genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14053880--14053911	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
14054869--14054932	33	2.0	33	84	9	87	28	26	20	25	1.99
14055249--14055305	26	2.2	26	80	3	60	28	19	17	35	1.94
14059397--14059453	26	2.2	26	81	9	62	28	19	17	35	1.94
14062359--14062413	20	2.8	20	85	0	74	41	10	10	36	1.75
14064033--14064063	16	1.9	16	93	0	53	19	9	3	67	1.33
14074193--14074292	49	2.0	49	98	0	191	31	12	26	31	1.92
14082655--14082842	40	4.7	39	88	3	225	25	22	28	24	1.99
14082655--14082862	80	2.6	80	82	3	249	24	22	27	25	2.00
14087224--14087324	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
14095147--14095247	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
14098674--14098774	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
14104528--14104557	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
14105430--14105617	40	4.7	39	88	3	225	25	22	28	24	1.99
14105430--14105637	80	2.6	80	82	3	249	24	22	27	25	2.00
14108728--14108753	13	2.0	13	100	0	52	23	30	23	23	1.99
14109919--14110036	47	2.5	46	79	6	130	21	30	20	27	1.98
14116193--14116368	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
14116189--14116360	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
14120148--14120456	47	6.7	44	77	11	228	23	28	20	27	1.99
14120096--14120454	94	3.8	94	81	8	376	23	29	19	27	1.98
14120099--14120456	141	2.5	140	79	8	352	23	29	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14122546--14122646	27	3.7	27	83	0	121	28	9	23	37	1.87
14122942--14123032	29	3.2	29	81	6	107	28	32	14	24	1.94
14126164--14126465	40	7.6	40	93	1	500	23	22	25	28	1.99
14129720--14129919	53	3.8	53	81	8	189	36	17	25	21	1.94
14129720--14129872	53	2.8	56	82	6	190	34	17	25	22	1.96
14130111--14130141	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
14134621--14134674	25	2.2	25	86	0	72	35	18	20	25	1.95
14134554--14134674	50	2.4	50	78	5	120	35	19	19	25	1.95
14139205--14139251	23	2.0	23	100	0	94	38	12	17	31	1.87
14148786--14149007	40	5.7	40	86	6	233	26	27	22	24	2.00
14148753--14148954	78	2.6	77	81	9	225	25	26	21	26	1.99
14148786--14148954	78	2.2	78	86	6	227	26	27	21	24	2.00
14156849--14157074	40	5.7	40	88	4	253	26	26	21	25	2.00
14156849--14157074	120	1.9	120	81	7	280	26	26	21	25	2.00
14169098--14169159	28	2.3	27	83	8	72	32	3	24	40	1.71
14178842--14178941	50	2.0	50	98	0	191	26	19	20	35	1.96
14180775--14180860	40	2.2	40	93	0	145	24	19	8	47	1.76
14182802--14182827	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
14186491--14186545	18	3.0	19	71	15	53	32	47	1	18	1.59
14186930--14187028	45	2.2	45	90	1	153	21	6	20	52	1.67
14187242--14187274	14	2.2	16	89	10	52	15	18	3	63	1.43
14187878--14187925	16	3.3	16	67	27	52	31	12	16	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14187878--14187935	27	2.1	27	100	0	116	32	10	15	41	1.81
14192499--14192535	13	2.8	13	91	0	56	24	8	8	59	1.53
14194626--14194650	11	2.3	11	100	0	50	0	20	0	80	0.72
14196450--14196606	43	3.7	42	78	9	140	25	18	24	31	1.98
14199946--14200000	23	2.3	23	81	6	56	52	5	7	34	1.52
14200003--14200046	21	2.1	21	87	4	63	22	2	6	68	1.25
14204929--14204997	34	2.0	34	97	0	129	26	8	10	55	1.62
14205546--14205586	20	2.0	21	85	4	57	21	2	7	68	1.26
14205739--14205763	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
14205917--14205959	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
14209656--14209710	26	2.1	26	89	3	83	41	7	7	43	1.60
14211131--14211174	22	2.0	22	90	0	70	34	13	22	29	1.93
14211569--14211623	27	2.1	27	83	10	69	30	5	5	58	1.44
14212763--14212787	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
14213583--14213617	18	1.9	18	94	0	61	28	22	17	31	1.96
14213888--14213984	33	2.8	35	72	20	89	45	2	1	51	1.19
14217149--14217208	30	2.0	30	93	0	102	58	15	1	25	1.46
