Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  305  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
93257565--93257679
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2.6
44
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2
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35
13
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1.92
93257565--93257698
46
3.0
45
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4
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35
14
23
26
1.93
93263700--93263814
44
2.6
44
85
2
149
35
13
22
27
1.92
93263700--93263833
46
3.0
45
82
4
153
35
14
23
26
1.93
93269925--93270039
44
2.6
44
85
2
149
35
13
22
27
1.92
93269925--93270058
46
3.0
45
82
4
153
35
14
23
26
1.93
93271618--93271658
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2.0
21
90
0
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0
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0
58
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2.2
22
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2
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24
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0
0
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0
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112
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10
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13
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1.85
93294540--93295068
117
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689
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39
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2.0
31
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0
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0
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2.1
18
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5
0
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1.11
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5.0
6
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53
19
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16
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22
2.1
21
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8
8
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1.57
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2.2
19
86
4
55
35
0
2
62
1.09
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5.2
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23
50
41
7
0
50
1.31
93314140--93314281
18
7.8
18
89
4
207
37
14
11
36
1.82
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
93314140--93314281
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3.9
36
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4
234
37
14
11
36
1.82
93314645--93315565
207
4.5
207
93
0
1502
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22
17
29
1.97
93315690--93316143
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5.5
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23
23
29
1.99
93315824--93316102
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38
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25
108
23
23
24
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1.99
93315693--93316143
166
2.7
166
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2
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23
23
29
1.99
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1
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83
0
14
0
85
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93317068--93317137
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12
88
0
14
0
85
0.59
93317068--93317137
13
5.4
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20
70
0
14
0
85
0.59
93322870--93323028
18
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18
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216
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14
11
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1.83
93322870--93323028
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4.4
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225
36
14
11
37
1.83
93322870--93323028
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2.9
53
92
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248
36
14
11
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1.83
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7.7
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10
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2
0
15
0.78
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6
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2.0
22
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0
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2
0
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0.74
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42
2.0
42
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1.70
93340485--93340520
3
12.0
3
93
0
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2
30
0
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27
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0
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28
23
11
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1.90
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17
2.3
17
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8
53
28
2
5
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1.28
93354312--93354363
23
2.3
23
96
0
95
23
23
25
28
1.99
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25
2.5
27
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43
10
3
42
1.54
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25
2.0
25
84
4
64
42
0
0
57
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
93361262--93361328
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4.2
16
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0
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4
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1.77
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38
100
0
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2
21
1.67
93371201--93371240
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85
14
59
57
0
0
42
0.98
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2.8
14
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20
55
27
0
2
70
1.01
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2.8
23
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0
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37
37
1
23
1.65
93378562--93378595
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2.3
15
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52
29
5
0
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1.17
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21.0
3
78
9
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29
1
4
64
1.23
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122
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19
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0
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17
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1.96
93393842--93394302
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594
26
17
22
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1.96
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1.9
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17
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22
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1.73
93400009--93400047
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21
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46
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23
25
1.73
93401492--93401543
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1
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26
1.26
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7
4.0
7
100
0
56
0
28
14
57
1.38
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
93411129--93411161
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0
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66
0
0
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9
16
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1.70
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18
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17
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54
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0
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53
1.19
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30
2.3
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36
0
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57
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30
2.6
30
79
0
86
39
0
6
54
1.26
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13
1.9
13
100
0
50
40
8
4
48
1.51
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0
129
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28
1.82
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26
2.4
24
83
8
75
68
3
0
28
1.05
93434779--93434834
21
2.7
21
83
8
62
69
5
0
25
1.09
93435849--93435877
15
1.9
15
100
0
58
37
13
0
48
1.43
93436104--93436132
2
14.5
2
100
0
58
48
0
0
51
1.00
93437551--93437725
30
5.8
30
86
1
210
28
47
2
21
1.65
93438278--93438401
27
4.4
29
68
18
75
33
6
4
55
1.44
93438372--93438430
25
2.5
24
78
10
68
33
8
6
50
1.59
93438388--93438436
25
2.0
25
91
0
80
34
8
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51
1.57
93438585--93438642
24
2.5
24
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11
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31
1
1
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1.13
93438589--93438642
8
6.8
8
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1
1
64
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93444400--93444488
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2.1
43
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0
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20
14
1.75
93445321--93445597
73
3.8
71
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7
333
28
15
24
32
1.95
93445452--93446012
161
3.6
156
81
9
663
28
15
21
35
1.94
93445528--93445692
87
1.9
87
90
5
262
26
13
23
36
1.92
93445611--93445919
73
4.1
73
78
10
345
28
16
21
33
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
93445320--93446006
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2.2
306
84
5
913
28
15
22
33
1.95
93445995--93446029
17
2.1
17
89
10
54
11
17
5
65
1.43
93446115--93446218
54
1.9
54
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0
154
32
10
13
43
1.78
93446169--93446450
77
3.7
75
89
2
386
26
17
20
36
1.94
93446168--93446490
77
4.2
77
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4
345
25
18
19
36
1.94
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30
5.8
30
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26
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1.68
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30
2.6
30
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4
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37
5
2
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1.36
93448102--93448160
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2.5
24
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1.59
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2.0
25
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24
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1
1
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1.11
93448321--93448380
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8
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7
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1
1
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2
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2
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0
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0
0
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1.00
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0
9
25
1.24
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2.0
25
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93458082--93458125
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2
0
34
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30
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1
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2.0
22
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0
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10
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0
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93464967--93465004
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1.9
19
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57
0
0
42
0.98
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18
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12
73
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0
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32
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36
3.0
36
74
14
89
62
0
4
32
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
93465145--93465178
11
3.2
11
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29
0
0
70
0.87
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10
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35
0
0
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0.94
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2.0
21
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0
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45
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1
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1
100
0
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0
0
0
0.00
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1
1
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27
7.0
27
80
0
232
32
8
23
35
1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          321   322   323   324   325