genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70810164--70810511	27	12.9	27	75	7	231	32	8	21	37	1.84
70810274--70810532	109	2.4	107	82	7	283	29	9	21	38	1.85
70810274--70810511	54	4.4	54	82	3	264	30	9	21	38	1.85
70812553--70812682	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
70818434--70818458	10	2.5	10	100	0	50	36	28	0	36	1.58
70822728--70822752	13	1.9	13	100	0	50	16	40	28	16	1.89
70834245--70834295	24	2.1	24	100	0	102	45	9	11	33	1.74
70834751--70834779	5	6.0	5	92	8	51	79	0	20	0	0.74
70834751--70834784	14	2.5	14	95	4	61	79	0	20	0	0.73
70839246--70839368	40	3.1	40	80	5	126	26	23	28	21	1.99
70847279--70847408	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
70849636--70849702	13	4.6	14	74	20	57	19	5	0	74	1.02
70849636--70849703	5	13.8	5	74	22	56	19	5	0	75	1.01
70852602--70852634	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
70854288--70854497	39	5.4	39	83	2	260	25	20	29	24	1.99
70854287--70854497	78	2.7	78	90	3	325	25	20	29	24	1.99
70857220--70857247	13	2.2	13	100	0	56	42	14	7	35	1.73
70861109--70861326	40	5.5	40	85	3	244	23	26	23	25	2.00
70869149--70869367	40	5.5	39	80	8	199	24	26	23	25	2.00
70875020--70875047	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
70884183--70884401	40	5.5	40	90	2	327	23	22	27	26	1.99
70887094--70887122	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70897531--70897605	26	3.0	26	81	12	77	21	8	0	70	1.12
70900011--70900466	49	9.4	49	92	1	740	28	9	33	29	1.88
70900567--70900651	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
70904950--70905166	40	5.4	40	83	3	231	23	26	23	26	2.00
70904924--70905166	80	3.0	80	83	1	236	23	26	23	26	2.00
70909210--70909313	29	3.6	29	76	5	86	25	17	33	24	1.96
70913716--70913837	40	3.0	40	79	4	138	24	23	24	27	2.00
70922490--70922522	14	2.3	15	94	5	59	24	24	12	39	1.89
70933693--70933894	46	4.4	46	78	12	207	29	28	19	23	1.98
70933677--70933799	46	2.7	46	87	2	149	31	28	18	21	1.97
70933731--70933902	93	1.8	93	91	2	283	29	27	19	22	1.98
70940808--70940983	47	3.8	46	87	1	244	30	28	16	23	1.96
70940809--70940983	93	1.9	93	90	2	280	30	29	16	24	1.96
70942361--70942440	24	3.4	24	77	5	65	18	20	18	42	1.89
70944435--70944564	40	3.2	40	82	4	156	23	25	28	23	1.99
70946392--70946465	28	2.6	29	80	2	87	21	36	20	21	1.95
70954240--70954313	28	2.6	29	80	2	87	21	36	20	21	1.95
70963188--70963317	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
70966103--70966145	22	2.0	22	100	0	86	41	23	11	23	1.87
70968718--70968847	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
70976751--70976880	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
70984617--70984647	13	2.4	13	94	0	53	80	0	16	3	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70985028--70985061	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
70988387--70988453	27	2.4	28	87	2	100	28	11	25	34	1.91
70995562--70995620	30	2.0	30	100	0	118	27	20	13	38	1.90
70997134--70997160	14	1.9	14	100	0	54	29	22	22	25	1.99
70997778--70997845	25	2.7	25	86	0	91	27	22	19	30	1.97
70997905--70997970	27	2.5	27	85	2	89	45	3	18	33	1.65
70997913--70997972	13	4.5	13	72	12	50	46	3	16	33	1.64
70997931--70997999	13	5.3	13	76	10	61	44	0	15	39	1.47
70999565--70999611	24	1.9	24	82	4	58	48	6	27	17	1.71
71002015--71002059	13	3.5	13	100	0	90	64	13	6	15	1.47
71004480--71004646	40	4.2	40	78	6	169	26	22	27	23	1.99
71012379--71012546	40	4.2	39	77	11	162	26	22	26	24	2.00
71015039--71015189	43	3.5	43	93	1	250	19	21	36	23	1.95
71028129--71028165	9	4.1	9	85	0	56	45	10	10	32	1.74
71034966--71035020	28	2.0	28	100	0	110	36	14	14	34	1.87
71036269--71036425	43	3.7	43	75	10	151	24	15	26	32	1.96
71036266--71036429	85	1.9	86	84	8	219	24	15	26	32	1.95
