genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58104817--58104898	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
58120097--58120264	40	4.2	40	77	3	151	23	26	22	27	2.00
58120114--58120262	80	1.9	80	83	8	196	22	26	22	27	1.99
58126807--58126840	7	5.0	7	85	7	52	17	0	0	82	0.67
58126807--58126840	13	2.5	14	95	4	61	17	0	0	82	0.67
58131579--58131647	30	2.3	30	85	2	95	56	17	17	8	1.65
58131590--58131652	15	4.2	15	74	8	65	55	15	17	11	1.68
58134339--58134513	46	3.8	45	80	10	201	28	29	20	21	1.98
58134347--58134518	93	1.8	93	92	2	292	27	29	20	21	1.98
58134344--58134533	46	4.1	46	75	15	160	28	28	20	21	1.98
58135765--58135795	14	2.2	14	94	0	53	16	0	0	83	0.64
58136940--58137157	40	5.5	40	86	4	275	22	22	28	26	1.99
58150560--58150649	36	2.5	36	87	1	128	13	11	37	37	1.80
58151552--58151581	12	2.5	12	94	0	51	23	30	26	20	1.98
58154842--58155031	24	8.0	24	89	4	269	26	22	23	28	1.99
58154841--58155032	47	4.0	48	89	4	282	26	21	22	29	1.99
58154842--58155032	71	2.7	72	88	4	280	26	21	23	28	1.99
58155091--58155167	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
58155087--58155169	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
58155087--58155158	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
58155206--58155253	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
58157177--58157297	22	5.4	22	82	12	140	32	15	23	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58157177--58157305	45	2.9	45	79	5	147	31	16	23	28	1.96
58159566--58159611	22	2.1	22	100	0	92	45	8	13	32	1.73
58160245--58160372	64	2.0	63	87	4	186	20	20	24	35	1.96
58164998--58165071	26	2.8	26	89	4	105	35	17	6	40	1.76
58165182--58165216	6	5.8	6	93	0	52	17	20	0	62	1.32
58168289--58168406	31	3.5	35	87	9	126	22	22	16	38	1.93
58168312--58168406	31	3.1	31	96	0	172	23	21	15	40	1.91
58168598--58168740	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
58168598--58168739	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
58168597--58168740	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
58168791--58168850	20	3.0	20	90	0	93	33	21	10	35	1.87
58168893--58168940	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
58182397--58182563	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
58182413--58182563	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
58183755--58183867	58	2.0	55	83	11	140	27	15	17	38	1.91
58188327--58188351	7	3.6	7	100	0	50	56	0	0	44	0.99
58188649--58188744	46	2.2	45	80	14	105	61	3	4	31	1.30
58188795--58188853	3	19.0	3	74	19	50	61	3	1	33	1.23
58188795--58188853	7	9.5	6	72	20	50	61	3	1	33	1.23
58188775--58188881	36	3.2	34	75	12	98	59	1	3	34	1.26
58188795--58188908	17	6.8	17	71	22	57	61	2	2	33	1.24
58188775--58188881	16	6.4	16	73	18	76	59	1	3	34	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58190972--58191023	25	2.0	25	82	10	61	44	15	1	38	1.58
58192738--58192870	59	2.2	60	90	1	205	35	14	24	25	1.93
58192768--58192870	29	3.5	29	96	2	188	36	14	24	24	1.93
58194458--58194519	20	3.3	20	70	21	71	35	14	1	48	1.54
58194454--58194523	35	2.0	35	100	0	140	37	14	2	45	1.59
58194707--58194800	41	2.2	43	85	7	122	31	27	15	24	1.96
58194690--58194860	43	4.0	44	74	15	151	32	28	16	22	1.96
58197804--58197843	21	1.9	21	84	0	53	57	12	2	27	1.48
58205014--58205165	40	3.8	40	96	0	259	23	26	22	26	2.00
58206450--58206561	37	3.0	37	88	0	179	19	33	21	25	1.97
58206728--58206876	50	3.0	50	92	4	239	31	24	6	36	1.82
58206833--58207073	47	5.1	47	87	0	338	27	29	10	32	1.90
58206833--58207073	94	2.6	94	93	0	401	27	29	10	32	1.90
58210221--58210254	12	2.7	13	90	4	52	76	8	5	8	1.15
58222096--58222288	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
58222126--58222288	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
