genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.124.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38143496--38143609	40	2.9	40	92	3	178	27	27	22	22	1.99
38152151--38152308	68	2.3	68	78	11	169	20	28	15	34	1.94
38156872--38156906	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
38157041--38157156	45	2.6	45	90	1	189	27	23	18	31	1.97
38160344--38160475	29	4.6	29	91	0	201	25	32	15	26	1.95
38163481--38163645	43	3.9	42	79	10	174	27	21	16	34	1.95
38163481--38163645	85	1.9	85	84	4	217	27	21	16	34	1.95
38165642--38165856	95	2.3	90	81	9	229	27	20	29	22	1.99
38165643--38165955	49	6.6	49	72	14	185	28	20	29	22	1.98
38174441--38174522	29	2.8	29	92	0	128	28	14	32	24	1.94
38176160--38176418	95	2.8	94	80	7	260	28	17	28	25	1.98
38176162--38176467	47	6.5	47	75	10	205	28	18	29	24	1.98
38176162--38176473	49	6.6	48	74	11	243	27	18	29	24	1.98
38179840--38179904	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
38180005--38180031	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
38187805--38187869	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
38187970--38188006	2	18.5	2	94	0	65	45	0	2	51	1.15
38196750--38196973	79	2.8	80	84	8	294	25	21	26	26	2.00
38196750--38196974	119	1.9	120	83	9	300	24	21	26	26	2.00
38196750--38196974	40	5.7	39	87	7	278	24	21	26	26	2.00
38196757--38197007	79	3.2	78	80	14	264	26	20	25	26	1.99
38202687--38202820	46	2.9	45	82	6	135	26	22	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38202697--38202820	24	5.3	24	78	6	121	26	21	17	33	1.96
38209948--38210000	22	2.3	23	80	3	63	28	16	13	41	1.86
38221505--38221555	18	2.8	19	76	8	61	39	21	19	19	1.93
38221907--38222003	27	3.6	27	78	4	79	22	24	17	35	1.95
38222018--38222361	27	12.8	26	85	4	348	38	15	14	31	1.88
38222018--38222360	54	6.4	54	86	0	463	38	15	14	31	1.88
38222019--38222361	81	4.2	81	88	0	499	37	15	14	32	1.88
38226469--38226509	14	2.9	14	86	10	57	78	0	4	17	0.93
38231696--38231826	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
38239815--38239945	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
38246610--38246658	26	2.0	24	84	8	62	44	22	20	12	1.84
38246671--38246831	32	5.1	32	89	0	236	36	21	19	22	1.95
38247272--38247375	27	3.9	27	85	0	109	31	10	19	38	1.86
38250592--38250753	32	5.1	32	80	0	184	36	22	19	21	1.95
38251181--38251295	27	4.3	27	71	5	81	27	12	19	40	1.87
38251195--38251296	27	3.8	26	74	3	87	28	9	20	41	1.84
38251249--38251304	26	2.2	26	83	6	69	26	7	23	42	1.79
38258142--38258234	27	3.4	27	74	2	80	36	22	7	33	1.82
38258238--38258399	27	6.0	27	90	0	225	36	19	19	24	1.95
38258378--38258441	27	2.4	27	74	10	67	18	20	25	35	1.95
38258636--38258707	27	2.7	26	81	10	83	25	25	13	36	1.93
38260656--38260700	22	2.0	22	100	0	90	35	35	8	20	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38266211--38266356	40	3.7	39	82	7	170	26	27	21	23	1.99
38274228--38274453	40	5.7	40	89	4	273	26	26	20	26	1.99
38275166--38275191	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
38278505--38278664	29	5.5	30	88	8	222	33	13	25	27	1.94
38278505--38278664	59	2.8	57	89	4	223	33	13	25	27	1.94
38286312--38286471	29	5.5	30	88	8	222	33	13	25	27	1.94
38286312--38286471	59	2.8	57	89	4	223	33	13	25	27	1.94
38288147--38288218	27	2.7	27	82	0	90	36	19	23	20	1.95
38288131--38288229	27	3.7	26	78	9	83	35	20	22	22	1.96
38288361--38288495	27	5.0	27	83	0	171	23	22	19	34	1.96
38289049--38289080	15	2.1	15	94	0	55	46	40	0	12	1.42
38306768--38306837	27	2.6	27	79	0	86	37	20	22	20	1.95
38306995--38307187	27	7.1	27	77	6	194	25	22	17	34	1.96
38306998--38307183	81	2.3	81	82	9	236	25	22	17	34	1.96
38307396--38307432	19	2.0	19	89	5	58	18	37	24	18	1.94
38315336--38315493	83	1.9	83	81	2	192	31	15	25	28	1.95
38317264--38317352	46	1.9	46	88	0	133	24	30	10	34	1.88