71039730--71039912	40	4.6	40	80	4	217	22	28	24	24	1.99
71039694--71039912	40	5.5	40	77	8	216	23	27	24	25	2.00
71039730--71039912	79	2.3	81	84	9	225	22	28	24	24	1.99
71046796--71047015	40	5.5	40	78	6	225	24	26	24	25	2.00
71049203--71049462	40	6.5	40	83	6	307	26	20	25	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71049210--71049444	120	2.0	120	88	5	359	25	22	25	26	2.00
71050320--71050379	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
71067018--71067181	40	4.1	40	85	1	204	23	28	23	24	2.00
71067034--71067224	40	4.8	39	77	6	168	24	25	23	26	2.00
71067034--71067223	80	2.4	80	82	7	199	24	25	23	26	2.00
71071508--71071692	79	2.3	80	82	7	207	24	27	23	24	2.00
71071508--71071692	40	4.7	40	78	6	180	24	27	23	24	2.00
71073453--71073686	40	5.8	40	88	3	339	24	21	27	25	1.99
71074382--71074453	35	2.1	35	100	0	144	31	5	16	45	1.70
71074396--71074454	19	3.3	19	72	13	70	37	6	15	40	1.74
71074385--71074440	16	3.3	16	72	13	58	28	3	16	51	1.60
71077495--71077664	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	24	1.99
71085605--71085775	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
71094456--71094499	21	2.0	22	83	12	56	25	29	13	31	1.94
71095634--71095670	19	1.9	19	94	0	65	27	21	5	45	1.73
71097023--71097250	101	2.3	100	82	0	258	31	25	17	25	1.97
71097023--71097259	50	4.7	50	81	1	267	31	25	17	26	1.97
71100452--71100483	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
71103754--71104134	50	7.6	50	76	6	295	31	25	15	27	1.96
71103754--71104080	100	3.3	99	82	3	377	30	25	15	27	1.96
71104488--71104534	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
71120160--71120191	14	2.2	15	94	5	57	15	6	21	56	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71121487--71121541	20	2.8	20	91	0	92	43	25	16	14	1.86
71124190--71124292	29	3.6	29	90	0	152	27	15	33	24	1.95
71132037--71132138	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
71139255--71139386	29	4.6	29	82	9	137	26	26	15	31	1.96
71147199--71147330	29	4.6	29	82	9	137	26	26	15	31	1.96
71150635--71150704	35	2.0	35	94	0	122	34	11	20	34	1.88
71151797--71151850	22	2.5	22	87	0	81	40	25	20	12	1.88
71152259--71152422	41	4.0	41	83	1	213	28	29	20	21	1.98
71152259--71152422	82	2.0	82	89	0	247	28	29	20	21	1.98
71152681--71152787	27	4.0	28	83	7	123	32	12	14	41	1.82
71152686--71152814	54	2.4	54	83	5	161	29	10	17	43	1.81
71152700--71152841	27	5.3	27	81	3	115	28	9	18	43	1.80
71152686--71152841	54	2.9	54	81	3	145	28	8	18	43	1.80
71153598--71153691	27	3.5	26	79	5	98	29	7	23	39	1.82
71153690--71153764	27	2.8	27	81	4	89	29	20	16	34	1.94
71155442--71155506	32	2.0	32	96	0	121	24	29	24	21	1.99
71160056--71160094	20	2.0	20	84	0	51	69	2	2	25	1.14
71161679--71161837	43	3.7	42	78	5	124	23	18	25	32	1.97
71161679--71161795	44	2.7	44	80	5	123	22	18	26	32	1.97
71161950--71162053	50	2.1	50	98	0	199	38	3	23	34	1.73
71161950--71162069	50	2.4	50	91	2	170	39	3	23	34	1.71
71162078--71162125	20	2.3	21	86	10	64	41	0	22	35	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71174130--71174216	37	2.3	36	90	5	138	25	33	20	20	1.97
71174285--71174406	49	2.5	48	93	3	203	30	27	8	33	1.86
71174392--71174421	15	2.0	15	100	0	60	26	33	0	40	1.57
71174294--71174519	110	2.0	112	94	2	402	27	28	9	34	1.88
71174343--71174470	61	2.0	63	94	4	224	28	29	7	34	1.85
71174407--71174545	49	2.8	49	98	0	269	26	27	11	34	1.91
71179605--71179774	46	3.7	46	74	16	170	21	20	28	30	1.98
71179602--71179772	93	1.8	93	91	0	279	21	19	28	29	1.98
71191540--71191569	15	2.0	15	93	0	51	30	33	0	36	1.58
71193722--71193929	40	5.2	40	83	7	253	24	22	27	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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