Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  258  of  318  ( 38146 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81476703--81476771
36
1.9
36
96
0
129
37
14
10
37
1.80
81477212--81477840
84
7.6
84
90
5
1030
24
22
22
29
1.99
81477358--81477830
41
11.3
42
65
22
189
25
22
22
30
1.99
81477212--81477840
250
2.5
248
92
5
1033
24
22
22
29
1.99
81478779--81478839
7
8.7
7
77
13
63
3
11
0
85
0.72
81478779--81478840
8
7.6
8
81
15
74
3
11
0
85
0.71
81478785--81478842
15
4.2
14
78
12
59
3
10
0
86
0.69
81478787--81478842
26
2.2
26
87
6
78
3
10
0
85
0.71
81484472--81484549
19
4.1
19
83
9
106
33
16
10
39
1.83
81494717--81494745
14
2.1
14
100
0
58
34
13
6
44
1.71
81496762--81496919
42
3.7
43
73
11
126
30
20
23
25
1.98
81502997--81503065
34
2.0
34
97
0
129
50
13
5
30
1.64
81504989--81505021
17
2.0
17
94
5
59
36
15
0
48
1.45
81505317--81505435
46
2.6
46
91
0
184
18
25
12
43
1.85
81505420--81505465
23
2.0
23
91
0
74
23
19
13
43
1.86
81505328--81505557
115
2.0
115
87
1
336
22
23
14
40
1.90
81505443--81505557
46
2.5
46
95
0
212
25
22
14
37
1.92
81508299--81508327
14
2.0
15
93
6
51
10
20
27
41
1.85
81513983--81514246
48
5.6
46
76
14
213
29
17
29
23
1.97
81520179--81520363
50
3.7
50
82
5
216
31
24
16
27
1.97
81527822--81527868
23
2.0
23
100
0
94
31
12
12
42
1.81
81528950--81528981
2
16.0
2
100
0
64
50
0
0
50
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81532922--81532977
27
2.0
28
96
3
105
35
3
1
58
1.26
81536138--81536288
40
3.8
40
80
6
164
26
23
27
23
2.00
81536175--81536304
40
3.2
40
82
2
163
23
23
27
25
2.00
81540280--81540387
26
4.2
26
91
0
180
33
7
23
36
1.83
81548333--81548439
26
4.2
26
92
2
171
33
7
22
36
1.82
81548333--81548439
51
2.1
52
92
1
180
33
7
22
36
1.82
81561064--81561426
48
7.6
48
87
2
509
25
16
31
26
1.96
81565288--81565342
21
2.7
21
83
8
60
45
18
0
36
1.49
81573774--81573816
8
5.4
8
88
0
68
41
0
0
58
0.98
81576743--81576786
2
22.0
2
100
0
88
50
0
0
50
1.00
81579986--81580016
15
2.1
15
100
0
62
41
6
6
45
1.55
81596580--81596657
39
2.0
39
97
0
147
41
11
7
39
1.70
81597399--81597438
18
2.3
18
86
4
55
30
30
10
30
1.90
81609248--81609369
32
3.8
33
95
3
221
18
9
41
30
1.82
81609248--81609369
65
1.9
65
94
3
219
18
9
41
30
1.82
81613824--81613849
6
4.3
6
100
0
52
53
15
15
15
1.73
81618849--81619119
28
9.9
27
75
11
178
36
13
21
28
1.92
81618831--81619007
84
2.1
84
83
3
214
40
10
21
27
1.86
81618860--81619132
27
10.0
27
76
8
169
35
14
22
28
1.93
81618849--81619119
54
4.9
55
79
6
228
36
13
21
28
1.92
81620554--81620634
41
2.0
41
92
0
135
24
8
12
54
1.65
81621302--81621556
31
8.2
31
76
5
228
47
8
14
29
1.74
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81621301--81621545
62
4.0
61
83
6
280
46
8
15
30
1.75
81623212--81623262
20
2.7
19
82
14
54
41
0
21
37
1.54
81623906--81624074
48
3.6
48
81
3
216
28
17
28
24
1.98
81624094--81624224
49
2.7
48
84
7
165
28
22
28
21
1.99
81623996--81624266
142
1.9
145
85
5
381
26
19
29
25
1.98
81632076--81632182
38
2.8
38
88
1
169
30
16
22
29
1.96
81639576--81639606
12
2.6
12
89
0
53
51
9
0
38
1.35
81647426--81647510
17
5.1
16
76
7
71
15
16
35
32
1.90
81650540--81650630
40
2.3
40
84
7
114
28
20
18
31
1.97
81651037--81651096
28
2.1
29
81
3
68
30
21
1
46
1.61
81654543--81654609
18
3.7
18
77
0
71
32
14
13
38
1.86
81657144--81657315
43
4.0
43
72
10
145
31
25
16
26
1.97
81660587--81660667
23
3.3
23
69
15
72
58
13
1
27
1.44
81660578--81660679
51
2.0
51
94
0
177
55
12
0
30
1.44
81678515--81678584
27
2.6
27
93
2
113
30
28
14
27
1.95
81681096--81681142
