genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67705277--67705390	27	4.2	26	85	7	138	35	21	23	19	1.95
67705277--67705390	54	2.1	54	88	3	167	35	21	23	19	1.95
67707757--67707907	40	3.8	40	77	11	132	26	23	26	23	2.00
67707797--67707923	40	3.2	40	77	4	132	24	24	28	22	2.00
67712786--67712900	27	4.3	26	84	7	140	35	22	22	19	1.96
67713004--67713067	28	2.3	28	91	2	103	26	6	29	37	1.81
67715073--67715105	3	11.3	3	93	6	59	69	0	0	30	0.88
67715072--67715105	17	2.0	17	100	0	68	70	0	0	29	0.87
67715076--67715103	14	2.0	14	100	0	56	71	0	0	28	0.86
67717064--67717212	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
67717105--67717212	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
67725181--67725329	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
67725222--67725329	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
67732500--67732586	34	2.5	34	81	3	93	28	20	29	20	1.98
67735848--67735882	15	2.3	15	90	0	52	17	17	2	62	1.44
67735873--67735913	15	2.7	15	88	0	55	9	17	14	58	1.62
67736264--67736298	18	1.9	18	88	0	52	51	28	0	20	1.47
67745258--67745424	46	3.6	46	74	15	155	29	30	19	20	1.97
67753835--67753940	27	3.9	28	86	2	137	34	20	23	20	1.96
67761380--67761529	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
67761404--67761587	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
67762670--67762706	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67766739--67766909	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	22	1.99
67766734--67766906	46	3.7	46	78	13	210	29	27	20	22	1.99
67769848--67769893	25	1.9	24	82	8	58	30	13	15	41	1.85
67779446--67779515	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
67779446--67779527	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
67782468--67782635	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
67782484--67782633	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
67794673--67794843	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
67806022--67806197	91	1.9	91	97	0	334	36	6	18	37	1.78
67807229--67807259	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
67809959--67809997	19	2.1	19	85	0	51	43	10	20	25	1.83
67817509--67817681	46	3.7	46	77	13	201	22	21	27	28	1.99
67817506--67817676	93	1.8	93	94	0	306	22	21	28	28	1.99
67819581--67819620	15	2.5	17	76	19	50	42	2	17	37	1.63
67819904--67820016	44	2.7	41	78	11	120	23	17	26	32	1.97
67823904--67823938	18	1.9	18	94	0	61	28	11	20	40	1.87
67826206--67826381	46	3.8	45	73	15	162	22	18	28	30	1.97
67826202--67826372	93	1.8	93	92	2	290	22	19	28	29	1.98
67828643--67828788	40	3.6	39	79	7	150	24	19	24	31	1.98
67828816--67828945	63	2.1	63	100	0	260	33	3	22	41	1.69
67830611--67830699	29	3.1	29	88	1	126	31	31	13	23	1.93
67834121--67834212	46	2.0	46	100	0	184	26	26	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67834380--67834425	19	2.4	20	85	10	69	32	8	23	34	1.86
67836482--67836611	27	4.9	27	88	0	154	31	21	6	40	1.80
67836486--67836638	54	2.8	54	81	0	162	33	20	7	39	1.80
67836534--67836890	27	13.2	27	76	9	140	39	20	8	31	1.83
67836588--67836834	27	9.2	27	78	7	193	40	21	8	29	1.82
67836653--67836805	81	1.9	80	86	4	218	41	20	9	28	1.84
67836655--67836834	81	2.2	80	82	7	213	41	20	8	28	1.82
67836597--67836919	27	12.0	27	77	7	192	39	20	9	30	1.84
67837822--67837915	25	3.8	25	92	1	154	25	27	23	23	2.00
67838125--67838274	31	4.8	31	94	0	246	27	17	26	29	1.97
67838135--67838314	93	2.0	92	84	9	237	28	18	26	26	1.98
67841590--67841690	40	2.5	40	85	3	132	23	17	22	35	1.95
67849492--67849641	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
67849516--67849699	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
67850786--67850824	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
67863385--67863505	43	2.9	42	85	6	147	24	21	28	24	1.99
