genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.253.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79295463--79295526	31	2.1	31	90	0	101	37	14	23	25	1.92
79297195--79297219	10	2.5	10	100	0	50	12	24	32	32	1.91
79297487--79297757	27	10.0	27	86	0	299	25	11	18	43	1.84
79297489--79297757	81	3.3	81	86	0	349	25	11	18	44	1.84
79298058--79298102	18	2.5	18	77	0	54	22	17	15	44	1.86
79300363--79300394	16	2.1	16	94	5	57	53	15	6	25	1.65
79302000--79302103	45	2.3	45	79	0	109	23	20	12	44	1.85
79306732--79306800	34	2.0	34	97	0	129	31	2	7	57	1.40
79306739--79306811	34	2.1	34	84	0	92	32	4	9	53	1.52
79309705--79309798	29	3.2	29	96	0	170	26	26	15	30	1.96
79309668--79309798	58	2.3	58	85	2	165	25	31	16	26	1.96
79314445--79314477	13	2.5	13	90	9	50	33	24	0	42	1.55
79314941--79315041	42	2.4	42	77	9	107	32	21	18	26	1.97
79314986--79315085	44	2.3	42	80	8	112	35	22	17	26	1.95
79317811--79318038	48	4.8	48	83	3	271	27	17	28	26	1.98
79318013--79318254	42	5.5	42	74	9	153	26	17	26	28	1.97
79318094--79318260	90	1.9	90	84	2	228	26	18	27	26	1.98
79318013--79318260	132	1.9	132	82	3	311	26	17	27	28	1.98
79318062--79318260	42	4.6	42	75	8	175	27	18	26	27	1.98
79329976--79330226	49	5.1	49	96	0	457	32	9	27	30	1.89
79332207--79332243	18	2.1	18	100	0	74	21	27	27	24	1.99
79332225--79332448	40	5.6	40	92	0	349	25	19	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79336271--79336323	22	2.4	22	100	0	106	24	15	35	24	1.94
79336224--79336372	71	2.1	71	100	0	298	29	10	31	28	1.91
79336293--79336588	49	6.0	49	97	1	549	33	8	28	30	1.86
79336364--79336449	27	3.3	27	63	18	74	36	4	26	32	1.77
79336293--79336588	99	3.0	99	97	1	553	33	8	28	30	1.86
79336293--79336588	148	2.0	148	96	1	551	33	8	28	30	1.86
79336661--79336747	37	2.3	36	92	5	138	21	19	32	26	1.97
79339578--79339707	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
79339594--79339745	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
79339594--79339743	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
79345564--79345731	40	4.2	40	85	5	207	26	28	22	23	1.99
79345564--79345731	80	2.1	80	87	4	241	26	28	22	23	1.99
79347783--79347813	5	6.0	5	92	7	53	38	0	0	61	0.96
79347780--79347820	21	2.0	21	90	0	64	43	0	0	56	0.99
79348359--79348405	24	2.0	23	83	4	58	31	0	17	51	1.46
79348580--79348638	24	2.5	23	74	23	59	33	0	16	49	1.47
79350064--79350096	17	2.1	17	88	11	52	45	36	0	18	1.49
79350887--79350984	41	2.4	41	94	0	169	27	27	23	21	1.99
79355167--79355266	27	3.7	28	80	9	109	39	21	10	30	1.86
79355167--79355273	54	2.0	54	81	7	128	37	21	10	30	1.87
79355169--79355285	54	2.2	53	79	10	121	37	22	11	29	1.88
79355262--79355472	27	7.8	27	90	2	282	27	24	9	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79355451--79355618	27	6.2	27	81	6	119	39	22	8	29	1.83
79355262--79355499	81	2.9	81	82	6	198	28	23	8	38	1.85
79355451--79355592	54	2.6	54	83	4	187	38	23	7	30	1.83
79355451--79355618	54	3.1	52	79	8	160	39	22	8	29	1.83
79355629--79355680	27	1.9	27	88	7	79	40	11	11	36	1.78
79355734--79355798	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
79356955--79357002	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
79357039--79357109	20	3.5	20	86	0	106	36	12	19	30	1.89
79357050--79357104	11	5.4	11	75	16	64	38	14	18	29	1.90
79357156--79357322	23	7.1	23	88	3	235	28	22	20	27	1.99
79357154--79357322	47	3.6	47	91	2	259	28	23	20	27	1.99
79357154--79357313	70	2.3	71	92	2	277	27	23	21	26	1.99
79358615--79358641	13	2.1	13	100	0	54	77	0	7	14	0.97
79360578--79360611	15	2.1	16	89	10	52	67	2	0	29	1.05
79362219--79362263	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
79367200--79367358	87	1.8	87	87	0	237	23	23	33	20	1.97