14217794--14217845	26	2.0	26	96	0	95	42	25	3	28	1.72
14223125--14223257	66	2.0	66	92	0	221	16	24	19	39	1.92
14225003--14225088	27	3.2	27	98	0	163	38	6	10	44	1.66
14225958--14225992	10	3.5	10	88	11	54	40	0	5	54	1.24
14228762--14228829	30	2.3	30	84	0	82	32	13	27	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14230019--14230071	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
14233106--14233159	26	2.1	26	92	0	90	44	20	1	33	1.62
14234530--14234717	48	3.9	48	82	1	225	27	18	29	24	1.98
14234543--14234716	96	1.8	96	87	2	260	28	18	29	23	1.98
14242189--14242510	48	6.7	48	75	7	258	27	19	29	23	1.98
14242189--14242510	96	3.4	93	80	8	294	27	19	29	23	1.98
14247783--14247822	20	2.0	20	85	9	55	37	7	0	55	1.29
14251441--14251467	9	3.0	9	100	0	54	11	22	0	66	1.22
14261714--14261876	43	3.8	42	83	4	193	24	15	25	34	1.95
14261720--14261876	85	1.8	85	84	4	217	24	15	26	33	1.95
14268778--14268839	26	2.3	27	83	2	72	25	20	17	35	1.95
14278205--14278315	47	2.4	47	89	3	161	27	27	9	36	1.87
14278319--14278500	46	4.0	46	96	0	328	31	28	7	33	1.84
14285940--14286256	47	6.7	47	91	2	465	31	7	31	29	1.85
14285940--14286256	96	3.3	93	88	6	465	31	7	31	29	1.85
14300143--14300168	8	3.2	8	100	0	52	23	23	42	11	1.86
14300425--14300476	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
14300515--14300574	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
14302924--14303024	41	2.5	41	91	0	157	23	18	29	27	1.98
14312055--14312133	39	2.0	39	97	0	149	22	16	15	45	1.84
14312478--14312504	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
14317776--14317822	24	2.0	24	100	0	94	34	19	21	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14326089--14326255	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
14334083--14334249	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
14335633--14335807	46	3.8	46	91	1	262	21	20	28	29	1.98
14339096--14339165	34	2.1	34	88	0	104	31	37	10	21	1.86
14342936--14343019	24	3.4	24	85	9	107	26	22	22	28	1.99
14342949--14343018	26	2.8	25	91	4	106	27	22	24	25	2.00
14343064--14343102	10	3.8	10	86	6	60	33	17	15	33	1.92
14343064--14343104	21	2.0	21	100	0	82	34	17	14	34	1.90
14349351--14349554	40	5.1	39	86	3	196	26	27	21	24	1.99
14349351--14349554	80	2.5	78	83	6	246	26	27	21	24	1.99
14350428--14350459	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
14352925--14352962	8	4.8	8	100	0	76	39	36	0	23	1.55
14353273--14353356	31	2.6	31	81	3	96	55	20	8	15	1.65
14353597--14353695	21	4.7	21	80	0	117	7	42	15	35	1.74
14353603--14353695	42	2.2	42	100	0	186	7	41	15	35	1.75
14354118--14354146	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
14358148--14358411	40	6.7	40	85	6	324	26	28	21	23	1.99
14358150--14358411	79	3.3	80	90	4	381	26	28	21	23	1.99
14358148--14358411	119	2.2	121	86	7	355	26	28	21	23	1.99
14363582--14363748	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
14363598--14363748	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
14371578--14371744	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14371594--14371744	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
14379432--14379595	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
14379432--14379629	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
14382764--14382823	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
14382778--14382849	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
14388890--14389056	40	4.2	40	82	3	176	24	26	22	26	2.00
14388906--14389056	79	1.9	80	82	6	191	23	27	22	26	2.00
14408051--14408266	47	4.6	49	76	10	150	23	27	18	31	1.97
14410265--14410305	21	2.0	21	85	0	55	46	9	9	34	1.70
14414468--14414492	10	2.5	10	100	0	50	60	0	20	20	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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