genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12807687--12807882	54	3.6	54	82	5	243	36	18	18	26	1.94
12807687--12807880	81	2.4	81	84	3	230	37	18	18	26	1.93
12808081--12808163	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
12808251--12808309	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
12808473--12808545	26	2.8	26	81	10	85	17	23	21	36	1.94
12808663--12808848	6	30.8	6	72	19	147	19	16	13	50	1.78
12808663--12808848	30	6.4	30	80	14	228	19	16	13	50	1.78
12808663--12808848	84	2.2	85	95	1	338	19	16	13	50	1.78
12808663--12808869	30	7.1	30	80	14	191	19	16	14	49	1.79
12810860--12811293	27	16.2	27	82	4	513	27	22	9	40	1.85
12810863--12811288	108	4.0	107	88	3	565	27	22	9	40	1.85
12811305--12811490	27	7.0	27	82	2	196	37	18	18	25	1.94
12811305--12811473	79	2.1	79	81	4	187	37	19	17	25	1.93
12811689--12811771	27	3.1	26	86	5	103	19	20	21	38	1.93
12812082--12812155	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
12812273--12812526	6	41.8	6	73	15	211	20	17	13	48	1.80
12812308--12812526	30	7.4	30	81	11	265	20	17	13	48	1.80
12812273--12812473	79	2.7	73	83	11	271	19	17	14	47	1.82
12812313--12812526	85	2.5	85	87	4	290	20	17	13	48	1.80
12813607--12813659	27	2.0	27	85	3	72	28	11	20	39	1.87
12814930--12815077	48	3.1	48	88	0	215	38	6	24	30	1.81
12817465--12817581	28	4.2	28	87	2	157	36	20	24	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12817688--12817746	26	2.3	26	83	13	77	27	8	25	38	1.84
12818811--12818867	18	3.2	18	75	7	62	66	0	29	3	1.08
12819867--12819896	12	2.5	12	94	0	51	73	3	0	23	0.98
12830037--12830078	20	2.1	20	100	0	84	45	0	9	45	1.36
12836356--12836483	39	3.3	39	77	13	145	25	27	23	24	2.00
12836370--12836520	79	1.9	78	84	6	198	22	27	23	27	1.99
12836371--12836520	40	3.8	38	82	11	144	22	27	23	26	2.00
12844365--12844531	40	4.2	40	81	2	167	23	26	22	26	2.00
12844381--12844531	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
12846798--12846881	26	3.1	27	78	11	84	38	22	20	19	1.94
12847023--12847065	22	2.0	22	85	0	59	39	27	20	11	1.88
12851782--12851889	54	2.0	54	85	3	146	29	22	25	23	1.99
12851782--12851877	27	3.5	27	91	1	147	28	23	23	23	2.00
12853466--12853497	16	2.0	16	93	0	55	65	0	25	9	1.22
12855624--12855660	19	1.9	19	94	0	65	40	18	21	18	1.91
12856892--12856971	31	2.6	30	84	5	99	28	25	18	27	1.98
12857190--12857259	25	2.8	25	95	0	122	24	24	28	22	1.99
12857307--12857357	21	2.4	21	83	0	66	31	21	11	35	1.90
12860262--12860287	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
12869077--12869293	40	5.5	40	92	3	334	23	23	28	24	1.99
12873882--12873946	33	2.0	33	100	0	130	43	0	9	47	1.35
12876184--12876239	28	2.0	29	86	13	82	14	16	7	62	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12878417--12878540	43	2.9	43	93	0	203	25	14	25	33	1.94
12878416--12878609	43	4.5	44	81	8	159	28	15	23	32	1.95
12881181--12881222	14	3.1	14	80	12	52	19	2	2	76	1.01
12893120--12893206	40	2.2	40	83	4	104	21	17	25	35	1.95
12893238--12893337	28	3.6	28	97	0	182	28	11	32	29	1.91
12899586--12899612	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
12902483--12902562	40	2.0	40	92	0	133	41	6	16	36	1.73
12915506--12915544	6	6.3	6	91	5	60	82	0	2	15	0.79
12915492--12915544	18	2.8	19	82	8	63	77	0	3	18	0.92
12930087--12930199	42	2.6	42	83	12	124	34	25	15	24	1.94
12930079--12930200	43	2.8	42	81	14	133	34	24	17	23	1.96
12933678--12933721	4	11.2	4	81	13	56	75	0	2	22	0.92
12935607--12935637	16	1.9	16	93	0	53	54	3	3	38	1.32
12936416--12936491	31	2.4	31	86	4	98	60	21	5	13	1.52
12936713--12936761	21	2.3	21	92	0	80	4	44	18	32	1.68
12937186--12937214	13	2.1	14	93	6	51	55	6	0	37	1.27
12940799--12940845	7	6.6	7	82	2	58	27	0	25	46	1.53
12941127--12941657	41	13.1	40	83	6	581	24	15	23	36	1.93
