genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25808575--25808763	29	6.5	29	85	3	238	25	30	16	26	1.97
25814944--25815072	48	2.7	48	85	0	159	27	29	15	27	1.96
25815825--25815922	24	4.0	24	91	1	151	35	6	37	20	1.78
25823739--25823862	24	5.2	24	92	1	196	37	4	37	19	1.73
25823751--25823863	12	9.5	12	67	4	68	37	6	37	19	1.77
25825120--25825169	26	1.9	26	84	8	66	38	20	16	26	1.92
25825479--25825559	32	2.4	34	73	8	85	28	18	24	28	1.98
25832200--25832229	14	2.1	14	100	0	60	43	13	0	43	1.43
25834789--25834840	25	2.2	24	86	6	70	34	21	25	19	1.96
25835317--25835356	21	1.9	21	89	0	62	40	17	0	42	1.49
25838561--25838717	49	3.2	49	73	15	137	28	19	28	24	1.98
25846299--25846523	98	2.4	93	78	7	240	25	16	31	26	1.97
25846202--25846519	49	6.6	48	71	12	199	26	18	30	25	1.98
25846205--25846519	142	2.2	142	83	6	386	26	18	30	25	1.98
25850622--25850729	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
25851869--25851897	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
25854460--25854637	40	4.4	39	78	10	180	25	25	21	26	2.00
25854460--25854637	80	2.2	81	85	3	243	25	25	21	26	2.00
25862488--25862668	40	4.5	40	81	6	197	25	25	22	26	2.00
25862488--25862660	80	2.1	81	85	3	224	26	24	21	27	2.00
25867886--25867929	21	2.1	21	86	0	61	34	20	0	45	1.51
25882329--25882397	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25884026--25884063	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
25887413--25887584	42	4.0	43	71	9	127	26	18	24	30	1.97
25890023--25890132	44	2.6	42	81	7	123	33	24	17	24	1.96
25893478--25893504	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
25894319--25894376	20	3.0	20	92	2	91	50	18	0	31	1.48
25894698--25894827	43	3.0	43	84	6	149	30	26	17	25	1.97
25900022--25900192	93	1.8	93	88	0	261	29	25	22	23	1.99
25900616--25900675	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
25908111--25908294	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
25908151--25908339	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
25910856--25911027	46	3.7	45	78	10	186	29	25	20	24	1.99
25910860--25911031	93	1.8	93	91	0	281	28	26	20	24	1.99
25911455--25911514	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
25913644--25913671	14	2.0	14	100	0	56	35	7	21	35	1.81
25937301--25937439	29	4.8	29	80	3	82	23	33	13	29	1.93
25937330--25937439	58	1.9	58	82	0	139	23	30	13	32	1.93
25946979--25947127	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
25947020--25947127	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
25959430--25959501	8	8.9	8	71	19	51	33	0	4	62	1.14
25964121--25964170	24	2.1	24	88	0	73	46	22	16	16	1.84
25966609--25966675	34	2.0	34	93	0	116	38	10	25	25	1.87
25979618--25979733	51	2.3	51	80	0	133	41	12	6	39	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25986805--25986854	26	1.9	26	84	8	66	42	2	0	56	1.11
25986824--25986875	21	2.4	22	84	12	63	36	1	0	61	1.07
25987999--25988023	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
25992985--25993065	26	3.1	26	92	0	126	34	4	23	37	1.77
25997349--25997421	30	2.4	31	88	4	103	26	17	12	43	1.84
25997353--25997429	32	2.5	30	87	4	100	25	18	11	44	1.84
25997649--25997702	24	2.3	23	81	9	56	40	1	1	55	1.21
25997899--25998047	59	2.5	60	80	7	169	51	10	14	24	1.73
25999134--25999167	2	18.0	2	88	11	54	50	0	0	50	1.00
26000869--26000906	19	2.0	19	94	0	67	31	7	15	44	1.75
26021552--26021730	27	6.6	27	89	0	259	40	21	7	30	1.81
26021552--26021784	81	2.9	81	86	3	283	39	21	8	30	1.83
26021552--26021802	27	9.3	27	80	5	179	39	21	8	30	1.84
26021780--26021991	27	7.9	27	87	2	300	28	23	8	39	1.84
26021753--26021989	81	2.9	79	82	9	273	29	22	8	38	1.85
26021780--26021992	81	2.6	81	91	2	338	29	23	8	39	1.84
