genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.264.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83706560--83706617	29	2.0	29	83	3	73	48	12	5	34	1.63
83713311--83713352	21	2.0	20	82	13	50	45	14	7	33	1.72
83727065--83727163	48	1.9	54	84	13	138	1	38	1	59	1.11
83728939--83728984	18	2.6	18	80	10	51	10	13	0	76	1.03
83732767--83733016	47	5.2	49	74	10	205	27	18	29	24	1.98
83732766--83732937	94	1.8	94	87	5	258	28	18	27	25	1.98
83741062--83741266	50	4.1	49	82	5	243	28	25	19	26	1.98
83741940--83742000	30	2.0	30	87	6	88	29	26	8	36	1.85
83751367--83751396	16	1.9	16	93	6	53	30	23	6	40	1.80
83751597--83751886	50	5.8	50	79	2	269	31	27	16	24	1.96
83751603--83751841	101	2.4	100	85	1	300	30	27	17	25	1.97
83754463--83754519	15	4.0	13	81	18	53	57	12	14	15	1.65
83754464--83754519	30	1.9	30	85	10	80	57	12	14	16	1.66
83760075--83760135	17	3.6	16	78	10	59	27	24	24	22	2.00
83771014--83771067	21	2.6	21	84	0	72	35	9	33	22	1.86
83777803--83777829	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
83778484--83778673	94	2.0	95	98	1	373	25	15	8	50	1.72
83784654--83784755	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
83784653--83784814	29	5.6	29	79	8	143	25	16	33	24	1.96
83788231--83788320	37	2.4	36	94	3	144	23	18	32	25	1.97
83790186--83790599	40	10.4	40	84	6	190	24	19	27	28	1.99
83790330--83790612	80	3.5	80	96	0	505	24	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83790330--83790612	120	2.4	120	98	0	541	24	20	28	26	1.99
83794242--83794574	47	7.0	47	92	3	531	34	8	28	28	1.87
83794243--83794574	145	2.3	143	97	1	619	34	8	28	28	1.87
83794566--83794765	48	4.2	48	94	0	346	32	6	29	32	1.83
83794805--83794894	36	2.4	37	88	3	137	22	16	32	28	1.96
83797491--83797540	24	2.1	24	100	0	100	28	4	24	44	1.72
83799644--83799807	42	3.9	42	87	1	220	30	16	23	29	1.96
83799644--83799807	85	1.9	84	85	1	220	30	16	23	29	1.96
83803632--83803684	25	2.2	24	83	10	63	30	22	11	35	1.89
83806810--83807147	169	2.0	169	96	0	622	35	12	5	46	1.65
83807953--83808033	30	2.7	31	76	5	76	38	1	7	53	1.37
83821697--83821746	26	1.9	26	84	8	66	36	0	58	6	1.23
83822075--83822123	19	2.4	21	83	6	57	32	20	8	38	1.82
83822973--83823003	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
83827551--83827616	32	2.1	32	100	0	132	45	6	21	27	1.75
83829237--83829291	11	4.8	12	76	24	57	49	1	0	49	1.11
83829237--83829291	6	9.7	6	75	25	57	49	1	0	49	1.11
83829240--83829290	16	3.1	16	77	13	50	49	1	0	49	1.12
83831191--83831221	9	3.4	9	90	0	53	25	6	19	48	1.72
83831198--83831375	94	1.8	98	86	5	265	37	8	9	44	1.68
83835184--83835229	19	2.4	19	96	0	83	34	15	17	32	1.91
83836521--83836570	17	2.8	18	79	8	59	52	4	0	44	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83854596--83854639	22	2.0	22	100	0	88	36	18	13	31	1.90
83856518--83856639	43	2.9	43	81	4	131	30	24	14	30	1.95
83858294--83858336	10	4.1	10	82	11	50	58	4	0	37	1.19
83858294--83858337	22	2.0	22	90	0	70	56	4	0	38	1.20
83860625--83860753	50	2.5	51	90	5	199	36	16	21	25	1.94
83860729--83860906	31	5.8	31	88	5	263	26	19	26	26	1.99
83860729--83860898	60	2.8	61	87	7	245	27	18	27	26	1.98
83860797--83860851	29	2.0	25	83	13	65	23	23	27	25	2.00
83860731--83860896	91	1.8	91	92	0	278	27	18	27	26	1.98
83860905--83860933	7	4.1	7	100	0	58	44	13	27	13	1.82
83860938--83861102	47	3.7	46	84	6	160	28	15	26	29	1.96
83861032--83861146	42	2.7	43	89	4	171	30	14	26	27	1.95
83861309--83861339	13	2.4	13	100	0	62	25	19	16	38	1.92
83862365--83862433	34	2.0	34	94	0	120	17	20	23	39	1.92
83862374--83862450	34	2.3	33	84	4	93	15	24	23	36	1.94
83864531--83864571	14	2.9	13	86	13	55	48	2	17	31	1.60
