genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.248.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78013540--78013757	79	2.7	77	79	8	197	25	22	27	25	2.00
78020730--78020911	40	4.6	39	77	8	127	25	23	27	24	2.00
78020730--78020913	79	2.3	81	81	7	216	25	22	27	24	2.00
78036137--78036360	40	5.6	40	87	3	306	24	23	26	25	2.00
78036141--78036360	83	2.7	80	88	5	302	23	24	27	25	2.00
78038239--78038266	11	2.5	11	100	0	56	50	7	28	14	1.69
78039000--78039048	11	4.3	11	80	10	62	34	0	4	61	1.15
78038995--78039050	24	2.3	24	78	3	67	37	0	3	58	1.15
78040856--78041072	46	4.7	46	87	0	281	43	14	22	19	1.87
78043080--78043115	18	2.0	18	89	10	56	27	16	27	27	1.97
78045148--78045532	192	2.0	192	98	0	752	30	9	18	41	1.82
78047030--78047062	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
78048445--78048652	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
78048445--78048650	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
78056456--78056663	40	5.2	40	81	3	213	25	26	22	25	2.00
78056456--78056662	80	2.6	80	82	5	240	25	26	22	25	2.00
78060814--78061015	39	5.2	38	77	9	160	27	26	21	24	1.99
78068760--78068927	40	4.2	40	82	6	180	26	26	22	24	2.00
78068776--78068925	80	1.9	80	85	2	212	25	26	24	24	2.00
78086077--78086175	33	3.0	33	77	0	90	19	18	18	44	1.87
78089023--78089090	28	2.4	28	90	4	102	33	26	11	27	1.91
78094690--78094872	39	4.7	40	78	8	171	24	27	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78094690--78094872	78	2.3	80	82	7	205	24	27	23	24	2.00
78094683--78094872	40	4.8	39	74	10	145	23	28	23	24	2.00
78101884--78102065	39	4.7	40	77	9	171	24	28	22	24	2.00
78101927--78102065	40	3.5	39	77	10	149	23	28	23	25	1.99
78105462--78105562	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
78110256--78110694	50	8.7	50	78	3	398	25	17	25	30	1.97
78110260--78110690	151	2.8	151	89	1	623	25	17	25	31	1.97
78110260--78110647	101	3.8	100	79	6	388	26	17	25	30	1.97
78124646--78124696	25	2.0	26	92	3	86	15	21	13	49	1.79
78128805--78128836	13	2.3	15	89	10	50	56	6	18	18	1.62
78134192--78134221	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
78143270--78143477	40	5.2	40	81	2	220	26	23	26	24	2.00
78149797--78149910	43	2.7	42	82	5	140	30	23	15	29	1.96
78154214--78154292	37	2.1	37	97	0	149	39	7	6	46	1.58
78156142--78156174	16	2.1	16	100	0	66	30	12	6	51	1.63
78156475--78156520	19	2.4	18	89	7	65	52	28	8	10	1.66
78157687--78157760	27	2.7	27	82	0	76	32	21	9	36	1.86
78157712--78157815	27	3.9	27	82	8	133	27	18	10	43	1.83
78157807--78157933	27	4.7	27	78	4	87	39	21	11	28	1.87
78157807--78157934	54	2.4	53	80	8	143	39	21	11	28	1.88
78157835--78157958	27	4.6	27	79	7	128	41	21	8	28	1.81
78157835--78158015	54	3.3	54	82	5	186	40	20	8	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78158066--78158134	27	2.6	27	88	4	95	36	23	23	17	1.95
78158083--78158161	27	2.9	27	90	3	115	32	22	24	20	1.97
78158798--78158844	24	2.0	24	82	0	58	34	21	12	31	1.91
78158881--78158941	10	5.9	10	77	11	61	36	11	19	32	1.88
78158881--78158941	21	2.9	20	82	4	77	36	11	19	32	1.88
78158881--78158933	11	5.0	11	79	6	65	35	13	20	30	1.91
78158989--78159035	25	2.0	24	83	8	60	31	21	21	25	1.98
78160914--78161005	45	2.0	45	95	0	166	31	14	14	40	1.85
78162859--78163298	27	16.2	26	80	8	387	26	20	19	33	1.97
78162880--78163298	81	5.1	80	79	8	441	26	20	19	33	1.97
78167663--78167734	27	2.7	27	76	8	67	36	18	23	22	1.95
78167891--78168195	27	11.1	27	84	3	340	24	19	21	34	1.97
78172438--78172628	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
78172478--78172628	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
78180464--78180654	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
