genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23265492--23265537	13	3.1	15	72	15	51	30	4	2	63	1.26
23265823--23265865	14	3.2	14	87	6	63	25	2	0	72	0.97
23265808--23265857	19	2.7	19	81	12	59	30	4	0	66	1.10
23265869--23265898	14	2.1	14	93	0	51	26	10	0	63	1.26
23273218--23273655	221	2.0	220	88	1	644	26	13	19	40	1.88
23280486--23280532	22	2.1	22	84	0	58	55	8	4	31	1.49
23285881--23285915	9	3.9	9	88	0	52	45	0	2	51	1.16
23285879--23285923	13	3.4	13	84	3	54	46	0	4	48	1.22
23288835--23288909	25	3.2	25	68	27	81	38	6	16	38	1.74
23288820--23288916	46	2.0	46	88	5	140	42	5	15	37	1.69
23288834--23288926	46	2.0	46	93	0	159	38	5	13	41	1.68
23295340--23295368	14	2.0	15	93	6	51	48	0	3	48	1.18
23300533--23300584	26	2.0	26	92	0	86	32	7	5	53	1.53
23305217--23305266	26	1.9	26	84	15	68	40	2	2	56	1.22
23305435--23305485	24	2.1	24	82	13	61	43	0	0	56	0.99
23305437--23305485	25	2.0	25	84	15	66	42	0	0	57	0.99
23306478--23306539	17	3.6	17	89	4	90	48	4	0	46	1.23
23307352--23307378	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
23309697--23309741	21	2.1	21	95	0	81	37	2	13	46	1.55
23310765--23310813	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
23319576--23319618	18	2.4	18	80	7	52	48	11	16	23	1.78
23323371--23323439	22	3.1	22	83	8	79	17	21	15	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23324236--23324284	24	2.1	24	88	7	75	40	2	0	57	1.10
23324240--23324291	22	2.2	24	83	6	72	42	3	1	51	1.31
23324641--23324669	12	2.3	13	94	5	51	6	13	3	75	1.13
23326673--23326790	62	1.9	63	81	8	143	48	5	4	41	1.47
23326805--23326879	37	2.1	36	82	12	91	54	4	1	40	1.27
23327232--23327278	24	1.9	24	82	4	58	38	2	6	53	1.39
23334430--23334478	18	2.5	20	81	15	59	26	0	6	67	1.14
23334373--23334473	23	4.2	24	71	12	66	28	3	2	64	1.26
23335039--23335078	20	2.0	21	85	14	57	22	10	10	57	1.61
23337067--23337164	41	2.4	42	84	8	139	39	22	16	21	1.92
23337350--23337413	7	9.0	7	79	3	65	25	1	28	45	1.63
23337734--23337774	21	2.0	21	90	0	64	14	2	46	36	1.58
23337741--23337782	14	2.9	14	83	16	59	14	0	47	38	1.44
23337852--23337893	18	2.6	16	81	11	50	47	0	4	47	1.23
23340145--23340185	2	20.5	2	100	0	82	0	0	48	51	1.00
23343026--23343105	31	2.6	32	81	16	98	26	2	3	67	1.20
23343050--23343096	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
23343106--23343134	11	2.7	11	94	5	51	48	0	10	41	1.37
23343217--23343241	10	2.5	10	100	0	50	36	0	0	64	0.94
23347239--23347449	64	3.2	64	63	25	146	30	25	18	26	1.98
23347216--23347491	137	2.0	137	99	0	543	31	24	19	24	1.98
23347771--23347831	28	2.3	27	82	5	70	31	11	19	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23349278--23349387	26	4.2	26	92	2	168	36	23	4	35	1.76
23351450--23351493	4	10.2	4	81	13	52	70	4	2	22	1.17
23351450--23351476	13	2.1	13	100	0	54	77	0	0	22	0.76
23351450--23351493	17	2.5	18	88	3	63	70	4	2	22	1.17
23353126--23353535	45	8.5	51	66	13	163	28	21	19	29	1.98
23353127--23353339	96	2.2	96	88	0	309	28	23	19	29	1.98
23353157--23353618	239	1.9	239	86	0	654	26	22	20	30	1.98
23353396--23353578	96	1.9	96	86	2	260	27	21	20	30	1.98
23353497--23353619	45	2.8	45	74	1	113	25	24	21	28	1.99
23362930--23363005	38	2.0	38	100	0	152	42	13	18	26	1.87
23367693--23367723	16	1.9	16	93	0	53	48	0	9	41	1.36
23368127--23368160	18	1.9	17	94	5	59	35	0	0	64	0.94
23368318--23368343	11	2.4	11	100	0	52	19	0	0	80	0.71
23377041--23377093	4	12.8	4	76	7	52	49	0	3	47	1.19
23377057--23377090	13	2.6	13	85	0	50	47	0	2	50	1.16
23377850--23377899	25	2.0	25	100	0	100	40	24	12	24	1.88
23378764--23379011	82	3.0	82	98	1	480	39	8	2	50	1.45
23378764--23379008	81	3.0	81	98	0	472	39	7	2	50	1.44
