genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.171.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53126603--53126642	20	2.0	20	85	0	53	35	2	7	55	1.42
53126860--53126885	12	2.2	12	100	0	52	50	23	0	26	1.50
53132222--53132262	17	2.3	18	84	12	50	39	4	0	56	1.21
53132233--53132271	17	2.3	17	86	8	53	38	5	0	56	1.22
53132588--53132616	8	3.6	8	100	0	58	48	0	10	41	1.37
53137695--53137838	39	3.7	39	89	1	182	22	22	29	25	1.99
53138744--53138775	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
53139388--53139436	21	2.5	20	83	16	66	73	2	2	22	1.04
53140073--53140126	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
53142882--53142920	2	19.5	2	84	10	53	53	0	2	43	1.14
53143349--53143928	310	1.9	310	82	3	729	44	10	12	32	1.76
53156678--53157392	356	2.0	357	91	1	1166	35	17	14	32	1.90
53158492--53158527	17	2.1	17	100	0	72	16	16	22	44	1.86
53164938--53165093	3	52.3	3	71	6	75	31	8	2	57	1.43
53165056--53165254	87	2.3	86	88	6	278	34	12	2	51	1.51
53165088--53165266	87	2.1	85	97	1	288	33	11	3	51	1.55
53166556--53166594	19	2.1	19	100	0	78	33	25	5	35	1.78
53170936--53171043	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
53182625--53182679	28	2.0	28	92	0	92	47	14	14	23	1.81
53188957--53188997	21	2.0	21	100	0	82	41	14	14	29	1.86
53189765--53189812	25	1.9	25	83	8	62	45	14	2	37	1.57
53194292--53194579	27	10.8	27	81	2	330	34	13	15	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53194293--53194579	53	5.4	53	84	3	371	33	13	15	37	1.86
53194301--53194579	107	2.6	107	86	3	384	34	12	15	37	1.85
53194560--53194660	27	3.7	26	75	12	80	35	19	20	23	1.96
53196364--53196493	43	3.0	44	78	6	149	24	16	27	31	1.96
53196366--53196492	44	2.9	43	76	11	132	25	15	27	31	1.96
53198173--53198235	20	3.0	21	81	9	76	14	17	20	47	1.82
53200072--53200120	20	2.5	19	83	3	62	32	20	18	28	1.96
53205312--53205393	29	2.8	29	98	0	155	29	14	30	25	1.95
53207979--53208007	15	1.9	15	100	0	58	20	6	34	37	1.80
53212213--53212273	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
53214493--53214675	48	3.8	48	82	0	186	29	23	18	28	1.98
53216712--53216896	40	4.7	40	87	5	243	27	27	20	24	1.99
53216712--53216896	79	2.3	82	84	7	247	27	27	20	24	1.99
53219345--53219558	60	3.6	60	77	1	178	26	24	15	33	1.95
53227704--53227748	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
53229614--53229668	21	2.6	21	76	2	56	14	29	38	18	1.90
53230645--53230698	22	2.5	22	87	0	72	37	16	9	37	1.81
53235074--53235107	2	17.5	2	87	6	52	44	0	2	52	1.16
53245902--53246051	40	3.8	40	74	14	123	26	24	26	22	2.00
53245951--53246067	39	3.0	38	78	6	117	25	24	27	22	2.00
53253906--53254086	40	4.6	39	73	10	129	27	23	26	22	2.00
53262320--53262393	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53262261--53262393	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
53263977--53264040	27	2.4	28	76	7	69	37	26	18	17	1.93
53264020--53264825	27	29.9	27	80	5	823	25	21	18	34	1.96
53264021--53264905	54	16.6	54	84	7	1023	25	21	18	34	1.96
53264020--53264905	81	11.1	80	82	8	1018	25	21	18	34	1.96
53264733--53264869	45	3.1	44	93	5	231	24	23	19	32	1.97
53264760--53264842	18	4.2	18	74	25	78	24	25	19	31	1.98
53264823--53264932	27	4.1	27	88	3	134	26	18	19	36	1.94
53264860--53265094	54	4.4	53	87	2	263	31	9	20	39	1.85
53264887--53265095	27	7.7	27	85	2	294	32	8	19	40	1.81
53268157--53268356	45	4.5	45	67	10	133	29	18	26	26	1.98
53268013--53269191	132	8.9	132	91	0	1831	28	18	24	28	1.98
53270621--53270662	20	2.1	20	82	8	50	19	11	7	61	1.52
53271774--53272173	130	3.1	130	90	0	602	29	19	17	33	1.95
53272608--53272637	14	2.2	14	94	5	53	26	0	6	66	1.16
53289308--53289392	36	2.4	36	100	0	170	50	21	8	20	1.73
53289941--53290020	23	3.5	23	83	8	92	40	20	17	22	1.92