78180504--78180654	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
78183974--78184068	27	3.5	28	87	9	151	28	14	30	26	1.95
78183977--78184086	54	2.0	55	89	1	168	27	14	32	25	1.95
78184052--78184128	29	2.7	29	81	0	91	23	18	33	24	1.96
78191434--78191592	29	5.5	29	87	1	203	25	16	32	25	1.96
78195249--78195295	23	2.0	24	83	4	60	55	14	6	23	1.63
78198670--78198721	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78199384--78199625	27	9.0	27	82	3	263	24	23	18	33	1.96
78199616--78199666	26	1.9	26	88	4	75	33	13	15	37	1.87
78199618--78199824	27	7.7	27	84	2	229	32	9	19	38	1.85
78199644--78199849	54	3.8	55	86	2	256	31	8	20	39	1.83
78199653--78199849	27	7.2	28	83	4	192	31	8	20	39	1.83
78199628--78199863	27	8.7	27	81	5	160	32	8	20	37	1.84
78199842--78200009	27	6.2	27	85	0	219	40	7	21	30	1.80
78199653--78199874	109	2.0	108	79	4	232	32	8	21	37	1.84
78199840--78200023	81	2.3	81	85	0	242	39	7	22	30	1.82
78206713--78206746	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
78207482--78207641	27	6.0	27	82	4	171	25	20	18	35	1.95
78207481--78207645	54	3.1	54	86	3	217	24	20	20	35	1.96
78207501--78207667	53	3.1	53	79	15	184	24	19	19	37	1.94
78207661--78207747	27	3.2	27	80	3	68	32	10	19	37	1.86
78207670--78207783	54	2.1	54	86	0	156	34	8	17	39	1.81
78207686--78207784	27	3.7	27	94	0	162	31	8	19	41	1.80
78207777--78207917	27	5.2	27	87	0	201	41	9	20	28	1.83
78207750--78207923	54	3.2	54	82	8	183	41	9	18	30	1.82
78207776--78207917	54	2.6	54	90	4	232	42	9	20	28	1.82
78209817--78209910	43	2.2	43	96	0	170	14	23	35	26	1.94
78214352--78214409	30	2.1	27	81	12	64	31	5	22	41	1.76
78215164--78215193	15	1.9	16	93	6	53	33	0	26	40	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78220648--78220694	24	2.0	23	88	12	69	61	2	12	23	1.42
78234599--78234641	19	2.1	21	87	8	63	34	9	20	34	1.85
78237730--78237890	80	2.0	81	98	1	315	51	3	29	14	1.60
78240362--78240415	6	8.8	6	82	11	56	83	0	7	9	0.82
78240362--78240415	12	4.4	12	86	13	83	83	0	7	9	0.82
78240361--78240417	25	2.3	26	85	14	84	82	0	7	10	0.84
78241298--78241749	44	10.3	43	74	12	321	30	17	25	26	1.98
78241298--78241749	88	5.1	87	74	13	363	30	17	25	26	1.98
78241298--78241744	132	3.4	132	96	0	788	30	17	25	26	1.97
78242312--78242362	19	2.9	17	78	13	50	37	11	17	33	1.86
78242322--78242364	19	2.1	21	87	8	63	37	11	18	32	1.87
78245661--78245696	18	2.0	18	94	0	63	13	0	30	55	1.39
78245899--78246010	47	2.3	47	83	8	136	20	15	18	45	1.85
78251737--78251808	20	3.6	20	77	3	65	15	29	19	36	1.92
78251665--78251810	40	3.7	39	81	5	168	15	28	19	36	1.92
78260406--78260442	18	2.1	18	100	0	74	35	16	16	32	1.91
78262742--78262848	39	2.7	39	89	2	153	31	18	28	20	1.96
78262761--78262903	39	3.6	40	86	0	146	25	21	30	22	1.99
78270663--78270817	38	4.0	38	91	5	249	26	20	31	21	1.98
78270682--78270861	38	4.6	40	87	1	145	23	22	32	22	1.98
78276699--78276738	20	1.9	22	90	10	66	50	15	7	27	1.70
78278490--78278670	40	4.6	40	79	7	183	24	27	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78284860--78285030	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
78292893--78293073	40	4.5	39	77	9	161	27	22	25	24	2.00
78294688--78294850	71	2.3	70	98	1	317	19	28	17	34	1.94
78295293--78295352	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
78299869--78300038	92	1.8	92	96	0	313	28	28	21	21	1.99
78299864--78300035	46	3.7	46	80	11	217	29	27	21	21	1.99
78299866--78300054	46	4.1	46	73	17	151	28	28	21	21	1.99
78300440--78300499	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
78307945--78308003	30	2.0	29	86	3	82	30	25	6	37	1.82
78314242--78314412	93	1.8	93	93	2	299	28	28	21	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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