genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  192  of  318  ( 38146 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60215586--60215767	80	2.3	80	79	11	203	21	27	24	26	1.99
60218597--60218639	19	2.2	20	83	4	52	34	2	20	41	1.65
60219091--60219264	47	3.7	47	78	3	188	28	18	29	24	1.98
60219230--60219360	49	2.7	49	80	2	138	28	19	29	22	1.98
60220558--60220584	13	2.1	13	100	0	54	29	22	33	14	1.94
60222018--60222047	11	2.7	11	94	0	51	50	3	0	46	1.18
60226915--60227078	40	4.2	40	81	3	165	25	27	21	25	2.00
60234649--60234815	40	4.2	39	81	5	158	23	26	22	26	2.00
60234665--60234815	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
60242659--60242823	40	4.2	40	81	3	165	24	27	22	25	2.00
60248716--60248757	19	2.3	18	80	11	50	54	4	0	40	1.21
60250402--60250732	48	6.9	48	77	4	317	25	26	18	29	1.98
60250402--60250732	144	2.3	143	86	4	459	25	26	18	29	1.98
60251223--60251314	40	2.3	40	100	0	184	35	20	13	30	1.91
60257768--60257805	15	2.6	15	83	4	51	63	21	0	15	1.31
60258001--60258028	13	2.2	13	100	0	56	53	17	14	14	1.73
60261004--60261081	19	4.4	19	66	26	62	43	1	2	52	1.23
60260993--60261096	52	2.0	52	100	0	208	44	1	3	50	1.31
60261017--60261100	26	3.3	24	64	23	64	40	2	4	52	1.35
60261481--60261545	23	2.8	22	73	17	60	60	0	6	33	1.22
60265178--60265233	22	2.8	21	84	10	64	32	10	17	39	1.84
60265193--60265234	22	2.0	21	95	4	75	35	9	16	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60271395--60271519	42	3.0	42	79	0	151	30	17	25	26	1.97
60277270--60277437	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
60285249--60285416	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
60287899--60287962	22	2.9	23	66	17	62	31	32	18	17	1.94
60287945--60288111	46	3.6	46	87	6	212	24	28	16	30	1.96
60292647--60292684	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
60292913--60293083	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
60292908--60293080	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
60300971--60301121	40	3.8	40	77	6	146	27	23	26	22	2.00
60301008--60301137	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
60313758--60313906	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
60313799--60313906	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
60316989--60317273	48	5.9	48	91	0	453	25	17	31	25	1.97
60316989--60317273	96	3.0	96	96	0	507	25	17	31	25	1.97
60320846--60320979	51	2.9	44	74	15	135	23	17	26	31	1.97
60324210--60324411	39	5.2	39	93	0	341	23	33	20	22	1.97
60328087--60328267	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
60328089--60328259	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
60331211--60331279	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
60331202--60331289	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
60333638--60333818	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
60333640--60333810	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60339292--60339433	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
60339331--60339459	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
60347289--60347453	40	4.2	38	79	12	165	26	22	27	23	2.00
60347289--60347437	78	1.9	78	84	6	203	26	22	27	22	1.99
60349721--60349785	22	3.0	22	83	0	67	13	29	24	32	1.94
60351545--60351811	49	5.5	48	77	5	195	24	27	19	28	1.99
60351546--60351857	98	3.2	96	81	10	293	25	27	18	28	1.98
60351686--60351860	48	3.7	47	84	3	219	24	28	19	27	1.99
60351692--60351869	94	1.9	95	83	6	236	25	28	17	28	1.98
60352513--60352551	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
60361841--60361987	73	2.0	73	98	0	285	41	15	10	32	1.81
60363878--60363918	21	2.0	21	85	0	55	43	14	0	41	1.45
60364257--60364286	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
60364517--60364542	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
60365509--60365541	2	16.0	2	93	6	57	48	3	0	48	1.17
