Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  63  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16849960--16849996
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0
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1.78
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2.1
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1.8
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2.5
28
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2
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10
18
1.82
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
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(0-2)
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0
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2.5
28
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10
18
1.82
16950342--16950505
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20
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16971409--16971575
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4.2
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1.99
16979424--16979590
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205
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20
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18
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19
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1.98
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1.96
17002839--17003039
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1.8
109
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316
22
25
18
33
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1.96
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1.8
93
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21
27
28
1.99
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21
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28
1.99
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1.99
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3.6
42
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10
168
26
17
26
29
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17054266--17054494
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26
29
1.97
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2.0
81
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20
22
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1.99
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3.3
22
65
22
59
26
30
12
29
1.93
17081452--17081756
143
2.1
144
94
2
531
29
30
8
31
1.87
17088363--17088595
27
8.7
27
86
3
301
28
23
8
39
1.83
17088363--17088595
107
2.2
108
85
3
317
28
23
8
39
1.83
17088363--17088605
134
1.8
134
85
3
346
29
23
7
38
1.83
17089881--17089937
9
5.9
9
73
15
51
35
8
21
35
1.84
17089879--17089949
20
3.5
20
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0
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21
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17089890--17089944
11
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11
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16
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20
30
1.90
17089994--17090181
23
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23
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3
333
27
21
21
29
1.99
17089992--17090202
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2.3
93
93
4
354
27
22
21
28
1.99
17093298--17093556
27
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27
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28
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1.83
17093348--17093600
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29
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38
1.84
17094843--17094899
9
5.9
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15
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8
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35
1.84
17094841--17094911
20
3.5
20
94
0
124
35
11
21
32
1.89
17094852--17094906
11
5.4
11
70
16
55
36
12
20
30
1.90
17094957--17095096
23
6.0
24
88
9
209
28
22
22
27
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17095287--17095349
30
2.1
31
90
3
101
36
15
23
23
1.94
17098155--17098415
27
9.7
27
86
3
346
28
24
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39
1.83
17098205--17098459
81
3.1
81
83
2
208
29
24
8
38
1.84
17099712--17099768
9
5.9
9
73
15
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35
8
21
35
1.84
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20
3.5
20
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0
124
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32
1.89
17099721--17099775
11
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30
1.90
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23
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2
317
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22
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1.99
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23
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302
28
22
21
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1.99
17099825--17100037
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2.3
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2
356
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23
21
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1.99
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0
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0
33
33
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0
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0
0
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42
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6
33
1.74
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3.3
54
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1
259
41
18
6
32
1.77
17112499--17112655
27
5.9
26
85
6
208
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19
7
32
1.80
17112500--17112708
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27
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1.81
17112505--17112736
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2.2
107
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1.83
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1.9
161
90
0
480
34
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20
26
1.95
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27
12.2
27
87
1
426
35
16
21
27
1.95
17113541--17113622
6
13.3
6
71
19
62
19
15
14
50
1.79
17113544--17113601
25
2.3
25
93
0
98
17
18
15
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17121454--17121565
27
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26
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23
23
16
1.93
17121454--17121565
54
2.1
54
84
3
145
37
23
23
16
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17121684--17121743
27
2.3
27
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8
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10
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17128328--17128359
16
2.0
16
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0
55
28
0
9
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1.26
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28
2.5
28
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0
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28
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28
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27
2.6
27
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2
113
30
28
14
27
1.95
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42
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30
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0
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2.0
45
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0
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5
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25
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32
2.0
32
100
0
130
33
6
18
41
1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          321   322   323   324   325