genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.176.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  176  of  318  ( 38146 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54665515--54665875	145	2.5	145	90	1	568	26	30	12	30	1.93
54679924--54679975	21	2.4	21	80	3	59	15	34	34	15	1.89
54684620--54684724	54	1.9	54	86	0	147	20	28	25	24	1.99
54684929--54685004	37	2.1	37	83	14	95	43	23	7	25	1.80
54691767--54691990	124	1.8	124	84	1	306	32	11	23	32	1.91
54691986--54692115	40	3.2	40	81	2	163	22	24	27	25	2.00
54696950--54697019	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
54704955--54705024	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
54712980--54713049	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
54715163--54715189	13	2.1	13	100	0	54	7	18	37	37	1.79
54718436--54718482	22	2.1	22	84	0	58	42	23	21	12	1.87
54718685--54718746	22	2.8	23	76	16	67	33	19	24	22	1.97
54718892--54719014	41	3.0	41	87	2	176	26	28	21	23	1.99
54719262--54719542	27	10.4	27	75	10	148	31	8	18	41	1.81
54719262--54719549	53	5.4	54	80	6	232	31	8	18	41	1.80
54719238--54719549	54	5.8	54	79	4	263	31	8	19	40	1.82
54719531--54719641	27	4.1	27	86	4	152	31	21	15	31	1.94
54720703--54720749	24	2.0	24	83	8	60	44	12	8	34	1.73
54723763--54723858	40	2.4	39	83	11	124	28	27	15	29	1.96
54728419--54728465	20	2.3	20	88	0	67	34	12	2	51	1.52
54730835--54730946	41	2.8	40	76	6	111	30	17	19	32	1.95
54731249--54731290	21	2.0	22	90	4	68	21	0	40	38	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54732905--54733086	40	4.6	40	80	4	161	21	25	23	28	1.99
54732905--54733086	80	2.3	80	82	0	211	21	25	23	28	1.99
54738765--54738790	10	2.6	10	100	0	52	34	0	0	65	0.93
54744200--54744271	36	2.0	36	94	0	126	26	19	13	40	1.89
54746510--54746773	46	5.7	46	72	14	222	29	27	18	23	1.98
54746564--54746731	47	3.6	47	74	10	191	29	27	19	24	1.98
54746517--54746781	93	2.9	91	89	2	397	29	27	19	23	1.98
54755292--54755510	46	4.7	46	82	7	273	23	19	27	29	1.98
54758838--54759045	40	5.2	40	82	0	200	25	22	25	25	2.00
54758839--54759045	80	2.6	80	81	4	229	25	22	26	25	2.00
54763157--54763495	48	7.1	48	74	14	301	28	20	24	27	1.99
54763157--54763492	141	2.4	141	93	1	573	28	20	24	27	1.99
54767122--54767348	40	5.7	40	93	3	379	25	27	22	24	1.99
54767122--54767343	79	2.8	79	94	2	376	26	28	22	23	1.99
54767122--54767344	119	1.9	119	92	3	378	26	28	22	23	1.99
54775168--54775352	40	4.6	40	95	1	318	25	27	23	23	2.00
54778519--54778586	28	2.4	27	85	9	91	38	2	13	45	1.58
54778789--54778833	16	2.8	17	80	10	58	35	2	2	60	1.22
54779659--54779717	12	5.2	12	78	12	52	23	0	6	69	1.12
54779671--54779729	21	2.8	22	85	7	70	25	0	5	69	1.09
54779700--54779759	26	2.4	25	86	10	88	31	0	1	66	1.01
54785655--54785712	16	3.6	16	79	9	73	39	5	25	29	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54785693--54785786	44	2.1	44	84	7	118	34	4	25	36	1.76
54785878--54785918	14	3.1	14	79	10	50	58	0	0	41	0.98
54785954--54785985	16	2.0	16	100	0	64	62	0	0	37	0.95
54785878--54785984	26	3.9	26	67	13	70	54	1	0	42	1.17
54790196--54790231	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
54793250--54793311	16	3.9	16	81	8	63	43	8	22	25	1.80
54793514--54793584	38	1.9	36	83	13	92	46	7	0	46	1.30
54797699--54797764	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
54797716--54797813	19	5.2	19	88	7	146	35	16	10	37	1.82
54797716--54797806	36	2.4	37	90	7	139	35	15	10	38	1.83
54799811--54799863	24	2.2	24	82	0	61	52	9	3	33	1.52
54802364--54802546	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
54802343--54802546	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	24	2.00
54818671--54818733	24	2.6	24	97	0	117	49	9	3	38	1.51
54820527--54820553	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
54820577--54820655	42	1.9	42	84	2	106	27	13	24	34	1.93