17
2.9
16
74
20
53
21
19
23
36
1.95
81687879--81687963
42
2.0
42
97
0
161
49
10
11
28
1.72
81693249--81693382
62
2.2
59
88
5
198
44
2
1
51
1.26
81693491--81693538
25
2.0
24
83
4
60
41
10
6
41
1.64
81696007--81696048
22
1.9
22
85
0
57
66
4
0
28
1.12
81697001--81697105
45
2.4
43
79
6
104
46
5
19
28
1.72
81699372--81699413
18
2.3
18
84
8
50
38
21
0
40
1.53
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81702769--81702818
23
2.2
23
88
0
73
20
4
20
56
1.58
81702778--81702829
23
2.3
23
100
0
104
17
3
17
61
1.49
81714708--81714782
28
2.6
29
85
8
82
54
2
1
41
1.23
81714718--81714782
28
2.2
30
89
5
98
56
3
1
38
1.24
81714778--81714849
29
2.4
29
81
9
74
54
2
8
34
1.45
81714862--81714910
21
2.5
20
74
9
55
48
2
4
44
1.33
81714924--81715019
16
5.8
16
70
11
59
33
1
2
63
1.13
81714933--81714973
18
2.2
20
91
8
68
29
0
2
68
1.03
81714933--81715028
51
1.9
50
85
10
133
34
1
2
62
1.14
81715171--81715221
15
3.2
16
80
5
59
43
1
0
54
1.11
81716104--81716151
23
2.0
24
92
4
80
66
2
0
31
1.03
81721422--81721453
6
5.5
6
92
7
57
46
0
0
53
1.00
81721474--81721529
27
2.1
27
83
3
69
39
3
1
55
1.28
81721510--81721575
21
2.9
23
80
13
66
33
4
0
62
1.16
81721556--81721608
27
2.0
27
85
14
74
37
0
1
60
1.08
81723923--81723990
33
2.1
33
100
0
136
22
11
14
51
1.74
81735787--81735894
26
4.2
26
92
2
173
33
7
23
36
1.83
81737382--81737434
26
2.0
26
85
7
72
39
22
11
26
1.88
81739379--81739412
8
4.2
8
84
0
50
55
0
2
41
1.15
81742064--81742146
32
2.5
35
73
13
86
42
2
0
55
1.13
81742101--81742154
24
2.3
23
81
9
65
44
3
0
51
1.19
81742101--81742150
25
2.0
24
84
3
64
44
4
0
52
1.20
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81742687--81742737
19
2.4
23
84
15
74
49
0
0
50
1.00
81745473--81745663
96
2.0
96
86
0
265
36
17
32
12
1.88
81747522--81747577
26
2.1
27
90
3
87
28
1
7
62
1.32
81747531--81747590
26
2.3
26
82
8
68
36
0
5
58
1.20
81747679--81747709
2
15.5
2
100
0
62
48
0
0
51
1.00
81750730--81750759
15
1.9
16
93
6
53
16
40
0
43
1.48
81752640--81752736
40
2.4
40
92
0
167
43
8
17
30
1.78
81753293--81753325
17
1.9
17
93
0
57
39
0
0
60
0.97
81753571--81753626
16
3.5
16
90
0
85
32
25
5
37
1.78
81756456--81756505
23
2.2
23
100
0
100
42
0
12
46
1.41
81757650--81757695
17
2.6
19
83
10
62
71
0
19
8
1.11
81757647--81757694
21
2.5
19
83
10
53
70
0
20
8
1.12
81758178--81758266
3
30.0
3
95
2
162
67
0
32
0
0.91
81759148--81759182
17
2.1
17
94
0
61
0
25
0
74
0.82
81759144--81759182
20
1.9
20
89
5
60
0
23
0
76
0.78
81759706--81759745
20
2.0
20
100
0
80
20
10
10
60
1.57
81759767--81759802
2
18.0
2
100
0
72
50
0
0
50
1.00
81778328--81778494
40
4.2
40
82
2
185
24
26
22
26
2.00
81781023--81781295
49
5.7
48
73
7
191
26
20
29
24
1.99
81781023--81781292
93
2.9
92
75
11
217
26
20
29
24
1.99
81784971--81785153
66
2.8
64
77
9
194
30
17
29
22
1.97
81790094--81790180
42
2.1
42
100
0
174
44
4
13
36
1.65
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81792800--81792840
21
2.0
21
95
0
73
43
9
12
34
1.75
81796861--81796944
5
15.6
5
74
14
60
34
17
3
44
1.67
81796849--81796889
16
2.5
17
88
4
57
34
14
2
48
1.57
81802674--81802724
26
1.9
27
84
4
68
21
29
25
23
1.99
81812286--81812318
17
1.9
17
100
0
66
33
42
18
6
1.75
81817038--81817293
40
6.4
39
90
3
313
26
27
21
24
1.99
81819976--81820139
42
3.9
41
81
10
188
31
21
14
32
1.93
81822283--81822310
14
2.0
14
100
0
56
35
14
21
28
1.92
81827077--81827126
3
16.7
3
80
15
59
26
2
4
68
1.18
81827074--81827126
12
4.7
11
80
19
65
26
1
3
67
1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318