12941146--12941657	81	6.3	80	82	6	561	25	15	23	36	1.93
12941127--12941658	162	3.3	161	83	7	632	24	15	23	37	1.93
12950438--12950498	30	2.0	30	83	0	77	29	22	9	37	1.87
12952132--12952170	19	2.1	19	100	0	78	35	10	15	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12958530--12958573	22	2.0	22	86	0	61	25	2	2	70	1.10
12958548--12958607	26	2.4	24	81	8	66	28	1	3	66	1.17
12960714--12960897	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
12960754--12960942	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
12968832--12969015	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
12968872--12969060	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
12971779--12971962	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
12971819--12972007	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
12977282--12977316	18	2.0	17	88	5	52	40	11	34	14	1.82
12985747--12985871	49	2.6	49	84	2	153	28	19	24	28	1.98
12985841--12985901	30	2.1	29	84	3	77	27	21	22	27	1.99
12988399--12988665	59	4.9	54	81	7	286	22	23	16	37	1.94
12988690--12988854	45	3.5	47	73	12	135	23	24	19	33	1.97
13005626--13005839	53	4.0	54	80	7	220	21	24	16	37	1.93
13009778--13009969	43	4.4	43	87	0	276	28	26	18	26	1.98
13012836--13012951	58	2.0	58	100	0	232	37	22	10	29	1.87
13014911--13014974	21	3.1	21	77	16	62	35	42	0	21	1.54
13015026--13015119	46	2.0	46	95	0	170	42	25	2	29	1.67
13015042--13015123	21	3.7	21	75	12	83	43	26	1	28	1.62
13015037--13015134	14	6.7	14	70	9	61	45	24	1	28	1.60
13015292--13015663	41	9.1	41	88	3	500	19	23	20	35	1.96
13018654--13018694	17	2.3	18	88	12	59	41	0	14	43	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13019611--13019642	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
13022801--13022852	27	1.9	27	88	0	77	42	11	15	30	1.82
13027389--13027491	29	3.6	29	85	0	116	24	31	15	29	1.96
13035444--13035545	29	3.6	29	85	1	125	24	31	15	28	1.96
13041221--13041321	37	2.8	37	82	7	118	29	25	13	30	1.94
13041310--13041403	42	2.2	42	90	0	143	31	23	13	30	1.93
13041335--13041514	48	3.9	48	80	10	221	31	23	16	28	1.96
13045030--13045062	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
13045367--13045391	13	1.9	13	100	0	50	24	8	4	64	1.38
13048495--13048535	21	2.0	21	85	0	55	31	21	26	19	1.97
13050447--13050487	6	6.8	6	88	0	55	14	4	2	78	1.03
13053333--13053365	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
13064531--13064555	12	2.1	12	100	0	50	40	24	8	28	1.83
13076074--13076123	26	1.9	26	83	0	64	24	16	26	34	1.95
13078866--13079041	46	3.8	46	78	14	191	19	19	30	30	1.97
13078863--13079034	93	1.8	93	92	2	292	20	20	30	29	1.97
13080425--13080484	31	1.9	31	82	0	75	28	31	16	23	1.96
13082125--13082174	24	2.1	24	84	0	64	44	0	2	54	1.11
13083864--13083978	38	3.0	38	92	0	185	29	26	13	30	1.94
13083942--13084072	48	2.8	46	83	5	172	30	21	15	32	1.94
13098491--13099904	716	2.0	714	99	0	2612	33	19	15	31	1.93
13104607--13104648	21	2.0	21	90	0	66	47	4	0	47	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13109277--13109305	11	2.5	12	94	5	51	3	0	10	86	0.69
13111386--13111421	12	3.1	12	96	4	65	36	8	16	38	1.79
13113134--13113262	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
13119373--13119398	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
13120529--13120657	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
13122087--13122166	39	2.1	39	90	0	124	31	18	16	33	1.93
13129088--13129152	33	1.9	35	90	6	107	40	15	21	23	1.91
13129414--13129445	3	11.0	3	93	6	57	31	0	0	68	0.90
13129707--13129736	3	9.7	3	92	7	51	66	0	33	0	0.92
13129709--13129735	13	2.1	13	100	0	54	70	0	29	0	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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