53295153--53295217	32	2.0	32	90	0	103	49	18	20	12	1.79
53302688--53302832	40	3.6	40	89	3	213	23	22	26	26	2.00
53303091--53303134	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
53304248--53304295	19	2.6	19	87	6	64	25	16	10	47	1.78
53309266--53309368	29	3.6	29	78	6	111	22	16	32	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53312343--53312418	25	2.9	26	76	5	73	81	2	2	13	0.90
53312382--53312408	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
53316637--53316678	17	2.4	18	96	4	77	23	14	4	57	1.56
53323111--53323280	93	1.8	92	96	1	313	28	28	21	21	1.99
53323105--53323289	45	4.0	46	74	17	159	28	29	20	22	1.98
53323626--53323685	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
53330589--53330753	90	1.8	89	90	1	267	29	28	20	22	1.98
53330584--53330761	46	4.0	43	71	10	117	29	28	19	22	1.98
53331173--53331232	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
53335709--53335813	37	2.9	37	92	1	167	26	32	18	22	1.97
53335794--53335831	18	2.2	18	95	4	69	18	34	23	23	1.96
53335757--53335865	54	2.0	55	98	1	211	22	33	21	23	1.98
53336005--53336342	48	7.0	48	95	0	595	31	27	6	34	1.82
53339635--53339795	57	2.8	57	89	0	232	31	29	17	22	1.96
53339665--53339763	29	3.4	29	79	8	112	30	30	17	22	1.96
53339635--53339791	28	5.6	27	74	8	125	31	28	17	22	1.97
53339823--53340074	40	6.3	40	92	1	416	26	27	21	25	1.99
53341359--53341458	37	2.7	37	95	0	173	25	33	18	24	1.97
53341444--53341482	18	2.2	18	95	0	69	20	33	23	23	1.97
53341462--53341553	37	2.5	37	94	0	166	22	30	20	26	1.98
53341407--53341512	55	1.9	55	98	0	203	22	32	19	25	1.98
53341371--53341550	92	2.0	92	95	0	324	24	31	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53341693--53341903	48	4.4	48	94	0	377	30	27	6	35	1.82
53341874--53341929	26	2.2	26	100	0	112	39	25	0	35	1.56
53351950--53352140	40	4.8	40	86	2	242	23	24	28	24	2.00
53356569--53356712	39	3.7	40	83	0	166	23	23	29	22	1.99
53361955--53361981	13	2.1	13	100	0	54	85	0	14	0	0.61
53361906--53362031	53	2.4	53	91	1	207	53	9	19	16	1.70
53362467--53362657	40	4.8	40	88	2	251	23	24	28	23	1.99
53366350--53366521	46	3.7	46	80	13	217	21	21	28	28	1.99
53366346--53366516	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
53366746--53366783	19	2.0	20	85	15	53	42	0	18	39	1.50
53372582--53372616	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
53373406--53373432	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
53380903--53380933	9	3.3	9	95	4	53	54	0	3	41	1.16
53381329--53381377	20	2.6	19	78	12	57	40	2	4	53	1.32
53384234--53384315	41	2.0	41	100	0	164	21	14	36	26	1.93
53386727--53386859	60	2.3	58	82	5	151	24	31	15	27	1.96
53386777--53386859	29	2.9	29	100	0	166	26	28	14	30	1.95
53388019--53388067	18	2.7	18	79	14	57	6	10	2	81	0.94
53388019--53388080	32	1.9	32	87	9	90	6	12	1	79	1.00
53389643--53389681	19	2.1	19	95	0	69	46	25	12	15	1.81
53391362--53391390	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
53392486--53392596	45	2.5	45	93	0	186	26	13	25	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53393278--53393306	14	2.1	14	100	0	58	27	20	20	31	1.98
53395287--53395453	40	4.2	39	79	6	151	25	27	22	25	2.00
53395287--53395453	80	2.1	80	83	5	205	25	27	22	25	2.00
53399091--53399306	48	4.6	48	74	8	140	29	23	17	29	1.97
53399183--53399364	48	3.8	49	83	3	217	28	26	18	27	1.98
53411918--53412067	79	1.9	81	87	5	225	24	26	23	25	2.00
53411918--53412069	39	3.8	40	82	6	191	25	26	23	25	2.00
53416322--53416361	18	2.4	17	88	12	57	17	20	5	57	1.58
53426320--53426545	40	5.7	40	87	4	255	25	26	22	25	2.00
53433093--53433287	40	4.9	40	91	0	302	23	27	21	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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