79374014--79374075	31	2.0	32	87	3	90	35	20	22	20	1.96
79374091--79374142	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
79374021--79374159	67	2.0	68	87	5	199	30	23	27	18	1.98
79392311--79392355	20	2.2	20	84	0	54	46	4	13	35	1.63
79397539--79397693	45	3.5	45	82	8	187	25	17	25	31	1.97
79403696--79403846	40	3.8	40	78	10	146	23	27	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79411903--79411983	40	2.0	40	100	0	162	40	19	7	32	1.79
79414170--79414205	18	2.0	18	94	0	63	36	2	16	44	1.63
79417160--79417632	48	9.9	48	88	0	640	25	19	29	26	1.98
79420280--79420329	25	2.0	25	88	0	73	34	24	16	26	1.95
79420368--79420424	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
79420366--79420428	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
79420482--79420534	25	2.1	25	92	3	88	35	16	18	28	1.93
79420482--79420554	25	2.9	25	81	6	76	31	19	21	27	1.97
79420747--79420810	31	2.1	31	84	0	83	37	17	20	25	1.93
79428315--79428363	25	2.0	25	87	0	71	32	24	16	26	1.96
79428400--79428456	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
79428398--79428460	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
79428515--79428612	47	2.1	47	92	5	162	29	20	20	29	1.98
79428514--79428633	24	5.0	24	86	10	165	29	20	21	28	1.98
79428829--79428890	31	2.0	31	87	0	88	32	16	22	29	1.95
79429911--79430069	43	3.7	41	76	15	153	23	18	26	30	1.98
79438603--79438753	40	3.8	41	77	12	143	26	23	27	23	2.00
79438640--79438769	40	3.2	40	74	14	133	24	23	27	24	2.00
79439727--79440589	449	1.9	448	98	0	1672	30	19	22	27	1.98
79446396--79446545	40	3.8	40	77	12	132	26	23	27	22	2.00
79446432--79446561	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
79450303--79450349	22	2.1	22	100	0	94	36	4	10	48	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79464089--79464265	48	3.6	48	76	3	183	24	27	19	28	1.99
79464095--79464291	48	4.1	48	76	3	173	23	29	19	27	1.98
79473353--79473431	20	3.5	20	68	22	59	30	30	18	20	1.97
79478323--79478516	39	4.9	39	87	0	244	23	20	32	23	1.98
79478340--79478554	79	2.7	78	83	5	209	24	21	31	22	1.98
79487504--79487738	71	3.3	71	100	0	470	19	28	17	35	1.94
79487589--79487706	41	3.1	41	60	28	98	21	28	17	32	1.96
79487504--79487772	71	3.8	69	95	2	416	20	28	17	33	1.95
79489913--79490042	50	2.6	49	85	1	170	30	29	16	23	1.96
79502658--79502694	18	2.1	18	100	0	74	21	21	16	40	1.91
79512561--79512689	40	3.3	39	74	12	120	24	27	22	25	2.00
79517944--79518094	40	3.8	40	77	6	146	27	23	26	22	2.00
79517981--79518110	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
79525912--79526062	40	3.8	40	78	6	155	27	23	27	21	1.99
79525914--79526062	80	1.9	79	84	6	203	26	24	27	21	1.99
79525912--79526078	80	2.1	79	81	7	196	26	23	26	22	2.00
79531128--79531295	40	4.2	40	80	12	175	23	21	28	26	1.99
79531128--79531295	80	2.1	79	86	4	230	23	21	28	26	1.99
79533560--79533631	36	2.0	36	100	0	144	33	16	19	30	1.94
79535150--79535201	10	5.1	10	84	11	52	34	0	5	59	1.21
79535149--79535192	22	2.0	22	90	0	70	38	0	4	56	1.20
79538845--79538948	43	2.5	43	82	3	131	30	14	23	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79538845--79538967	43	3.0	40	80	3	111	30	14	24	30	1.95
79540153--79540344	24	8.0	24	85	6	248	25	21	23	28	1.99
79540389--79540438	20	2.5	20	96	0	91	34	22	10	34	1.87
79548469--79548641	24	7.2	24	90	3	260	26	21	23	28	1.99
79548469--79548639	47	3.6	47	92	2	270	26	22	22	28	1.99
79548698--79548754	9	5.9	9	76	15	60	36	21	7	35	1.80
79548686--79548755	20	3.5	20	98	0	131	34	21	10	34	1.87
79548691--79548745	11	5.4	11	75	16	64	32	20	10	36	1.87
79559983--79560201	68	3.2	68	83	2	269	36	15	21	26	1.94
79560925--79560988	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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