1.81
88702917--88702984
25
2.7
25
79
0
82
47
14
19
19
1.83
88703240--88703301
22
2.8
22
78
9
72
33
22
24
19
1.97
88703817--88703930
27
4.2
27
79
8
124
28
21
14
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1.93
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2.1
54
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140
29
21
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1.97
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54
1.9
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1
172
25
23
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1.82
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3.8
18
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10
63
47
15
19
16
1.82
88705991--88706058
25
2.7
25
81
0
82
48
14
17
19
1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          321   322   323   324   325