genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.290.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91412934--91412990	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
91413450--91413488	14	2.8	14	84	11	53	33	17	7	41	1.79
91416929--91416972	21	2.1	21	95	4	81	54	4	6	34	1.47
91416943--91416983	11	3.9	11	78	12	50	53	7	2	36	1.42
91416907--91417008	47	2.2	47	81	10	122	58	3	3	33	1.35
91417050--91417092	19	2.2	20	91	4	70	58	6	2	32	1.38
91417499--91417644	78	1.8	77	81	11	179	53	4	6	36	1.45
91417736--91417778	22	2.0	22	86	9	61	65	0	2	32	1.06
91419359--91419769	90	4.6	90	90	2	580	38	18	16	26	1.92
91419571--91419603	15	2.2	15	94	0	57	69	6	9	15	1.34
91419359--91419749	178	2.2	177	88	2	570	38	19	15	26	1.92
91419661--91419693	15	2.2	15	94	0	57	69	6	9	15	1.34
91423898--91424007	43	2.6	42	84	5	141	30	16	24	28	1.96
91424198--91424246	24	2.0	24	100	0	98	28	26	12	32	1.92
91424408--91424494	24	3.6	23	77	13	102	29	12	12	44	1.79
91424395--91424470	24	3.0	26	74	14	95	30	17	10	42	1.82
91424395--91424497	50	2.1	50	100	0	206	30	15	12	41	1.84
91434706--91434765	31	1.9	31	82	0	75	26	5	10	58	1.51
91437584--91437715	17	7.4	19	85	11	145	36	12	13	37	1.82
91437600--91437717	35	3.3	35	95	3	200	36	11	14	37	1.83
91437592--91437717	19	6.9	19	87	10	201	36	11	15	37	1.83
91437592--91437740	19	7.8	22	85	11	94	36	10	15	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91438013--91438046	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
91441435--91441471	14	2.5	15	84	16	51	21	18	10	48	1.78
91441435--91441471	15	2.5	15	87	12	51	21	18	10	48	1.78
91449850--91450133	78	3.6	78	90	0	435	33	17	23	24	1.97
91450215--91450509	78	3.8	78	87	2	414	32	17	23	26	1.97
91449745--91450625	365	2.4	365	90	2	1327	32	17	23	25	1.96
91450449--91450722	45	6.1	45	80	6	304	31	15	28	25	1.96
91450539--91450708	89	1.9	89	91	0	277	28	14	30	25	1.95
91450449--91450722	134	2.0	136	81	6	324	31	15	28	25	1.96
91451073--91451128	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
91451071--91451149	35	2.2	37	86	13	121	37	10	16	35	1.82
91451071--91451142	19	3.9	19	89	10	123	37	11	15	36	1.83
91451071--91451165	17	4.8	22	84	12	79	36	9	15	37	1.80
91455829--91455887	31	1.9	32	86	10	88	42	1	0	55	1.09
91456789--91456836	17	2.8	17	78	15	53	75	2	0	22	0.91
91457071--91457154	9	8.7	9	71	17	53	32	2	1	64	1.14
91457061--91457102	21	2.0	22	86	13	61	28	4	0	66	1.12
91459706--91459738	17	1.9	17	88	11	50	21	6	6	66	1.35
91460449--91460709	124	2.1	127	83	4	332	35	14	14	35	1.87
91460875--91460927	25	2.2	23	86	6	70	64	3	7	24	1.37
91460957--91461332	3	123.3	3	68	17	102	60	5	6	27	1.45
91461784--91461814	12	2.6	12	100	0	62	9	0	41	48	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91462121--91462165	20	2.2	20	88	0	63	75	4	11	8	1.17
91465245--91465311	21	3.2	21	74	16	59	47	13	0	38	1.43
91465282--91465328	24	2.0	24	84	16	62	48	17	0	34	1.47
91465704--91465762	30	2.0	28	87	6	82	40	20	0	38	1.53
91466017--91466055	20	2.0	20	84	0	51	2	28	5	64	1.28
91466083--91466124	5	8.4	5	100	0	84	59	0	0	40	0.97
91469732--91469897	46	3.9	41	83	12	176	37	16	24	21	1.93
91469774--91469941	46	3.7	46	88	1	239	39	14	25	20	1.90
91473172--91473214	19	2.1	21	87	8	63	37	9	16	37	1.81
91475474--91475559	43	2.0	43	100	0	172	48	4	16	30	1.66
91483869--91483906	18	2.1	18	95	0	67	42	50	0	7	1.31
91483883--91483907	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
91483932--91483990	6	9.5	6	89	7	91	81	0	0	18	0.69
91484010--91484068	9	6.6	9	88	0	91	25	8	20	45	1.79
91489009--91489043	12	2.8	12	95	4	61	74	2	0	22	0.95
91489036--91489069	18	1.9	17	88	5	50	61	8	11	17	1.54
91489234--91489288	3	18.3	3	100	0	110	67	0	0	32	0.91
