genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77682111--77682318	80	2.6	78	81	6	229	26	25	21	25	2.00
77690214--77690421	40	5.2	40	83	2	240	26	27	21	24	1.99
77692278--77692532	40	6.4	41	88	3	310	23	22	27	26	1.99
77702427--77702693	47	5.7	47	93	0	435	34	13	27	25	1.93
77702478--77702600	22	5.3	22	65	24	74	33	13	28	25	1.93
77702574--77702649	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
77702663--77702778	48	2.4	48	97	0	214	34	7	27	30	1.85
77708876--77709087	46	4.6	45	78	12	189	29	19	27	23	1.98
77713512--77713546	17	1.9	19	88	11	56	34	5	5	54	1.48
77714253--77714293	17	2.3	19	91	8	68	29	0	2	68	1.03
77714527--77714596	29	2.3	30	80	9	72	40	2	11	45	1.55
77716215--77716241	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
77717538--77717596	20	3.2	20	67	18	63	38	3	5	52	1.40
77717522--77717596	36	2.1	36	100	0	150	36	2	5	56	1.36
77717523--77717580	17	3.3	17	68	17	55	29	1	6	62	1.31
77717534--77717605	36	2.2	32	82	12	83	37	2	6	52	1.43
77721112--77721161	25	2.0	25	92	0	82	36	14	14	36	1.86
77726004--77726134	40	3.3	40	77	2	138	25	23	26	23	2.00
77730000--77730283	43	6.6	43	94	0	478	32	33	23	10	1.89
77730276--77730459	38	4.8	38	91	0	278	30	26	22	20	1.98
77732155--77732328	46	3.8	46	79	10	201	21	20	28	28	1.98
77732150--77732320	93	1.8	93	91	0	279	21	21	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77734213--77734255	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
77738421--77739134	43	16.6	43	92	0	1131	31	31	24	11	1.92
77739127--77739272	38	3.8	37	89	3	202	30	27	22	19	1.98
77747313--77747351	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
77755280--77755440	38	4.2	39	90	2	245	22	19	33	24	1.97
77755297--77755476	38	4.6	40	86	2	145	22	21	33	22	1.97
77763197--77763359	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
77763197--77763390	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
77768958--77769165	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
77768960--77769165	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
77776992--77777199	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
77776994--77777199	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
77783347--77783530	38	4.9	39	90	7	274	24	21	32	21	1.98
77783347--77783560	38	5.6	39	85	7	253	24	22	31	21	1.98
77790813--77791032	39	5.6	39	89	1	298	23	22	31	22	1.98
77790813--77791032	77	2.8	78	88	2	316	23	22	31	22	1.98
77794996--77795111	58	2.0	58	98	0	223	33	13	19	32	1.91
77796500--77796677	52	3.5	51	85	4	218	26	16	29	27	1.97
77796495--77796677	51	3.6	51	81	7	212	26	16	28	27	1.97
77802820--77802986	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
77802820--77802986	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
77803812--77803857	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77810825--77810991	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
77810825--77810991	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
77811817--77811862	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
77819463--77819651	79	2.4	81	87	3	267	26	25	22	24	2.00
77819463--77819651	40	4.7	40	84	4	247	26	25	22	24	2.00
77822482--77822599	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
77822450--77822613	71	2.3	71	98	0	319	34	17	28	18	1.94
77841345--77841371	14	1.9	14	100	0	54	22	7	7	62	1.46
77847127--77847208	6	13.8	6	75	12	62	15	6	1	76	1.04
77847127--77847228	12	8.5	11	73	17	55	17	5	0	75	1.05
77847159--77847215	29	2.0	29	82	6	71	14	8	1	75	1.11
77852977--77853052	40	1.9	40	97	0	143	25	21	26	27	1.99
77854993--77855066	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
77854934--77855066	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
77862867--77862940	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