60366723--60366853	56	2.3	56	96	0	235	35	23	14	26	1.93
60367471--60367501	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
60371084--60371152	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
60374290--60374318	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
60375476--60375610	56	2.4	56	90	2	209	28	14	22	33	1.94
60378189--60378311	47	2.6	48	82	8	139	26	30	16	26	1.96
60378237--60378461	46	4.8	47	76	10	194	23	30	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60383269--60383439	93	1.8	93	96	0	315	28	30	21	20	1.98
60383260--60383435	46	3.8	46	80	12	225	28	29	21	20	1.98
60388476--60388744	47	5.8	44	75	14	193	21	29	19	28	1.98
60388523--60388744	46	4.8	44	79	11	212	21	30	19	28	1.98
60388569--60388742	94	1.9	92	86	7	253	20	31	20	27	1.97
60390101--60390131	13	2.3	14	94	5	55	35	6	9	48	1.62
60391884--60392013	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
60399954--60400083	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
60417569--60417596	7	4.0	7	100	0	56	28	14	0	57	1.38
60417844--60417908	26	2.6	26	87	4	89	26	24	21	27	1.99
60417966--60417991	9	2.9	9	100	0	52	42	23	0	34	1.54
60417966--60418023	5	12.2	5	77	17	61	36	20	5	37	1.75
60417958--60418020	29	2.2	29	88	5	92	34	19	7	38	1.81
60417966--60418023	18	3.0	20	83	13	70	36	20	5	37	1.75
60418365--60418404	21	2.0	20	90	5	62	20	40	20	20	1.92
60426062--60426171	26	4.3	26	88	5	156	27	23	20	29	1.99
60426221--60426277	20	2.9	21	87	10	77	31	19	8	40	1.82
60431914--60432006	47	2.0	47	91	0	150	19	30	25	24	1.98
60438976--60439039	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
60439253--60439349	47	2.1	47	90	3	151	27	20	21	29	1.98
60439232--60439350	24	5.0	24	85	9	154	26	21	21	29	1.99
60439463--60439510	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60446084--60446137	26	2.0	27	96	3	101	29	12	7	50	1.68
60453001--60453064	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
60453276--60453372	47	2.1	47	94	3	169	27	20	21	29	1.98
60453255--60453373	24	5.0	24	88	9	172	26	21	21	29	1.99
60453485--60453532	25	1.9	25	82	0	60	27	16	22	33	1.96
60460161--60460283	47	2.6	47	85	8	151	27	17	29	25	1.98
60465070--60465301	40	5.8	40	75	8	195	26	24	27	21	1.99
60465111--60465301	80	2.4	80	98	0	364	24	25	28	21	1.99
60467390--60467421	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
60481567--60481614	20	2.4	21	80	16	57	29	4	14	52	1.60
60491993--60492162	41	4.2	41	79	6	150	19	22	6	51	1.69
60494691--60494723	15	2.3	15	90	10	52	48	0	0	51	1.00
60501364--60501404	21	1.9	21	85	5	55	68	0	29	2	1.03
60512355--60512473	43	2.8	43	75	9	102	26	15	26	31	1.95
60517303--60517445	42	3.4	41	77	8	137	23	22	26	27	2.00
60525010--60525158	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
60525051--60525158	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
60526295--60527055	376	2.0	371	79	9	808	28	24	13	33	1.93
60533519--60533666	80	1.9	80	80	4	174	22	30	24	22	1.99
60533559--60533666	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
60535590--60535639	22	2.2	23	92	7	93	30	22	18	30	1.97
60536323--60536407	42	2.0	42	97	0	161	27	8	9	55	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60536338--60536405	21	3.2	21	64	22	52	25	8	8	57	1.58
60549090--60549159	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
60549090--60549171	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
60550967--60551198	95	2.5	92	76	9	236	34	17	25	22	1.96
60551156--60551352	54	3.6	54	82	4	245	36	17	24	21	1.95
60556255--60556340	43	2.0	43	86	0	118	25	30	19	24	1.98
60561685--60561751	31	2.2	31	86	2	91	23	19	11	44	1.84
60562703--60562754	20	2.6	20	100	0	104	15	32	32	19	1.93
60562812--60562866	28	1.9	29	81	3	67	21	41	20	16	1.90
60564619--60564692	37	2.0	37	94	0	130	36	14	4	44	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318