83873710--83873752	19	2.3	19	87	0	59	37	6	18	37	1.78
83883628--83883675	20	2.5	20	86	10	64	66	2	6	25	1.26
83883670--83883731	27	2.3	26	78	8	70	51	11	0	37	1.38
83891343--83891375	15	2.2	15	100	0	66	33	12	21	33	1.90
83892816--83892861	21	2.3	20	82	10	58	52	0	0	47	1.00
83900310--83900357	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83900374--83900461	41	2.1	41	95	2	158	29	3	13	53	1.56
83903156--83903203	19	2.6	19	83	3	62	37	2	12	47	1.53
83903220--83903308	42	2.1	42	91	0	142	30	5	11	52	1.60
83904300--83904518	64	3.4	62	71	19	157	51	11	5	31	1.59
83904387--83904423	19	1.9	19	89	10	58	62	10	0	27	1.28
83904387--83904423	9	3.9	9	92	7	56	62	10	0	27	1.28
83904402--83904545	71	2.0	73	81	8	170	54	11	4	29	1.55
83904560--83904594	18	1.9	18	88	0	52	74	8	0	17	1.06
83904619--83904657	21	1.9	19	85	10	51	74	7	0	17	1.05
83904973--83905026	12	4.2	12	75	13	54	68	1	1	27	1.10
83906511--83907198	45	15.4	45	67	16	338	26	25	15	31	1.96
83906510--83907193	90	7.6	90	90	1	1043	27	25	15	31	1.96
83917785--83917814	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
83925522--83925566	23	2.0	23	81	0	54	40	6	11	42	1.67
83925566--83925595	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
83929393--83929606	119	1.8	112	84	6	284	51	11	5	31	1.59
83929490--83929633	71	2.0	73	80	10	163	54	11	4	30	1.55
83930055--83930126	12	6.2	12	74	18	64	69	2	0	27	1.02
83930044--83930123	33	2.4	33	87	4	108	67	3	0	28	1.08
83930046--83930110	19	3.7	19	69	26	61	64	4	0	30	1.14
83930194--83930228	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
83933152--83933188	19	1.9	19	88	0	56	29	29	8	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83933572--83933627	28	2.0	29	89	3	87	35	14	19	30	1.91
83942069--83942152	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
83942503--83942588	3	29.3	3	82	9	106	33	0	3	62	1.12
83942828--83942883	23	2.4	23	85	11	71	44	5	12	37	1.65
83943601--83943677	21	3.5	23	77	13	81	15	20	24	38	1.92
83946428--83946454	14	1.9	14	100	0	54	33	37	7	22	1.82
83948559--83948865	46	6.5	48	76	8	222	25	28	19	27	1.98
83950232--83950267	3	12.0	3	93	0	63	63	0	2	33	1.08
83950530--83950568	8	5.1	8	81	12	55	61	0	2	35	1.10
83951983--83952312	44	7.4	44	69	10	136	28	17	22	31	1.97
83952296--83952941	143	4.5	143	88	1	909	26	22	20	30	1.98
83952430--83952790	44	7.7	45	66	13	172	26	21	22	29	1.99
83952526--83952745	45	4.7	45	70	14	167	26	22	20	30	1.98
83953371--83953563	46	4.2	46	88	4	248	27	22	15	34	1.94
83953991--83954080	27	3.4	26	68	15	76	57	7	13	21	1.61
83953987--83954089	53	1.9	53	94	0	179	55	8	15	20	1.66
83957469--83957834	46	8.0	46	91	3	522	39	15	24	21	1.91
83958963--83959004	21	2.0	21	81	9	50	4	0	16	78	0.91
83959946--83960190	3	80.7	3	76	10	180	27	7	0	64	1.23
83960194--83960228	18	1.9	18	94	0	61	31	22	2	42	1.68
83962910--83963065	43	3.6	44	79	3	156	28	14	23	32	1.94
83963850--83963898	19	2.6	19	93	3	82	38	26	6	28	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83969931--83970041	24	4.6	24	74	13	79	17	23	19	39	1.92
83979692--83979782	19	4.9	19	84	8	125	36	16	9	37	1.82
83979692--83979774	35	2.3	36	87	6	123	36	14	10	38	1.81
83980174--83980967	207	3.8	207	94	0	1347	29	23	17	29	1.97
83981099--83981238	43	3.3	41	68	18	108	25	21	21	31	1.98
83981062--83981247	84	2.2	84	87	2	264	24	19	24	31	1.98
83982187--83982252	1	66.0	1	72	0	51	0	13	0	86	0.57
83982187--83982252	8	8.5	8	82	11	84	0	13	0	86	0.57
83982188--83982252	23	2.8	24	88	9	100	0	13	0	86	0.58
83982187--83982249	30	2.2	30	91	5	103	0	14	0	85	0.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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