genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  263  of  318  ( 38146 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83376261--83376477	46	4.7	46	75	15	166	23	28	18	29	1.98
83379888--83380033	55	2.7	52	78	6	148	34	16	23	25	1.95
83384650--83384703	26	2.0	27	86	10	76	42	11	11	35	1.76
83387409--83387665	55	4.8	56	78	9	238	36	16	23	22	1.94
83387416--83387618	108	1.9	110	84	4	277	34	17	23	24	1.96
83394251--83394426	47	3.7	47	79	7	189	23	30	19	26	1.98
83398769--83398835	22	3.0	22	80	8	82	41	16	23	17	1.89
83400110--83400135	10	2.6	10	100	0	52	0	23	0	76	0.78
83400207--83400251	15	3.0	15	83	9	56	53	0	2	44	1.13
83400322--83400351	9	3.3	9	90	0	51	33	33	0	33	1.58
83400317--83400351	18	2.0	17	94	5	61	31	28	0	40	1.57
83402546--83402615	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
83403710--83403765	28	2.0	30	83	16	75	8	12	1	76	1.08
83408840--83408969	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
83408840--83408998	40	4.0	40	77	4	135	22	27	24	25	2.00
83416869--83416997	40	3.3	39	80	8	154	24	27	24	23	2.00
83416869--83417034	40	4.2	40	79	6	153	22	27	24	25	2.00
83423993--83424122	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
83423993--83424156	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
83428884--83428953	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
83431953--83432006	17	3.2	17	69	10	56	38	0	20	40	1.53
83431939--83432006	12	6.0	12	68	13	54	38	0	20	41	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83431939--83432006	34	2.0	34	100	0	136	38	0	20	41	1.53
83433580--83433653	26	2.9	25	90	6	112	41	8	17	32	1.79
83435216--83435368	43	3.6	43	71	13	127	26	16	23	32	1.96
83435300--83435392	43	2.2	42	80	14	102	23	17	24	34	1.96
83440617--83440672	23	2.5	22	78	16	62	7	12	57	23	1.60
83456423--83456456	15	2.3	15	100	0	68	32	0	23	44	1.54
83456423--83456464	15	2.8	15	92	0	57	33	0	23	42	1.55
83474267--83474334	34	2.0	34	100	0	136	29	14	26	29	1.95
83482906--83483113	55	3.9	52	78	7	202	33	16	26	23	1.96
83482915--83483113	108	1.8	110	85	4	287	32	16	26	24	1.96
83483351--83483381	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
83488442--83488499	30	1.9	30	82	6	73	20	27	29	22	1.99
83494422--83494588	40	4.2	40	80	3	160	26	21	26	25	1.99
83499779--83499920	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
83499818--83499946	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
83504209--83504313	43	2.5	42	81	4	113	25	20	24	29	1.99
83507391--83507532	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
83507430--83507558	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
83515388--83515554	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
83527420--83527641	40	5.6	40	92	2	342	22	27	22	27	1.99
83529526--83529672	40	3.7	40	76	13	133	26	25	27	20	1.99
83529560--83529704	40	3.6	39	79	3	137	24	24	28	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83531515--83531605	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
83531645--83531842	48	4.2	48	92	2	337	31	28	6	32	1.83
83531645--83531842	94	2.1	96	95	1	355	31	28	6	32	1.83
83531834--83532167	47	7.0	47	92	3	533	29	28	8	34	1.87
83531834--83532165	145	2.3	143	97	1	619	28	28	8	34	1.87
83535794--83536248	40	11.6	40	87	7	558	27	27	20	24	1.99
83536121--83536248	39	3.2	40	80	7	145	27	28	19	24	1.98
83538138--83538228	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
83538268--83538466	48	4.2	48	95	1	355	32	28	6	32	1.83
83538268--83538466	95	2.1	96	97	0	373	32	28	6	32	1.83
83538458--83538789	47	7.0	47	93	3	540	28	28	8	34	1.87
83538458--83538788	145	2.3	142	97	1	617	29	28	8	34	1.87
83542419--83542758	40	8.6	40	95	1	591	27	27	20	25	1.99
83542419--83542744	119	2.7	120	98	0	618	26	27	20	25	1.99
83542423--83542879	40	11.6	40	87	6	194	27	27	20	24	1.99
83544778--83544868	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
