genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  37  of  318  ( 38146 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10231946--10232121	46	3.8	46	74	7	185	20	21	28	29	1.98
10231942--10232113	93	1.8	93	89	0	272	20	21	29	28	1.98
10252334--10252492	43	3.7	42	84	5	176	30	25	18	25	1.98
10252334--10252492	86	1.9	85	83	9	207	30	25	18	25	1.98
10259064--10259088	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
10260184--10260223	19	2.1	19	86	9	55	47	10	17	25	1.78
10268448--10268679	4	56.5	4	83	5	221	41	26	8	23	1.82
10268868--10273123	4	1062.5	4	85	3	5040	43	24	5	26	1.75
10279224--10279322	27	3.7	27	87	0	135	41	19	11	28	1.85
10279225--10279337	27	4.2	27	83	2	111	41	17	12	28	1.86
10279905--10280002	22	4.5	22	77	10	94	14	18	22	44	1.85
10281735--10281789	16	3.4	16	82	9	76	45	5	21	27	1.74
10281723--10281789	32	2.1	32	88	0	98	44	4	25	25	1.72
10281956--10282210	62	4.3	60	76	16	250	51	4	1	42	1.31
10281959--10282208	114	2.1	117	85	10	343	52	4	1	42	1.31
10284258--10284323	32	2.1	32	100	0	132	39	12	12	36	1.80
10286424--10286489	18	3.4	18	73	15	69	60	9	7	22	1.52
10286424--10286511	40	2.2	40	97	0	167	60	10	9	20	1.56
10290257--10290285	9	3.0	10	90	10	51	31	0	0	68	0.89
10291896--10291968	38	1.9	38	86	5	103	34	20	6	38	1.79
10292883--10292998	21	5.3	21	84	10	126	19	2	32	44	1.65
10292906--10292998	7	13.0	7	80	3	105	17	2	35	45	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10293678--10293717	19	2.1	19	85	0	53	42	12	10	35	1.76
10294951--10295046	32	3.0	31	84	14	124	33	23	14	28	1.94
10295323--10295374	27	1.9	28	88	7	81	28	19	21	30	1.97
10295451--10295496	19	2.4	19	100	0	92	21	41	23	13	1.88
10299947--10300042	32	3.0	32	83	11	142	32	28	14	25	1.95
10311767--10312011	40	6.1	40	85	0	249	21	27	24	26	1.99
10313909--10314152	40	6.1	40	87	2	303	27	26	21	24	1.99
10314239--10314427	64	3.0	64	58	16	142	33	26	11	28	1.91
10314121--10314459	123	2.8	123	95	0	597	33	25	10	30	1.90
10320369--10320471	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
10324516--10324759	40	6.1	40	87	2	303	27	26	21	24	1.99
10324728--10325065	122	2.8	123	95	0	597	33	25	10	30	1.90
10333293--10333480	40	4.7	40	85	1	225	22	27	22	27	1.99
10335577--10335628	26	2.0	26	88	7	79	48	13	0	38	1.43
10339094--10339141	21	2.2	21	82	14	62	47	0	18	33	1.49
10339769--10339927	33	4.9	31	89	8	171	38	11	21	28	1.88
10339771--10339927	66	2.4	68	83	10	195	39	11	21	28	1.87
10339911--10339972	33	1.9	32	86	3	88	32	12	22	32	1.92
10339900--10340025	65	1.9	65	82	6	157	33	15	23	27	1.95
10339853--10339993	32	4.3	32	81	9	108	36	12	22	28	1.91
10343636--10343721	31	2.8	30	87	1	127	26	24	17	31	1.97
10351909--10351968	25	2.4	26	76	15	63	28	21	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10351922--10351992	26	2.7	26	79	12	74	28	22	22	26	1.99
10357006--10357031	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
10357483--10357530	21	2.2	22	82	14	64	45	0	18	35	1.50
10358215--10358362	33	4.4	33	90	3	208	38	10	19	31	1.86
10358203--10358362	66	2.4	66	89	2	239	38	10	20	31	1.85
10358358--10358473	33	3.5	33	82	1	135	32	15	25	25	1.95
10366355--10366386	14	2.3	14	100	0	64	34	15	12	37	1.85
10369018--10369056	18	2.1	19	95	4	71	20	5	2	71	1.17
10369569--10369608	11	3.5	11	86	3	53	17	7	0	75	1.03
10372686--10372734	20	2.5	20	89	0	71	14	28	36	20	1.92
10375022--10375115	44	2.1	45	94	4	172	52	12	2	32	1.52
10378673--10378732	27	2.3	26	85	2	75	23	21	20	35	1.96
10386135--10386159	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
10392303--10392450	41	3.7	40	88	4	199	19	26	17	36	1.94
10395171--10395248	30	2.6	30	77	4	77	37	15	29	17	1.91
10395237--10395486	29	8.4	29	76	8	191	40	13	26	20	1.89
