genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58447928--58448078	46	3.1	46	74	14	158	38	7	25	27	1.84
58447910--58448059	73	2.1	73	97	0	282	38	8	27	26	1.84
58447984--58448092	27	4.0	27	92	0	182	38	7	23	30	1.82
58447856--58448092	127	1.9	127	93	0	411	38	8	24	28	1.84
58449446--58449620	46	3.8	46	75	11	178	21	20	28	29	1.98
58450922--58451021	27	3.7	27	80	7	105	29	7	24	40	1.81
58454899--58455050	27	5.7	27	82	3	155	36	19	11	32	1.87
58454907--58455050	54	2.7	54	85	0	189	37	17	11	34	1.85
58455017--58455161	27	5.4	28	82	4	138	35	19	18	26	1.95
58455511--58455575	28	2.4	28	84	2	87	24	23	24	27	2.00
58455510--58455600	33	3.0	31	79	9	89	27	23	24	25	2.00
58458434--58458563	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
58460614--58460801	100	1.9	100	93	0	322	29	25	18	27	1.98
58460609--58460803	49	3.9	49	81	2	246	28	25	17	27	1.98
58465404--58465626	47	4.7	47	86	3	284	33	7	30	28	1.85
58472600--58472738	27	5.1	27	80	5	129	38	18	17	24	1.92
58473561--58473618	30	1.9	30	89	0	89	34	13	24	27	1.93
58475028--58475231	27	7.6	27	87	2	239	28	22	7	41	1.81
58475209--58475483	27	10.1	27	76	12	143	41	19	9	30	1.82
58475223--58475401	54	3.3	53	83	6	216	42	19	8	29	1.80
58475209--58475403	81	2.4	81	89	2	286	40	21	8	30	1.82
58475223--58475429	54	3.8	55	80	10	189	42	19	8	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58475209--58475427	81	2.7	81	86	6	268	41	20	8	29	1.82
58475440--58475491	27	1.9	27	88	7	79	38	11	13	36	1.81
58476634--58476689	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
58476629--58476689	20	3.0	20	95	0	113	34	11	19	34	1.88
58476738--58476904	24	7.0	23	87	6	228	29	22	21	26	1.99
58476738--58476904	47	3.5	47	88	4	230	29	22	21	26	1.99
58476738--58476903	71	2.3	71	91	3	262	28	22	21	26	1.99
58477097--58477160	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
58477882--58478200	94	3.4	93	75	10	283	29	20	28	21	1.98
58477883--58478202	47	6.8	46	73	12	197	29	20	28	20	1.98
58485141--58485278	39	3.5	39	83	3	161	26	23	27	22	2.00
58485141--58485304	39	4.2	40	79	9	133	26	23	26	23	2.00
58487316--58487346	14	2.2	14	94	0	53	19	9	0	70	1.14
58490167--58490222	17	3.4	17	68	22	55	26	17	23	32	1.97
58490156--58490244	33	2.7	33	96	0	169	24	19	23	32	1.97
58492322--58492472	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
58492359--58492488	40	3.3	39	78	11	147	23	23	26	25	2.00
58500051--58500264	54	4.0	54	72	6	155	24	21	16	36	1.94
58500237--58500358	47	2.6	47	89	0	190	27	23	13	36	1.92
58506055--58506194	55	2.6	54	82	5	167	22	25	17	35	1.95
58506042--58506212	54	3.2	55	76	8	172	23	25	15	35	1.94
58506005--58506208	109	1.9	108	84	3	275	22	25	16	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58506180--58506301	47	2.6	47	93	0	199	25	23	13	36	1.92
58509405--58509468	33	1.9	33	96	0	119	25	18	23	32	1.97
58518644--58518684	22	1.9	21	85	5	55	43	14	17	24	1.86
58525114--58525263	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
58525138--58525321	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
58526395--58526427	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
58527268--58527292	3	8.3	3	100	0	50	32	0	36	32	1.58
58529452--58529746	46	6.4	46	86	0	358	42	14	22	21	1.89
58529484--58529746	137	1.9	137	86	0	373	41	14	22	21	1.90
58529452--58529764	137	2.3	137	82	1	358	42	14	21	21	1.88
58530028--58530060	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
58537950--58538258	47	6.6	47	72	12	199	25	28	18	26	1.98
58538041--58538257	94	2.4	91	82	5	258	25	29	19	25	1.99
58538043--58538299	94	2.8	95	82	4	256	24	29	19	25	1.98
58543327--58543467	22	6.4	22	87	0	174	36	20	14	28	1.92
58549482--58549616	29	4.7	29	78	11	145	26	13	32	27	1.94
