genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.283.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89532785--89532843	26	2.3	27	88	5	86	37	22	23	16	1.94
89532785--89532854	26	2.7	26	82	8	81	37	20	24	18	1.94
89535854--89535894	2	21.0	2	95	5	75	48	0	0	51	1.00
89536438--89536512	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
89538195--89538278	25	3.4	25	72	0	69	27	17	29	25	1.98
89540256--89540291	10	3.5	10	96	3	63	19	13	8	58	1.61
89545421--89545455	17	2.1	17	100	0	70	25	17	5	51	1.67
89546462--89546497	12	3.1	12	88	4	56	16	30	25	27	1.97
89549492--89549516	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
89549510--89549553	11	4.1	11	85	5	63	61	0	0	38	0.96
89549510--89549567	19	2.9	20	87	7	82	62	1	0	36	1.06
89549599--89549635	14	2.5	15	86	13	58	40	10	2	45	1.53
89562349--89562381	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
89567082--89567123	19	2.2	20	82	4	50	26	16	7	50	1.71
89569153--89569197	22	2.1	22	95	4	83	31	28	4	35	1.77
89575234--89575548	42	7.4	42	68	13	221	33	19	23	23	1.97
89575210--89575685	86	5.5	86	92	2	690	35	20	23	20	1.96
89575277--89575505	44	5.3	44	66	15	163	34	19	24	21	1.96
89575234--89575635	42	9.4	42	67	16	200	34	20	23	22	1.97
89575535--89575729	44	4.5	44	78	7	227	35	23	25	14	1.93
89580669--89580695	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
89582894--89582930	11	3.2	12	85	14	51	24	8	5	62	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89589873--89589914	19	2.2	20	82	4	50	26	16	7	50	1.71
89597975--89598449	86	5.5	86	91	2	681	35	20	23	20	1.96
89597999--89598399	42	9.4	42	67	15	207	34	20	23	22	1.97
89598299--89598493	44	4.5	44	78	7	227	35	23	25	14	1.93
89597972--89598364	171	2.3	172	92	1	664	35	19	23	21	1.96
89597972--89598449	171	2.8	171	87	4	660	35	20	23	20	1.96
89600079--89600103	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
89602301--89602337	11	3.2	12	85	14	51	24	8	5	62	1.44
89606372--89606576	94	2.2	94	89	1	315	56	12	20	11	1.66
89607820--89607856	6	6.2	6	100	0	74	35	64	0	0	0.94
89612560--89612736	31	5.7	31	84	0	219	48	19	8	24	1.76
89612558--89612736	62	2.9	62	93	0	295	48	19	8	24	1.76
89614010--89614064	26	2.1	26	100	0	110	32	9	36	21	1.85
89619068--89619094	6	4.5	6	100	0	54	18	33	33	14	1.92
89619765--89619805	21	2.0	21	90	0	64	43	19	19	17	1.88
89624372--89624407	19	1.9	19	88	5	56	2	8	16	72	1.21
89624603--89624648	19	2.3	20	82	14	51	21	0	8	69	1.15
89627552--89627597	20	2.3	20	100	0	92	36	8	19	34	1.83
89629120--89629154	15	2.2	17	90	10	56	45	0	17	37	1.48
89629511--89629556	18	2.6	18	92	0	74	41	15	13	30	1.85
89629550--89629646	18	5.4	18	79	0	95	41	8	11	39	1.71
89629509--89629646	36	3.8	36	78	0	96	39	10	13	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89629529--89629660	54	2.4	54	82	2	140	40	9	11	37	1.74
89629619--89629653	18	1.9	18	88	0	52	45	5	5	42	1.51
89632623--89632884	46	5.7	46	90	1	366	38	14	24	22	1.92
89633144--89633190	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
89634563--89634596	16	2.1	16	100	0	68	38	5	11	44	1.65
89636089--89636132	15	2.9	15	80	10	54	38	0	4	56	1.20
89636124--89636176	11	4.8	11	77	6	54	49	1	0	49	1.12
89636118--89636176	23	2.7	22	75	10	59	49	1	0	49	1.11
89645491--89645608	43	2.8	43	80	6	143	22	16	27	33	1.95
89647769--89647819	22	2.3	22	86	0	75	11	27	27	33	1.92
89649281--89649337	23	2.5	22	72	10	53	22	8	24	43	1.81
89650047--89650137	19	4.8	19	73	2	76	32	25	20	20	1.97
89657737--89657770	17	2.0	17	88	11	52	5	41	0	52	1.25
89664064--89664158	26	3.5	26	68	18	66	43	2	3	51	1.29
89664069--89664190	57	2.1	58	84	1	156	42	3	4	50	1.37
89665862--89666010	42	3.5	42	77	1	156	40	19	14	24	1.89
