Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  108  of  318  ( 38146 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33052378--33052593
92
2.4
91
82
5
240
22
31
19
25
1.98
33062161--33062261
29
3.6
28
78
7
98
20
16
33
28
1.95
33062191--33062268
27
2.8
27
80
7
77
21
15
33
29
1.94
33088393--33088455
20
3.1
20
66
11
56
50
7
9
31
1.64
33088393--33088455
21
3.0
21
67
4
65
50
7
9
31
1.64
33088393--33088480
41
2.1
41
87
4
124
48
10
11
29
1.72
33090187--33090234
25
1.9
25
86
0
69
33
25
16
25
1.96
33090281--33090337
11
5.5
11
72
16
59
35
10
19
35
1.86
33090271--33090337
20
3.3
20
91
0
107
34
10
20
34
1.87
33090388--33090483
47
2.1
47
96
2
176
28
20
20
30
1.98
33090387--33090504
23
5.0
24
91
5
179
27
21
22
28
1.99
33090697--33090760
31
2.1
31
90
0
101
35
15
23
25
1.94
33098370--33098429
20
3.0
20
95
0
111
35
13
20
31
1.91
33098374--33098428
11
5.4
11
70
16
55
36
12
20
30
1.90
33098480--33098552
23
3.1
23
90
3
110
28
19
19
32
1.96
33098479--33098573
24
4.0
24
84
6
122
28
20
21
30
1.98
33098766--33098829
31
2.1
31
87
0
92
34
15
23
26
1.95
33099631--33099676
23
2.0
23
82
0
56
45
30
0
23
1.53
33107620--33107652
17
2.0
17
94
5
59
72
12
0
15
1.12
33107621--33107663
15
2.8
16
86
10
54
74
9
0
16
1.06
33109681--33109733
22
2.4
22
87
0
70
7
24
22
45
1.78
33109693--33109738
22
2.1
22
87
0
65
10
23
21
43
1.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33109736--33109793
22
2.6
22
68
10
55
17
24
17
41
1.90
33115117--33115156
16
2.5
16
95
0
71
22
12
10
55
1.67
33115380--33115417
20
1.9
20
89
10
60
28
5
2
63
1.30
33115500--33115548
18
2.7
18
77
3
53
53
4
10
32
1.54
33116520--33116582
31
2.0
32
82
14
78
61
7
4
25
1.43
33129304--33129356
26
2.0
26
100
0
106
26
11
11
50
1.71
33131490--33131662
85
2.0
85
98
0
337
35
4
30
29
1.76
33137516--33137723
40
5.2
39
84
1
218
25
25
22
25
2.00
33137516--33137721
80
2.6
81
84
3
247
25
26
22
25
2.00
33143333--33143364
15
2.1
16
94
5
57
25
0
12
62
1.30
33143326--33143370
9
5.2
9
77
20
51
26
2
17
53
1.56
33144596--33144633
9
4.1
9
93
3
58
65
7
0
26
1.19
33153058--33153117
30
2.0
30
100
0
120
26
16
10
46
1.78
33155221--33155384
71
2.3
71
97
0
310
34
18
28
18
1.95
33162286--33162449
71
2.3
71
97
0
310
34
18
28
18
1.95
33167420--33167461
22
1.9
22
90
0
66
54
2
0
42
1.13
33168519--33168616
51
1.9
51
91
0
160
35
15
16
32
1.90
33170226--33170279
24
2.3
23
84
9
65
48
9
9
33
1.67
33179937--33180184
40
6.2
40
89
1
356
27
28
20
23
1.99
33182564--33182687
27
4.6
27
75
12
94
39
23
8
28
1.84
33182585--33182703
27
4.4
27
75
10
91
39
21
9
30
1.84
33182557--33182717
54
3.0
55
78
2
175
38
22
9
29
1.86
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33182710--33182767
27
2.2
27
84
9
75
29
24
8
37
1.85
33185498--33185539
20
2.2
20
87
12
61
54
7
21
16
1.65
33193408--33193481
29
2.6
29
95
0
139
27
31
14
27
1.95
33193349--33193481
58
2.3
58
80
2
133
24
33
17
24
1.96
33200766--33200869
52
2.0
51
98
1
199
40
5
26
26
1.79
33206450--33206519
27
2.5
28
93
2
115
27
14
28
30
1.95
33206450--33206531
27
3.0
27
84
8
69
28
15
25
30
1.96
33207907--33208014
40
2.7
39
81
8
119
26
25
25
22
2.00
33215116--33215253
33
4.1
34
69
18
94
51
3
2
42
1.34
33215158--33215298
62
2.3
62
97
0
264
53
4
3
39
1.38
33215277--33215383
20
5.8
18
69
22
62
50
2
3
42
1.34
33217007--33217055
24
2.0
24
92
0
80
40
12
0
46
1.41
33219072--33219166
23
3.9
24
86
9
113
31
18
22
27
1.97
33219058--33219151
47
2.0
49
85
8
131
28
22
23
25
1.99
33221487--33221716
50
4.6
50
82
4
250
30
26
18
24
1.98
33226142--33226390
27
9.2
27
87
5
229
41
21
8