38317323--38317467	47	3.1	47	83	2	175	25	29	11	33	1.90
38319050--38319113	29	2.2	29	94	2	112	25	28	17	29	1.97
38320283--38320343	27	2.2	29	85	11	83	6	18	1	73	1.12
38323069--38323126	18	3.4	18	76	13	77	31	3	32	32	1.75
38323068--38323130	33	1.9	33	100	0	126	33	3	31	31	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38325249--38325342	46	2.0	46	91	0	152	32	26	7	32	1.84
38326123--38326218	34	3.0	32	85	8	133	29	19	10	40	1.85
38326123--38326218	31	3.0	31	83	8	129	29	19	10	40	1.85
38328073--38328147	25	2.9	26	74	9	64	32	22	22	22	1.98
38331605--38331910	27	11.6	27	85	3	372	43	20	14	21	1.87
38331656--38331700	22	2.0	22	95	0	81	48	20	17	13	1.80
38332749--38332959	46	4.5	48	74	14	170	27	17	29	25	1.97
38335239--38335319	27	3.0	27	79	0	90	44	17	14	23	1.86
38339859--38339980	42	2.9	42	78	0	136	17	23	17	41	1.89
38340165--38340189	13	1.9	13	100	0	50	48	4	8	40	1.51
38343047--38343117	37	1.9	37	85	0	97	33	9	5	50	1.59
38348772--38348850	18	4.3	18	72	23	67	65	2	0	31	1.06
38348847--38348902	27	2.1	26	83	6	67	51	3	0	44	1.18
38349712--38349809	51	1.9	51	85	4	135	35	5	2	57	1.33
38351436--38351475	18	2.4	16	91	8	62	70	2	5	22	1.19
38357225--38357348	44	2.9	43	77	12	137	29	27	17	25	1.98
38358469--38358493	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
38358891--38358944	25	2.2	25	96	0	99	22	25	14	37	1.93
38365316--38365360	21	2.1	21	100	0	90	48	13	8	28	1.72
38365947--38365986	15	2.7	15	88	0	53	55	10	15	20	1.68
38375914--38376089	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
38375911--38376081	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38380555--38380579	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
38381453--38381522	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
38402913--38402947	16	2.2	16	95	5	63	34	17	14	34	1.90
38406416--38406538	41	3.0	41	85	0	165	27	30	21	21	1.98
38406777--38406828	27	1.9	27	84	0	68	34	7	21	36	1.82
38406803--38407138	27	12.4	27	76	9	123	29	9	20	40	1.85
38406798--38406987	54	3.5	54	78	3	166	30	9	17	42	1.81
38406860--38407042	54	3.4	54	84	3	172	28	9	20	40	1.83
38406861--38407085	81	2.8	81	78	7	224	28	10	21	39	1.86
38406889--38407085	54	3.7	53	83	6	211	28	10	22	38	1.87
38407092--38407145	25	2.1	27	89	6	85	33	9	16	40	1.80
38407127--38407198	27	2.7	27	80	0	81	33	15	16	34	1.90
38407127--38407209	27	3.1	26	74	6	78	33	18	15	32	1.92
38415060--38415162	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
38423079--38423181	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
38428336--38428361	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
38435065--38435114	21	2.4	21	89	0	73	22	20	34	24	1.97
38436225--38436436	46	4.6	45	75	12	173	22	30	20	26	1.98
38436225--38436436	93	2.3	90	81	11	218	22	30	20	26	1.98
38440367--38440411	18	2.4	18	85	7	54	53	17	8	20	1.70
38440380--38440420	18	2.3	18	91	0	64	43	21	14	19	1.87
38440661--38440719	6	9.5	6	92	7	100	81	0	1	16	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38440739--38440813	9	8.3	9	75	5	71	26	10	20	42	1.84
38444130--38444158	10	2.7	11	94	5	51	58	0	37	3	1.15
38444543--38444668	46	2.7	45	81	6	153	22	33	19	24	1.97
38444448--38444710	94	2.8	91	75	14	234	23	30	17	27	1.97
38444544--38444715	46	3.7	45	79	11	152	23	31	18	26	1.97
38448293--38448395	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
38453267--38453447	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
38453269--38453439	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
38459087--38459189	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
38461396--38461473	38	2.1	38	95	0	138	33	10	23	33	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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