10395356--10395576	30	7.4	30	77	6	101	38	13	26	21	1.91
10395176--10395543	149	2.5	148	87	1	529	36	13	27	21	1.91
10397272--10397365	29	3.2	29	96	0	170	25	27	15	30	1.96
10397235--10397365	58	2.3	58	85	2	165	25	32	16	26	1.96
10404556--10404685	57	2.3	58	85	4	165	25	32	16	26	1.96
10404593--10404685	29	3.2	29	96	1	170	25	27	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10406770--10406876	52	2.1	52	98	0	205	28	7	20	43	1.78
10408579--10408809	40	5.8	40	90	2	331	23	29	24	23	1.99
10414391--10414432	16	2.6	17	81	11	52	45	21	0	33	1.52
10415074--10415141	34	2.0	34	100	0	136	38	17	11	32	1.86
10417726--10417765	21	1.9	21	85	10	55	35	27	10	27	1.89
10421576--10421742	43	3.9	43	73	6	151	31	24	16	27	1.97
10423744--10423783	21	1.9	21	85	10	55	40	30	0	30	1.57
10425299--10425349	16	3.4	16	68	15	54	41	1	7	49	1.43
10425292--10425349	29	2.0	29	100	0	116	41	3	6	48	1.47
10426177--10426218	21	2.0	22	85	4	59	50	2	7	40	1.43
10426197--10426261	25	2.6	25	82	4	78	56	3	9	30	1.46
10426251--10426291	12	3.3	12	81	18	57	70	0	2	26	0.99
10426337--10426392	18	2.8	19	77	17	60	64	3	5	26	1.32
10429805--10429863	28	2.1	28	96	0	109	16	10	25	47	1.78
10435427--10435655	48	4.9	48	73	13	179	30	24	19	26	1.98
10439244--10439366	43	2.9	42	77	7	149	25	17	24	32	1.97
10444071--10444223	41	3.8	40	82	6	182	22	24	15	37	1.92
10444070--10444295	81	2.8	82	87	4	305	23	25	13	36	1.92
10444071--10444295	41	5.5	40	78	4	173	24	25	13	36	1.92
10454947--10455131	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
10454948--10455139	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
10454947--10455164	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10463004--10463188	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
10463005--10463196	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
10463004--10463221	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
10467603--10467682	5	14.8	5	73	17	54	16	6	1	76	1.05
10467603--10467651	22	2.2	23	88	3	73	14	4	2	79	0.97
10467602--10467662	6	10.5	6	83	3	72	14	4	1	78	0.99
10473960--10474143	67	2.8	64	76	8	185	30	17	29	22	1.97
10478160--10478209	25	2.0	25	100	0	100	32	8	12	48	1.69
10478365--10478391	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
10489913--10490284	38	9.1	38	72	15	251	30	23	14	31	1.94
10489961--10490209	47	5.7	47	72	16	246	31	22	14	31	1.94
10489923--10490247	85	3.8	85	94	0	560	30	23	15	31	1.95
10499336--10499508	46	3.7	46	78	10	190	21	19	27	30	1.98
10499333--10499503	93	1.8	93	91	0	279	21	19	28	29	1.98
10499733--10499770	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
10506555--10506607	27	2.0	27	81	7	63	37	15	7	39	1.75
10507748--10507878	42	3.1	42	87	1	192	27	32	24	15	1.95
10511053--10511110	30	1.9	30	86	6	82	22	29	27	20	1.99
10516167--10516207	18	2.3	18	83	8	57	9	24	41	24	1.85
10516315--10516598	27	10.5	27	82	2	300	29	15	14	40	1.87
10516315--10516573	81	3.2	81	85	1	349	30	15	13	40	1.86
10516872--10516908	18	2.1	18	90	10	58	21	18	10	48	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10530140--10530351	39	5.4	39	85	0	280	45	22	2	29	1.67
10530185--10530253	19	3.6	19	69	18	61	46	23	0	30	1.53
10532324--10532357	3	11.3	3	100	0	68	67	0	32	0	0.91
10533429--10533457	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
10534228--10534460	39	6.0	39	92	2	346	20	19	27	32	1.97
10534593--10534628	18	2.0	18	100	0	72	27	5	16	50	1.68
10537525--10537723	40	5.1	39	84	7	219	26	29	22	22	1.99
10537546--10537717	75	2.2	79	84	8	228	27	27	21	22	1.99
10545650--10545904	39	6.5	40	87	4	324	25	28	22	23	1.99
10553546--10553610	34	1.9	34	84	12	89	50	0	47	1	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318