54822397--54822517	39	3.1	39	95	0	206	22	30	24	22	1.99
54826940--54827117	46	3.8	46	76	5	198	22	20	28	29	1.98
54826938--54827109	93	1.8	93	92	2	292	22	20	29	28	1.98
54831890--54832172	40	7.1	40	87	4	349	24	21	26	27	1.99
54834071--54834223	40	3.8	40	79	5	148	25	28	23	22	2.00
54842206--54842541	49	6.9	49	96	0	613	32	8	28	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54842628--54842718	37	2.4	37	94	1	155	23	17	32	26	1.96
54844539--54844810	40	6.8	40	96	0	490	24	19	29	26	1.99
54845862--54846031	81	2.1	82	96	2	315	39	23	11	25	1.88
54846610--54846800	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
54846650--54846800	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
54851861--54852100	49	4.9	49	97	0	453	32	8	29	30	1.87
54855806--54855958	40	3.8	40	79	5	148	25	28	23	22	2.00
54856666--54856691	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
54873966--54874035	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
54877049--54877127	39	2.0	39	95	0	140	46	10	11	31	1.73
54879789--54879896	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
54886570--54886624	28	2.0	28	92	0	92	72	14	0	12	1.12
54889785--54889813	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
54889843--54889922	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
54897753--54897832	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
54903389--54903537	72	2.1	72	97	0	280	42	3	22	32	1.70
54903712--54903787	40	1.9	40	86	5	109	28	15	25	30	1.96
54903711--54903796	40	2.2	40	79	14	97	27	16	26	29	1.97
54909327--54909364	15	2.4	16	83	16	53	50	0	5	44	1.24
54909307--54909374	29	2.4	28	76	16	68	50	0	4	45	1.22
54914431--54914601	93	1.8	93	88	2	263	22	19	28	29	1.98
54921459--54921483	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54921722--54921747	11	2.4	11	100	0	52	53	0	46	0	1.00
54922683--54922725	23	1.9	22	85	4	59	9	6	41	41	1.64
54926247--54926304	25	2.3	26	85	8	75	74	1	20	3	1.06
54929731--54930016	130	2.2	130	83	2	347	33	16	18	31	1.93
54930701--54930734	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
54931779--54931816	18	2.1	18	85	9	51	78	2	5	13	1.02
54933447--54933775	132	2.5	132	89	3	484	29	25	17	27	1.98
54946640--54946836	71	2.8	69	91	4	274	34	17	27	20	1.95
54946705--54946822	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
54946673--54946836	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
54954279--54954396	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
54954247--54954410	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
54955797--54955952	27	5.9	26	85	6	199	41	17	7	33	1.79
54955797--54955952	53	3.0	52	85	7	199	41	17	7	33	1.79
54955946--54956001	26	2.2	26	87	3	78	39	21	8	30	1.84
54956009--54956352	27	12.8	27	86	4	394	28	22	8	40	1.83
54956009--54956353	80	4.3	81	83	8	400	28	22	8	40	1.83
54956009--54956352	107	3.2	106	82	7	399	28	22	8	40	1.83
54957581--54957628	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
54957672--54957730	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
54957780--54957945	24	7.0	24	91	4	248	28	22	22	26	1.99
54957780--54957945	47	3.5	47	90	5	246	28	22	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54958135--54958228	31	3.1	31	95	3	172	38	15	22	23	1.93
54961025--54961201	27	6.7	27	88	2	236	41	20	7	30	1.79
54961048--54961255	54	3.9	54	81	6	165	40	20	8	30	1.83
54961025--54961255	80	2.9	80	82	7	229	40	21	8	29	1.82
54961185--54961259	27	2.8	27	87	4	107	38	24	10	26	1.88
54961076--54961382	54	5.7	54	83	4	160	35	21	9	33	1.86
54961251--54961590	27	12.8	27	85	6	374	29	22	7	40	1.82
54961278--54961603	78	4.1	80	78	12	249	30	22	7	39	1.82
54961278--54961634	81	4.5	80	77	10	185	29	22	8	39	1.83
54962823--54962870	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318