89666786--89666810	11	2.3	11	100	0	50	36	48	0	16	1.46
89668176--89668226	26	2.0	26	100	0	102	60	7	19	11	1.55
89670527--89670575	19	2.5	20	83	6	66	44	0	0	55	0.99
89680614--89680671	25	2.3	26	81	6	73	43	3	12	41	1.59
89685427--89685483	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
89685423--89685481	30	2.0	28	93	6	100	32	0	11	55	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89685857--89685941	21	4.0	21	82	3	89	16	21	24	37	1.93
89686103--89686143	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
89694107--89694195	26	3.4	25	82	11	108	58	2	23	15	1.49
89694120--89694194	25	2.9	26	90	2	107	62	1	18	17	1.40
89694309--89694356	18	2.6	18	83	3	60	72	2	10	14	1.19
89694345--89694387	20	2.2	20	83	8	52	74	2	13	9	1.16
89694401--89694468	29	2.4	29	82	7	86	67	2	22	7	1.29
89694452--89694594	25	5.8	24	69	20	73	69	0	16	13	1.24
89694566--89694618	17	2.9	19	72	13	58	67	3	15	13	1.35
89705496--89705605	26	4.2	26	96	0	193	34	5	23	36	1.78
89707398--89707684	137	2.1	137	95	0	511	24	17	24	33	1.96
89713801--89713834	17	1.9	18	94	5	61	38	11	17	32	1.86
89716903--89716936	17	1.9	17	88	5	50	52	11	11	23	1.70
89717137--89717244	49	2.2	49	93	1	180	52	3	4	38	1.40
89717530--89717561	16	2.0	16	100	0	64	37	12	18	31	1.88
89720973--89721012	20	2.0	20	85	0	53	32	2	30	35	1.71
89721157--89721189	16	2.2	15	89	10	50	30	3	6	60	1.36
89725502--89725534	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
89725692--89725734	22	2.0	22	85	0	59	55	9	13	20	1.66
89725951--89725989	2	20.0	2	84	5	53	48	0	0	51	1.00
89728303--89728333	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
89737526--89737575	26	2.0	25	88	4	73	28	4	16	52	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89740266--89740318	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
89741800--89741883	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
89749061--89749089	13	2.1	14	93	6	51	51	0	3	44	1.18
89749707--89749734	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
89749741--89749786	23	2.0	23	86	0	65	73	4	17	4	1.15
89750698--89750745	15	3.3	15	79	2	53	39	2	12	45	1.54
89751145--89751192	21	2.3	21	92	0	78	12	27	31	29	1.93
89751141--89751204	21	3.0	21	83	0	74	10	21	28	39	1.87
89758439--89758503	3	21.0	3	93	6	112	33	0	1	64	1.03
89758516--89758545	6	5.0	6	100	0	60	83	0	16	0	0.65
89758924--89758962	18	2.2	18	90	0	60	61	2	0	35	1.10
89758954--89758983	14	2.1	14	93	0	51	66	6	3	23	1.30
89760261--89760294	11	3.0	11	83	8	50	35	0	0	64	0.94
89760342--89760391	19	2.5	21	90	9	79	40	0	4	56	1.18
89762757--89762903	37	4.0	37	91	3	253	33	5	15	45	1.69
89762754--89762903	72	2.1	73	92	5	259	32	6	15	46	1.70
89762776--89762902	17	7.0	18	65	15	73	33	5	15	45	1.69
89762902--89762958	9	6.4	9	85	4	80	24	10	21	43	1.83
89763749--89763817	3	23.0	3	100	0	138	33	0	0	66	0.92
89764101--89764208	48	2.2	48	88	0	153	19	16	25	37	1.93
89765631--89765786	43	3.7	43	77	14	153	24	19	24	31	1.98
89769494--89769540	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89769936--89770008	31	2.4	31	88	4	103	28	13	9	47	1.74
89786185--89786229	24	1.9	23	86	4	63	62	0	0	37	0.96
89791499--89791606	26	4.2	26	91	0	180	32	8	24	35	1.85
89793382--89793668	137	2.1	137	96	0	529	24	18	25	31	1.98
89795729--89795807	31	2.6	30	90	7	124	49	0	0	50	1.00
89800576--89800667	48	1.9	48	97	0	175	32	4	15	47	1.65
89806632--89806669	20	2.0	19	85	10	51	65	0	26	7	1.19
89813884--89814036	55	2.8	53	76	8	137	41	19	20	18	1.90
89815507--89815595	46	2.0	44	84	4	115	29	28	12	30	1.93
89820979--89821108	35	3.7	35	76	8	104	43	20	8	27	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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