genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9697176--9697216	18	2.3	18	87	8	57	36	2	0	60	1.10
9697187--9697216	6	5.0	6	100	0	60	33	0	0	66	0.92
9700619--9700700	26	3.2	26	91	0	137	37	26	6	29	1.80
9701692--9701805	10	12.0	10	71	17	75	62	2	2	32	1.23
9701692--9701810	18	6.4	16	74	19	67	63	3	2	31	1.24
9701703--9701799	35	2.6	35	79	14	106	62	3	3	30	1.25
9701744--9701800	18	3.2	17	83	13	71	64	5	1	28	1.25
9701693--9701803	28	4.0	27	72	16	91	63	2	2	31	1.23
9701743--9701801	9	6.6	9	73	21	52	66	5	1	27	1.22
9701704--9701844	17	8.1	17	68	17	51	63	2	4	29	1.27
9702207--9702250	19	2.5	16	82	17	52	38	2	0	59	1.10
9702215--9702260	24	1.9	24	81	0	56	36	2	0	60	1.09
9702817--9702853	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
9706302--9706380	25	3.2	25	77	13	90	24	25	22	27	2.00
9706280--9706389	50	2.2	50	88	0	157	24	20	22	31	1.98
9711571--9711796	40	5.7	40	87	3	280	26	28	22	23	1.99
9711547--9711796	80	3.2	80	85	3	310	26	27	22	24	1.99
9719675--9719848	40	4.3	40	89	4	219	25	27	22	24	2.00
9719639--9719848	80	2.6	79	82	8	232	26	27	22	24	2.00
9722342--9722415	26	2.8	25	76	13	71	37	6	18	36	1.78
9735755--9735783	15	1.9	15	100	0	58	48	34	10	6	1.64
9736221--9736248	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9739647--9739677	9	3.4	9	100	0	62	67	9	0	22	1.19
9741887--9742462	285	2.0	285	89	3	879	36	14	15	33	1.88
9743183--9743253	35	2.0	35	91	0	115	26	25	8	39	1.84
9751161--9751231	35	2.0	35	89	5	108	26	28	9	35	1.88
9753978--9754003	13	2.0	13	100	0	52	46	7	15	30	1.74
9754072--9754142	35	2.0	35	83	5	90	26	19	7	46	1.75
9759219--9759289	35	2.0	35	89	5	108	29	26	8	35	1.86
9760153--9760226	27	2.7	27	68	15	80	37	25	9	27	1.87
9761735--9761772	16	2.4	16	86	4	51	2	23	0	73	0.95
9767026--9767068	18	2.4	18	88	0	68	76	9	9	4	1.14
9767210--9767255	3	15.7	3	78	13	51	67	0	32	0	0.91
9767210--9767259	18	2.8	18	85	14	77	68	0	32	0	0.90
9767210--9767259	10	5.2	10	75	15	52	68	0	32	0	0.90
9767970--9768884	145	6.1	145	81	10	1053	56	6	7	28	1.54
9768256--9768317	28	2.4	25	81	13	63	69	3	3	24	1.18
9767821--9768884	298	3.6	292	85	9	1375	56	6	7	29	1.54
9768556--9768616	13	4.3	14	74	24	56	72	3	0	24	1.00
9770728--9770864	72	1.9	71	87	1	202	21	25	20	32	1.97
9776140--9776205	26	2.7	25	88	6	91	45	9	6	39	1.61
9776296--9776382	17	5.2	17	73	13	65	1	32	0	66	0.99
9776296--9776353	13	3.6	17	75	25	56	0	31	0	68	0.89
9776316--9776361	19	2.4	19	82	7	58	0	34	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9776461--9776530	27	2.6	27	97	0	131	15	35	31	17	1.91
9776547--9776588	18	2.4	17	92	8	66	4	7	7	80	1.00
9787566--9787598	17	1.9	18	88	11	52	42	0	15	42	1.46
9788375--9788414	16	2.6	16	81	18	57	27	2	5	65	1.27
9788879--9788920	21	2.0	21	100	0	84	14	9	23	52	1.71
9792729--9792925	39	5.1	39	84	0	243	14	20	29	35	1.92
9817830--9817874	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
9817990--9818197	55	3.8	52	78	9	197	23	23	17	36	1.95
9821678--9821809	43	3.2	40	79	12	124	13	19	17	49	1.80
9821684--9821809	42	3.0	41	77	10	128	14	19	16	49	1.80
9827392--9827447	28	2.0	28	100	0	112	35	10	14	39	1.81
9828544--9828592	24	2.0	24	88	0	71	40	20	8	30	1.81
9828802--9828827	12	2.2	12	100	0	52	15	34	15	34	1.89
9829661--9829748	42	2.1	42	82	0	104	45	7	21	25	1.79
9836596--9836633	12	3.2	12	89	10	53	23	28	0	47	1.52
9838395--9838438	18	2.4	18	92	0	70	22	25	6	45	1.77
9841950--9842466	124	4.1	125	81	5	510	31	15	15	38	1.89
9841979--9842466	126	3.9	125	80	6	499	30	15	15	38	1.89
