genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.276.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87433344--87433397	21	2.7	20	86	11	74	1	12	0	85	0.69
87433346--87433395	14	3.8	13	84	10	66	2	14	0	84	0.72
87439140--87439199	17	3.5	17	74	21	63	65	0	1	33	1.03
87439682--87439831	35	4.3	35	87	6	178	38	13	10	38	1.79
87439682--87439831	52	2.8	53	87	7	216	38	13	10	38	1.79
87451803--87451886	28	3.0	28	91	1	132	19	3	30	46	1.66
87451807--87451900	28	3.6	24	78	18	91	15	4	34	45	1.66
87452089--87452173	22	4.0	22	70	16	81	15	21	25	37	1.92
87458293--87458345	23	2.3	23	100	0	106	32	28	7	32	1.85
87459869--87459936	35	1.9	35	82	11	86	54	17	0	27	1.43
87462516--87462576	33	2.0	31	84	12	81	32	0	8	59	1.27
87462908--87462941	14	2.4	14	85	14	52	73	14	11	0	1.10
87463849--87463959	38	2.8	40	72	8	93	22	19	27	30	1.98
87464795--87464831	3	12.3	3	94	0	65	70	0	0	29	0.88
87471442--87471617	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
87471438--87471610	93	1.9	93	96	0	319	20	21	30	27	1.98
87473296--87473329	14	2.4	14	85	14	52	73	14	11	0	1.10
87474237--87474371	39	3.4	39	75	8	114	22	20	28	28	1.99
87480003--87480030	13	2.2	13	100	0	56	64	0	14	21	1.29
87490352--87490558	46	4.5	44	80	11	193	23	30	19	26	1.98
87490301--87490566	94	2.9	94	77	12	264	23	30	19	26	1.98
87491996--87492089	45	2.1	45	100	0	188	41	14	18	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87492130--87492201	27	2.6	28	76	4	76	38	15	30	15	1.88
87504936--87504968	16	1.9	18	88	11	52	51	0	0	48	1.00
87509712--87509762	20	2.5	21	78	12	52	39	1	0	58	1.09
87509712--87509752	20	2.0	21	85	4	57	41	2	0	56	1.13
87511094--87511118	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
87511288--87511448	87	1.9	87	80	2	189	18	22	23	34	1.96
87515895--87516438	50	10.8	50	79	3	572	26	18	25	29	1.98
87515896--87516438	101	5.4	100	78	4	500	26	18	24	29	1.98
87515894--87516447	151	3.7	151	91	0	876	26	18	24	29	1.98
87516993--87517354	180	2.0	180	85	3	487	36	7	19	37	1.80
87531507--87531559	27	2.0	27	96	0	97	24	32	33	9	1.87
87531695--87531753	6	10.2	6	85	14	79	64	0	35	0	0.94
87531711--87531753	3	14.7	3	95	4	79	67	0	32	0	0.91
87531780--87531810	6	5.2	6	92	0	53	80	0	19	0	0.71
87531782--87531828	18	2.7	18	83	3	60	72	0	27	0	0.85
87531780--87531813	12	2.8	12	95	0	59	79	0	20	0	0.73
87532265--87532293	14	2.0	15	93	6	51	48	0	3	48	1.18
87532302--87533454	286	4.0	287	86	7	1519	58	7	6	27	1.48
87532302--87533452	146	8.0	147	81	10	1124	58	7	6	27	1.48
87533341--87533452	54	2.1	52	80	3	125	64	5	2	27	1.29
87539959--87540036	27	2.9	27	84	1	113	11	33	30	24	1.91
87542012--87542073	27	2.2	28	80	8	65	67	1	1	29	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87542696--87542722	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
87543598--87543632	17	2.1	17	94	0	61	22	20	17	40	1.92
87545895--87545919	12	2.1	12	100	0	50	36	0	40	24	1.55
87552010--87552042	11	3.0	11	83	16	50	45	0	15	39	1.46
87552622--87552655	16	2.1	16	94	0	59	35	35	17	11	1.87
87554266--87554305	13	3.1	13	92	0	71	17	20	45	17	1.86
87556283--87556309	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
87557065--87557090	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
87557902--87557965	32	2.0	32	100	0	128	21	12	9	56	1.64
87560046--87560077	15	2.1	15	100	0	64	56	0	6	37	1.25
87566413--87567361	69	13.7	69	78	3	705	21	18	24	36	1.95
87566408--87567361	138	6.9	138	77	3	824	20	18	24	36	1.95
87566408--87567361	207	4.6	207	77	4	830	20	18	24	36	1.95
87571215--87571247	16	2.1	16	100	0	66	51	12	12	24	1.73
87577970--87578047	38	2.0	39	87	2	113	26	12	3	56	1.54