23379485--23379540	23	2.4	23	96	0	103	14	25	14	46	1.82
23383765--23383800	17	2.1	17	100	0	72	52	16	5	25	1.65
23387616--23387836	40	5.6	40	90	1	311	27	25	22	24	2.00
23391837--23391902	13	5.5	13	77	20	72	46	15	0	37	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23391837--23391911	23	3.3	23	94	0	123	48	14	0	37	1.45
23392383--23392431	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
23396491--23396550	30	2.0	30	96	0	111	40	8	20	31	1.82
23401307--23401442	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
23405082--23405107	6	4.3	6	100	0	52	69	0	15	15	1.20
23405088--23405216	57	2.3	57	89	5	190	50	6	17	24	1.71
23409155--23409211	12	4.7	12	72	10	53	12	28	3	56	1.52
23409202--23409255	19	2.6	21	85	8	67	9	20	1	68	1.27
23428877--23428933	25	2.3	25	87	6	80	31	26	19	22	1.98
23431469--23431682	46	4.6	46	79	10	213	30	20	26	22	1.98
23431511--23431726	94	2.3	93	87	3	290	30	19	27	22	1.98
23431469--23431917	48	9.6	47	74	13	207	27	19	28	25	1.99
23431744--23431923	97	1.9	97	85	4	256	23	19	30	26	1.98
23431992--23432028	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
23437602--23437767	49	3.4	49	98	0	314	32	8	27	31	1.87
23437842--23437912	37	1.9	37	100	0	142	21	22	33	22	1.97
23439789--23440140	40	8.8	40	88	2	456	26	19	25	27	1.99
23443553--23443718	49	3.4	49	94	3	298	33	8	27	30	1.87
23449624--23449746	46	2.7	46	89	2	185	33	18	24	23	1.97
23449767--23449883	49	2.4	49	86	2	155	28	18	29	23	1.98
23453217--23453250	16	2.1	16	100	0	68	38	17	0	44	1.49
23456642--23456684	21	2.2	20	84	16	54	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23459901--23460015	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
23459901--23460034	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
23465851--23465965	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
23465851--23465984	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
23468134--23468186	26	2.0	26	100	0	106	43	18	26	11	1.84
23501418--23501469	24	2.2	24	82	3	61	34	23	23	19	1.96
23501514--23501580	23	2.8	24	84	4	82	41	19	16	22	1.90
23501498--23501587	24	3.8	24	77	4	92	40	17	22	20	1.92
23501995--23502033	21	1.9	20	89	5	60	38	15	0	46	1.46
23503894--23503970	27	2.9	27	86	0	91	29	16	20	32	1.95
23505536--23505638	37	2.8	36	82	5	107	32	14	23	30	1.94
23518720--23518855	43	3.2	42	80	4	148	27	27	17	27	1.98
23526444--23526583	43	3.3	42	78	5	147	29	26	15	29	1.96
23527920--23527962	21	2.0	21	82	8	52	34	4	16	44	1.68
23530833--23531013	90	2.0	90	97	0	344	43	11	18	27	1.84
23533002--23533054	26	2.0	26	82	7	63	35	20	13	30	1.91
23538439--23538544	26	4.1	26	92	0	176	33	6	23	36	1.81
23541204--23541389	43	4.3	43	87	1	237	27	30	18	23	1.97
23541204--23541389	87	2.2	86	85	1	237	27	30	18	23	1.97
23541397--23541439	22	1.9	23	90	4	70	76	0	0	23	0.78
23541519--23541565	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
23546410--23546443	18	1.9	18	88	5	52	44	2	2	50	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23547485--23547549	23	2.8	24	77	15	57	24	0	26	49	1.51
23547590--23547879	83	3.5	83	88	4	412	18	23	22	34	1.96
23547590--23547872	41	6.9	41	91	2	410	19	24	22	33	1.97
23548299--23548363	31	2.2	31	83	5	80	40	16	13	29	1.88
23548327--23548469	62	2.3	62	86	2	189	39	11	14	34	1.82
23548964--23549024	13	4.8	13	72	23	58	57	3	1	37	1.25
23552016--23552082	20	3.3	20	75	8	64	32	2	2	61	1.26
23552026--23552094	20	3.5	19	71	15	59	34	2	2	59	1.27
23552500--23552554	3	18.3	3	100	0	110	67	0	0	32	0.91
23552741--23552807	20	3.2	20	66	22	57	40	4	7	47	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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