9841950--9842466	250	2.1	249	81	4	594	31	15	15	38	1.89
9842533--9842638	34	3.2	33	79	10	126	47	15	0	37	1.45
9842683--9842732	21	2.4	21	96	0	91	48	20	0	32	1.50
9842736--9842795	25	2.5	23	77	15	68	51	26	11	10	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9845006--9845031	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
9845035--9845103	21	3.3	21	84	12	88	47	0	0	52	1.00
9845052--9845076	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
9845032--9845104	20	3.7	19	79	17	78	46	0	0	53	1.00
9845054--9845109	18	2.9	19	80	15	55	50	0	0	50	1.00
9846069--9846105	17	2.1	18	90	5	58	67	0	0	32	0.91
9846291--9846419	40	3.4	39	69	15	117	72	2	6	19	1.17
9846344--9846378	15	2.4	15	85	4	54	74	2	0	22	0.95
9846390--9846424	9	3.9	9	88	0	52	74	0	8	17	1.06
9846390--9846423	17	1.9	17	94	5	59	76	0	5	17	0.98
9850665--9850693	7	4.1	7	100	0	58	0	13	17	68	1.20
9851803--9851838	18	1.9	18	88	5	54	33	2	0	63	1.08
9857015--9857066	22	2.3	22	78	15	52	59	3	3	32	1.33
9857584--9857619	19	1.9	18	94	5	63	63	11	2	22	1.39
9857589--9857639	24	2.1	25	89	10	79	60	7	3	27	1.42
9858848--9858898	17	3.1	16	78	13	59	15	0	43	41	1.47
9858855--9858888	18	1.9	17	88	5	50	17	0	44	38	1.49
9869084--9869146	27	2.3	27	78	5	74	38	34	7	19	1.81
9870050--9870080	15	2.0	16	93	6	55	0	35	0	64	0.94
9870425--9870472	8	6.0	8	92	0	60	56	2	0	41	1.11
9870435--9870472	2	19.0	2	94	0	67	52	0	0	47	1.00
9870568--9870629	28	2.3	27	83	5	81	59	6	0	33	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9870727--9870751	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
9871008--9871243	117	2.0	117	89	0	364	38	9	13	38	1.76
9872166--9872199	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
9887439--9887595	43	3.7	43	79	7	167	29	28	17	24	1.97
9887445--9887595	44	3.5	42	74	13	139	29	27	17	24	1.98
9887439--9887596	86	1.8	85	82	9	205	30	27	17	24	1.97
9888954--9889001	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
9893362--9893536	45	3.8	46	79	13	216	20	20	29	29	1.98
9900899--9901073	45	3.8	46	79	13	216	20	20	29	29	1.98
9905835--9905866	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
9905835--9905865	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
9913056--9913149	39	2.4	39	84	7	118	40	23	23	12	1.89
9913075--9913138	21	3.2	21	73	13	71	42	21	23	12	1.87
9913075--9913156	39	2.1	39	90	4	130	40	21	24	13	1.89
9920235--9920304	35	2.0	35	91	0	113	25	24	12	37	1.91
9923976--9924014	20	2.0	19	85	5	51	64	7	10	17	1.48
9928441--9928521	33	2.4	35	78	14	89	66	19	7	6	1.38
9931219--9931263	22	2.0	24	86	8	67	42	8	2	46	1.47
9934169--9934351	93	2.0	93	95	0	330	23	16	27	31	1.96
9934293--9934621	47	6.7	54	71	23	248	24	17	27	30	1.97
9934352--9934668	93	3.4	92	91	2	501	24	18	27	29	1.98
9934203--9934500	149	2.0	149	93	0	515	25	17	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9944085--9944109	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
9944800--9944847	8	6.4	8	76	13	57	41	0	0	58	0.98
9944801--9944847	21	2.2	21	92	0	76	42	0	0	57	0.98
9947898--9947923	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
9948527--9948605	16	4.5	18	69	29	55	63	2	0	34	1.08
9948528--9948584	16	3.5	16	80	2	69	64	0	0	35	0.93
9948493--9948584	23	3.9	22	74	14	76	64	2	1	32	1.13
9948537--9948591	21	2.8	20	72	27	55	63	1	0	34	1.05
9948535--9948637	33	3.1	32	76	14	91	59	4	0	35	1.19
9950918--9951075	43	3.7	43	78	3	156	33	24	14	27	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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