67864554--67864672	27	4.4	27	82	0	139	36	17	21	25	1.95
67864565--67864668	54	1.9	54	88	1	156	36	18	22	23	1.95
67865324--67865375	27	2.0	26	84	3	68	21	26	17	34	1.95
67865408--67865455	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
67865452--67865511	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
67867982--67868050	27	2.5	28	95	2	122	30	13	24	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67871934--67872052	23	5.1	23	95	1	211	30	21	21	26	1.98
67872112--67872169	20	2.9	20	92	0	98	34	20	10	34	1.87
67879165--67879228	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
67879443--67879561	23	5.1	23	90	1	184	31	21	20	26	1.98
67879612--67879678	20	3.3	20	91	0	107	32	22	11	32	1.90
67881826--67881861	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
67884171--67884199	14	2.0	15	93	6	51	51	27	0	20	1.47
67887282--67887370	24	3.7	24	75	3	88	29	29	15	25	1.96
67887865--67887923	28	2.1	28	100	0	118	35	16	3	44	1.65
67890144--67890307	35	4.6	36	85	5	210	29	7	19	43	1.79
67890281--67890377	50	1.9	50	85	4	133	32	9	17	40	1.81
67900228--67900322	41	2.4	41	92	3	158	53	2	5	38	1.35
67901428--67901591	35	4.6	36	86	2	217	29	8	19	42	1.81
67901428--67901593	70	2.3	72	85	7	241	28	9	19	42	1.81
67901565--67901662	50	2.0	50	85	4	135	31	9	19	39	1.83
67907800--67907974	46	3.9	44	79	12	210	21	20	28	29	1.98
67910866--67910943	15	5.4	15	75	13	74	10	17	14	57	1.64
67916378--67916479	40	2.5	39	86	9	127	21	28	25	24	1.99
67918688--67918879	40	4.8	40	92	0	312	25	28	20	26	1.99
67921001--67921350	49	7.3	49	89	3	486	28	30	8	32	1.87
67925161--67925391	40	5.8	40	93	1	383	25	27	20	26	1.99
67925161--67925391	119	1.9	120	91	0	383	25	27	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67927510--67927860	49	7.3	49	89	3	477	28	30	8	32	1.87
67927510--67927858	96	3.7	94	88	4	484	28	30	8	32	1.87
67930518--67930577	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
67930930--67930969	8	5.0	8	87	0	53	2	32	35	30	1.71
67931345--67931517	27	6.4	27	85	0	202	24	19	20	35	1.95
67946457--67946481	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
67946589--67946794	56	3.7	56	90	2	299	28	16	22	32	1.96
67946589--67946829	56	4.3	56	85	4	193	28	17	22	31	1.97
67946589--67946829	112	2.2	111	82	6	281	28	17	22	31	1.97
67949917--67949989	28	2.5	28	82	4	83	30	30	13	26	1.94
67954309--67954497	47	4.0	47	93	0	315	28	13	13	44	1.82
67955299--67955505	45	4.6	45	89	2	285	23	21	26	28	1.99
67959310--67959410	34	3.1	34	70	21	117	28	20	25	24	1.99
67959316--67959425	28	3.7	28	75	17	114	27	21	27	23	1.99
67959281--67959435	62	2.5	62	94	1	267	29	21	25	23	1.99
67968425--67968494	27	2.6	27	93	4	115	28	14	27	30	1.95
67974634--67974703	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
67974634--67974715	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
67982670--67982931	49	5.5	47	73	12	157	29	18	29	23	1.98
67982756--67982935	98	1.8	98	82	8	233	28	20	28	22	1.98
67984621--67984646	12	2.2	12	100	0	52	23	38	30	7	1.83
67986980--67987033	23	2.3	23	90	6	83	20	25	22	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67989816--67990213	55	7.5	53	74	11	323	22	24	16	35	1.95
67989816--67990221	54	7.6	54	75	9	352	22	24	16	36	1.94
67989828--67990223	109	3.8	104	76	9	374	23	24	15	36	1.94
67989828--67990227	209	1.9	209	93	0	692	23	24	15	36	1.94
67995674--67996160	47	10.3	47	91	0	776	27	30	9	32	1.88
67995724--67995802	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
67996033--67996155	22	5.3	22	62	18	61	26	29	10	33	1.90
67996008--67996086	25	3.3	24	66	16	65	31	27	5	35	1.79
67999321--67999359	20	2.0	20	100	0	78	41	5	12	41	1.65
68002267--68002321	29	1.9	28	89	10	85	18	21	23	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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