83544908--83545107	48	4.2	48	97	0	373	32	29	6	32	1.83
83545099--83545432	47	7.0	47	92	3	542	29	28	8	33	1.87
83545099--83545430	145	2.3	144	97	1	630	28	28	8	34	1.87
83548361--83548418	29	2.0	29	100	0	116	17	17	0	65	1.27
83550254--83550428	49	3.5	49	85	3	260	25	18	26	29	1.98
83550247--83550435	100	1.9	100	97	0	360	24	19	26	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83554704--83554897	47	4.1	47	90	0	289	32	10	29	26	1.90
83554733--83554804	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
83554778--83554853	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
83554739--83555034	94	3.1	94	84	8	318	34	10	28	27	1.89
83554867--83555050	47	3.8	48	88	6	291	35	6	26	30	1.82
83555196--83555303	37	2.9	37	94	1	182	23	18	31	26	1.97
83556512--83556571	27	2.3	26	82	2	66	35	18	23	23	1.96
83556610--83556661	27	2.0	26	84	3	68	32	23	26	17	1.96
83556832--83556874	21	2.0	21	100	0	86	23	13	13	48	1.79
83560637--83560666	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
83566325--83566484	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
83574470--83574629	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
83576235--83576495	40	6.6	40	92	1	418	26	30	21	22	1.98
83584286--83584570	40	7.1	40	94	0	480	27	30	20	22	1.98
83588976--83589019	2	22.0	2	90	0	70	45	0	0	54	0.99
83593781--83593859	30	2.6	30	95	0	140	29	26	6	37	1.81
83595721--83595778	20	2.9	20	78	0	62	41	17	22	18	1.90
83595729--83595816	40	2.2	40	83	4	106	40	17	26	15	1.89
83595790--83595878	20	4.4	20	73	8	72	42	20	26	10	1.83
83597611--83597681	29	2.4	29	92	2	115	35	9	38	16	1.82
83599386--83599598	40	5.4	41	89	5	237	25	26	20	27	1.99
83599413--83599608	40	4.9	40	91	6	287	25	26	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83599413--83599603	79	2.4	81	89	7	293	25	25	20	28	1.99
83610552--83610677	47	2.7	47	88	0	189	35	28	14	21	1.92
83623384--83623420	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
83627119--83627220	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
83634932--83635081	29	5.5	28	76	8	105	24	35	17	22	1.95
83643937--83644120	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
83643977--83644165	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
83649993--83650035	19	2.3	19	95	0	77	16	20	39	23	1.92
83652046--83652089	23	1.9	23	86	9	63	34	22	6	36	1.81
83654872--83655011	40	3.5	40	85	2	165	22	24	27	25	1.99
83657857--83657919	19	3.3	19	67	20	58	38	19	0	42	1.51
83657844--83657921	39	2.0	39	100	0	156	41	17	0	41	1.50
83662196--83662259	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
83662451--83662640	24	8.0	24	87	4	251	26	21	22	29	1.99
83662476--83662640	47	3.5	47	89	1	258	27	20	23	29	1.98
83662451--83662640	71	2.7	72	86	4	251	26	21	22	29	1.99
83662451--83662640	95	2.0	96	89	3	294	26	21	22	29	1.99
83662699--83662755	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
83662695--83662757	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
83662794--83662841	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
83664075--83664269	27	7.3	27	84	5	225	41	7	22	29	1.81
83664076--83664269	107	1.8	108	87	3	293	40	7	22	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83667332--83667587	55	4.8	53	73	13	172	35	15	25	23	1.94
83667342--83667540	108	1.8	110	84	6	280	33	16	25	24	1.96
83667333--83667540	55	3.8	56	78	8	198	34	16	25	23	1.95
83667779--83667809	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
83675038--83675244	53	3.8	53	80	8	240	33	17	26	22	1.96
83675483--83675513	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
83680811--83680923	58	1.9	58	96	0	208	39	27	7	24	1.83
83704144--83704251	49	2.2	49	85	6	139	23	26	20	29	1.99
83705739--83705798	25	2.4	26	76	15	63	60	1	3	35	1.23
83706461--83706507	22	2.2	20	85	14	60	53	0	2	44	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318