91489309--91489333	13	1.9	13	100	0	50	72	4	0	24	1.02
91489528--91489598	3	23.3	3	97	2	133	66	0	0	33	0.92
91490804--91490835	14	2.3	14	100	0	64	28	15	37	18	1.92
91491377--91492363	45	21.6	45	67	15	221	28	21	17	33	1.95
91491342--91492059	138	5.2	140	73	11	433	28	20	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91491432--91491684	89	2.8	88	78	8	260	28	20	18	32	1.96
91491744--91492460	86	7.9	94	75	10	620	29	21	17	32	1.95
91491711--91492472	182	4.2	182	90	0	1123	28	20	17	32	1.96
91493950--91494002	6	8.8	6	79	8	54	9	5	1	83	0.89
91493932--91494002	19	3.7	19	78	14	67	8	9	1	80	0.97
91493932--91494002	30	2.4	30	83	4	81	8	9	1	80	0.97
91498921--91498945	13	1.9	13	100	0	50	72	4	0	24	1.02
91499020--91499067	16	3.0	16	75	6	53	58	4	10	27	1.49
91503384--91503417	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
91503514--91503540	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
91503542--91503587	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
91515704--91515872	45	3.8	45	82	0	205	31	17	22	28	1.96
91515704--91515872	89	1.9	90	86	3	243	31	17	22	28	1.96
91515696--91515900	45	4.6	43	80	6	196	31	17	20	29	1.96
91516106--91516151	17	2.6	18	86	3	67	56	28	2	13	1.48
91517496--91517529	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
91517618--91517729	3	37.3	3	100	0	224	33	0	0	66	0.92
91520779--91520990	53	4.0	53	88	2	311	37	21	17	23	1.94
91520728--91520990	104	2.5	105	85	3	332	39	20	16	23	1.92
91520717--91520991	27	10.4	27	78	3	245	38	20	17	22	1.93
91526283--91526311	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
91533789--91533817	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91536878--91536918	10	4.4	9	88	8	57	68	2	7	21	1.26
91541629--91541689	24	2.5	23	82	12	70	54	3	13	29	1.55
91541838--91541916	21	3.6	21	79	17	81	58	3	3	34	1.34
91541823--91541939	23	5.2	21	77	15	83	58	2	3	35	1.29
91541866--91541986	12	10.1	12	70	24	78	59	4	1	34	1.26
91541953--91542014	22	2.7	23	80	7	72	56	6	1	35	1.35
91541882--91541984	12	8.4	12	71	18	79	60	3	0	34	1.22
91541934--91542012	24	3.2	24	75	12	81	56	6	1	35	1.32
91542141--91542174	17	2.1	16	94	5	59	52	11	0	35	1.38
91542176--91542338	3	53.7	3	67	18	70	59	3	6	31	1.37
91544115--91544504	87	4.5	86	78	7	347	36	17	16	28	1.92
91544326--91544358	15	2.2	15	94	0	57	69	0	9	21	1.15
91544115--91544517	175	2.3	176	80	5	451	37	17	16	28	1.92
91544426--91544577	74	2.0	74	82	8	184	34	19	17	28	1.95
91544610--91544819	74	2.9	73	83	6	236	35	19	15	29	1.93
91555580--91555640	24	2.5	23	82	12	70	54	3	13	29	1.55
91555776--91555800	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
91555790--91555910	23	5.5	22	80	13	108	57	2	3	36	1.28
91555805--91555883	21	3.6	21	79	17	81	58	3	3	34	1.34
91555833--91555953	12	10.1	12	70	24	78	59	4	1	34	1.26
91555776--91555959	14	14.3	14	66	27	56	57	3	2	36	1.29
91555849--91555951	12	8.4	12	71	18	79	60	3	0	34	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91556107--91556140	17	2.1	16	94	5	59	52	11	0	35	1.38
91556142--91556304	3	53.7	3	67	16	77	60	3	5	31	1.35
91557623--91557709	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
91558081--91558138	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
91559408--91559439	5	6.2	5	96	3	55	56	0	0	43	0.99
91559462--91559490	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
91562409--91562442	9	3.7	9	92	4	50	23	41	0	35	1.55
91565072--91565219	39	3.8	39	90	1	217	27	25	21	25	2.00
91570206--91570249	23	1.9	23	95	0	79	59	22	0	18	1.38
91570206--91570261	23	2.4	23	88	5	78	51	26	3	17	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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