58559067--58559142	29	2.6	29	82	0	98	27	17	34	21	1.95
58561364--58561539	46	3.8	46	76	10	178	21	21	28	28	1.98
58561360--58561532	93	1.9	93	90	0	274	21	21	29	27	1.98
58569207--58569359	42	3.7	40	75	15	132	30	15	24	30	1.95
58576151--58576394	48	5.1	48	97	0	452	34	6	28	30	1.82
58576535--58576635	37	2.7	37	96	0	184	23	20	30	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58582193--58582593	27	14.9	27	79	3	238	38	19	10	31	1.86
58582717--58582761	20	2.2	20	84	7	56	26	4	28	40	1.75
58583032--58583093	22	2.8	22	73	9	63	17	22	24	35	1.95
58587855--58588005	74	2.0	74	93	0	257	32	26	11	29	1.91
58587888--58588004	35	3.2	35	68	17	112	30	28	11	29	1.91
58587871--58588084	74	3.0	68	85	4	239	29	26	14	29	1.95
58587876--58588103	69	3.2	69	83	4	190	28	25	15	30	1.96
58593835--58594174	27	12.6	27	87	2	432	28	23	8	38	1.85
58593866--58594218	81	4.4	81	83	1	224	29	23	8	38	1.84
58595415--58595462	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
58595505--58595565	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
58595615--58595757	24	6.0	24	88	4	191	30	22	20	26	1.99
58595615--58595757	47	3.0	47	88	5	189	30	22	20	26	1.99
58595615--58595758	71	2.0	72	86	4	202	30	22	20	26	1.98
58595949--58596012	31	2.1	31	87	0	92	35	14	25	25	1.93
58607538--58607661	29	4.3	30	81	7	125	28	31	12	27	1.93
58612752--58613149	40	10.0	40	91	0	582	27	27	21	23	1.99
58612750--58613150	159	2.5	160	91	0	624	27	27	21	23	1.99
58612752--58613149	199	2.0	200	90	0	636	27	27	21	23	1.99
58618438--58618740	40	7.7	40	91	2	461	26	28	20	24	1.99
58618438--58618741	119	2.6	118	93	1	502	26	28	20	24	1.99
58627746--58627812	30	2.3	29	97	2	125	34	25	16	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58631352--58631494	40	3.6	40	77	11	143	20	27	24	27	1.99
58639330--58639496	40	4.2	40	79	2	158	22	27	23	26	2.00
58639346--58639494	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
58646390--58646459	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
58661348--58661602	55	4.8	53	80	7	218	21	25	16	35	1.95
58661395--58661592	108	1.8	110	87	4	303	23	26	16	34	1.95
58664755--58664828	29	2.6	29	80	0	76	29	33	17	18	1.94
58667376--58667476	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
58675815--58675889	29	2.6	29	82	0	87	29	33	16	21	1.95
58680921--58680982	30	2.1	30	100	0	124	35	22	16	25	1.94
58684615--58684689	31	2.4	31	91	4	116	25	25	17	32	1.97
58684713--58684804	42	2.2	42	88	0	130	34	21	13	30	1.91
58684937--58685072	26	5.3	26	85	3	181	27	24	21	27	1.99
58685121--58685177	20	3.0	20	87	10	75	33	19	8	38	1.82
58685970--58686099	54	2.4	54	83	3	147	30	7	20	40	1.81
58685975--58686119	27	5.4	27	75	8	118	29	7	20	42	1.80
58686155--58686242	27	3.3	27	85	1	106	39	11	21	27	1.87
58686078--58686428	188	1.9	187	79	6	406	32	9	21	36	1.85
58686192--58686662	27	17.5	27	75	8	174	33	9	21	35	1.85
58686355--58686497	52	2.7	53	91	2	216	37	9	22	30	1.85
58686131--58686587	214	2.1	215	80	5	516	34	9	21	34	1.86
58685985--58686656	54	12.5	54	71	11	170	33	9	20	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58689160--58689627	27	17.3	27	76	4	199	32	10	21	36	1.86
58689189--58689585	81	4.9	79	69	11	246	31	9	20	37	1.85
58689169--58689860	54	12.8	54	71	7	314	33	9	21	36	1.85
58689579--58689721	27	5.3	27	84	0	187	37	8	24	30	1.85
58689551--58689761	81	2.6	79	75	6	201	36	9	22	31	1.85
58689736--58689854	27	4.4	27	78	6	125	30	6	21	42	1.78
58692264--58692327	27	2.4	27	81	5	76	21	25	17	35	1.95
58692367--58693058	27	25.6	27	75	5	151	33	7	20	37	1.81
58692387--58693080	54	12.8	54	72	8	259	33	7	21	37	1.82
58700480--58700557	26	2.9	26	77	7	75	39	16	15	28	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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