28
1.81
33226145--33226389
81
3.0
82
80
8
277
40
22
8
29
1.82
33226142--33226391
54
4.6
54
84
8
258
41
21
8
29
1.81
33226405--33227079
27
24.6
27
85
3
882
35
19
20
24
1.96
33226676--33226748
37
2.0
37
94
0
128
36
16
26
20
1.93
33227508--33227556
22
2.2
22
85
7
64
24
28
20
26
1.99
33227715--33227798
27
3.1
26
77
6
78
17
19
23
39
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33227715--33227822
54
2.0
53
81
1
126
19
20
21
38
1.93
33227737--33227822
27
3.2
26
85
4
109
19
22
20
37
1.95
33227940--33228161
25
8.7
25
78
11
209
20
19
13
46
1.84
33227940--33228167
6
37.0
6
70
18
139
20
19
14
46
1.84
33227940--33228136
31
6.4
30
77
11
152
19
19
14
46
1.84
33227987--33228191
56
3.7
56
89
2
281
19
19
13
47
1.82
33228009--33228191
31
6.3
30
75
15
152
19
19
13
47
1.82
33227940--33228191
25
9.7
25
76
15
208
19
19
13
47
1.82
33231332--33231441
40
2.8
40
85
0
148
26
23
26
23
2.00
33231332--33231481
40
3.8
39
80
7
133
26
22
26
25
2.00
33232926--33233085
29
5.5
29
86
6
198
27
25
14
32
1.94
33232926--33233085
30
5.5
30
85
8
186
27
25
14
32
1.94
33232926--33233085
59
2.8
57
87
4
205
27
25
14
32
1.94
33251340--33251383
17
2.5
17
88
3
70
36
18
2
43
1.63
33252204--33252353
48
3.1
48
80
0
174
26
22
21
29
1.99
33263980--33264011
15
2.1
15
100
0
64
0
18
6
75
1.01
33275841--33276246
49
8.4
49
93
1
658
32
8
29
28
1.87
33278765--33278887
43
2.9
42
76
3
120
25
18
17
39
1.92
33278813--33278922
43
2.6
43
77
11
109
23
17
21
37
1.94
33280628--33280736
50
2.1
50
85
9
141
39
13
14
32
1.86
33284368--33284655
42
6.8
42
72
10
165
21
17
20
40
1.92
33284391--33284597
84
2.5
84
77
4
202
21
18
21
38
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33285775--33285824
22
2.3
22
83
13
68
70
8
8
14
1.34
33286151--33286228
26
3.0
25
75
14
86
46
5
11
37
1.62
33289854--33289885
17
1.9
16
93
6
55
62
0
0
37
0.95
33296379--33296907
266
2.0
264
97
0
995
34
15
20
29
1.94
33300142--33300177
14
2.6
14
90
0
54
52
11
16
19
1.73
33306655--33306706
9
5.6
10
80
14
51
26
1
0
71
0.97
33306656--33306708
19
2.9
18
76
20
56
26
1
0
71
0.96
33306720--33306790
20
3.6
19
88
7
99
33
0
8
57
1.29
33307160--33307190
2
15.5
2
100
0
62
51
0
0
48
1.00
33307329--33307416
19
4.3
20
70
18
65
38
0
6
54
1.27
33308690--33308726
9
4.1
9
92
0
65
29
10
13
45
1.77
33309333--33309366
17
2.0
17
94
0
59
20
0
20
58
1.39
33309807--33309863
15
3.9
15
73
15
57
52
0
1
45
1.11
33320977--33321043
26
2.6
26
92
0
116
26
26
23
22
2.00
33323132--33323312
46
3.9
46
81
9
233
20
21
29
27
1.98
33323134--33323304
93
1.8
93
96
0
315
20
22
29
27
1.98
33325775--33325883
37
2.9
37
93
0
173
26
29
19
24
1.98
33326023--33326313
48
6.0
48
93
2
494
30
27
6
35
1.81
33348340--33348373
6
5.7
6
100
0
68
52
0
29
17
1.45
33348516--33348589
26
2.9
25
76
6
85
37
9
20
32
1.85
33350867--33351036
46
3.7
46
78
13
204
28
29
20
21
1.98
33350875--33351045
93
1.8
93
92
0
288
28
29
21
21
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33350918--33351061
46
3.1
45
72
21
111
29
29
19
22
1.98
33357303--33357339
18
2.1
18
94
0
65
37
16
5
40
1.71
33361959--33362004
22
2.1
22
100
0
92
50
15
0
34
1.44
33363304--33363353
26
1.9
26
84
8
66
2
26
2
70
1.09
33367916--33368087
93
1.8
93
96
0
317
27
29
21
20
1.98
33367909--33368084
46
3.8
46
79
12
216
28
29
21
20
1.98
33375450--33375621
93
1.8
93
96
0
317
27
29
21
20
1.98
33375443--33375618
46
3.8
46
79
12
216
28
29
21
20
1.98
33377420--33377503
28
3.1
26
81
8
96
15
21
23
39
1.92
33379903--33380071
93
1.8
91
91
5
277
28
27
20
22
1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318