58230050--58230232	38	4.7	40	88	2	142	24	31	20	23	1.98
58230080--58230240	38	4.2	39	91	2	245	24	32	19	23	1.98
58241089--58241174	45	1.9	45	83	4	111	30	25	18	25	1.98
58244101--58244203	37	2.8	37	89	0	143	25	32	21	21	1.98
58244344--58244633	48	6.0	48	92	1	474	31	27	6	35	1.81
58248843--58248878	15	2.4	15	90	0	54	30	19	16	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58252133--58252402	49	5.6	49	72	11	195	27	19	29	24	1.98
58252133--58252403	98	2.8	97	76	9	236	27	19	29	23	1.98
58252124--58252402	142	2.0	144	84	4	368	26	18	29	24	1.98
58261601--58261646	23	2.1	22	84	15	60	47	0	8	43	1.34
58266057--58266240	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
58266097--58266285	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
58274142--58274323	40	4.6	40	80	5	172	27	22	26	23	1.99
58274181--58274292	38	2.9	38	86	7	145	26	22	27	23	1.99
58279293--58279338	22	2.0	24	87	8	69	47	17	0	34	1.48
58281827--58281873	20	2.3	20	92	0	76	17	27	21	34	1.95
58281875--58282144	94	2.9	94	85	0	342	36	18	17	27	1.93
58281873--58282244	95	3.9	95	81	2	347	37	19	15	27	1.92
58281979--58282318	95	3.6	95	81	1	315	39	19	14	26	1.91
58283605--58283669	20	3.2	20	71	14	62	35	16	32	15	1.91
58283578--58283681	40	2.6	40	83	7	138	36	14	28	20	1.92
58289197--58289230	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
58289920--58289958	18	2.2	17	86	13	53	38	0	0	61	0.96
58291915--58292089	63	2.8	63	80	5	185	26	27	19	26	1.99
58294444--58294655	43	4.9	42	80	4	210	29	27	17	25	1.97
58299163--58299206	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
58299804--58299887	42	2.0	43	81	11	102	39	35	2	22	1.67
58301596--58301682	25	3.5	25	80	9	97	24	18	24	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58304509--58304560	27	2.0	26	84	3	68	38	19	0	42	1.51
58304533--58304698	52	3.2	52	71	19	155	41	13	1	42	1.55
58304507--58304695	104	1.8	105	89	1	299	41	15	1	41	1.56
58305318--58305365	17	2.8	17	74	0	51	50	6	2	41	1.39
58313906--58313972	11	5.8	11	81	11	55	73	1	17	7	1.14
58313911--58313972	22	2.7	23	78	16	65	74	1	16	8	1.13
58313918--58313972	11	4.7	12	79	20	62	74	1	14	9	1.14
58315163--58315209	22	2.1	22	100	0	94	23	8	36	31	1.85
58319417--58319456	6	6.7	6	94	0	71	67	12	0	20	1.22
58319417--58319462	18	2.6	18	93	3	76	67	10	0	21	1.21
58323237--58323261	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
58330347--58330421	30	2.5	30	95	0	132	17	26	40	16	1.90
58330527--58330553	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
58333540--58333737	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
58333606--58333723	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
58333574--58333737	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
58335697--58335726	15	2.0	15	93	0	51	43	26	3	26	1.70
58337023--58337081	22	2.5	22	78	13	57	18	5	5	71	1.24
58342270--58342303	17	2.1	17	88	5	52	11	29	41	17	1.85
58352468--58352498	12	2.6	12	100	0	62	80	0	12	6	0.89
58359403--58359694	43	6.8	43	92	0	460	22	19	32	25	1.98
58359403--58359694	128	2.3	128	93	1	485	22	19	32	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58359769--58359849	31	2.5	31	80	4	81	61	18	3	16	1.48
58360095--58360140	21	2.2	21	84	0	56	2	50	19	28	1.60
58362721--58362902	9	19.6	9	77	8	141	38	0	13	47	1.48
58362721--58362902	18	9.8	18	78	9	159	38	0	13	47	1.48
58362721--58362901	27	6.8	27	76	11	158	38	0	13	47	1.47
58363159--58364109	275	3.5	275	99	0	1859	37	13	13	35	1.84
58364371--58364399	15	1.9	15	100	0	58	48	20	6	24	1.74
58364805--58364836	14	2.3	14	94	0	55	31	15	0	53	1.43
58367843--58367891	15	3.5	15	73	21	61	28	0	53	18	1.45
58367842--58367902	26	2.3	26	100	0	122	27	0	50	21	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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