77862808--77862940	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
77865940--77866053	46	2.6	44	84	10	130	21	29	25	22	1.99
77874010--77874158	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
77874051--77874158	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
77879062--77879144	29	2.9	29	94	0	139	26	31	14	27	1.95
77880423--77880457	14	2.5	14	90	0	52	0	14	0	85	0.59
77884383--77884638	55	4.8	53	79	9	231	36	17	23	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77884391--77884591	108	1.8	110	85	6	284	35	17	23	23	1.95
77884835--77884865	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
77888828--77889011	40	4.6	40	86	4	219	25	23	25	25	2.00
77889576--77889671	35	2.8	34	87	1	120	29	22	19	28	1.98
77889576--77889677	34	2.9	35	88	1	134	29	22	19	28	1.98
77890096--77890137	19	2.3	19	95	4	77	26	38	16	19	1.92
77890826--77890878	26	2.0	26	100	0	106	35	15	26	22	1.93
77897450--77897532	29	2.9	28	80	3	94	27	30	13	28	1.94
77897742--77897784	16	2.7	16	88	0	59	9	20	18	51	1.74
77901777--77901889	29	4.0	29	80	10	110	27	26	15	30	1.96
77901783--77901895	28	4.0	29	81	10	119	28	26	15	30	1.96
77901953--77901988	18	2.1	18	89	5	56	19	33	22	25	1.97
77902106--77902141	16	2.2	16	95	0	63	19	19	13	47	1.83
77906154--77906268	29	4.0	28	78	8	124	28	28	13	28	1.95
77906145--77906260	57	2.0	57	83	6	146	27	30	14	27	1.95
77906479--77906513	16	2.2	16	94	0	61	14	22	14	48	1.79
77907618--77907648	16	1.9	16	93	0	53	12	3	29	54	1.53
77908709--77908806	34	2.9	34	95	0	169	24	28	23	23	2.00
77914937--77915134	43	4.6	43	93	0	333	31	33	23	11	1.91
77915362--77915510	43	3.5	42	90	2	219	30	32	22	14	1.93
77915482--77915565	38	2.2	38	86	0	123	32	27	20	20	1.97
77915009--77915718	355	2.0	355	95	0	1285	33	26	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77920114--77920303	43	4.4	43	86	2	231	26	14	24	34	1.94
77920114--77920303	86	2.2	86	85	1	256	26	14	24	34	1.94
77931133--77931263	49	2.7	47	80	8	129	22	27	20	29	1.99
77931284--77931449	48	3.5	48	83	3	176	23	27	20	28	1.99
77936452--77936676	48	4.8	48	73	11	178	26	21	24	27	1.99
77940829--77941083	55	4.8	54	80	9	269	36	18	25	20	1.95
77947746--77947839	40	2.3	40	80	7	102	25	29	17	27	1.97
77952248--77952468	40	5.6	40	92	2	349	26	26	23	23	2.00
77952248--77952468	79	2.8	80	90	2	349	26	26	23	23	2.00
77952248--77952468	119	1.9	119	90	3	356	26	26	23	23	2.00
77965018--77965188	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
77968295--77968458	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
77968295--77968492	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
77970302--77970354	23	2.3	23	96	0	97	32	7	26	33	1.84
77982800--77982844	23	2.0	23	100	0	90	22	28	13	35	1.92
77982752--77982892	71	2.0	71	95	0	255	27	29	7	35	1.85
77982823--77983119	48	6.1	48	91	3	486	29	26	6	37	1.80
77982823--77983119	98	3.1	96	92	1	486	29	26	6	37	1.80
77982823--77983119	146	2.0	146	98	0	576	29	26	6	37	1.80
77984207--77984245	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
77991221--77991284	26	2.4	27	85	10	80	54	3	3	39	1.32
77991755--77991793	18	2.2	18	86	4	53	33	2	0	64	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77992923--77992963	3	13.0	3	85	10	55	63	0	36	0	0.95
77992928--77992963	13	2.8	13	95	0	63	66	0	33	0	0.92
77992923--77992961	10	4.0	10	90	3	53	61	0	38	0	0.96
77993232--77993668	112	3.9	115	90	5	673	32	0	14	51	1.49
77993727--77993758	15	2.1	16	94	5	57	37	0	6	56	1.25
77995620--77995649	14	2.1	14	100	0	60	26	6	36	30	1.82
78010734--78010772	13	2.9	14	81	14	55	69	0	30	0	0.89
78010735--78010770	16	2.2	16	90	0	54	69	0	30	0	0.89
78013540--78013724	40	4.6	39	79	5	167	24	23	27	24	2.00
78013540--78013724	79	2.3	82	83	9	231	24	23	27	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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