26021988--26022264	27	10.0	27	81	8	281	37	18	20	23	1.94
26022038--26022114	34	2.2	35	93	2	129	42	19	18	19	1.89
26022770--26022956	6	30.3	6	72	17	134	18	18	14	48	1.81
26022773--26022837	25	2.6	25	92	0	103	16	20	16	46	1.85
26022792--26022874	37	2.2	37	84	0	112	18	19	16	45	1.85
26022835--26022896	25	2.5	25	89	0	88	19	19	14	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26022770--26022935	62	2.7	62	91	0	269	18	18	14	48	1.82
26022854--26022948	37	2.6	37	86	0	127	20	17	12	49	1.79
26022860--26022929	19	3.8	18	75	7	61	18	18	12	50	1.78
26024932--26025072	27	5.2	27	89	0	210	40	19	8	31	1.81
26024932--26025155	81	2.8	81	80	4	229	38	20	8	31	1.84
26024932--26025155	54	4.1	54	78	5	220	38	20	8	31	1.84
26024932--26025155	27	8.3	26	82	3	187	38	20	8	31	1.84
26025133--26025288	27	5.8	27	86	0	204	28	21	8	41	1.83
26025106--26025280	54	3.3	53	79	7	192	28	22	9	39	1.86
26025106--26025288	81	2.3	81	84	3	226	30	21	9	38	1.85
26025133--26025288	54	2.9	54	86	3	233	28	21	8	41	1.83
26025137--26025291	81	1.9	81	91	0	256	28	20	9	41	1.84
26025290--26025515	27	8.4	27	85	1	256	37	19	20	23	1.94
26025766--26025817	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
26026036--26026222	6	30.3	6	70	17	116	18	17	14	50	1.78
26026064--26026196	19	6.8	19	70	19	103	16	18	15	49	1.80
26026036--26026103	25	2.7	25	88	0	100	19	19	14	47	1.83
26026064--26026134	37	1.9	37	94	0	124	16	19	16	46	1.84
26026036--26026201	62	2.7	62	90	0	260	18	18	14	49	1.80
26026110--26026213	37	2.8	37	83	1	100	17	16	13	52	1.74
26026099--26026165	25	2.7	25	88	0	98	16	16	14	52	1.75
26026036--26026199	31	5.3	31	72	11	120	18	17	14	49	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26032544--26032860	46	6.7	47	75	13	251	27	19	30	22	1.98
26035219--26035257	10	3.9	11	87	12	50	17	10	0	71	1.12
26043704--26043953	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
26051807--26052056	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
26064220--26064469	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
26078003--26078039	14	2.4	16	86	8	51	32	21	2	43	1.67
26078467--26078517	20	2.7	18	82	14	59	39	19	0	41	1.52
26089603--26089705	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
26093822--26094118	47	6.3	47	88	1	452	30	9	30	28	1.89
26093822--26094118	94	3.2	94	96	0	540	30	9	30	28	1.89
26096265--26096313	18	2.5	19	80	16	55	51	4	2	42	1.32
26099932--26100000	25	2.8	25	81	0	75	39	18	17	24	1.92
26103806--26103893	45	2.0	45	93	0	149	37	26	11	25	1.89
26112272--26112438	45	3.8	45	91	1	257	23	20	28	26	1.99
26120442--26120596	38	4.1	38	83	3	168	14	16	27	40	1.88
26120750--26120779	3	10.0	3	100	0	60	33	33	0	33	1.58
26124818--26124891	23	3.1	24	75	16	73	58	0	2	39	1.13
26124847--26124878	8	4.0	8	91	0	55	53	0	0	46	1.00
26125213--26125248	2	18.0	2	88	11	56	50	2	0	47	1.15
26129401--26129464	23	2.7	23	76	13	69	62	7	7	21	1.48
26145690--26145737	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
26151631--26151855	40	5.6	40	86	6	312	24	28	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26151631--26151855	83	2.8	83	86	6	322	24	28	23	24	2.00
26161930--26161992	33	1.9	33	100	0	126	22	33	19	25	1.97
26165387--26165522	49	2.8	48	83	8	152	22	29	18	29	1.97
26165438--26165608	48	3.6	48	79	9	188	25	28	16	29	1.97
26165345--26165608	94	2.8	96	80	7	245	24	28	17	28	1.98
26173340--26173506	46	3.5	47	77	11	153	23	26	19	30	1.98
26173248--26173506	49	5.4	47	77	12	183	22	26	20	30	1.98
26173888--26173944	30	1.9	30	88	0	87	33	26	8	31	1.87
26175875--26176161	27	10.6	27	86	0	349	40	20	7	31	1.80
26175875--26176134	54	4.8	54	89	0	385	41	20	7	30	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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