87580683--87580794	55	2.0	55	92	0	188	24	14	9	51	1.72
87583076--87583128	18	3.0	18	76	10	56	49	0	1	49	1.12
87586646--87586685	19	2.2	17	86	8	53	57	0	35	7	1.27
87587233--87587275	22	2.0	22	85	0	59	55	4	0	39	1.20
87589646--87589810	43	3.8	43	77	10	160	23	14	29	32	1.94
87597891--87597932	20	2.2	19	87	12	59	45	0	4	50	1.23
87597978--87598045	21	3.3	22	82	10	72	35	4	0	60	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87597995--87598046	14	3.6	14	75	12	52	32	5	0	61	1.20
87610010--87611040	44	23.6	44	84	3	1204	30	13	27	27	1.95
87612679--87612723	22	2.0	22	83	8	56	31	2	2	64	1.18
87612764--87612880	33	3.7	30	75	19	96	29	3	5	62	1.33
87624804--87625257	220	2.1	219	91	1	748	32	18	22	26	1.97
87625231--87625743	44	11.7	44	85	3	692	30	13	26	29	1.94
87625231--87625736	88	5.8	88	89	3	768	30	13	26	29	1.94
87626007--87626041	17	2.1	17	94	0	61	74	5	2	17	1.14
87627312--87627356	22	2.0	22	83	8	56	31	2	2	64	1.18
87627324--87627369	23	2.1	21	88	8	65	32	2	0	65	1.05
87627396--87627512	33	3.7	30	75	19	96	29	3	5	62	1.33
87627846--87627887	18	2.3	18	84	8	50	21	2	4	71	1.16
87631829--87631887	17	3.3	17	72	21	57	38	0	23	37	1.55
87631816--87631890	37	2.0	37	97	0	141	38	0	22	38	1.55
87631816--87631875	20	3.2	19	73	22	63	41	0	21	36	1.54
87631875--87631919	20	2.2	21	92	4	74	37	2	24	35	1.68
87631950--87632210	35	7.0	34	69	22	143	25	19	19	35	1.95
87631967--87632235	40	7.1	39	68	22	162	24	18	18	37	1.93
87631949--87632255	75	4.1	75	90	0	452	24	18	20	37	1.94
87633559--87633608	10	5.0	10	79	13	50	24	8	2	66	1.29
87633569--87633608	20	2.0	20	90	9	64	25	7	2	65	1.32
87634324--87634357	18	1.9	18	94	5	61	26	2	5	64	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87637676--87637724	21	2.3	21	96	0	89	14	28	14	42	1.84
87639899--87639961	5	13.0	5	74	15	53	20	0	0	79	0.73
87639894--87639961	13	5.2	12	81	18	66	20	0	0	79	0.73
87639893--87639961	17	3.8	19	73	21	76	20	0	0	79	0.73
87639893--87639944	6	8.3	6	84	16	70	17	0	0	82	0.66
87639893--87639961	25	2.6	25	84	15	95	20	0	0	79	0.73
87639896--87639962	11	6.3	11	74	19	61	22	0	0	77	0.77
87639894--87639962	12	5.7	12	80	17	63	21	0	0	78	0.76
87641539--87641588	10	5.0	10	79	13	50	24	8	2	66	1.29
87641549--87641588	20	2.0	20	90	9	64	25	7	2	65	1.32
87652362--87652625	34	7.7	34	80	5	246	31	24	15	28	1.95
87652367--87652625	69	3.8	68	78	6	236	30	25	15	28	1.95
87652680--87652745	27	2.4	27	92	0	105	22	24	10	42	1.85
87655834--87655870	18	2.1	18	94	0	65	40	21	5	32	1.76
87671951--87671997	24	2.0	24	83	8	60	63	10	0	25	1.26
87672060--87672124	28	2.3	27	76	7	67	63	0	7	29	1.22
87689926--87689979	23	2.4	21	82	11	63	61	3	0	35	1.14
87692548--87692636	44	2.0	44	82	12	110	6	29	1	62	1.27
87695050--87695101	15	3.2	15	73	19	50	53	1	0	44	1.11
87695473--87695544	33	2.2	33	83	11	87	50	16	5	27	1.68
87696588--87696636	15	3.1	16	85	8	57	85	8	0	6	0.73
87702049--87702087	18	2.2	18	86	9	53	33	0	10	56	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87702980--87703017	18	2.3	16	86	13	51	23	0	0	76	0.79
87703364--87703409	23	2.0	24	82	4	58	26	2	17	54	1.54
87708331--87708369	5	7.6	5	82	5	51	41	0	17	41	1.50
87708962--87709018	24	2.3	24	78	3	60	17	26	22	33	1.96
87713574--87713723	46	3.1	46	75	14	167	30	28	16	26	1.96
87714811--87714882	21	3.4	22	84	9	96	40	27	20	11	1.87
87714814--87714890	21	3.5	22	82	8	86	40	25	20	12	1.89
87715082--87715176	28	3.6	24	81	13	93	46	33	4	15	1.66
87715096--87715179	28	3.0	28	91	1	132	46	30	3	19	1.66
87717995--87718149	53	3.0	51	79	11	165	30	14	23	31	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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